SAXSdb — 2ie4

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ie4
沉积日期 deposition_date	2006-09-17
结构标题 title	Structure of the Protein Phosphatase 2A Core Enzyme Bound to okadaic acid
关键词 keywords	protein-protein complex, HEAT repeat, SIGNALING PROTEIN, HYDROLASE; SIGNALING PROTEIN,HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.30 Å
零角强度 I(0) i0	143020000.00
分子量 molecular_weight	98435.0 kDa
排除体积 excluded_volume	123780 Å³
包络体积 envelope_volume	170710 Å³
水化壳体积 shell_volume	36855 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.79 Å
包络 Rg envelope_rg	37.61 Å
形状 Rg shape_rg	39.32 Å
总 Rg total_rg	39.56 Å
总原子数 total_atoms	6908
残基数 n_residues	869
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.9 Å
Rg (实空间) rg_real	39.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	143000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8261
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.179
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.853
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.834; Smooth: 0.283

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein Phosphatase 2, regulatory subunit A (PR 65), alpha isoform
分子量 formula_weight	65378.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6972

MAAADGDDSLYPIAVLIDELRNEDVQLRLNSIKKLSTIALALGVERTRSELLPFLTDTIYDEDEVLLALAEQLGTFTTLVGGPEYVHCLLPPLESLATVEETVVRDKAVESLRAISHEHSPSDLEAHFVPLVKRLAGGDWFTSRTSACGLFSVCYPRVSSAVKAELRQYFRNLCSDDTPMVRRAAASKLGEFAKVLELDNVKSEIIPMFSNLASDEQDSVRLLAVEACVNIAQLLPQEDLEALVMPTLRQAAEDKSWRVRYMVADKFTELQKAVGPEITKTDLVPAFQNLMKDCEAEVRAAASHKVKEFCENLSADCRENVIMSQILPCIKELVSDANQHVKSALASVIMGLSPILGKDNTIEHLLPLFLAQLKDECPEVRLNIISNLDCVNEVIGIRQLSQSLLPAIVELAEDAKWRVRLAIIEYMPLLAGQLGVEFFDEKLNSLCMAWLVDHVYAIREAATSNLKKLVEKFGKEWAHATIIPKVLAMSGDPNYLHRMTTLFCINVLSEVCGQDITTKHMLPTVLRMAGDPVANVRFNVAKSLQKIGPILDNSTLQSEVKPILEKLTQDQDVDVKYFAQEALTVLSLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
分子量 formula_weight	35636.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MDEKVFTKELDQWIEQLNECKQLSESQVKSLCEKAKEILTKESNVQEVRCPVTVCGDVHGQFHDLMELFRIGGKSPDTNYLFMGDYVDRGYYSVETVTLLVALKVRYRERITILRGNHESRQITQVYGFYDECLRKYGNANVWKYFTDLFDYLPLTALVDGQIFCLHGGLSPSIDTLDHIRALDRLQEVPHEGPMCDLLWSDPDDRGGWGISPRGAGYTFGQDISETFNHANGLTLVSRAHQLVMEGYNWCHDRNVVTIFSAPNYCYRCGNQAAIMELDDTLKYSFLQFDPAPRRGEPHVTRRTPDYFL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	OKADAIC ACID
分子量 formula_weight	805.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	64

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2ie4a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.2 — HEAT repeat

结构域编号 domain_id	d2ie4c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2ie4A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	2ie4C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.540 Å
晶胞边长 b length_b	194.850 Å
晶胞边长 c length_c	201.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2600
R_work r_work	0.2700
R_free r_free	0.2300

fit	/app/data/saxs_computation/ie/2ie4/2ie4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ie/2ie4/2ie4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ie/2ie4/2ie4.dat

Structure of the Protein Phosphatase 2A Core Enzyme Bound to okadaic acid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)