2fkk

Crystal structure of the C-terminal domain of the bacteriophage T4 gene product 10

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2fkk
沉积日期 deposition_date	2006-01-04
结构标题 title	Crystal structure of the C-terminal domain of the bacteriophage T4 gene product 10
关键词 keywords	Bacteriophage T4; Baseplate; Tail; Evolution; gp10; Structural comparisons, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.14 Å
零角强度 I(0) i0	8202400.00
分子量 molecular_weight	20574.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25422 Å³
包络体积 envelope_volume	43855 Å³
水化壳体积 shell_volume	14969 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.59 Å
包络 Rg envelope_rg	31.79 Å
形状 Rg shape_rg	29.14 Å
总 Rg total_rg	29.23 Å
总原子数 total_atoms	2803
残基数 n_residues	184
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2020e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8201000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7068
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.775
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.019
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	528600.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.377; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.171; Smooth: 0.882

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Baseplate structural protein Gp10
分子量 formula_weight	22432.2 kDa
突变 mutation	A442E, A530T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3320

DEIIDETDNLYVSQGPGVDISGDVNLTDFDKIGWPNVEAVQSYQREFNAVSNIFDTIYPIGTIYENAVNPNNPVTYMGFGSWKLFGQGKVLVGWNEDISDPNFALNNNDLDSGGNPSHTAGGTGGSTSVTLENTNLPATETDEEVLIVDENGSVIVGGCQYDPDESGPIYTKYREAKASTNSTHTPPTSITNIQPYITVYRWIRIA

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHITE ION
分子量 formula_weight	79.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	363

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.843 Å
晶胞边长 b length_b	69.843 Å
晶胞边长 c length_c	119.672 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.200 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1200
R_work r_work	0.1190
R_free r_free	0.1364

fit	/app/data/saxs_computation/fk/2fkk/2fkk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fk/2fkk/2fkk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fk/2fkk/2fkk.dat