2ijf

Crystal Structure of the Poliovirus RNA-Dependent RNA Polymerase Fidelity Mutant 3Dpol G64S

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase

Human poliovirus 1

UniProt P03300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1748–2208 突变:G64S, L446D, R455D 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;2M sodium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 80 个其他 PDB 条目、250 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_POL1M
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–461; UniProt 1748–2208

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2ijf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2ijf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ijf
沉积日期 deposition_date2006-09-29
结构标题 titleCrystal Structure of the Poliovirus RNA-Dependent RNA Polymerase Fidelity Mutant 3Dpol G64S
关键词 keywordsRNA-dependent RNA polymerase, fidelity, RNA polymerase, poliovirus, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.03
零角强度 I(0) i044311000.00
分子量 molecular_weight52526.0 kDa
排除体积 excluded_volume66128 ų
包络体积 envelope_volume81322 ų
水化壳体积 shell_volume28863 ų
包络直径 envelope_diameter73.7
壳层 Rg shell_rg30.50
包络 Rg envelope_rg22.70
形状 Rg shape_rg23.03
总 Rg total_rg23.90
总原子数 total_atoms3697
残基数 n_residues461
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.7
Rg (实空间) rg_real23.90
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26
I(0) (实空间) i0_real4.4310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal44310000.0000
解质量估计 total_estimate0.9086
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.6
偏度 Skewness skewness-0.001
峰度 Kurtosis kurtosis-0.593
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13000000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2ijfa_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamilye.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family familye.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2ijfA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id2ijfA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)