SAXSdb — 2io2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sentrin-specific protease 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Small ubiquitin-related modifier 1 × 4 （P63165） Ran GTPase-activating protein 1 × 4 （P46060） water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SENP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–232； UniProt 364–589

Small ubiquitin-related modifier 1

Homo sapiens

UniProt P63165

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Sentrin-specific protease 2 × 4 （Q9HC62） Ran GTPase-activating protein 1 × 4 （P46060） water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUMO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–82； UniProt 18–97

Ran GTPase-activating protein 1

Homo sapiens

UniProt P46060

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Sentrin-specific protease 2 × 4 （Q9HC62） Small ubiquitin-related modifier 1 × 4 （P63165） water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RGP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–172； UniProt 418–587

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2io2
沉积日期 deposition_date	2006-10-09
结构标题 title	Crystal structure of human Senp2 in complex with RanGAP1-SUMO-1
关键词 keywords	SUMO, Ubiquitin, Senp, Ulp, complex, PROTEIN BINDING, HYDROLASE; PROTEIN BINDING, HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2io2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2io2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2io2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.64 Å
Rg（电子密度）	37.94 Å
总 Rg	38.48 Å
原子数	14752
残基数	1824
排除体积	265140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2io2__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sentrin-specific protease 2
分子量 formula_weight	27342.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
突变 mutation	C548S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3696

GSHMASDLLELTEDMEKEISNALGHGPQDEILSSAFKLRITRGDIQTLKNYHWLNDEVINFYMNLLVERNKKQGYPALHVFSTFFYPKLKSGGYQAVKRWTKGVNLFEQEIILVPIHRKVHWSLVVIDLRKKCLKYLDSMGQKGHRICEILLQYLQDESKTKRNSDLNLLEWTHHSMKPHEIPQQLNGSDSGMFTCKYADYISRDKPITFTQHQMPLFRKKMVWEILHQQLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small ubiquitin-related modifier 1
分子量 formula_weight	9473.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGEGEYIKLKVIGQDSSEIHFKVKMTTHLKKLKESYCQRQGVPMNSLRFLFEGQRIADNHTPKELGMEEEDVIEVYQEQTGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ran GTPase-activating protein 1
分子量 formula_weight	18670.5 kDa
突变 mutation	C573S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SLNTGEPAPVLSSPPPADVSTFLAFPSPEKLLRLGPKSSVLIAQQTDTSDPEKVVSAFLKVSSVFKDEATVRMAVQDAVDALMQKAFNSSSFNSNTFLTRLLVHMGLLKSEDKVKAIANLYGPLMALNHMVQQDYFPKALAPLLLAFVTKPNSALESSSFARHSLLQTLYKV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2io2a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.7 — Adenain-like

结构域编号 domain_id	d2io2b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d2io2c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.12 — Ran-GTPase activating protein 1 (RanGAP1), C-terminal domain
家族 Family family	a.118.12.1 — Ran-GTPase activating protein 1 (RanGAP1), C-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2io2A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	395 — Adenoviral Proteinase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenoviral Proteinase; Chain A

结构域编号 domain_id	2io2B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2io2C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Ran-GTPase activating protein 1, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	163.960 Å
晶胞边长 b length_b	163.960 Å
晶胞边长 c length_c	77.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	14.940 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2680
R_free r_free	0.3010

Crystal structure of human Senp2 in complex with RanGAP1-SUMO-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sentrin-specific protease 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small ubiquitin-related modifier 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ran GTPase-activating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2io2__assembly_1__model_1

2io2__assembly_1__model_1 | I(q)

2io2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human Senp2 in complex with RanGAP1-SUMO-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sentrin-specific protease 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ubiquitin-related modifier 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ran GTPase-activating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2io2__assembly_1__model_1

2io2__assembly_1__model_1 | I(q)

2io2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)