SAXSdb — 2ie6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Annexin A5

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–318	未记录	CA CALCIUM ION × 18 SO4 SULFATE ION × 12 XE XENON × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；annexin V 10mg/ml, Tris HCL 20mM, PH 8, NACL 235MM, (NH4)SO4 1.76M, CACL2 12MM, HEPES 100MM, NAN3 3MM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.83 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2IE6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A8A RAT ANNEXIN V COMPLEXED WITH GLYCEROPHOSPHOSERINE 提交 1998-03-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–318（318 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 10 GSE L-ALPHA-GLYCEROPHOSPHORYLSERINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE, 20MM CACL2, 50MM HEPES, PH 8.2; SOAKED IN 20% PEG, 20MM CACL2, 80MM GSE, PH 7.1	分辨率 1.90 Å
1A8B RAT ANNEXIN V COMPLEXED WITH GLYCEROPHOSPHOETHANOLAMINE 提交 1998-03-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–318（318 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 10 GPE L-ALPHA-GLYCEROPHOSPHORYLETHANOLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE, 20MM CACL2, 50MM HEPES, PH 8.2; SOAKED IN 20% PEG, 20MM CACL2, 50MM GPE, PH 7.1	分辨率 1.90 Å
1BC0 RECOMBINANT RAT ANNEXIN V, W185A MUTANT 提交 1998-05-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–318（318 aa）	突变：W185A	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE, 20MM CACL2, 50MM HEPPS, PH 8.2	分辨率 2.00 Å R-free 0.296
1BC1 RECOMBINANT RAT ANNEXIN V, QUADRUPLE MUTANT (T72K, S144K, S228K, S303K) 提交 1998-05-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–318（318 aa）	突变：T72K, S144K, S228K, S303K	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE, 20MM CACL2, 50MM HEPPS, PH 8.2	分辨率 2.05 Å R-free 0.254
1BC3 RECOMBINANT RAT ANNEXIN V, TRIPLE MUTANT (T72K, S144K, S228K) 提交 1998-05-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–318（318 aa）	突变：T72K, S144K, S228K	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE, 20MM CACL2, 50MM HEPPS, PH 8.2	分辨率 1.95 Å R-free 0.211
1BCW RECOMBINANT RAT ANNEXIN V, T72A MUTANT 提交 1998-05-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–318（318 aa）	突变：T72A	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE, 20MM CACL2, 50MM HEPPS, PH 8.2	分辨率 2.10 Å R-free 0.266
1BCY RECOMBINANT RAT ANNEXIN V, T72K MUTANT 提交 1998-05-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–318（318 aa）	突变：T72K	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE, 20MM CACL2, 50MM HEPPS, PH 8.2	分辨率 1.95 Å R-free 0.292
1BCZ RECOMBINANT RAT ANNEXIN V, T72S MUTANT 提交 1998-05-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–318（318 aa）	突变：T72S	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE, 20MM CACL2, 50MM HEPPS, PH 8.2	分辨率 2.20 Å R-free 0.299
1G5N ANNEXIN V COMPLEX WITH HEPARIN OLIGOSACCHARIDES 提交 2000-11-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–318（318 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 soaking；pH 8.2；290 K；PEG 4000, calcium chloride, HEPES buffer, pH 8.2, soaking, temperature 290.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.238
1N41 Crystal Structure of Annexin V K27E Mutant 提交 2002-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）	突变：K27E	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；290 K；ammonium sulfate, CaCl2, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
1N42 Crystal Structure of Annexin V R149E Mutant 提交 2002-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）	突变：R149E	CA CALCIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；290 K；ammonium sulfate, CaCl2, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
1N44 Crystal Structure of Annexin V R23E Mutant 提交 2002-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–319（319 aa）	突变：R23E	CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；290 K；ammonium sulfate, CaCl2, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 3.00 Å R-free 0.241
2H0K Crystal Structure of a Mutant of Rat Annexin A5 提交 2006-05-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–318（318 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；PEG 8000, CALCIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, SODIUM AZIDE, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293.0K, pH 6.40	分辨率 2.76 Å R-free 0.261
2H0K Crystal Structure of a Mutant of Rat Annexin A5 提交 2006-05-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–318（318 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；PEG 8000, CALCIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, SODIUM AZIDE, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293.0K, pH 6.40	分辨率 2.76 Å R-free 0.261
2H0L Crystal Structure of a Mutant of Rat Annexin A5 提交 2006-05-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–318（318 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, 300MM SODIUM ACETATA, 100MM TRIS, 3MM SODIUM AZIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 8.50	分辨率 2.59 Å R-free 0.278
2H0M Structure of a Mutant of Rat Annexin A5 提交 2006-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–317（317 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 4000 8%, ISOPROPANOL 10%, SODIUM CITRATE 100MM, SODIUM AZIDE 3MM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 6.00, temperature 293.0K	分辨率 2.26 Å R-free 0.278
2IE7 Annexin V under 2.0 MPa pressure of nitrous oxide 提交 2006-09-18	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–318（318 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 21 SO4 SULFATE ION × 12 N2O NITROUS OXIDE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；annexin V 10mg/ml, Tris HCL 20mM, PH 8, NACL 235MM, (NH4)SO4 1.76M, CACL2 12MM, HEPES 100MM, NAN3 3MM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.203
2RAN RAT ANNEXIN V CRYSTAL STRUCTURE: CA2+-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1994-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 7 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.89 Å

共 17 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ANXA5_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–318； UniProt 1–318

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ie6
沉积日期 deposition_date	2006-09-18
结构标题 title	Annexin V under 2.0 MPa pressure of xenon
关键词 keywords	calcium binding protein, phospholipid binding protein, membrane binding protein, PROTEIN AND METAL BINDING PROTEIN; PROTEIN AND METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.85 Å
零角强度 I(0) i0	23771400.00
分子量 molecular_weight	36356.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45136 Å³
包络体积 envelope_volume	53017 Å³
水化壳体积 shell_volume	21141 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.3 Å
壳层 Rg shell_rg	27.92 Å
包络 Rg envelope_rg	22.03 Å
形状 Rg shape_rg	21.82 Å
总 Rg total_rg	22.73 Å
总原子数 total_atoms	2531
残基数 n_residues	318
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8737
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.454
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.118
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.957

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Annexin A5
分子量 formula_weight	35657.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2679

ALRGTVTDFSGFDGRADAEVLRKAMKGLGTDEDSILNLLTARSNAQRQQIAEEFKTLFGRDLVNDMKSELTGKFEKLIVALMKPSRLYDAYELKHALKGAGTDEKVLTEIIASRTPEELRAIKQAYEEEYGSNLEDDVVGDTSGYYQRMLVVLLQANRDPDTAIDDAQVELDAQALFQAGELKWGTDEEKFITILGTRSVSHLRRVFDKYMTISGFQIEETIDRETSGNLENLLLAVVKSIRSIPAYLAETLYYAMKGAGTDDHTLIRVIVSRSEIDLFNIRKEFRKNFATSLYSMIKGDTSGDYKKALLLLCGGEDD

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	XENON
分子量 formula_weight	131.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	124

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2ie6a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.65 — Annexin
超家族 Superfamily superfamily	a.65.1 — Annexin
家族 Family family	a.65.1.1 — Annexin

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2ie6A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Annexin

结构域编号 domain_id	2ie6A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Annexin

结构域编号 domain_id	2ie6A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Annexin

结构域编号 domain_id	2ie6A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Annexin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	156.985 Å
晶胞边长 b length_b	156.985 Å
晶胞边长 c length_c	37.336 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	14.390 Å
R 因子 r_factor	0.1693
R_work r_work	0.1676
R_free r_free	0.1996

fit	/app/data/saxs_computation/ie/2ie6/2ie6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ie/2ie6/2ie6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ie/2ie6/2ie6.dat

Annexin V under 2.0 MPa pressure of xenon

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Annexin A5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction