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2ejr

LSD1-tranylcypromine complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 96.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific histone demethylase 1

Homo sapiens

UniProt O60341

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 172–833 片段：LSD1, residues 172-833 F2N [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL (2R,3S,4S)-5-[7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-5-(3-PHENYLPROPANOYL)-1,3,4,5-TETRAHYDROBENZO[G]PTERIDIN-10(2H)-YL]-2,3,4-TRIHYDROXYPENTYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；3.5-4% PEG 2000, 0.1M HEPES-Na, 5% MPD, 5mM Tranylcypromine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K 分辨率 2.70 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2EJR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2COM The solution structure of the SWIRM domain of human LSD1 提交 2005-05-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 169–279（111 aa） 片段：SWIRM domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.2mM SWIRM domain U-15N,13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2DW4 Crystal structure of human LSD1 at 2.3 A resolution 提交 2006-08-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–831（660 aa） 片段：residues 172-831
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；4% PEGMME 2000, 100mM HEPES-Na, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
分辨率 2.30 Å R-free 0.226
2H94 Crystal Structure and Mechanism of human Lysine-Specific Demethylase-1 提交 2006-06-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–835（664 aa）
未记录 HG MERCURY (II) ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；9 % PEG 3350 200 mM Diammonium tartrate 100 mM HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.281
2HKO Crystal structure of LSD1 提交 2006-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–835（664 aa）
突变：R594Q FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.3；289 K；5% PEG 8K, 10 mM MgCl2, 150 mM NaCl, 50 mM Na2HPO4/KH2PO4 pH 6.33, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K, pH 6.30
分辨率 2.80 Å R-free 0.283
2IW5 Structural Basis for CoREST-Dependent Demethylation of Nucleosomes by the Human LSD1 Histone Demethylase 提交 2006-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 171–836（666 aa） 片段：SWIRM DOMAIN, AMINE OXIDASE DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 171-836
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 NH4 AMMONIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, 20 DEGREES. DROP: 0.8 MICRO-LITERS OF PROTEIN (10 MG/ML IN 25 MM HEPES, PH 7.4, 200 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM PMSF, 5 MM DTT) PLUS 0.8 MICRO-LITERS OF CRYSTALLIZATION SOLUTION (0.8 M LITHIUM SULFATE, 0.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.4 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 5.6, 10 MM DTT). RESERVOIR: 1 ML OF CRYSTALLIZATION SOLUTION. CRYSTALS APPEARED WITHIN 12 HOURS AND GREW TO THEIR FINAL SIZE WITHIN 10 DAYS. CRYO-PROTECTION SOLUTION: RESERVOIR SOLUTION PLUS 23 PERCENT (V/V) GLYCEROL.
分辨率 2.57 Å R-free 0.212
2L3D The solution structure of the short form SWIRM domain of LSD1 提交 2010-09-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 174–273（100 aa） 片段：SWIRM domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SWIRM-1, 50mM sodium phosphate-2, 50mM sodium chloride-3, 2mM DTT-4, 1mM EDTA-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.8mM SWIRM-6, 50mM sodium phosphate-7, 50mM sodium chloride-8, 2mM DTT-9, 1mM EDTA-10, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2UXN Structural Basis of Histone Demethylation by LSD1 Revealed by Suicide Inactivation 提交 2007-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 171–836（666 aa） 片段：SWIRM DOMAIN, AMINE OXIDASE DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 171-836
未记录 FDA DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；PROTEIN: 25 MM HEPES, PH 7.4, 200 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM PMSF, AND 5 MM DTT RESERVOIR: 0.8 M LITHIUM SULFATE, 0.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.4 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 5.6, AND 10 MM DTT
分辨率 2.72 Å R-free 0.272
2UXX Human LSD1 Histone Demethylase-CoREST in complex with an FAD- tranylcypromine adduct 提交 2007-03-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 171–836（666 aa） 片段：SWIRM DOMAIN, AMINE OXIDASE DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 171-836
未记录 FAJ FAD-trans-2-Phenylcyclopropylamine Adduct × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, 20 DEGREES. DROP: 0.8 MICRO-LITERS OF PROTEIN (10 MG/ML IN 25 MM HEPES, PH 7.4, 200 MM SODIUM CHLORIDE, 1 MM PMSF, 5 MM DTT) PLUS 0.8 MICRO-LITERS OF CRYSTALLIZATION SOLUTION (0.8 M LITHIUM SULFATE, 0.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.4 M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 5.6, 10 MM DTT). RESERVOIR: 1 ML OF CRYSTALLIZATION SOLUTION. CRYSTALS APPEARED WITHIN 12 HOURS AND GREW TO THEIR FINAL SIZE WITHIN 10 DAYS. CRYO-PROTECTION SOLUTION: RESERVOIR SOLUTION PLUS 23 PERCENT (V/V) GLYCEROL.
分辨率 2.74 Å R-free 0.260
2V1D Structural basis of LSD1-CoREST selectivity in histone H3 recognition 提交 2007-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 123–852（730 aa） 片段：RESIDUES 123-852
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.10 Å R-free 0.239
2X0L Crystal structure of a neuro-specific splicing variant of human histone lysine demethylase LSD1. 提交 2009-12-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 123–852（730 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.252
2XAF Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with para-bromo-(+)-cis-2- phenylcyclopropyl-1-amine 提交 2010-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 TCF 3-(4-BROMOPHENYL)PROPANAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SODIUM/POTASSIUM TARTRATE, ADA BUFFER PH 6.5
分辨率 3.25 Å R-free 0.229
2XAG Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with para-bromo-(-)-trans- 2-phenylcyclopropyl-1-amine 提交 2010-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 TCF 3-(4-BROMOPHENYL)PROPANAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SODIUM-POTASSIUM TARTRATE, ADA BUFFER PH 6.5
分辨率 3.10 Å R-free 0.245
2XAH Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with (+)-trans-2- phenylcyclopropyl-1-amine 提交 2010-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 3PL 3-PHENYLPROPANAL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SODIUM-POTASSIUM TARTRATE, ADA BUFFER PH 6.5
分辨率 3.10 Å R-free 0.228
2XAJ Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with (-)-trans-2- phenylcyclopropyl-1-amine 提交 2010-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 TCA PHENYLETHYLENECARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SODIUM-POTASSIUM TARTRATE, ADA BUFFER PH 6.5
分辨率 3.30 Å R-free 0.227
2XAQ Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with a tranylcypromine derivative (MC2584, 13b) 提交 2010-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 M84 3-{4-[(PHENYLCARBONYL)AMINO]PHENYL}PROPANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SODIUM-POTASSIUM TARTRATE, ADA BUFFER PH 6.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.264
2XAS Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with a tranylcypromine derivative (MC2580, 14e) 提交 2010-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 M80 3-[4-({N-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-L-PHENYLALANYL}AMINO)PHENYL]PROPANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SODIUM-POTASSIUM TARTRATE, ADA BUFFER PH 6.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.220
2Y48 Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with a N-terminal SNAIL peptide 提交 2011-01-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 123–852（730 aa） 片段：RESIDUES 123-852
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 1.2 M SODIUM/POTASSIUM TARTRATE, 100 MM ADA BUFFER PH 6.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.246
2Z3Y Crystal structure of Lysine-specific demethylase1 提交 2007-06-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa） 片段：LSD1, residues 172-833
未记录 F2N [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL (2R,3S,4S)-5-[7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-5-(3-PHENYLPROPANOYL)-1,3,4,5-TETRAHYDROBENZO[G]PTERIDIN-10(2H)-YL]-2,3,4-TRIHYDROXYPENTYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1mM Hepes-Na, 5% MPD, 3-4.5% PEG monomethylether 2000, 1mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
分辨率 2.25 Å R-free 0.255
2Z5U Crystal structure of Lysine-specific histone demethylase 1 提交 2007-07-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa） 片段：LSD1, residues 172-833
未记录 FAJ FAD-trans-2-Phenylcyclopropylamine Adduct × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1mM Hepes-Na, 5% MPD, 3-4.5% PEG monomethylether 2000, 1mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
分辨率 2.25 Å R-free 0.254
3ABT Crystal Structure of LSD1 in complex with trans-2-pentafluorophenylcyclopropylamine 提交 2009-12-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa） 片段：amine oxidase (flavin containing) domain 2, residues 172-833
未记录 2PF [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4-trihydroxy-5-[(1R,3R,3aS)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-3-(pentafluorophenyl)-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；3-10% PEG 2000 Monomethyl ether, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M magnesium chloride, 0.1M cacodylate, 5mM Tranylcypromine-derivative, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 3.20 Å R-free 0.272
3ABU Crystal Structure of LSD1 in complex with a 2-PCPA derivative, S1201 提交 2009-12-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa） 片段：amine oxidase (flavin containing) domain 2, residues 172-833
未记录 12F [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(1R,3R,3aS)-3-[2-(benzyloxy)-3-fluorophenyl]-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；3-10% PEG 2000 Monomethyl ether, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M magnesium chloride, 0.1M cacodylate, 5mM Tranylcypromine-derivative, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 3.10 Å R-free 0.295
3ZMS LSD1-CoREST in complex with INSM1 peptide 提交 2013-02-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.96 Å R-free 0.227
3ZMT LSD1-CoREST in complex with PRSFLV peptide 提交 2013-02-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 3.10 Å R-free 0.230
3ZMU LSD1-CoREST in complex with PKSFLV peptide 提交 2013-02-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.226
3ZMV LSD1-CoREST in complex with PLSFLV peptide 提交 2013-02-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
3ZMZ LSD1-CoREST in complex with PRSFAV peptide 提交 2013-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.227
3ZN0 LSD1-CoREST in complex with PRSFAA peptide 提交 2013-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.244
3ZN1 LSD1-CoREST in complex with PRLYLV peptide 提交 2013-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 3.10 Å R-free 0.230
4BAY Phosphomimetic mutant of LSD1-8a splicing variant in complex with CoREST 提交 2012-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–876（685 aa） 片段：RESIDUES 192-876
突变：YES FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；20DEG BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SAMPLES WITH RESERVOIR SOLUTIONS CONTAINING 1.2 M SODIUM/POTASSIUM TARTRATE AND 100 MM N-(2-ACETAMIDO)IMINODIACETIC ACID, PH 6.5
分辨率 3.10 Å R-free 0.226
4CZZ Histone demethylase LSD1(KDM1A)-CoREST3 Complex 提交 2014-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.236
4KUM Structure of LSD1-CoREST-Tetrahydrofolate complex 提交 2013-05-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 171–836（666 aa） 片段：SWIRM andFAD binding domains, residues 171-836
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 THG (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.60 M Li2SO4, 0.63 M (NH4)2SO4, 0.25 M NaCl, 100 mM Na-citrate, pH 5.6, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.05 Å R-free 0.217
4UV8 LSD1(KDM1A)-CoREST in complex with 1-Benzyl-Tranylcypromine 提交 2014-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 D69 [[(2R,3S,4S)-5-[(4aS,10aS)-4a-[(1S)-3-azanylidene-1,4-diphenyl-butyl]-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-5,10a-dihydro-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentoxy]-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.237
4UV9 LSD1(KDM1A)-CoREST in complex with 1-Ethyl-Tranylcypromine 提交 2014-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 D70 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4-trihydroxy-5-[(4aS,10aS)-4a-[(1S,3E)-3-imino-1-phenylpentyl]-7,8-dimethyl-2,4-dioxo-1,3,4,4a,5,10a-hexahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.246
4UVA LSD1(KDM1A)-CoREST in complex with 1-Methyl-Tranylcypromine (1R,2S) 提交 2014-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 D73 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4-trihydroxy-5-[(4aS)-4a-[(1S,3E)-3-imino-1-phenylbutyl]-7,8-dimethyl-2,4-dioxo-3,4,4a,5-tetrahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.232
4UVB LSD1(KDM1A)-CoREST in complex with 1-Methyl-Tranylcypromine (1S,2R) 提交 2014-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 D51 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(1R,3S,3aS,7aS)-1-amino-1,10,11-trimethyl-4,6-dioxo-3-phenyl-2,3,5,6,7,7a-hexahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
4UVC LSD1(KDM1A)-CoREST in complex with 1-Phenyl-Tranylcypromine 提交 2014-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–876（876 aa）
未记录 D52 [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4S)-5-[5-[(1S)-1-azanyl-1,3-diphenyl-propyl]-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-4aH-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 3.10 Å R-free 0.241
4UXN LSD1(KDM1A)-CoREST in complex with Z-Pro derivative of MC2580 提交 2014-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 M8A benzyl (2R)-2-{[4-(3-oxopropyl)phenyl]carbamoyl}pyrrolidine-1-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PH 6.5
分辨率 2.85 Å R-free 0.215
4XBF Structure of LSD1:CoREST in complex with ssRNA 提交 2014-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 171–836（666 aa） 片段：UNP residues 171-836
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 SO4 SULFATE ION × 20 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；290 K；The LSD1-CoREST complex 10-12 mg/ml concentration (in 25 mM HEPES-Na, pH 7.4, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 1 mM PMSF) was mixed (1:1) with the reservoir solution [0.60 M Li2SO4, 0.63 M (NH4)2SO4, 0.25 M NaCl, 100 mM Na-citrate, pH 5.6, 10 mM DTT]
分辨率 2.80 Å R-free 0.227
5AFW Assembly of methylated LSD1 and CHD1 drives AR-dependent transcription and translocation 提交 2015-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 108–119（12 aa） 片段：RESIDUES 108-119
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M L-PROLINE, 10% (W/V) PEG3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.227
5H6Q Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with peptide 11 提交 2016-11-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 172–833（662 aa） 片段：UNP RESIDUES 172-833
未记录 GOL GLYCEROL × 4 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M N-(2-Acetamido) iminodiacetic acid, 1.23 M potassium sodium tartrate tetrahydrate.
分辨率 2.53 Å R-free 0.247
5H6R Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with peptide 13 提交 2016-11-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 172–833（662 aa） 片段：UNP RESIDUES 172-833
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M N-(2-Acetamido) iminodiacetic acid (pH 5.5), 1.23 M potassium sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 2.60 Å R-free 0.231
5IT3 Swirm domain of human Lsd1 提交 2016-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 183–267（85 aa） 片段：Swirm domain, UNP residues 183-267
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris, 25%(w/v) PEG 3350
分辨率 1.40 Å R-free 0.194
5IT3 Swirm domain of human Lsd1 提交 2016-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 183–267（85 aa） 片段：Swirm domain, UNP residues 183-267
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris, 25%(w/v) PEG 3350
分辨率 1.40 Å R-free 0.194
5L3B Human LSD1/CoREST: LSD1 D556G mutation 提交 2016-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
突变：D556G FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；Tartrate 1-1.4 M, ADA 100 mM pH 6.5
分辨率 3.30 Å R-free 0.208
5L3C Human LSD1/CoREST: LSD1 E379K mutation 提交 2016-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
突变：E379K FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；Tartrate 1-1.4 M, ADA 100 mM pH 6.5
分辨率 3.31 Å R-free 0.223
5L3D Human LSD1/CoREST: LSD1 Y761H mutation 提交 2016-04-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；Tartrate 1-1.4 M, ADA 100 mM pH 5.6
分辨率 2.60 Å R-free 0.219
5L3E LSD1-CoREST1 in complex with quinazoline-derivative reversible inhibitor 提交 2016-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 123–852（730 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 E11 N~4~-(1-benzylpiperidin-4-yl)-N~2~-[3-(dimethylamino)propyl]-6,7-dimethoxyquinazoline-2,4-diamine × 5 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.3 M Na/K Tartrate, 100 mM ADA
分辨率 2.80 Å R-free 0.224
5L3F LSD1-CoREST1 in complex with polymyxin B 提交 2016-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 123–852（730 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.3 M Na/K Tartrate 100 mM ADA
分辨率 3.50 Å R-free 0.210
5L3G LSD1-CoREST1 in complex with polymyxin E (colistin) 提交 2016-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 123–852（730 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.3 M Na/K Tartrate 100 mM ADA
分辨率 3.10 Å R-free 0.197
5LBQ LSD1-CoREST1 in complex with quinazoline-derivative reversible inhibitor 提交 2016-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 123–852（730 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 767 N2-(3-(dimethylamino)propyl)-6,7-dimethoxy-N4,N4-dimethylquinazoline-2,4-diamine × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100 mM ADA pH 6.5 1.2 M Na/Ka Tartrate
分辨率 3.30 Å R-free 0.250
5LGN Thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamides as Novel Reversible Inhibitors of Histone Lysine Demethylase KDM1A/LSD1: Compound 19 提交 2016-07-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 192–860（669 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 6W0 ~{N}-[3-(methoxymethyl)phenyl]-4-methyl-thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；297 K；Sodium Tartrate 1.2 M as precipitant in Sodium Citrate buffer pH 5.6
分辨率 3.20 Å R-free 0.220
5LGT Thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamides as Novel Reversible Inhibitors of Histone Lysine Demethylase KDM1A/LSD1: Compound 15 提交 2016-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 123–852（730 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 6W3 4-methyl-~{N}-[2-[[4-(1-methylpiperidin-4-yl)oxyphenoxy]methyl]phenyl]thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；Hanging-drop vapor diffusion method at 20 C by mixing equal volumes of 100 microM LSD1-CoREST solution in 5% (w/v) glycerol, 25 mm potassium phosphate, pH 7.2, with reservoir solutions containing 1.2 M sodium/potassium tartrate and 100 mmN-(2-acetamido)-2-iminodiacetic acid, pH 6.5.
分辨率 3.00 Å R-free 0.230
5LGU Thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamides as Novel Reversible Inhibitors of Histone Lysine Demethylase KDM1A/LSD1: Compound 34 提交 2016-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 123–852（730 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 6W1 4-methyl-~{N}-[2-[[4-[[(3~{R})-pyrrolidin-3-yl]methoxy]phenoxy]methyl]phenyl]thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；The hanging-drop vapor diffusion method at 20 C by mixing equal volumes of 100 microM LSD1-CoREST solution in 5% (w/v) glycerol, 25 mm potassium phosphate, pH 7.2, with reservoir solutions containing 1.2 M sodium/potassium tartrate and 100 mmN-(2-acetamido)-2-iminodiacetic acid, pH 6.5.
分辨率 3.20 Å R-free 0.206
5LHG Structure of the KDM1A/CoREST complex with the inhibitor 4-methyl-N-[4-[[4-(1-methylpiperidin-4-yl)oxyphenoxy]methyl]phenyl]thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamide 提交 2016-07-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 6X3 4-methyl-N-[4-[[4-[(1-methyl-4-piperidyl)oxy]phenoxy]methyl]phenyl]thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.1-1.2 M Na/K tartrate 0.1 M ADA pH 6.0
分辨率 3.34 Å R-free 0.192
5LHH Structure of the KDM1A/CoREST complex with the inhibitor 4-ethyl-N-[3-(methoxymethyl)-2-[[4-[[(3R)-pyrrolidin-3-yl]methoxy]phenoxy]methyl]phenyl]thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamide 提交 2016-07-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 6 6X0 4-ethyl-~{N}-[3-(methoxymethyl)-2-[[4-[[(3~{R})-pyrrolidin-3-yl]methoxy]phenoxy]methyl]phenyl]thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.1-1.2 M Na/K tartrate 0.1 M ADA pH 6.0
分辨率 3.05 Å R-free 0.186
5LHI Structure of the KDM1A/CoREST complex with the inhibitor N-[3-(ethoxymethyl)-2-[[4-[[(3R)-pyrrolidin-3-yl]methoxy]phenoxy]methyl]phenyl]-4-methylthieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamide 提交 2016-07-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 6X5 ~{N}-[3-(ethoxymethyl)-2-[[4-[[(3~{R})-pyrrolidin-3-yl]methoxy]phenoxy]methyl]phenyl]-4-methyl-thieno[3,2-b]pyrrole-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.1-1.2 M Na/K tartrate 0.1 M ADA pH 6.0
分辨率 3.40 Å R-free 0.225
5X60 Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with peptide 9 提交 2017-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 172–833（662 aa） 片段：UNP RESIDUES 172-833
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M N-(2-acetamido)iminodiacetic acid, 1.23 M potassium sodium tartrate tetrahydrate.
分辨率 2.69 Å R-free 0.236
5YJB LSD1-CoREST in complex with 4-[5-(piperidin-4-ylmethoxy)-2-(p-tolyl)pyridin-3-yl]benzonitrile 提交 2017-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 172–833（662 aa） 片段：UNP residues 172-833
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 8WC 4-[2-(4-methylphenyl)-5-(piperidin-4-ylmethoxy)pyridin-3-yl]benzenecarbonitrile × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M N-(2-ACETAMIDO)IMINODIACETIC ACID (PH 5.5), 1.23M POTASSIUM SODIUM TARTRATE TETRAHYDRATE
分辨率 2.96 Å R-free 0.219
6E1F Crystal structure of the SWIRM domain of human histone lysine-specific demethylase LSD1 提交 2018-07-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 183–267（85 aa） 片段：SWIRM domain (UNP residues 183-267)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.1 M potassium chloride, 1.5 M ammonium sulfate
分辨率 1.16 Å R-free 0.169
6E1F Crystal structure of the SWIRM domain of human histone lysine-specific demethylase LSD1 提交 2018-07-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 183–267（85 aa） 片段：SWIRM domain (UNP residues 183-267)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.1 M potassium chloride, 1.5 M ammonium sulfate
分辨率 1.16 Å R-free 0.169
6E1F Crystal structure of the SWIRM domain of human histone lysine-specific demethylase LSD1 提交 2018-07-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 183–267（85 aa） 片段：SWIRM domain (UNP residues 183-267)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.1 M potassium chloride, 1.5 M ammonium sulfate
分辨率 1.16 Å R-free 0.169
6E1F Crystal structure of the SWIRM domain of human histone lysine-specific demethylase LSD1 提交 2018-07-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 183–267（85 aa） 片段：SWIRM domain (UNP residues 183-267)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.1 M potassium chloride, 1.5 M ammonium sulfate
分辨率 1.16 Å R-free 0.169
6K3E LSD1/Co-Rest structure with an inhibitor 提交 2019-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 CW0 piperidin-4-ylmethyl 4-fluoranyl-4-[[[(1~{R},2~{S})-2-phenylcyclopropyl]amino]methyl]piperidine-1-carboxylate × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 ACT ACETATE ION × 2 MLA MALONIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 4 D3U 2-PCPA derivative × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；36% Tacsimate
分辨率 2.87 Å R-free 0.223
6KGK LSD1-CoREST-S2101 five-membered ring adduct model 提交 2019-07-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 DJ0 3-[3,5-bis(fluoranyl)-2-phenylmethoxy-phenyl]propanal × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M N-(carbamoylmethyl)iminodiacetic acid (pH 5.5), 1.23 M potassium sodium tartrate
分辨率 2.70 Å R-free 0.206
6KGL LSD1-CoREST-S2101 N5 adduct model 提交 2019-07-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 DJ0 3-[3,5-bis(fluoranyl)-2-phenylmethoxy-phenyl]propanal × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M N-(carbamoylmethyl)iminodiacetic acid (pH 5.5), 1.28 M potassium sodium tartrate
分辨率 2.70 Å R-free 0.205
6KGM LSD1-CoREST-S2116 five-membered ring adduct model 提交 2019-07-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 DJ0 3-[3,5-bis(fluoranyl)-2-phenylmethoxy-phenyl]propanal × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M N-(carbamoylmethyl)iminodiacetic acid (pH 5.5), 1.28 M potassium sodium tartrate
分辨率 2.62 Å R-free 0.195
6KGN LSD1-CoREST-S2116 N5 adduct model 提交 2019-07-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 DJ0 3-[3,5-bis(fluoranyl)-2-phenylmethoxy-phenyl]propanal × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M N-(carbamoylmethyl)iminodiacetic acid (pH 5.5), 1.28 M potassium sodium tartrate
分辨率 2.62 Å R-free 0.194
6KGO LSD1-S2157 five-membered ring adduct model 提交 2019-07-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 6 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 DJ0 3-[3,5-bis(fluoranyl)-2-phenylmethoxy-phenyl]propanal × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES (pH 6.2-6.3), 0.2M diammonium tartrate, 0.0005M TCEP, 10% PEG3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.204
6KGP LSD1-S2157 N5 adduct model 提交 2019-07-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 6 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 DJ0 3-[3,5-bis(fluoranyl)-2-phenylmethoxy-phenyl]propanal × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES (pH 6.2-6.3), 0.2M diammonium tartrate, 0.0005M TCEP, 10% PEG3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.204
6KGQ LSD1-FCPA-MPE five-membered ring adduct model 提交 2019-07-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 DJC 3-[4-[5-fluoranyl-2-(trifluoromethyl)phenyl]phenyl]propanal × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH 7.5), 5% MPD, 3.5-4.0% PEG MME 2000
分辨率 2.32 Å R-free 0.197
6KGR LSD1-FCPA-MPE N5 adduct model 提交 2019-07-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 DJC 3-[4-[5-fluoranyl-2-(trifluoromethyl)phenyl]phenyl]propanal × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES (pH 7.5), 5% MPD, 3.5-4.0% PEG MME 2000
分辨率 2.32 Å R-free 0.198
6NQM Crystal structure of Human LSD1 提交 2019-01-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 173–830（658 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；PEG 3350 8%, 0.1 M Ammonium citrate pH6.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6NQU Human LSD1 in complex with GSK2879552 提交 2019-01-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 173–830（658 aa）
未记录 KWM [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{S})-5-[(9~{S},11~{R})-15,16-dimethyl-11-oxidanyl-5,7-bis(oxidanylidene)-9-phenyl-2,4,6,12-tetrazabicyclo[11.4.0]heptadeca-1(17),13,15-trien-2-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；PEG3350 6%, 0.1M Ammonium citrate pH7.0
分辨率 2.70 Å R-free 0.258
6NR5 Human LSD1 in complex with Phenelzine sulfate 提交 2019-01-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 173–830（658 aa）
未记录 KXM [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3R,4R)-5-[(4aR)-7,8-dimethyl-2,4-dioxo-5-(2-phenylethyl)-3,4,4a,5-tetrahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；PEG 3350 95, 0.1M Ammonium citrate pH6.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.273
6S35 LSD1/CoREST1 complex with macrocyclic peptide inhibitor 提交 2019-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；Crystallization: hanging drop, 2 uL total, 1:1 protein-to-reservoir. Protein: 11 mg/mL in 50 mM HEPES, 200 mM NaCl, 2 mM DTT, pH 7.5. Reservoir: 100 mM sodium citrate/citric acid, 1.1 M sodium tartrate, pH 5.5. Soaking: 100 mM sodium citrate/citric acid, 1.5 M sodium tartrate, 10% glycerol, 1 mM ligand, pH 5.5.
分辨率 3.10 Å R-free 0.213
6TE1 Structure of the KDM1A/CoREST complex with the inhibitor 2-[3-{4-chloro-3-[(4-chlorophenyl)ethynyl]phenyl}-1-(3-morpholin-4-ylpropyl)-1,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridin-5-yl]-2-oxoethanol 提交 2019-11-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 N4K 5-[4-cyclobutyl-1-[2-(4-piperidin-4-yloxyphenoxy)ethyl]imidazol-2-yl]-4-methyl-thieno[3,2-b]pyrrole × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.1-1.2 M NA/K TARTRATE 0.1 M ADA
分辨率 3.11 Å R-free 0.192
6TUY Human LSD1/CoREST bound to the quinazoline inhibitor MC4106 提交 2020-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NY8 ~{N}2-[3-(dimethylamino)propyl]-6,7-dimethoxy-~{N}4-[1-(naphthalen-2-ylmethyl)piperidin-4-yl]quinazoline-2,4-diamine × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20 degrees C in 100 mM N-(2- acetamido)iminodiacetic acid (pH 6.5) and 1.2 M Na-K tartrate
分辨率 2.60 Å R-free 0.223
6VYP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate 提交 2020-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 171–852（682 aa）
链 M 171–852（682 aa）
突变：R608A/N717A/D721A 突变：R608A/N717A/D721A FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5, 75 mM triammonium citrate, 10% PEG2000-MME, Modified Microbatch under oil
分辨率 4.99 Å R-free 0.277
6VYP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate 提交 2020-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 k 171–852（682 aa）
链 m 171–852（682 aa）
突变：R608A/N717A/D721A 突变：R608A/N717A/D721A FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5, 75 mM triammonium citrate, 10% PEG2000-MME, Modified Microbatch under oil
分辨率 4.99 Å R-free 0.277
6W4K Crystal structure of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) with CC-90011 提交 2020-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 174–832（659 aa）
未记录 V0Y 4-[2-(4-aminopiperidin-1-yl)-5-(3-fluoro-4-methoxyphenyl)-1-methyl-6-oxo-1,6-dihydropyrimidin-4-yl]-2-fluorobenzonitrile × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.3M Na Tartrate
分辨率 2.93 Å R-free 0.235
6WC6 Crystal structure of a truncated LSD1:CoREST in the presence of an LSD1-NT peptide 提交 2020-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 171–836（666 aa）
链 C 137–151（15 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；The LSD1-CoREST complex 10mg/ml concentration (in 25 mM HEPES-Na, pH 7.4, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP) was mixed (1:1) with the reservoir solution [0.60 M Li2SO4, 0.63 M (NH4)2SO4, 0.25 M NaCl, 100 mM Na-citrate, pH 5.6, 5 mM TCEP]. When get crystals, soak the crystals within 5mM LSD1-NT peptide.
分辨率 3.10 Å R-free 0.236
7CDC Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with PRSFLVRRP peptide 提交 2020-06-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M N-(carbamoylmethyl)iminodiacetic acid, 1.23 M potassium sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 2.64 Å R-free 0.231
7CDD Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with PRSFLVRR peptide 提交 2020-06-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M N-(carbamoylmethyl)iminodiacetic acid, 1.23 M potassium sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 2.76 Å R-free 0.227
7CDE Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with PRSFLVRKR peptide 提交 2020-06-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M N-(carbamoylmethyl)iminodiacetic acid, 1.23 M potassium sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 2.68 Å R-free 0.233
7CDF Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with PRSFLVRRK peptide 提交 2020-06-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M N-(carbamoylmethyl)iminodiacetic acid, 1.23 M potassium sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 2.68 Å R-free 0.241
7CDG Crystal structure of LSD1-CoREST in complex with PRSFLVRRR peptide 提交 2020-06-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M N-(carbamoylmethyl)iminodiacetic acid, 1.23 M potassium sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 2.80 Å R-free 0.242
7E0G Crystal structure of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) with TAK-418, FAD-adduct 提交 2021-01-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 HUF [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4S)-5-[5-methanoyl-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 1 IMD IMIDAZOLE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M imidazole/HCl (pH 7.0), 14% PEG 3350, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.25 Å R-free 0.238
7JJL Crystal structure of Importin Alpha 3 in complex with human LSD1 NLS 提交 2020-07-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 104–129（26 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.7 M sodium citrate, 0.01M DTT, 0.1M sodium HEPES pH 7
分辨率 2.60 Å R-free 0.266
7JJM Crystal structure of Importin alpha 2 in complex with LSD1 NLS 提交 2020-07-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 104–129（26 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.7 M sodium citrate, 0.01M DTT, 0.1M sodium HEPES pH 7
分辨率 2.06 Å R-free 0.259
7JK7 Crystal structure of Importin alpha 2 in complex with LSD1 NLS S111E mutant 提交 2020-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 104–129（26 aa）
突变：S111E GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.7 M sodium citrate, 0.01M DTT, 0.1M sodium HEPES pH 7
分辨率 1.96 Å R-free 0.206
7VQS Crystal structure of LSD1 in complex with compound 4 提交 2021-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 7UQ 3-[3,5-bis(fluoranyl)-2-[(2-fluoranylpyridin-3-yl)methoxy]phenyl]propanal × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES (pH 6.2-6.3), 0.2M diammonium tartrate, 0.0005M TCEP, 10-12% PEG 3350
分辨率 2.94 Å R-free 0.256
7VQT Crystal structure of LSD1 in complex with compound 5 提交 2021-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 7UW 3-[3,5-bis(fluoranyl)-2-[(2-fluoranylpyridin-4-yl)methoxy]phenyl]propanal × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES (pH 6.2-6.3), 0.2M diammonium tartrate, 0.0005M TCEP, 10-12% PEG 3350
分辨率 2.91 Å R-free 0.258
7VQU Crystal structure of LSD1 in complex with compound S1427 提交 2021-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 7UQ 3-[3,5-bis(fluoranyl)-2-[(2-fluoranylpyridin-3-yl)methoxy]phenyl]propanal × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES (pH 6.2-6.3), 0.2M diammonium tartrate, 0.0005M TCEP, 10-12% PEG 3350
分辨率 2.94 Å R-free 0.258
7W3L Crystal structure of LSD1 in complex with cis-4-Br-2,5-F2-PCPA (S1024) 提交 2021-11-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 8A2 3-[4-bromanyl-2,5-bis(fluoranyl)phenyl]propanal × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES (pH 6.6), 0.2M diammonium tartrate, 0.0005M TCEP, 10-12% PEG 3350
分辨率 2.51 Å R-free 0.216
7XW8 Crystal structure of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) with TAK-418 distomer, FAD-adduct 提交 2022-05-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 FA8 [[(2R,3S,4S)-5-[(4AS)-7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-4A,5-DIHYDROBENZO[G]PTERIDIN-10-YL]-2,3,4-TRIHYDROXY-PENTOXY]-HYDROXY-PHOSPHORYL] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL HYDROGEN PHOSPHATE × 1 I00 ~{N}-(oxan-4-yl)-5-(3-oxidanylidenepropyl)thiophene-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M imidazole-HCl (pH 6.5), 10% PEG 3350, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol and 50 mM ammonium formate
分辨率 2.28 Å R-free 0.230
8BOP LSD1-CoREST in complex with AW4, long soaking 提交 2022-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 SV9 [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{S})-5-[7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-5-[3-[4-(3-phenylphenyl)phenyl]propanoyl]-1~{H}-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.74 Å R-free 0.262
8BOX LSD1-CoREST in complex with AW4 and SNAG peptide 提交 2022-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 SV9 [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{S})-5-[7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-5-[3-[4-(3-phenylphenyl)phenyl]propanoyl]-1~{H}-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.82 Å R-free 0.229
8F2Z LSD1-CoREST in complex with AW2, short soaking 提交 2022-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 XB3 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(1R,3S,3aS,13R)-3-([1,1'-biphenyl]-4-yl)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 M Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.246
8F30 LSD1-CoREST in complex with AW2, long soaking 提交 2022-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 XB6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-{5-[3-([1,1'-biphenyl]-4-yl)propanoyl]-7,8-dimethyl-2,4-dioxo-1,3,4,5-tetrahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl}-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 3.10 Å R-free 0.223
8F59 LSD1-CoREST in complex with AW2 and SNAG peptide 提交 2022-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 XB6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-{5-[3-([1,1'-biphenyl]-4-yl)propanoyl]-7,8-dimethyl-2,4-dioxo-1,3,4,5-tetrahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl}-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.234
8F6S LSD1-CoREST in complex with T105 提交 2022-11-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 XHT [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2S,3R,4S)-2,3,4-trihydroxy-5-[(1R,3R,3aS,13R)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-3-{3-[(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)carbamoyl]phenyl}-4,6-dioxo-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 XHX 3-[(1R,2S)-2-(cyclobutylamino)cyclopropyl]-N-(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.91 Å R-free 0.244
8FDV LSD1-CoREST in complex N-formyl FAD and SNAG peptide 提交 2022-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 HUF [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4S)-5-[5-methanoyl-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.95 Å R-free 0.252
8FJ4 LSD1-CoREST in complex with T108, short soaking 提交 2022-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 XZU 3-[(1R,2S)-2-(cyclobutylamino)cyclopropyl]-N-phenylbenzamide × 3 XZQ [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4-trihydroxy-5-[(1R,3R,3aS,13R)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-3-[3-(phenylcarbamoyl)phenyl]-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.76 Å R-free 0.248
8FJ7 LSD1-CoREST in complex with T108 and SNAG peptide 提交 2022-12-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 Y0Z [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[7,8-dimethyl-2,4-dioxo-5-{3-[3-(phenylcarbamoyl)phenyl]propanoyl}-1,3,4,5-tetrahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.243
8FQJ LSD1-CoREST in complex with T14, short soaking 提交 2023-01-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 Y66 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2S,3R,4R)-2,3,4-trihydroxy-5-[(1R,3S,3aS,13R)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-3-{4-[(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)carbamoyl]phenyl}-4,6-dioxo-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.246
8FRI LSD1-CoREST in complex with AW4, short soaking 提交 2023-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 Y9K [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4-trihydroxy-5-[(1R,3S,3aS,13R)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-3-([1~1~,2~1~:2~3~,3~1~-terphenyl]-1~4~-yl)-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 M Sodium/Potassium Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.241
8FRQ LSD1-CoREST in complex with T14, long soaking 提交 2023-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 XF6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(4aS)-7,8-dimethyl-5-(3-{4-[(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)carbamoyl]phenyl}propanoyl)-2,4-dioxo-3,4,4a,5-tetrahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.89 Å R-free 0.241
8FRV LSD1-CoREST in complex with T17, short soaking 提交 2023-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 YAF [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(1R,3S,3aS,13R)-3-[3-(dimethylcarbamoyl)phenyl]-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.2 Sodium/Potassium Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.72 Å R-free 0.248
8FSK LSD1-CoREST in complex with T18, short soaking 提交 2023-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 YAO [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(1R,3S,3aS,13R)-3-(3-benzamidophenyl)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Sodium/Potassium Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 3.13 Å R-free 0.223
8GJ6 LSD1-CoREST in complex with T16 提交 2023-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 ZSI [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4-trihydroxy-5-[(1R,3S,3aS,13R)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-3-[3-(methylcarbamoyl)phenyl]-4,6-dioxo-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Sodium/Potassium Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.77 Å R-free 0.251
8INL LSD1 in complex with S2172 提交 2023-03-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 5 DJ0 3-[3,5-bis(fluoranyl)-2-phenylmethoxy-phenyl]propanal × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES (pH 6.5), 0.2M diammonium tartrate, 0.0005M TCEP, 14% PEG 3350
分辨率 2.62 Å R-free 0.216
8JF5 Crystal structure of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) with TAS1440 提交 2023-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 172–833（662 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 UEU 4-[5-[(3~{R})-3-azanylpyrrolidin-1-yl]carbonyl-2-[2-fluoranyl-4-(2-methyl-2-oxidanyl-propyl)phenyl]phenyl]-2-fluoranyl-benzenecarbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；100mM ADA pH6.5, 1.22M Na/K Tartrate
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
8Q1G LSD1-CoREST bound to Acetylated K14 of Histone H3 提交 2023-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 123–852（730 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Sodium Tartrate 1.2M, ADA 0.1M,
分辨率 2.60 Å R-free 0.255
8Q1H LSD1 Y391K-CoREST bound to Histone H3 N-terminal tail 提交 2023-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 123–852（730 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Sodium Tartrate 1.2 M, ADA 0.1M
分辨率 2.90 Å R-free 0.254
8Q1J LSD1 Y391K-CoREST bound to Acetylated K14 of Histone H3 提交 2023-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 123–852（730 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Sodium Tartate 1.2 M, ADA 0.1M
分辨率 2.87 Å R-free 0.272
8UL6 LSD1-CoREST in complex with T16, long soaking 提交 2023-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 ZSI [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4-trihydroxy-5-[(1R,3S,3aS,13R)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-3-[3-(methylcarbamoyl)phenyl]-4,6-dioxo-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 Sodium Potassium Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.74 Å R-free 0.241
8UL8 LSD1-CoREST in complex with T15, short soaking 提交 2023-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 XRK methyl 3-{(1R,3S,3aS,13R)-8-[(2S,3S,4R)-5-{[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2,3,4-trihydroxypentyl]-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-2,3,4,5,6,8-hexahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-3-yl}benzoate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.82 Å R-free 0.247
8ULB LSD1-CoREST in complex with T17, long soaking 提交 2023-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 YAF [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(1R,3S,3aS,13R)-3-[3-(dimethylcarbamoyl)phenyl]-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.2 M Sodium Potassium Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 3.41 Å R-free 0.216
8ULC LSD1-CoREST in complex with T15, long soaking 提交 2023-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 XRK methyl 3-{(1R,3S,3aS,13R)-8-[(2S,3S,4R)-5-{[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2,3,4-trihydroxypentyl]-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-2,3,4,5,6,8-hexahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-3-yl}benzoate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.2 M Sodium Potassium Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.82 Å R-free 0.255
8ULZ LSD1-CoREST in complex with T18 and SNAG peptide 提交 2023-10-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 YAO [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(1R,3S,3aS,13R)-3-(3-benzamidophenyl)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.2 Sodium Potassium Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 3.32 Å R-free 0.231
8UMQ LSD1-CoREST in complex with T18, long soaking 提交 2023-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 YAO [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(1R,3S,3aS,13R)-3-(3-benzamidophenyl)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.2 Sodium Potassium Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 3.26 Å R-free 0.209
8UNI LSD1-CoREST with N-formyl-FAD in complex with H3K4M histone tail 提交 2023-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 HUF [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4S)-5-[5-methanoyl-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.2 M Sodium Potassium Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 3.40 Å R-free 0.252
8UOM LSD1-CoREST with N-formyl-FAD in complex with H3dimeK4 histone tail 提交 2023-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 HUF [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4S)-5-[5-methanoyl-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.240
8YM7 Crystal structure of Lysine Specific Demethylase 1 (LSD1) with JH-45 提交 2024-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 173–832（660 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 A1LZJ 4-[5-(4-azanylpiperidin-1-yl)-8-(4-methylphenyl)pyrido[3,4-b]pyrazin-7-yl]-2-fluoranyl-benzenecarbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.6 1.2 M Sodium malonate
分辨率 2.83 Å R-free 0.248
9DBP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase in complex with the cofactor FAD and the inhibitor GSK690 提交 2024-08-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 172–831（660 aa）
突变：R269A,K469A FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 A1A5U 4-[2-(4-methylphenyl)-5-{[(3R)-pyrrolidin-3-yl]methoxy}pyridin-3-yl]benzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM ADA, 1.2 - 1.6M N/K and 3% w/v D-(+)-Glucose monohydrate
分辨率 2.66 Å R-free 0.250
9DWU CoREST complex bound to U2AF2 提交 2024-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 171–836（666 aa） 片段：UNP residues 171-836
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.14 Å
9EL7 LSD1-CoREST in complex with T105 enantiomer (1R,2S) 提交 2024-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 A1BI4 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2S,3S,4R)-5-[(4aS)-7,8-dimethyl-4a-[(1R)-1-{3-[(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)carbamoyl]phenyl}-3-oxopropyl]-2,4-dioxo-3,4,4a,5-tetrahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.87 Å R-free 0.242
9EL8 LSD1-CoREST in complex with T105 1S2R enantiomer 提交 2024-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 XHT [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2S,3R,4S)-2,3,4-trihydroxy-5-[(1R,3R,3aS,13R)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-3-{3-[(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)carbamoyl]phenyl}-4,6-dioxo-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 XHX 3-[(1R,2S)-2-(cyclobutylamino)cyclopropyl]-N-(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.91 Å R-free 0.244
9ELA LSD1-CoREST in complex with T108, long soaking 提交 2024-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 XZQ [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4-trihydroxy-5-[(1R,3R,3aS,13R)-1-hydroxy-10,11-dimethyl-4,6-dioxo-3-[3-(phenylcarbamoyl)phenyl]-2,3,5,6-tetrahydro-1H-benzo[g]pyrrolo[2,1-e]pteridin-8(4H)-yl]pentyl dihydrogen diphosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5
分辨率 2.85 Å R-free 0.243
9F0A N5 Adduct of LSD1-CoREST in complex with MC4455 提交 2024-04-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 123–852（730 aa）
未记录 A1H8N [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{S},3~{S},4~{R})-5-[5-[3-[4-[[4-[[(2~{S})-3-(3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl)-2-oxidanyl-propyl]carbamoyl]pyridin-2-yl]amino]phenyl]propanoyl]-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-4~{a}~{H}-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.2 M Sodium Tartrate, 0.1 M ADA, pH 6.5
分辨率 3.36 Å R-free 0.234
9FWG LSD1/CoREST bound to bomedemstat 提交 2024-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–852（852 aa）
未记录 A1IG2 Bomedemstat FAD adduct × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；100 mM N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid (ADA) pH 6.5, 1.2 M Na/K Tartrate. Crystals were soaked in a solution containing 1 mM bomedemstat for 2 hours at 20 degress
分辨率 3.20 Å R-free 0.227

共 126 个其他 PDB 条目、131 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LSD1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–662； UniProt 172–833

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2ejr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2ejr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ejr
沉积日期 deposition_date2007-03-20
结构标题 titleLSD1-tranylcypromine complex
关键词 keywords;Tower domain, LSD1, FAD, Tranylcypromine, Parnate, amine oxidase, histone, demethylase, Alternative splicing, Chromatin regulator, Coiled coil, Nucleus, Oxidoreductase, Phosphorylation, Repressor, Transcription, Transcription regulation, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.95 Å
零角强度 I(0) i082124400.00
分子量 molecular_weight72594.0 kDa
排除体积 excluded_volume91268 ų
包络体积 envelope_volume117810 ų
水化壳体积 shell_volume32092 ų
包络直径 envelope_diameter150.5 Å
壳层 Rg shell_rg35.69 Å
包络 Rg envelope_rg38.59 Å
形状 Rg shape_rg35.91 Å
总 Rg total_rg36.08 Å
总原子数 total_atoms5115
残基数 n_residues643
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.9 Å
Rg (实空间) rg_real30.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real7.7690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal82070000.0000
解质量估计 total_estimate0.6434
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.6 Å
偏度 Skewness skewness0.646
峰度 Kurtosis kurtosis0.047
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.5679
最高正则化参数 α highest_alpha11820000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.005; Oscil: 0.842; Stabil: 0.988; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.013
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2ejra1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family familya.4.1.18 — SWIRM domain
结构域编号 domain_idd2ejra2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd2ejra3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamilyd.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family familyd.16.1.5 — L-aminoacid/polyamine oxidase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2ejrA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2ejrA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)