SAXSdb — 2jq7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S RIBOSOMAL PROTEIN L11

THERMOTOGA MARITIMA

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–141	未记录	RIBOSOMAL RNA × 1 THIOSTREPTON × 1 （P0C8P8）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）220；压力 1 NMR样品组成：0.3 MM [U-13C, U-15N U-2H] RIBOSOMAL PROTEIN L11, 0.3 MM RIBOSOMAL RNA, 0.3 MM THIOSTREPTON ANTIBIOTIC, 20 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 200 MM POTASSIUM CHLORIDE, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2JQ7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EG0 FITTING OF COMPONENTS WITH KNOWN STRUCTURE INTO AN 11.5 A CRYO-EM MAP OF THE E.COLI 70S RIBOSOME 提交 2000-02-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：pentadecameric	链 K 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Hepes, 6 mM Mg(CH3COO)2 150 mM NH4Cl, 4 mM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.50 Å
1JQM Fitting of L11 protein and elongation factor G (EF-G) in the cryo-em map of e. coli 70S ribosome bound with EF-G, GDP and fusidic acid 提交 2001-08-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6	分辨率 18.00 Å
1JQS Fitting of L11 protein and elongation factor G (domain G' and V) in the cryo-em map of E. coli 70S ribosome bound with EF-G and GMPPCP, a nonhydrolysable GTP analog 提交 2001-08-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 18.00 Å
1JQT Fitting of L11 protein in the low resolution cryo-EM map of E.coli 70S ribosome 提交 2001-08-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–139（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 18.00 Å
1MMS Crystal structure of the ribosomal PROTEIN L11-RNA complex 提交 1999-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–140（140 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 10 MMC METHYL MERCURY ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；25% GLYCEROL, 15% PEG 4000, 50 MM TRIS PH 7.5, 50 MM MGCL2, 20 MM CDCL2, 0.2 M KCL, 1 MM DITHIOTHREITOL, 4 DEGREES C, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.57 Å R-free 0.254
1MMS Crystal structure of the ribosomal PROTEIN L11-RNA complex 提交 1999-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–140（140 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 9 MMC METHYL MERCURY ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；25% GLYCEROL, 15% PEG 4000, 50 MM TRIS PH 7.5, 50 MM MGCL2, 20 MM CDCL2, 0.2 M KCL, 1 MM DITHIOTHREITOL, 4 DEGREES C, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.57 Å R-free 0.254
1MVR Decoding Center & Peptidyl transferase center from the X-ray structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome, aligned to the low resolution Cryo-EM map of E.coli 70S Ribosome 提交 2002-09-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：octameric	链 L 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 polymix buffer；pH 7.5；polymix buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 12.80 Å
1OLN Model for thiostrepton antibiotic binding to L11 substrate from 50S ribosomal RNA 提交 2003-08-08	构建体不同实验方法不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 2–141（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	实验方法未声明 NMR测量条件 pH 6.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100 MM NACL, 5 MM MGCL2；压力 1	分辨率未提供
1PN7 Coordinates of S12, L11 proteins and P-tRNA, from the 70S X-ray structure aligned to the 70S Cryo-EM map of E.coli ribosome 提交 2003-06-12	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 L 7–139（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 10.80 Å
1PN8 Coordinates of S12, L11 proteins and E-site tRNA from 70S crystal structure separately fitted into the Cryo-EM map of E.coli 70S.EF-G.GDPNP complex. The atomic coordinates originally from the E-site tRNA were fitted in the position of the hybrid P/E-site tRNA. 提交 2003-06-12	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 L 7–139（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 10.80 Å
1R2W Coordinates of L11 with 58nts of 23S rRNA fitted into the cryo-EM map of the 70S ribosome 提交 2003-09-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid freezing in liquid ethane	分辨率 9.00 Å
1R2X Coordinates of L11 with 58nts of 23S rRNA fitted into the cryo-EM map of EF-Tu ternary complex (GDP.Kirromycin) bound 70S ribosome 提交 2003-09-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid freezing in liquid ethane	分辨率 9.00 Å
2BCW Coordinates of the N-terminal domain of ribosomal protein L11,C-terminal domain of ribosomal protein L7/L12 and a portion of the G' domain of elongation factor G, as fitted into cryo-em map of an Escherichia coli 70SEF-GGDP*fusidic acid complex 提交 2005-10-19	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 7–71（65 aa）片段：N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine；pH 7.5；20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine cryo-EM玻璃化条件 RAPID-FREEZING IN LIQUID ETHANE	分辨率 11.20 Å
2K3F Ribosomal protein L11 from Thermotoga maritima 提交 2008-05-06	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–141（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 ambient NMR样品组成 1.2 mM [U-100% 15N] L11, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
487D SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2000-02-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 L 8–140（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 7.50 Å
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BL 1–141（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL11_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141

THIOSTREPTON

物种未注明

UniProt P0C8P8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–17	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	50S RIBOSOMAL PROTEIN L11 × 1 （P29395） RIBOSOMAL RNA × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）220；压力 1 NMR样品组成：0.3 MM [U-13C, U-15N U-2H] RIBOSOMAL PROTEIN L11, 0.3 MM RIBOSOMAL RNA, 0.3 MM THIOSTREPTON ANTIBIOTIC, 20 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 200 MM POTASSIUM CHLORIDE, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2JQ7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E9W Structure of the macrocycle thiostrepton solved using the anomalous dispersive contribution from sulfur 提交 2000-10-27	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–17（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；1ML 15.38MG/ML THIOSTREPTON IN CHLOROFORM_ISOAMYL ALCOHOL + 100 MICROL GLYCEROL + 200 MICROL ETHANOL. BATCH METHOD, pH 7.00	分辨率 1.02 Å R-free 0.142
1OLN Model for thiostrepton antibiotic binding to L11 substrate from 50S ribosomal RNA 提交 2003-08-08	实验方法不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 B 1–17（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	实验方法未声明 NMR测量条件 pH 6.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100 MM NACL, 5 MM MGCL2；压力 1	分辨率未提供
2L2W Thiostrepton 提交 2010-08-27	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–17（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K；压力 ambient NMR样品组成 10 mM thiostrepton, chloroform-d/ethanol-d5 5:1 \| chloroform-d/ethanol-d5 5:1	分辨率未提供
2L2X Thiostrepton, oxidized at CA-CB bond of residue 9 提交 2010-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–16（16 aa）片段：residues 1-16	突变：(DCY)9(BB9) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K；压力 ambient NMR样品组成 10 mM thiostrepton (BB9, 9), chloroform-d/ethanol-d5 5:1 \| chloroform-d/ethanol-d5 5:1	分辨率未提供
2L2Y Thiostrepton, epimer form of residue 9 提交 2010-08-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–16（16 aa）片段：residues 1-16	突变：(DCY)9C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K；压力 ambient NMR样品组成 10 mM thiostrepton (epi,9), chloroform-d/ethanol-d5 5:1 \| chloroform-d/ethanol-d5 5:1	分辨率未提供
2L2Z Thiostrepton, reduced at N-CA bond of residue 14 提交 2010-08-27	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–17（17 aa）	突变：(MH6)14(DSN) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K；压力 ambient NMR样品组成 10 mM thiostrepton (DSN 14), chloroform-d/ethanol-d5 5:1 \| chloroform-d/ethanol-d5 5:1	分辨率未提供
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 5 1–17（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.30 Å R-free 0.318
4HP2 Invariom refinement of a new dimeric monoclinic 2 solvate of thiostrepton at 0.64 angstrom resolution 提交 2012-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 56–72（17 aa）片段：UNP RESIDUES 56-72 链 B 56–72（17 aa）片段：UNP RESIDUES 56-72	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	DMF DIMETHYLFORMAMIDE × 8 ETZ diethyl ether × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；DIMETHYLFORMAMID, DIETHYLETHER, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION	分辨率 0.64 Å
5D8H CRYSTAL STRUCTURE OF THE BASE OF THE RIBOSOMAL P STALK FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII WITH ANTIBIOTIC THIOSTREPTON 提交 2015-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 D 0–18（19 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 11 NA SODIUM ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 mM Tris-HCl, pH 7.5, 10% PEG 8000, 20% glycerol, 1 mM TCEP (tris(2-carboxyethyl)phosphine), 0.125 mM CTAB	分辨率 2.80 Å R-free 0.245

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THCL_STRAJ
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–18； UniProt 1–17

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2jq7
沉积日期 deposition_date	2007-05-30
结构标题 title	Model for thiostrepton binding to the ribosomal L11-RNA
关键词 keywords	RIBOSOME-ANTIBIOTIC COMPLEX, THIOPEPTIDE, ANTIBACTERIAL, THIAZOLE, THIAZOLINE, OXAZOLE, RIBOSOME, L11, TRANSLATION INHIBITION; RIBOSOME/ANTIBIOTIC
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.74 Å
零角强度 I(0) i0	3283190000.00
分子量 molecular_weight	348970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	380030 Å³
包络体积 envelope_volume	64055 Å³
水化壳体积 shell_volume	24932 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.9 Å
壳层 Rg shell_rg	28.30 Å
包络 Rg envelope_rg	21.29 Å
形状 Rg shape_rg	19.69 Å
总 Rg total_rg	19.98 Å
总原子数 total_atoms	23630
残基数 n_residues	1980
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.2 Å
Rg (实空间) rg_real	19.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2920e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3283000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9095
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.173
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.500
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3226000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
分子量 formula_weight	15111.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	23630

MAKKVAAQIKLQLPAGKATPAPPVGPALGQHGVNIMEFCKRFNAETADKAGMILPVVITVYEDKSFTFIIKTPPASFLLKKAAGIEKGSSEPKRKIVGKVTRKQIEEIAKTKMPDLNANSLEAAMKIIEGTAKSMGIEVVD

来源 Source

来源生物 organism	THERMOTOGA MARITIMA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RIBOSOMAL RNA
分子量 formula_weight	18693.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GCUGGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAGUGCGUAACAGCUCACCAGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	THIOSTREPTON
分子量 formula_weight	1806.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

XIASASCTTCICTCSCSSX

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2jq7a1
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.1 — Ribosome complexes

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2jq7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1550 — Ribosomal protein L11, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2jq7A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/jq/2jq7/2jq7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jq/2jq7/2jq7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jq/2jq7/2jq7.dat

Model for thiostrepton binding to the ribosomal L11-RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S RIBOSOMAL PROTEIN L11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

THIOSTREPTON

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)