SAXSdb — 2h9r

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–44 链 B； UniProt 2–44	片段：N-terminal docking and dimerization domain, residues 4-46	22-mer from A-kinase anchor protein 5 × 1 （P24588）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 4；298 K；压力 1 NMR样品组成：2mM RII-alpha(1-44); 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2H9R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DRN Docking and dimerization domain (D/D) of the Type II-alpha regulatory subunity of protein kinase A (PKA) in complex with a peptide from an A-kinase anchoring protein 提交 2006-06-11	当前字段一致	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–44（43 aa）片段：N-terminal docking and dimerization domain, residues 4-46 链 B 2–44（43 aa）片段：N-terminal docking and dimerization domain, residues 4-46	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；298 K；压力 1 NMR样品组成 2mM RII-alpha(1-44); 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2HWN Crystal Structure of RII alpha Dimerization/Docking domain of PKA bound to the D-AKAP2 peptide 提交 2006-08-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44 链 B 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100mM HEPES, 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.239
2HWN Crystal Structure of RII alpha Dimerization/Docking domain of PKA bound to the D-AKAP2 peptide 提交 2006-08-01	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44 链 D 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100mM HEPES, 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.239
2HWN Crystal Structure of RII alpha Dimerization/Docking domain of PKA bound to the D-AKAP2 peptide 提交 2006-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44 链 B 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44 链 C 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44 链 D 0–44（45 aa）片段：Dimerization/docking domain, residues 0-44	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100mM HEPES, 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.239
2IZY Molecular Basis of AKAP Specificity for PKA Regulatory Subunits 提交 2006-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 B 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 C 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 D 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 E 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 F 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 G 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44 链 H 2–44（43 aa）片段：RESIDUES 2-44	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；8-10% PEG400, 0.2-0.4 M SODIUM PHOSPHATE AND SODIUM CITRATE (PH 5.8)	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
3TMH Crystal structure of dual-specific A-kinase anchoring protein 2 in complex with cAMP-dependent protein kinase A type II alpha and PDZK1 提交 2011-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 B 1–45（45 aa）片段：Dimerization/docking domain (D/D), UNP RESIDUES 3-44 链 C 1–45（45 aa）片段：Dimerization/docking domain (D/D), UNP RESIDUES 3-44 链 F 1–45（45 aa）片段：Dimerization/docking domain (D/D), UNP RESIDUES 3-44 链 G 1–45（45 aa）片段：Dimerization/docking domain (D/D), UNP RESIDUES 3-44	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7；293 K；100 mM HEPES, pH 7, 20% PEG MME, Microbatch, temperature 293K	分辨率 3.80 Å R-free 0.328

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAP2_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–46； UniProt 2–44 作者链 B； PDB构建体 4–46； UniProt 2–44

22-mer from A-kinase anchor protein 5

物种未注明

UniProt P24588

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 391–412	片段：PKA-RII subunit binding domain	cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit × 2 （P12368）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 4；298 K；压力 1 NMR样品组成：2mM RII-alpha(1-44); 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2H9R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3LL8 Crystal Structure of Calcineurin in Complex with AKAP79 Peptide 提交 2010-01-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 336–346（11 aa）片段：UNP residues 336-346	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1 FE FE (III) ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 20,000 MgSO4 CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
3LL8 Crystal Structure of Calcineurin in Complex with AKAP79 Peptide 提交 2010-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 336–346（11 aa）片段：UNP residues 336-346	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 FE FE (III) ION × 2 CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 20,000 MgSO4 CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
5NIN Crystal Structure of AKAP79 calmodulin binding domain peptide in complex with Ca2+/Calmodulin 提交 2017-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 77–92（16 aa）片段：UNP residues 77-92	未记录	CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；287 K；2.4 M ammonium sulphate, 50 mM citrate pH 5.4, 0.3 M NDSB-195	分辨率 1.70 Å R-free 0.194
5NIN Crystal Structure of AKAP79 calmodulin binding domain peptide in complex with Ca2+/Calmodulin 提交 2017-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 77–92（16 aa）片段：UNP residues 77-92	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；287 K；2.4 M ammonium sulphate, 50 mM citrate pH 5.4, 0.3 M NDSB-195	分辨率 1.70 Å R-free 0.194

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AKAP5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–22； UniProt 391–412

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2h9r
沉积日期 deposition_date	2006-06-10
结构标题 title	Docking and dimerization domain (D/D) of the regulatory subunit of the Type II-alpha cAMP-dependent protein kinase A associated with a Peptide derived from an A-kinase anchoring protein (AKAP)
关键词 keywords	AKAP, PKA, signal transduction, 4-helix bundle, helix-loop-helix, protein-peptide complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.70 Å
零角强度 I(0) i0	234567000.00
分子量 molecular_weight	131620.0 kDa
排除体积 excluded_volume	166610 Å³
包络体积 envelope_volume	42132 Å³
水化壳体积 shell_volume	18652 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.4 Å
壳层 Rg shell_rg	25.26 Å
包络 Rg envelope_rg	19.98 Å
形状 Rg shape_rg	15.62 Å
总 Rg total_rg	16.37 Å
总原子数 total_atoms	16190
残基数 n_residues	1140
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.6 Å
Rg (实空间) rg_real	16.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	234600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6749
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.388
峰度 Kurtosis kurtosis	0.081
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	489200.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.334; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.767; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2h9ra1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.31 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
超家族 Superfamily superfamily	a.31.1 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
家族 Family family	a.31.1.1 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit

结构域编号 domain_id	d2h9ra2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2h9rb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.31 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
超家族 Superfamily superfamily	a.31.1 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
家族 Family family	a.31.1.1 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit

结构域编号 domain_id	d2h9rb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2h9rA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	890 — cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain

结构域编号 domain_id	2h9rB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	890 — cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

描述 description	cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
分子量 formula_weight	5398.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	16190

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	22-mer from A-kinase anchor protein 5
分子量 formula_weight	2383.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/h9/2h9r/2h9r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h9/2h9r/2h9r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h9/2h9r/2h9r.dat

Docking and dimerization domain (D/D) of the regulatory subunit of the Type II-alpha cAMP-dependent protein kinase A associated with a Peptide derived from an A-kinase anchoring protein (AKAP)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

22-mer from A-kinase anchor protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)