Crambin
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 1–46 | 未记录 | 无其他共同聚合物 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;The native crambin crystals were grown from the aqueous solution by mixing a 2 ul aliquot of a crambin (10 mg/ml in pH 8.0, 100mM HEPES buffer containing 150mM NaCl) and 2 ul of a 0.8 M succinic acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | 分辨率 1.75 Å R-free 0.185 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 2FD7 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AB1 SI FORM CRAMBIN 提交 1997-01-31 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | EOH ETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
vapor diffusion - hanging drop - microseeding;pH 7;HPLC PURIFIED SI-CRAMBIN PROTEIN WAS DISSOLVED AT 25 MG/ML IN 80% ETHANOL/WATER (V/V), AND EQUILIBRATED AGAINS 60% ETHANOL. AFTER 10 DAYS, THE RESERVOIR WAS LOWERED TO 50% AND MICROSEEDED BY THE STREAK SEEDING METHOD (CAT WHISKER). AFTER LOWERING THE RESERVOIR TO 45%, GOOD CRYSTALS WERE FORMED., pH 7., vapor diffusion - hanging drop - microseeding
|
分辨率 0.89 Å |
| 1CBN ATOMIC RESOLUTION (0.83 ANGSTROMS) CRYSTAL STRUCTURE OF THE HYDROPHOBIC PROTEIN CRAMBIN AT 130 K 提交 1991-10-11 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | EOH ETHANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 0.83 Å |
| 1CCM DIRECT NOE REFINEMENT OF CRAMBIN FROM 2D NMR DATA USING A SLOW-COOLING ANNEALING PROTOCOL 提交 1993-04-14 | 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1CCN DIRECT NOE REFINEMENT OF CRAMBIN FROM 2D NMR DATA USING A SLOW-COOLING ANNEALING PROTOCOL 提交 1993-04-14 | 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1CNR CORRELATED DISORDER OF THE PURE PRO22(SLASH)LEU25 FORM OF CRAMBIN AT 150K REFINED TO 1.05 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-07-15 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | EOH ETHANOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.05 Å |
| 1CRN WATER STRUCTURE OF A HYDROPHOBIC PROTEIN AT ATOMIC RESOLUTION. PENTAGON RINGS OF WATER MOLECULES IN CRYSTALS OF CRAMBIN 提交 1981-04-30 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.50 Å |
| 1CXR AUTOMATED 2D NOESY ASSIGNMENT AND STRUCTURE CALCULATION OF CRAMBIN(S22/I25) WITH SELF-CORRECTING DISTANCE GEOMETRY BASED NOAH/DIAMOD PROGRAMS 提交 1999-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
片段:ISOFORM OF CRAMBIN (46 RESIDUES)
|
突变:S22P, I25L | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5;298 K;压力 1
NMR样品组成
2.5 MM CRAMBIN(SER/ILE) 0.7 ML OF 75% D6-ACETONE, 20%H2O,5%D2O BUFFER
|
分辨率未提供 |
| 1EJG CRAMBIN AT ULTRA-HIGH RESOLUTION: VALENCE ELECTRON DENSITY. 提交 2000-03-02 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
片段:CRAMBIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;The protein (40 mg/ml in 80% ethanol) is equilibrated against 60% ethanol. Not buffered., pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 0.54 Å R-free 0.094 |
| 1JXT CRAMBIN MIXED SEQUENCE FORM AT 160 K. PROTEIN/WATER SUBSTATES 提交 2001-09-08 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | EOH ETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;ethanol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 0.89 Å |
| 1JXU CRAMBIN MIXED SEQUENCE FORM AT 240 K. PROTEIN/WATER SUBSTATES 提交 2001-09-09 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | EOH ETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;ethanol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 0.99 Å |
| 1JXW CRAMBIN MIXED SEQUENCE FORM AT 180 K. PROTEIN/WATER SUBSTATES 提交 2001-09-10 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | EOH ETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;ethanol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 0.89 Å |
| 1JXX CRAMBIN MIXED SEQUENCE FORM AT 200 K. PROTEIN/WATER SUBSTATES 提交 2001-09-10 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | EOH ETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;ethanol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 0.89 Å |
| 1JXY CRAMBIN MIXED SEQUENCE FORM AT 220 K. PROTEIN/WATER SUBSTATES 提交 2001-09-10 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | EOH ETHANOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;ethanol, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 0.89 Å |
| 1YV8 Solution structure of crambin in acetone/water mixed solvent 提交 2005-02-15 | 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
298 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 ambient
NMR样品组成
1mM crambin U-15N,13C, 75% acetone, 15% H2O, 10% D2O | 75% acetone, 15% H2O, 10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1YVA NMR solution structure of crambin in DPC micelles 提交 2005-02-15 | 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 ambient
NMR样品组成
0.5 mM crambin U-15N,13C, pH 6.0, 20 mM phosphate buffer, 300mM DPC, 90% H2O, 10% D2O | 300 mM DPC, 20 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2EYA DMSO refined solution structure of crambin in acetone/water 提交 2005-11-09 | 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
298 K;压力 AMBIENT
NMR样品组成
1MM CRAMBIN U-15N,13C, 75% ACETONE, 15% H2O, 10% D2O | 75% ACETONE, 15% H2O, 10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2EYB Water refined solution structure of crambin in ACETONE/WATER 提交 2005-11-09 | 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
298 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 AMBIENT
NMR样品组成
1MM CRAMBIN U-15N,13C, 75% ACETONE, 15% H2O, 10% D2O | 75% ACETONE, 15% H2O, 10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2EYC DMSO refined solution structure of crambin in dpc micelles 提交 2005-11-09 | 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 AMBIENT
NMR样品组成
0.5 MM CRAMBIN U-15N,13C, PH 6.0, 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 300MM DPC, 90% H2O, 10% D2O | 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 300MM DPC, 90% H2O, 10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2EYD Water refined solution structure of crambin in dpc micelles 提交 2005-11-09 | 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6;298 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 AMBIENT
NMR样品组成
0.5 MM CRAMBIN U-15N,13C, PH 6.0, 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 300MM DPC, 90% H2O, 10% D2O | 20 MM PHOSPHATE BUFFER, 300MM DPC, 90% H2O, 10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2FD9 X-ray Crystal Structure of Chemically Synthesized Crambin-{alpha}carboxamide 提交 2005-12-13 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;X-ray
crystallography-quality crystals for crambin-carboxamide were formed by mixing 2 ul of protein (10 mg/ml in pH 7.5 100mM HEPES buffer containing 150 mM NaCl) and 2 ul of a 0.8 M succinic acid (used for X-ray diffraction), or by mixing 2 ul of the protein solution with 2 ul of 0.1 M HEPES buffer containing 15% v/v tacsimate and 2% w/v polyethylene glycol 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.234 |
| 3NIR Crystal structure of small protein crambin at 0.48 A resolution 提交 2010-06-16 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | EOH ETHANOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;60% ethanol in water, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 0.48 Å |
| 3U7T Room temperature ultra-high resolution time-of-flight neutron and X-ray diffraction studies of H/D exchanged crambin 提交 2011-10-14 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Vapor diffusion of protein in 80 % EtOH solution against a 55 % EtOH solution, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 0.85 Å R-free 0.136 |
| 3UE7 X-ray crystal structure of a novel topological analogue of crambin 提交 2011-10-28 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
1–46(46 aa)
片段:L-crambin topological analogue
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.7;292 K;100 mM imidazole, 200 mM Zinc chloride, 7.5% Ethanol, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.08 Å R-free 0.176 |
| 3UE7 X-ray crystal structure of a novel topological analogue of crambin 提交 2011-10-28 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
1–46(46 aa)
片段:L-crambin topological analogue
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.7;292 K;100 mM imidazole, 200 mM Zinc chloride, 7.5% Ethanol, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 1.08 Å R-free 0.176 |
| 4FC1 Ultra-high resolution neutron structure of crambin at room-temperature 提交 2012-05-23 | 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件
290 K;large crystals were obtained in 1mL crystallization drops containing 20-30mg/ml protein in 80% EtOH/H2O; the well solution was 60% EtOH/H2O; no mixing with well solution was done., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
|
分辨率 1.10 Å R-free 0.253 |
| 9EWK Solvent organization in ultrahigh-resolution protein crystal structure at room temperature 提交 2024-04-04 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | EOH ETHANOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;289 K;80% (v/v) ethanol:water solution
|
分辨率 0.70 Å |
| 9PIS Ab initio structure of crambin by MicroED at 0.85A 提交 2025-07-11 | 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–46(46 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
cryo-EM缓冲液
pH 7;Simple mixture of ethanol and water.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 0.85 Å R-free 0.164 |
共 26 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | CRAM_CRAAB |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–46; UniProt 1–46 |