2iae

Crystal structure of a protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 172.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Mus musculus

UniProt Q76MZ3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 0–588 片段:Aalpha subunit Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 (Q13362) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) microcystin-LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.50 Å R-free 0.316
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 0–588 片段:Aalpha subunit Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 (Q13362) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) microcystin-LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.50 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAA_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–589; UniProt 0–588 作者链 D; PDB构建体 1–589; UniProt 0–588

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform

Homo sapiens

UniProt Q13362

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 30–436 片段:B56gamma1 subunit, residues 30-436 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (Q76MZ3) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) microcystin-LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.50 Å R-free 0.316
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 30–436 片段:B56gamma1 subunit, residues 30-436 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (Q76MZ3) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) microcystin-LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.50 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2A5G_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–407; UniProt 30–436 作者链 E; PDB构建体 1–407; UniProt 30–436

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–309 片段:Calpha subunit 突变:D88N 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (Q76MZ3) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 (Q13362) microcystin-LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.50 Å R-free 0.316
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–309 片段:Calpha subunit 突变:D88N 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (Q76MZ3) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 (Q13362) microcystin-LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.50 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、60 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–309; UniProt 1–309 作者链 F; PDB构建体 1–309; UniProt 1–309

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2iae

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2iae
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2iae
沉积日期 deposition_date2006-09-07
结构标题 titleCrystal structure of a protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme.
关键词 keywords;Protein phosphorylation, phosphatase, PP2A, B56, tumor suppressor, methylation, HYDROLASE, TOXIN, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.06
零角强度 I(0) i01104690000.00
分子量 molecular_weight283470.0 kDa
排除体积 excluded_volume357340 ų
包络体积 envelope_volume501650 ų
水化壳体积 shell_volume82035 ų
包络直径 envelope_diameter185.9
壳层 Rg shell_rg52.63
包络 Rg envelope_rg52.20
形状 Rg shape_rg53.06
总 Rg total_rg53.05
总原子数 total_atoms19955
残基数 n_residues2519
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax172.3
Rg (实空间) rg_real53.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.70
I(0) (实空间) i0_real1.1050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1104000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8222
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary57.4
偏度 Skewness skewness0.483
峰度 Kurtosis kurtosis-0.347
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha59570000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.092

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2iaeA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id2iaeB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id2iaeC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id2iaeD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id2iaeE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id2iaeF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)