2kyg

Structure of the AML1-ETO Nervy Domain - PKA(RIIa) complex and its contribution to AML1-ETO activity

Method: SOLUTION NMR Dmax: 52.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit

Homo sapiens

UniProt P13861

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–45 链 B; UniProt 1–45 未记录 Protein CBFA2T1 × 1 (Q06455) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 4;303 K;离子强度(mmCIF原始值)0.0;压力 ambient NMR样品组成:2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NHR3, 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PKA(RIIa), 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–50; UniProt 1–45 作者链 B; PDB构建体 6–50; UniProt 1–45

Protein CBFA2T1

Homo sapiens

UniProt Q06455

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 437–467 未记录 cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit × 2 (P13861) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 4;303 K;离子强度(mmCIF原始值)0.0;压力 ambient NMR样品组成:2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NHR3, 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PKA(RIIa), 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTG8_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 8–38; UniProt 437–467

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kyg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kyg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kyg
沉积日期 deposition_date2010-05-25
结构标题 titleStructure of the AML1-ETO Nervy Domain - PKA(RIIa) complex and its contribution to AML1-ETO activity
关键词 keywordsprotein/protein, homodimer bound to monomer, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.19
零角强度 I(0) i0752937000.00
分子量 molecular_weight231100.0 kDa
排除体积 excluded_volume289470 ų
包络体积 envelope_volume63217 ų
水化壳体积 shell_volume24039 ų
包络直径 envelope_diameter78.7
壳层 Rg shell_rg29.07
包络 Rg envelope_rg22.43
形状 Rg shape_rg16.07
总 Rg total_rg16.98
总原子数 total_atoms32505
残基数 n_residues2070
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.6
Rg (实空间) rg_real17.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.10
I(0) (实空间) i0_real7.3560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.5390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal752900000.0000
解质量估计 total_estimate0.6829
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary19.4
偏度 Skewness skewness0.317
峰度 Kurtosis kurtosis-0.312
角度范围 angular_range— – 0.4600 −1
当前正则化参数 α current_alpha9.2080
最高正则化参数 α highest_alpha759100.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 0.930; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.232

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2kyga1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.31 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
超家族 Superfamily superfamilya.31.1 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
家族 Family familya.31.1.1 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
结构域编号 domain_idd2kyga2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2kygb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.31 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
超家族 Superfamily superfamilya.31.1 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
家族 Family familya.31.1.1 — Dimerization-anchoring domain of cAMP-dependent PK regulatory subunit
结构域编号 domain_idd2kygb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2kygA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology890 — cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain
结构域编号 domain_id2kygB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology890 — cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)