2g81

Crystal Structure of the Bowman-Birk Inhibitor from Vigna unguiculata Seeds in Complex with Beta-trypsin at 1.55 Angstrons Resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cationic trypsin

物种未注明

UniProt P00760

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–243 未记录 Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor × 1 (P17734) CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACY ACETIC ACID × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;294 K;0.1M Hepes-Na buffer pH 7.5, 5% (v/v) PEG 400, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 1.55 Å R-free 0.169

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 608 个其他 PDB 条目、770 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–223; UniProt 21–243

Bowman-Birk type seed trypsin and chymotrypsin inhibitor

物种未注明

UniProt P17734

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–83 未记录 Cationic trypsin × 1 (P00760) CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACY ACETIC ACID × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;294 K;0.1M Hepes-Na buffer pH 7.5, 5% (v/v) PEG 400, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 1.55 Å R-free 0.169

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IBB_VIGUN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–83; UniProt 1–83

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2g81

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2g81
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2g81
沉积日期 deposition_date2006-03-01
结构标题 titleCrystal Structure of the Bowman-Birk Inhibitor from Vigna unguiculata Seeds in Complex with Beta-trypsin at 1.55 Angstrons Resolution
关键词 keywords;Proteinase inhibitor, Vigna unguiculata, protein structure, Bowman-Birk inhibitor, serine proteinase, protein self-association, protein interaction, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.31
零角强度 I(0) i018511100.00
分子量 molecular_weight30411.0 kDa
排除体积 excluded_volume37107 ų
包络体积 envelope_volume41528 ų
水化壳体积 shell_volume18984 ų
包络直径 envelope_diameter68.5
壳层 Rg shell_rg24.84
包络 Rg envelope_rg18.80
形状 Rg shape_rg18.28
总 Rg total_rg19.28
总原子数 total_atoms2102
残基数 n_residues276
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.5
Rg (实空间) rg_real19.15
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real1.8510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18510000.0000
解质量估计 total_estimate0.8461
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9
偏度 Skewness skewness0.345
峰度 Kurtosis kurtosis-0.158
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4203000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.682; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.989

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2g81e_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd2g81i1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.13 — Bowman-Birk inhibitor, BBI
家族 Family familyg.3.13.1 — Bowman-Birk inhibitor, BBI

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2g81E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2g81E02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2g81I00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology69 — Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)