SAXSdb — 2igf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEPTIDE (RESIDUES 69-87 OF MYOHEMERYTHRIN)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 69–87	未记录	IGG1-KAPPA B13I2 FAB (LIGHT CHAIN) × 1 IGG1-KAPPA B13I2 FAB (HEAVY CHAIN) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.80 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 69–87	未记录	IGG1-KAPPA B13I2 FAB (LIGHT CHAIN) × 2 IGG1-KAPPA B13I2 FAB (HEAVY CHAIN) × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2IGF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A7D CHLOROMET MYOHEMERYTHRIN FROM THEMISTE ZOSTERICOLA 提交 1998-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–118（118 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 CFO CHLORO DIIRON-OXO MOIETY × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；27% PEG 6K, 100MM HEPES, 1.0M LICL (PH 7.0)	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
1A7E HYDROXOMET MYOHEMERYTHRIN FROM THEMISTE ZOSTERICOLA 提交 1998-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–118（118 aa）	突变：L103N	CL CHLORIDE ION × 2 OFO HYDROXY DIIRON-OXO MOIETY × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；27% PEG 6K, 100MM HEPES, 1.0M LICL (PH 7.0)	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
2MHR STRUCTURE OF MYOHEMERYTHRIN IN THE AZIDOMET STATE AT 1.7(SLASH)1.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1987-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–118（118 aa）	未记录	AZI AZIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 FEO MU-OXO-DIIRON × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.30 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HEMM_THEZO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–19； UniProt 69–87

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2igf
沉积日期 deposition_date	1991-03-21
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURES OF AN ANTIBODY TO A PEPTIDE AND ITS COMPLEX WITH PEPTIDE ANTIGEN AT 2.8 ANGSTROMS
关键词 keywords	IMMUNOGLOBULIN; IMMUNOGLOBULIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.02 Å
零角强度 I(0) i0	41104400.00
分子量 molecular_weight	48865.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60815 Å³
包络体积 envelope_volume	75760 Å³
水化壳体积 shell_volume	25493 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.6 Å
壳层 Rg shell_rg	32.02 Å
包络 Rg envelope_rg	24.65 Å
形状 Rg shape_rg	24.98 Å
总 Rg total_rg	25.91 Å
总原子数 total_atoms	3436
残基数 n_residues	436
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.3 Å
Rg (实空间) rg_real	26.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9075
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.269
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.570
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7535000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.885

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	IGG1-KAPPA B13I2 FAB (LIGHT CHAIN)
分子量 formula_weight	24148.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3436

DVLMTQTPLSLPVSLGDQASISCRSNQTILLSDGDTYLEWYLQKPGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCFQGSHVPPTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	IGG1-KAPPA B13I2 FAB (HEAVY CHAIN)
分子量 formula_weight	23807.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGDLVKPGGSLKLSCAASGFTFSRCAMSWVRQTPEKRLEWVAGISSGGSYTFYPDTVKGRFIISRNNARNTLSLQMSSLRSEDTAIYYCTRYSSDPFYFDYWGQGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PEPTIDE (RESIDUES 69-87 OF MYOHEMERYTHRIN)
分子量 formula_weight	2211.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

EVVPHKKMHKDFLEKIGGL

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2igfh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2igfh2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d2igfl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2igfl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2igfH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2igfH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2igfL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2igfL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	142.500 Å
晶胞边长 b length_b	142.500 Å
晶胞边长 c length_c	101.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/ig/2igf/2igf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ig/2igf/2igf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ig/2igf/2igf.dat

CRYSTAL STRUCTURES OF AN ANTIBODY TO A PEPTIDE AND ITS COMPLEX WITH PEPTIDE ANTIGEN AT 2.8 ANGSTROMS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEPTIDE (RESIDUES 69-87 OF MYOHEMERYTHRIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)