SAXSdb — 8twi

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8twi
沉积日期 deposition_date	2023-08-21
结构标题 title	Cryo-EM structure of the PP2A:B55-FAM122A complex, PP2Ac body
关键词 keywords	Protein Phosphatase 2A:B55 holoenzyme FAM122A inhibitor substrate binding cell cycle regulation, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.61 Å
零角强度 I(0) i0	55797400.00
分子量 molecular_weight	58039.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72584 Å³
包络体积 envelope_volume	85549 Å³
水化壳体积 shell_volume	29041 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.72 Å
包络 Rg envelope_rg	24.89 Å
形状 Rg shape_rg	24.61 Å
总 Rg total_rg	25.41 Å
总原子数 total_atoms	8096
残基数 n_residues	510
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7036
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.336
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.381
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	14990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.164; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.981

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
分子量 formula_weight	64958.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8096

GHMSLYPIAVLIDELRNEDVQLRLNSIKKLSTIALALGVERTRSELLPFLTDTIYDEDEVLLALAEQLGTFTTLVGGPEYVHCLLPPLESLATVEETVVRDKAVESLRAISHEHSPSDLEAHFVPLVKRLAGGDWFTSRTSACGLFSVCYPRVSSAVKAELRQYFRNLCSDDTPMVRRAAASKLGEFAKVLELDNVKSEIIPMFSNLASDEQDSVRLLAVEACVNIAQLLPQEDLEALVMPTLRQAAEDKSWRVRYMVADKFTELQKAVGPEITKTDLVPAFQNLMKDCEAEVRAAASHKVKEFCENLSADCRENVIMSQILPCIKELVSDANQHVKSALASVIMGLSPILGKDNTIEHLLPLFLAQLKDECPEVRLNIISNLDCVNEVIGIRQLSQSLLPAIVELAEDAKWRVRLAIIEYMPLLAGQLGVEFFDEKLNSLCMAWLVDHVYAIREAATSNLKKLVEKFGKEWAHATIIPKVLAMSGDPNYLHRMTTLFCINVLSEVCGQDITTKHMLPTVLRMAGDPVANVRFNVAKSLQKIGPILDNSTLQSEVKPILEKLTQDQDVDVKYFAQEALTVLSLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
分子量 formula_weight	35845.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GHMDEKVFTKELDQWIEQLNECKQLSESQVKSLCEKAKEILTKESNVQEVRCPVTVCGDVHGQFHDLMELFRIGGKSPDTNYLFMGDYVDRGYYSVETVTLLVALKVRYRERITILRGNHESRQITQVYGFYDECLRKYGNANVWKYFTDLFDYLPLTALVDGQIFCLHGGLSPSIDTLDHIRALDRLQEVPHEGPMCDLLWSDPDDRGGWGISPRGAGYTFGQDISETFNHANGLTLVSRAHQLVMEGYNWCHDRNVVTIFSAPNYCYRCGNQAAIMELDDTLKYSFLQFDPAPRRGEPHVTRRTPDYFL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	PPP2R1A-PPP2R2A-interacting phosphatase regulator 1
分子量 formula_weight	10680.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GHMGGGLRRSNSAPLIHGLSDSSPVFQDEAPSARRNRTTFPSRHGLLLPASPVRMHSSRLHQIKQEEGMDLINRETVHEREVQTAMQISHSWEES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.69 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	103522

fit	/app/data/saxs_computation/tw/8twi/8twi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tw/8twi/8twi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tw/8twi/8twi.dat

Cryo-EM structure of the PP2A:B55-FAM122A complex, PP2Ac body

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)