2idq

Structure of M98A mutant of amicyanin, Cu(II)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 42.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amicyanin

Paracoccus denitrificans

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–131	突变：M98A	CU COPPER (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 5.5；293 K；10 mg/ml amicyanin in 3.0 M phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 0.90 Å R-free 0.130

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2IDQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AAC AMICYANIN OXIDIZED, 1.31 ANGSTROMS 提交 1995-09-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.31 Å
1AAJ CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF AMICYANIN AND APOAMICYANIN FROM PARACOCCUS DENITRIFICANS AT 2.0 ANGSTROMS AND 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1AAN CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF AMICYANIN AND APOAMICYANIN FROM PARACOCCUS DENITRIFICANS AT 2.0 ANGSTROMS AND 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1BXA AMICYANIN REDUCED, PH 4.4, 1.3 ANGSTROMS 提交 1998-10-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.38；pH 4.38	分辨率 1.30 Å R-free 0.195
1MDA CRYSTAL STRUCTURE OF AN ELECTRON-TRANSFER COMPLEX BETWEEN METHYLAMINE DEHYDROGENASE AND AMICYANIN 提交 1992-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 29–131（103 aa）链 B 29–131（103 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1MG2 MUTATION OF ALPHA PHE55 OF METHYLAMINE DEHYDROGENASE ALTERS THE REORGANIZATION ENERGY AND ELECTRONIC COUPLING FOR ITS ELECTRON TRANSFER REACTION WITH AMICYANIN 提交 2002-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 27–131（105 aa）链 G 27–131（105 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 CU COPPER (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.25 Å R-free 0.210
1MG2 MUTATION OF ALPHA PHE55 OF METHYLAMINE DEHYDROGENASE ALTERS THE REORGANIZATION ENERGY AND ELECTRONIC COUPLING FOR ITS ELECTRON TRANSFER REACTION WITH AMICYANIN 提交 2002-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 K 27–131（105 aa）链 O 27–131（105 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 CU COPPER (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.25 Å R-free 0.210
1MG3 MUTATION OF ALPHA PHE55 OF METHYLAMINE DEHYDROGENASE ALTERS THE REORGANIZATION ENERGY AND ELECTRONIC COUPLING FOR ITS ELECTRON TRANSFER REACTION WITH AMICYANIN 提交 2002-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 27–131（105 aa）链 G 27–131（105 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 CU COPPER (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.246
1MG3 MUTATION OF ALPHA PHE55 OF METHYLAMINE DEHYDROGENASE ALTERS THE REORGANIZATION ENERGY AND ELECTRONIC COUPLING FOR ITS ELECTRON TRANSFER REACTION WITH AMICYANIN 提交 2002-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 K 27–131（105 aa）链 O 27–131（105 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 CU COPPER (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.246
1SF3 Structure of the reduced form of the P94A mutant of amicyanin 提交 2004-02-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	突变：P94A	CU1 COPPER (I) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5；293 K；3.6 M monobasic sodium phosphate, 0.4 M dibasic potassium phosphate, pH 5.0, EVAPORATION, temperature 293.0K	分辨率 1.05 Å R-free 0.147
1SF5 Structure of oxidized state of the P94A mutant of amicyanin 提交 2004-02-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	突变：P94A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5；293 K；3.6 M monobasic sodium phosphate, 0.4 M dibasic potassium phosphate, pH 5.0, EVAPORATION, temperature 293.0K	分辨率 1.10 Å R-free 0.166
1SFD oxidized form of amicyanin mutant P94F 提交 2004-02-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	突变：P94F	CU COPPER (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；100 mM sodium citrate, 2.25 M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 0.99 Å R-free 0.147
1SFD oxidized form of amicyanin mutant P94F 提交 2004-02-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–131（105 aa）	突变：P94F	CU COPPER (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；100 mM sodium citrate, 2.25 M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 0.99 Å R-free 0.147
1SFH Reduced state of amicyanin mutant P94F 提交 2004-02-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	突变：P94F	CU1 COPPER (I) ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；80% 2.5 M monobasic sodium phosphate, 20% 2.5 M dibasic potassium phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293.0K	分辨率 1.05 Å R-free 0.153
1SFH Reduced state of amicyanin mutant P94F 提交 2004-02-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–131（105 aa）	突变：P94F	CU1 COPPER (I) ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；80% 2.5 M monobasic sodium phosphate, 20% 2.5 M dibasic potassium phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293.0K	分辨率 1.05 Å R-free 0.153
1T5K Crystal structure of amicyanin substituted with cobalt 提交 2004-05-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；3.6 M monobasic sodium phosphate, 0.4 M dibasic potassium phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293.0K	分辨率 1.40 Å R-free 0.210
1T5K Crystal structure of amicyanin substituted with cobalt 提交 2004-05-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–131（105 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；3.6 M monobasic sodium phosphate, 0.4 M dibasic potassium phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293.0K	分辨率 1.40 Å R-free 0.210
1T5K Crystal structure of amicyanin substituted with cobalt 提交 2004-05-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 27–131（105 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；3.6 M monobasic sodium phosphate, 0.4 M dibasic potassium phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293.0K	分辨率 1.40 Å R-free 0.210
1T5K Crystal structure of amicyanin substituted with cobalt 提交 2004-05-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 27–131（105 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；3.6 M monobasic sodium phosphate, 0.4 M dibasic potassium phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293.0K	分辨率 1.40 Å R-free 0.210
2GB2 The P52G mutant of amicyanin in the Cu(II) state. 提交 2006-03-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	突变：P52G	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.3；293 K；2.67 M sodium phosphate, 80:20 monobasic:dibasic, covered with mineral oil, pH 4.3, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 1.25 Å R-free 0.184
2GBA Reduced Cu(I) form at pH 4 of P52G mutant of amicyanin 提交 2006-03-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	突变：P52G	CU1 COPPER (I) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.3；293 K；3.0 M sodium phosphate 90:10 monobasic:dibasic covered drop in mineral oil, pH 4.3, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 0.92 Å R-free 0.147
2GC4 Structural comparison of the oxidized ternary electron transfer complex of methylamine dehydrogenase, amicyanin and cytochrome c551i from Paracoccus denitrificans with the substrate-reduced, copper free complex at 1.9 A resolution. 提交 2006-03-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 27–131（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；2.3-2.6M Sodium/potassium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.197
2GC4 Structural comparison of the oxidized ternary electron transfer complex of methylamine dehydrogenase, amicyanin and cytochrome c551i from Paracoccus denitrificans with the substrate-reduced, copper free complex at 1.9 A resolution. 提交 2006-03-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 27–131（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；2.3-2.6M Sodium/potassium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.197
2GC4 Structural comparison of the oxidized ternary electron transfer complex of methylamine dehydrogenase, amicyanin and cytochrome c551i from Paracoccus denitrificans with the substrate-reduced, copper free complex at 1.9 A resolution. 提交 2006-03-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 K 27–131（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；2.3-2.6M Sodium/potassium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.197
2GC4 Structural comparison of the oxidized ternary electron transfer complex of methylamine dehydrogenase, amicyanin and cytochrome c551i from Paracoccus denitrificans with the substrate-reduced, copper free complex at 1.9 A resolution. 提交 2006-03-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 O 27–131（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；2.3-2.6M Sodium/potassium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.197
2GC7 Substrate reduced, copper free complex of methylamine dehydrogenase, amicyanin and cytochrome c551i from Paracoccus denitrificans. 提交 2006-03-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 27–131（105 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；2.3-2.6M sodium/potassium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.198
2GC7 Substrate reduced, copper free complex of methylamine dehydrogenase, amicyanin and cytochrome c551i from Paracoccus denitrificans. 提交 2006-03-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 27–131（105 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；2.3-2.6M sodium/potassium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.198
2GC7 Substrate reduced, copper free complex of methylamine dehydrogenase, amicyanin and cytochrome c551i from Paracoccus denitrificans. 提交 2006-03-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 K 27–131（105 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；2.3-2.6M sodium/potassium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.198
2GC7 Substrate reduced, copper free complex of methylamine dehydrogenase, amicyanin and cytochrome c551i from Paracoccus denitrificans. 提交 2006-03-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 O 27–131（105 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；2.3-2.6M sodium/potassium phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.198
2IDS Structure of M98A mutant of amicyanin, Cu(I) 提交 2006-09-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	突变：M98A	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；3.0 M phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 1.00 Å R-free 0.170
2IDT Structure of M98Q mutant of amicyanin, Cu(II) 提交 2006-09-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	突变：M98Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；2.6 M phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 1.00 Å R-free 0.158
2IDU Structure of M98Q mutant of amicyanin, Cu(I) 提交 2006-09-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	突变：M98Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；2.6 M phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 0.95 Å R-free 0.162
2J55 X-ray reduced Paraccocus denitrificans methylamine dehydrogenase O- quinone in complex with amicyanin. 提交 2006-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–131（105 aa）链 B 27–131（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.60	分辨率 2.15 Å R-free 0.245
2J56 X-ray reduced Paraccocus denitrificans methylamine dehydrogenase N- semiquinone in complex with amicyanin. 提交 2006-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–131（105 aa）链 B 27–131（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；pH 9.00	分辨率 2.10 Å R-free 0.207
2J57 X-ray reduced Paraccocus denitrificans methylamine dehydrogenase N- quinol in complex with amicyanin. 提交 2006-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–131（105 aa）链 B 27–131（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.60	分辨率 2.25 Å R-free 0.241
2J57 X-ray reduced Paraccocus denitrificans methylamine dehydrogenase N- quinol in complex with amicyanin. 提交 2006-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 27–131（105 aa）链 D 27–131（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.60	分辨率 2.25 Å R-free 0.241
2MTA CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY ELECTRON TRANSFER COMPLEX BETWEEN METHYLAMINE DEHYDROGENASE, AMICYANIN AND A C-TYPE CYTOCHROME 提交 1993-10-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 27–131（105 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2 HEC HEME C × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
2OV0 Structure of the blue copper protein Amicyanin to 0.75 A resolution 提交 2007-02-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；3 M sodium phosphate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 0.75 Å R-free 0.142
2QDV Structure of the Cu(II) form of the M51A mutant of amicyanin 提交 2007-06-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	突变：M51A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；2.5-3 M phosphate, 10 mg/ml amicyanin, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 0.89 Å R-free 0.135
2QDW Structure of Cu(I) form of the M51A mutant of amicyanin 提交 2007-06-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	突变：M51A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU1 COPPER (I) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；2.5-3.0 M phosphate 10 mg/ml amicyanin, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 0.92 Å R-free 0.147
2RAC AMICYANIN REDUCED, PH 7.7, 1.3 ANGSTROMS 提交 1998-10-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；pH 7.70	分辨率 1.30 Å R-free 0.210
3IE9 Structure of oxidized M98L mutant of amicyanin 提交 2009-07-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）片段：residues 27-131	突变：M98L	PO4 PHOSPHATE ION × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；3.2M Ammonium sulfate, 90mM Tris PH 8.0, 10mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.214
3IE9 Structure of oxidized M98L mutant of amicyanin 提交 2009-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–131（105 aa）片段：residues 27-131	突变：M98L	PO4 PHOSPHATE ION × 6 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 6 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；3.2M Ammonium sulfate, 90mM Tris PH 8.0, 10mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.214
3IE9 Structure of oxidized M98L mutant of amicyanin 提交 2009-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 27–131（105 aa）片段：residues 27-131	突变：M98L	PO4 PHOSPHATE ION × 3 CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；3.2M Ammonium sulfate, 90mM Tris PH 8.0, 10mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.214
3IEA Structure of reduced M98L mutant of amicyanin 提交 2009-07-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）片段：residues 27-131	突变：M124L	PO4 PHOSPHATE ION × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；3.2M Ammonium sulfate, 90mM Tris PH 8.0, 10mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.200
3IEA Structure of reduced M98L mutant of amicyanin 提交 2009-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–131（105 aa）片段：residues 27-131	突变：M124L	PO4 PHOSPHATE ION × 6 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 6 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；3.2M Ammonium sulfate, 90mM Tris PH 8.0, 10mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.200
3L45 A Joint Neutron and X-ray structure of Oxidized Amicyanin 提交 2009-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）片段：UNP residues 27-131	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	实验方法未声明 X-ray结晶条件 291 K；2.4M ammonium sulfate, 100mM citric acid pH5 and 3M sodium monobasic/potassium dibasic phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å
3PLY Structure of Oxidized P96G Mutant of Amicyanin 提交 2010-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）片段：UNP residues 27-131	突变：P96G	CU COPPER (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1.8M sodium/potassium phosphate pH 7.5, 40mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
3PLY Structure of Oxidized P96G Mutant of Amicyanin 提交 2010-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–131（105 aa）片段：UNP residues 27-131	突变：P96G	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1.8M sodium/potassium phosphate pH 7.5, 40mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
3PLY Structure of Oxidized P96G Mutant of Amicyanin 提交 2010-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 27–131（105 aa）片段：UNP residues 27-131	突变：P96G	CU COPPER (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1.8M sodium/potassium phosphate pH 7.5, 40mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
3PLY Structure of Oxidized P96G Mutant of Amicyanin 提交 2010-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 27–131（105 aa）片段：UNP residues 27-131	突变：P96G	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；1.8M sodium/potassium phosphate pH 7.5, 40mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
3RYM Structure of Oxidized M98K mutant of Amicyanin 提交 2011-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）	突变：M98K	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.01M zinc sulphate heptahydrate, 0.1M MES pH 6.5, 25% w/v PEG monomethylether 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
3RYM Structure of Oxidized M98K mutant of Amicyanin 提交 2011-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–131（105 aa）	突变：M98K	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.01M zinc sulphate heptahydrate, 0.1M MES pH 6.5, 25% w/v PEG monomethylether 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
3RYM Structure of Oxidized M98K mutant of Amicyanin 提交 2011-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 27–131（105 aa）	突变：M98K	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.01M zinc sulphate heptahydrate, 0.1M MES pH 6.5, 25% w/v PEG monomethylether 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
3RYM Structure of Oxidized M98K mutant of Amicyanin 提交 2011-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 27–131（105 aa）	突变：M98K	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.01M zinc sulphate heptahydrate, 0.1M MES pH 6.5, 25% w/v PEG monomethylether 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
4P5R Structure of oxidized W45Y mutant of amicyanin 提交 2014-03-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）片段：UNP residues 27-131	突变：W45Y	CU COPPER (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Initial crystals were obtained from Hampton research ammonium sulfate screen (HR2-211). Bigger crystals grown by macro-seeding using 3.2M Na/K phosphate solution.	分辨率 1.09 Å R-free 0.153
4P5S Structure of reduced W45Y mutant of amicyanin 提交 2014-03-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–131（105 aa）片段：UNP residues 27-131	突变：W45Y	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Initial crystals were obtained from Hampton research ammonium sulfate screen (HR2-211). Bigger crystals grown by macro-seeding using 3.2M Na/K phosphate solution.	分辨率 1.02 Å R-free 0.150

共 34 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMCY_PARDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–105； UniProt 27–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2idq
沉积日期 deposition_date	2006-09-15
结构标题 title	Structure of M98A mutant of amicyanin, Cu(II)
关键词 keywords	blue copper protein; beta sandwich, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.51 Å
零角强度 I(0) i0	2813010.00
分子量 molecular_weight	11585.0 kDa
排除体积 excluded_volume	14429 Å³
包络体积 envelope_volume	15491 Å³
水化壳体积 shell_volume	10567 Å³
包络直径 envelope_diameter	41.7 Å
壳层 Rg shell_rg	18.26 Å
包络 Rg envelope_rg	12.81 Å
形状 Rg shape_rg	12.46 Å
总 Rg total_rg	13.92 Å
总原子数 total_atoms	810
残基数 n_residues	105
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	42.7 Å
Rg (实空间) rg_real	13.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8130e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1300e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2813000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8997
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.052
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	443100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.974

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Amicyanin
分子量 formula_weight	11445.1 kDa
突变 mutation	M98A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1014

DKATIPSESPFAAAEVADGAIVVDIAKMKYETPELHVKVGDTVTWINREAMPHNVHFVAGVLGEAALKGPMMKKEQAYSLTFTEAGTYDYHCTPHPFARGKVVVE

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	196

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2idqa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2idqA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	28.570 Å
晶胞边长 b length_b	56.160 Å
晶胞边长 c length_c	26.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	0.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1078
R_work r_work	—
R_free r_free	0.1301

fit	/app/data/saxs_computation/id/2idq/2idq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/id/2idq/2idq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/id/2idq/2idq.dat