SAXSdb — 2j0t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INTERSTITIAL COLLAGENASE

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 101–269	片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 101-269	METALLOPROTEINASE INHIBITOR 1 × 1 （P01033） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 101–269	片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 101-269	METALLOPROTEINASE INHIBITOR 1 × 1 （P01033） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 101–269	片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 101-269	METALLOPROTEINASE INHIBITOR 1 × 1 （P01033） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2J0T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AYK INHIBITOR-FREE CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1997-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；压力 1	分辨率未提供
1CGE CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT 19-KDA HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED TO ITSELF 提交 1994-02-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 102–269（168 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1CGF CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT 19-KDA HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED TO ITSELF 提交 1994-02-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 102–263（162 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1CGF CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT 19-KDA HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED TO ITSELF 提交 1994-02-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 102–263（162 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1HFC 1.56 ANGSTROM STRUCTURE OF MATURE TRUNCATED HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE 提交 1994-09-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 PLH METHYLAMINO-PHENYLALANYL-LEUCYL-HYDROXAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å
1SU3 X-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase action 提交 2004-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–469（450 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1SU3 X-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase action 提交 2004-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 20–469（450 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1SU3 X-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase action 提交 2004-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 20–469（450 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 32 CL CHLORIDE ION × 8 NA SODIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 16 SO4 SULFATE ION × 32 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
2AYK INHIBITOR-FREE CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM TRIS BASE, 100 mM NACL, 5 mM CACL2, 0.1 mM ZNCL2, 2mM NAN3, 10 mM DEUTERATED DTT, 90% H2O/10%D2O OR 100% D2O；压力 1	分辨率未提供
2CLT Crystal structure of the active form (full-length) of human fibroblast collagenase. 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 100–466（367 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS (7.5); 10% PEG 8000; 1.5M AMMONIUM FORMATE, pH 7.50	分辨率 2.67 Å R-free 0.259
2CLT Crystal structure of the active form (full-length) of human fibroblast collagenase. 提交 2006-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 100–466（367 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS (7.5); 10% PEG 8000; 1.5M AMMONIUM FORMATE, pH 7.50	分辨率 2.67 Å R-free 0.259
2TCL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH AN INHIBITOR 提交 1994-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2 SM SAMARIUM (III) ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 RO4 [[1-[N-HYDROXY-ACETAMIDYL]-3-METHYL-BUTYL]-CARBONYL-LEUCINYL]-ALANINE ETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
3AYK CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH CGS-27023A, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1999-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 CGS N-HYDROXY-2(R)-[[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](3-PICOLYL)AMINO]-3-METHYLBUTANAMIDE HYDROCHLORIDE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；压力 1	分辨率未提供
3SHI Crystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution 提交 2011-06-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 106–261（156 aa）片段：UNP residues 106-261	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.278
3SHI Crystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution 提交 2011-06-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 106–261（156 aa）片段：UNP residues 106-261	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.278
3SHI Crystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution 提交 2011-06-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 M 106–261（156 aa）片段：UNP residues 106-261	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.278
4AUO Crystal structure of MMP-1(E200A) in complex with a triple-helical collagen peptide 提交 2012-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 100–466（367 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8	分辨率 3.00 Å R-free 0.273
4AUO Crystal structure of MMP-1(E200A) in complex with a triple-helical collagen peptide 提交 2012-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 100–466（367 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8	分辨率 3.00 Å R-free 0.273
4AYK CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH CGS-27023A, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1999-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–269（169 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 CGS N-HYDROXY-2(R)-[[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](3-PICOLYL)AMINO]-3-METHYLBUTANAMIDE HYDROCHLORIDE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K；压力 1	分辨率未提供
966C CRYSTAL STRUCTURE OF FIBROBLAST COLLAGENASE-1 COMPLEXED TO A DIPHENYL-ETHER SULPHONE BASED HYDROXAMIC ACID 提交 1998-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–264（157 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 RS2 N-HYDROXY-2-[4-(4-PHENOXY-BENZENESULFONYL)-TETRAHYDRO-PYRAN-4-YL]-ACETAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.330

共 13 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MMP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–170； UniProt 101–269 作者链 B； PDB构建体 2–170； UniProt 101–269 作者链 C； PDB构建体 2–170； UniProt 101–269

METALLOPROTEINASE INHIBITOR 1

HOMO SAPIENS

UniProt P01033

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 24–149	片段：N-TERMINAL INHIBITORY DOMAIN, RESIDUES 24-149	INTERSTITIAL COLLAGENASE × 1 （P03956） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 24–149	片段：N-TERMINAL INHIBITORY DOMAIN, RESIDUES 24-149	INTERSTITIAL COLLAGENASE × 1 （P03956） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 24–149	片段：N-TERMINAL INHIBITORY DOMAIN, RESIDUES 24-149	INTERSTITIAL COLLAGENASE × 1 （P03956） ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).	分辨率 2.54 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2J0T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D2B THE MMP-INHIBITORY, N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN TISSUE INHIBITOR OF METALLOPROTEINASES-1 (N-TIMP-1), SOLUTION NMR, 29 STRUCTURES 提交 1999-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–149（126 aa）片段：NTR domain, residues 24-149	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.171；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.5 MM N-TIMP-1 U-15N NMR样品组成 0.9 MM N-TIMP-1 U-15N,13C NMR样品组成 0.7 MM N-TIMP-1 U-15N,13C NMR样品组成 0.4 MM N-TIMP-1 16% 13C NMR样品组成 0.4 MM N-TIMP-1 U-15N,13C	分辨率未提供
1OO9 Orientation in Solution of MMP-3 Catalytic Domain and N-TIMP-1 from Residual Dipolar Couplings 提交 2003-03-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–149（126 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；310 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.7；307 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2;1mM Sodium Azide；压力 ambient NMR样品组成 0.8mM MMP-3 U-15N, 13C; 0.8mM N-TIMP-1; 20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O, 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.5mM MMP-3 U-2H, 15N; 0.5mM N-TIMP-1; 20mM Tris-d11; 100 mM NaCl; 15 mM CaCl2; 3uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O, 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.66mM N-TIMP-1 U-15N, 13C; 0.66mM MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM MMP-3 (E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM (15N-IV, 15N, 13C-L)MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.3mM 98% 2H/15N N-TIMP-1; 0.3mM (15N-IV, 15N, 13C-L)MMP-3(E202Q); 20mM Tris-d11; 125mM NaCl; 15 mM CaCl2; 50uM ZnCl2; 1mM Sodium Azide; 93% H2O; 7% D2O 5% PEG(C12E6)/1-hexanol \| 93% H2O; 7% D2O 5% PEG(C12E6)/1-hexanol	分辨率未提供
1UEA MMP-3/TIMP-1 COMPLEX 提交 1997-06-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–207（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1UEA MMP-3/TIMP-1 COMPLEX 提交 1997-06-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 24–207（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
3MA2 Complex membrane type-1 matrix metalloproteinase (MT1-MMP) with tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) 提交 2010-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 24–148（125 aa）片段：Residues 24-148	突变：V27A,P29V,T121L	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；100 mM Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247
3MA2 Complex membrane type-1 matrix metalloproteinase (MT1-MMP) with tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) 提交 2010-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–148（125 aa）片段：Residues 24-148	突变：V27A,P29V,T121L	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；100 mM Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247
3V96 Complex of matrix metalloproteinase-10 catalytic domain (MMP-10cd) with tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) 提交 2011-12-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–207（184 aa）片段：unp residues 24-207	突变：N30A	PO4 PHOSPHATE ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；0.1 M sodium dihydrogen phosphate solution, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.266
6MAV Complex of tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) mutant L34G with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd) 提交 2018-08-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–207（184 aa）	突变：L34G	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M Ammonium Acetate 0.1 M Bis-Tris: HCl, pH 5.5, 17 % (w/v) PEG 10,000	分辨率 2.37 Å R-free 0.298
6N9D Complex of tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) mutant (L34G/L133P/L151C/G154A) with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd) 提交 2018-12-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–207（184 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M Sodium Cacodylate: HCl, pH 6.5 18 % (w/v) PEG 8000	分辨率 2.67 Å R-free 0.258
7S7L Complex of tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) mutant (L34G/M66S/E67Y/L133N/S155L) with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd) 提交 2021-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–207（184 aa）	突变：L34G, M66S, E67Y, L133N, S155L	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；310 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v PEG 3350 Anatrace-Microlytic Top96 #65	分辨率 2.34 Å R-free 0.239
7S7M Complex of tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) mutant (L34G/M66D/T98G/P131S/Q153N) with matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd) 提交 2021-09-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–207（184 aa）	突变：L34G, M66D, T98G, P131S, Q153N	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；310 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris-HCl, pH 5.5, 17% w/v PEG10000	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
9SOP Tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) 提交 2025-09-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–203（180 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 FLC CITRATE ANION × 1 P3G 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293.15 K；0.2 M Lithium Citrate tribasic tetrahydrate, 20% PEG 3350, 15% Glycerol	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
9SOP Tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) 提交 2025-09-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–203（180 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293.15 K；0.2 M Lithium Citrate tribasic tetrahydrate, 20% PEG 3350, 15% Glycerol	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
9SOQ Tissue inhibitor of Metalloproteinase 1 (TIMP-1) 提交 2025-09-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–207（184 aa）	未记录	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293.15 K；0.2 Ammonium Sulphate, 0.1 M tri-sodium citrate, 25% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
9SOQ Tissue inhibitor of Metalloproteinase 1 (TIMP-1) 提交 2025-09-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–207（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293.15 K；0.2 Ammonium Sulphate, 0.1 M tri-sodium citrate, 25% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
9SOS Tissue Inhibitor of Matrix Metalloproteinase-1 (TIMP-1) 提交 2025-09-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–207（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293.15 K；0.2 M Lithium Citrate tribasic tetrahydrate, 20% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.255

共 12 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIMP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–126； UniProt 24–149 作者链 E； PDB构建体 1–126； UniProt 24–149 作者链 F； PDB构建体 1–126； UniProt 24–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j0t
沉积日期 deposition_date	2006-08-04
结构标题 title	Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1
关键词 keywords	EXTRACELLULAR MATRIX, ERYTHROCYTE MATURATION, AUTOCATALYTIC CLEAVAGE, COLLAGEN DEGRADATION, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.44 Å
零角强度 I(0) i0	143013000.00
分子量 molecular_weight	92655.0 kDa
排除体积 excluded_volume	113590 Å³
包络体积 envelope_volume	177790 Å³
水化壳体积 shell_volume	37570 Å³
包络直径 envelope_diameter	167.7 Å
壳层 Rg shell_rg	41.53 Å
包络 Rg envelope_rg	46.10 Å
形状 Rg shape_rg	47.45 Å
总 Rg total_rg	47.12 Å
总原子数 total_atoms	6506
残基数 n_residues	854
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.3 Å
Rg (实空间) rg_real	47.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	142900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6728
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.580
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.529
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4433000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.221; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.346; Smooth: 0.735

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	INTERSTITIAL COLLAGENASE
分子量 formula_weight	18996.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	6547

MVLTEGNPRWEQTHLTYRIENYTPDLPRADVDHAIEKAFQLWSNVTPLTFTKVSEGQADIMISFVRGDHRDNSPFDGPGGNLAHAFQPGPGIGGDAHFDEDERWTNNFREYNLHRVAAHELGHSLGLSHSTDIGALMYPSYTFSGDVQLAQDDIDGIQAIYGRSQNPVQP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	METALLOPROTEINASE INHIBITOR 1
分子量 formula_weight	14269.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

CTCVPPHPQTAFCNSDLVIRAKFVGTPEVNQTTLYQRYEIKMTKMYKGFQALGDAADIRFVYTPAMESVCGYFHRSHNRSEEFLIAGKLQDGLLHITTCSFVAPWNSLSLAQRRGFTKTYTVGCEE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2j0ta_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2j0tb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2j0tc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2j0td_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.3 — TIMP-like
家族 Family family	b.40.3.1 — Tissue inhibitor of metalloproteinases, TIMP

结构域编号 domain_id	d2j0te_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.3 — TIMP-like
家族 Family family	b.40.3.1 — Tissue inhibitor of metalloproteinases, TIMP

结构域编号 domain_id	d2j0tf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.3 — TIMP-like
家族 Family family	b.40.3.1 — Tissue inhibitor of metalloproteinases, TIMP

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2j0tA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	2j0tB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	2j0tC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	2j0tD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2j0tE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2j0tF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	158.098 Å
晶胞边长 b length_b	67.850 Å
晶胞边长 c length_c	86.241 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.540 Å
最低分辨率 resolution_low	23.000 Å
R 因子 r_factor	0.2490
R_work r_work	0.2480
R_free r_free	0.2750

fit	/app/data/saxs_computation/j0/2j0t/2j0t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j0/2j0t/2j0t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j0/2j0t/2j0t.dat

Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INTERSTITIAL COLLAGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

METALLOPROTEINASE INHIBITOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)