SAXSdb — 2l04

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major tail protein V

Enterobacteria phage lambda

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 160–246	片段：C-terminal, UNP residues 160-246	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）.2；压力 ambient NMR样品组成：50 mM sodium phosphate-1, 200 mM sodium chloride-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：50 mM sodium phosphate-3, 200 mM sodium chloride-4, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2L04	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K4Q The Solution Structure of gpV, the Major Tail Protein from Bacteriophage Lambda 提交 2008-06-16	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–153（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient NMR样品组成 50 mM sodium phosphate, 0.6 mM DSS, 200 mM sodium chloride, 8-10 % D2O, 0.1% % sodium azide, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] gpV protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] gpV protein, 90-99 % D2O, 0.6 mM DSS, 50 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 90% D2O, 10% H2O \| 90% D2O, 10% H2O	分辨率未提供
6P3E Mobile loops and electrostatic interactions maintain the flexible lambda tail tube 提交 2019-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）链 G 1–246（246 aa）链 H 1–246（246 aa）链 I 1–246（246 aa）链 J 1–246（246 aa）链 K 1–246（246 aa）链 L 1–246（246 aa）链 M 1–246（246 aa）链 N 1–246（246 aa）链 O 1–246（246 aa）链 P 1–246（246 aa）链 Q 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
7T2E Structure of bacteriophage lambda tube protein V in C6 提交 2021-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–157（156 aa）链 B 2–157（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7T4F Structure of bacteriophage lambda tube protein V in C3 提交 2021-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–246（245 aa）链 B 2–246（245 aa）链 C 2–246（245 aa）链 D 2–246（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8IYD Tail cap of phage lambda tail 提交 2023-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）链 H 1–246（246 aa）链 I 1–246（246 aa）链 J 1–246（246 aa）链 L 1–246（246 aa）链 M 1–246（246 aa）链 N 1–246（246 aa）链 O 1–246（246 aa）链 P 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 S 1–246（246 aa）链 T 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 X 1–246（246 aa）链 Y 1–246（246 aa）链 a 1–246（246 aa）链 b 1–246（246 aa）链 c 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å
8IYK Tail tip conformation 1 of phage lambda tail 提交 2023-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 G 1–246（246 aa）链 Q 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 S 1–246（246 aa）链 T 1–246（246 aa）链 U 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 W 1–246（246 aa）链 X 1–246（246 aa）链 a 1–246（246 aa）链 b 1–246（246 aa）链 c 1–246（246 aa）链 d 1–246（246 aa）链 i 1–246（246 aa）链 j 1–246（246 aa）链 k 1–246（246 aa）链 l 1–246（246 aa）链 n 1–246（246 aa）链 o 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 2.95 Å
8IYL Tail tip conformation 2 of phage lambda tail 提交 2023-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 O 1–246（246 aa）链 P 1–246（246 aa）链 Q 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 S 1–246（246 aa）链 T 1–246（246 aa）链 U 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 W 1–246（246 aa）链 a 1–246（246 aa）链 b 1–246（246 aa）链 c 1–246（246 aa）链 g 1–246（246 aa）链 h 1–246（246 aa）链 i 1–246（246 aa）链 j 1–246（246 aa）链 k 1–246（246 aa）链 l 1–246（246 aa）链 n 1–246（246 aa）链 o 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
8K35 Structure of the bacteriophage lambda tail tip complex 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 L 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 T 1–246（246 aa）链 U 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 W 1–246（246 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
8K36 Structure of the bacteriophage lambda tail tube 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）链 G 1–246（246 aa）链 H 1–246（246 aa）链 I 1–246（246 aa）链 J 1–246（246 aa）链 K 1–246（246 aa）链 L 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.48 Å
8K37 Structure of the bacteriophage lambda neck 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 G 1–246（246 aa）链 H 1–246（246 aa）链 I 1–246（246 aa）链 J 1–246（246 aa）链 K 1–246（246 aa）链 L 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8KGE Dimeric tail tube protein gpVs of bacteriophage lambda 提交 2023-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 V 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.80 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric	链 O 1–246（246 aa）链 O1 1–246（246 aa）链 O2 1–246（246 aa）链 P 1–246（246 aa）链 P1 1–246（246 aa）链 P2 1–246（246 aa）链 Q 1–246（246 aa）链 Q1 1–246（246 aa）链 Q2 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 R1 1–246（246 aa）链 R2 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 V1 1–246（246 aa）链 V2 1–246（246 aa）链 o 1–246（246 aa）链 o1 1–246（246 aa）链 o2 1–246（246 aa）链 p 1–246（246 aa）链 p1 1–246（246 aa）链 p2 1–246（246 aa）链 q 1–246（246 aa）链 q1 1–246（246 aa）链 q2 1–246（246 aa）链 r 1–246（246 aa）链 r1 1–246（246 aa）链 r2 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）链 v1 1–246（246 aa）链 v2 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å
9E7M In situ cryoEM structure of bacteriophage Ur-lambda tail tip complex 提交 2024-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 Va 3–157（155 aa）链 Vb 3–157（155 aa）链 Vc 3–157（155 aa）链 Vd 3–157（155 aa）链 Ve 3–157（155 aa）链 Vf 3–157（155 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VMTV_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–91； UniProt 160–246

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2l04
沉积日期 deposition_date	2010-06-30
结构标题 title	The Solution Structure of the C-terminal Ig-like Domain of the Bacteriophage Lambda Tail Tube Protein
关键词 keywords	bacteriophage lambda, phage tail, gpV, Ig-like domain, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.99 Å
零角强度 I(0) i0	443660000.00
分子量 molecular_weight	177200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	221860 Å³
包络体积 envelope_volume	17492 Å³
水化壳体积 shell_volume	10478 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.2 Å
壳层 Rg shell_rg	19.93 Å
包络 Rg envelope_rg	16.10 Å
形状 Rg shape_rg	13.97 Å
总 Rg total_rg	14.18 Å
总原子数 total_atoms	25120
残基数 n_residues	1820
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.5 Å
Rg (实空间) rg_real	14.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	443700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7578
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	13.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.535
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.235
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	235800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.428; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.568; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2l04A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1080 —

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Major tail protein V
分子量 formula_weight	8882.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	25120

来源生物 organism	Enterobacteria phage lambda
通用名 common_name	Bacteriophage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/l0/2l04/2l04.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l0/2l04/2l04.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l0/2l04/2l04.dat

The Solution Structure of the C-terminal Ig-like Domain of the Bacteriophage Lambda Tail Tube Protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major tail protein V

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)