2hlo

Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibrinogen alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Fibrinogen beta chain × 1 （P02675） Isoform Gamma-A of Fibrinogen gamma chain × 1 （P02679） GLY-HYP-ARG-PRO-AMIDE PEPTIDE LIGAND × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Fibrinogen beta chain × 1 （P02675） Isoform Gamma-A of Fibrinogen gamma chain × 1 （P02679） GLY-HYP-ARG-PRO-AMIDE PEPTIDE LIGAND × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–87； UniProt 130–216 作者链 D； PDB构建体 1–87； UniProt 130–216

Fibrinogen beta chain

物种未注明

UniProt P02675

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Fibrinogen alpha chain × 1 （P02671） Isoform Gamma-A of Fibrinogen gamma chain × 1 （P02679） GLY-HYP-ARG-PRO-AMIDE PEPTIDE LIGAND × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Fibrinogen alpha chain × 1 （P02671） Isoform Gamma-A of Fibrinogen gamma chain × 1 （P02679） GLY-HYP-ARG-PRO-AMIDE PEPTIDE LIGAND × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–328； UniProt 164–491 作者链 E； PDB构建体 1–328； UniProt 164–491

Isoform Gamma-A of Fibrinogen gamma chain

物种未注明

UniProt P02679

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Fibrinogen alpha chain × 1 （P02671） Fibrinogen beta chain × 1 （P02675） GLY-HYP-ARG-PRO-AMIDE PEPTIDE LIGAND × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Fibrinogen alpha chain × 1 （P02671） Fibrinogen beta chain × 1 （P02675） GLY-HYP-ARG-PRO-AMIDE PEPTIDE LIGAND × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBG_HUMAN
Isoform	P02679-2
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–324； UniProt 114–437 作者链 F； PDB构建体 1–324； UniProt 114–437

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hlo
沉积日期 deposition_date	2006-07-08
结构标题 title	Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide
关键词 keywords	Coiled-coil, knob-hole interactions, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2hlo__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2hlo__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2hlo__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.39 Å
Rg（电子密度）	31.40 Å
总 Rg	31.78 Å
原子数	5167
残基数	638
排除体积	90810 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2hlo__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2hlo__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fibrinogen alpha chain
分子量 formula_weight	10245.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	10750

VSEDLRSRIEVLKRKVIEKVQHIQLLQKNVRAQLVDMKRLEVDIDIKIRSCRGSCSRALAREVDLKDYEDQQKQLEQVIAKDLLPSR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fibrinogen beta chain
分子量 formula_weight	37692.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

DNENVVNEYSSELEKHQLYIDETVNSNIPTNLRVLRSILENLRSKIQKLESDVSAQMEYCRTPCTVSCNIPVVSGKECEEIIRKGGETSEMYLIQPDSSVKPYRVYCDMNTENGGWTVIQNRQDGSVDFGRKWDPYKQGFGNVATNTDGKNYCGLPGEYWLGNDKISQLTRMGPTELLIEMEDWKGDKVKAHYGGFTVQNEANKYQISVNKYRGTAGNALMDGASQLMGENRTMTIHNGMFFSTYDRDNDGWLTSDPRKQCSKEDGGGWWYNRCHAANPNGRYYWGGQYTWDMAKHGTDDGVVWMNWKGSWYSMRKMSMKIRPFFPQQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Isoform Gamma-A of Fibrinogen gamma chain
分子量 formula_weight	36693.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

KMLEEIMKYEASILTHDSSIRYLQEIYNSNNQKIVNLKEKVAQLEAQCQEPCKDTVQIHDITGKDCQDIANKGAKQSGLYFIKPLKANQQFLVYCEIDGSGNGWTVFQKRLDGSVDFKKNWIQYKEGFGHLSPTGTTEFWLGNEKIHLISTQSAIPYALRVELEDWNGRTSTADYAMFKVGPEADKYRLTYAYFAGGDAGDAFDGFDFGDDPSDKFFTSHNGMQFSTWDNDNDKFEGNCAEQDGSGWWMNKCHAGHLNGVYYQGGTYSKASTPNGYDNGIIWATWKTRWYSMKKTTMKIIPFNRLTIGEGQQHHLGGAKQAGDV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	GLY-HYP-ARG-PRO-AMIDE PEPTIDE LIGAND
分子量 formula_weight	440.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

GPRPX

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	202

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2hloa1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	2hloA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2hloB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2hloB02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	2hloC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2hloC02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	2hloD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2hloE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2hloE02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	2hloF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2hloF02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

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晶胞边长 a length_a	54.690 Å
晶胞边长 b length_b	149.480 Å
晶胞边长 c length_c	232.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2024
R_work r_work	0.2104
R_free r_free	0.2675

Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibrinogen alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fibrinogen beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Isoform Gamma-A of Fibrinogen gamma chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2hlo__assembly_2__model_1

2hlo__assembly_2__model_1 | I(q)

2hlo__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (0)

Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibrinogen alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fibrinogen beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Isoform Gamma-A of Fibrinogen gamma chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2hlo__assembly_2__model_1

2hlo__assembly_2__model_1 | I(q)

2hlo__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (0)