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2lo6

Structure of Nrd1 CID bound to phosphorylated RNAP II CTD

Method: SOLUTION NMR Dmax: 58.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein NRD1

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt P53617

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–153 片段：CID domain residues 1-154 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P04050） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成：2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Nrd1 polypeptide, 2.3 mM phosphopeptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2LO6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2M88 NMR structure of a two-domain RNA-binding fragment of Nrd1 提交 2013-05-08 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 307–491（185 aa） 片段：UNP residues 307-491
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 8；293 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 8；293 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 8；293 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.4 mM [U-13C; U-15N] Nrd1, 50 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] Nrd1, 50 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Nrd1, 50 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MOW Structure of Nrd1p CID - Trf4p NIM complex 提交 2014-05-06 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–153（153 aa） 片段：CID (UNP residues 1-153)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 8；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成 1.5 mM Trf4p, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nrd1p, 100 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3CLJ Structure of the RNA polymerase II CTD-interacting domain of Nrd1 提交 2008-03-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 6–151（146 aa） 片段：CTD-interacting domain, unp residues 6-151
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Na-citrate buffer, 1.4 M (NH4)2SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.220
5O1T Solution structure of the RNA binding domain of Nrd1 提交 2017-05-19 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 290–468（179 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）59.1；压力 1
NMR样品组成 600 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Nrd1, 25 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 800 uM Nrd1, 25 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] expect for Phe and Leu residues Nrd1, 25 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] expect for Ile residues Nrd1, 25 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] expect for Arg residues Nrd1, 25 mM potassium phosphate, 25 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5O1W Structure of Nrd1 RNA binding domain 提交 2017-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 301–489（189 aa） 片段：UNP residues 301-489
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；12% PEG 8000, 0.1 M Bicine pH 9
分辨率 2.30 Å R-free 0.233
5O1X Structure of Nrd1 RNA binding domain 提交 2017-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 290–468（179 aa） 片段：UNP residues 290-468
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 SCN THIOCYANATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Potassium Thiocyanate, 23% PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.208
5O1Y Structure of Nrd1 RNA binding domain in complex with RNA (GUAA) 提交 2017-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 290–468（179 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；1M Sodium Potassium Phosphate pH 7.4
分辨率 2.45 Å R-free 0.217
5O1Z Structure of Nrd1 RNA binding domain in complex with RNA (CGUAAA) 提交 2017-05-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 290–468（179 aa） 片段：UNP residues 290-468
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；1M Sodium Potassium Phosphate pH 7.4
分辨率 3.40 Å R-free 0.216
5O20 Structure of Nrd1 RNA binding domain in complex with RNA (UUAGUAAUCC) 提交 2017-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 290–468（179 aa）
未记录 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；1M Sodium Potassium Phosphate pH 7.4
分辨率 3.53 Å R-free 0.269
6GC3 Structure of Nrd1 CID - Sen1 NIM complex 提交 2018-04-17 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–153（153 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CTD-interacting domain of Nrd1, 1.5 mM ASP-ASP-ASP-GLU-ASP-ASP-TYR-THR-PRO-SER-ILE-SER, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6O3W Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM1 提交 2019-02-27 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 6–156（151 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
分辨率 2.10 Å R-free 0.204
6O3W Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM1 提交 2019-02-27 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 6–156（151 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
分辨率 2.10 Å R-free 0.204
6O3X Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM2 提交 2019-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 6–156（151 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
分辨率 1.99 Å R-free 0.226
6O3X Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM2 提交 2019-02-27 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 6–156（151 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
分辨率 1.99 Å R-free 0.226
6O3X Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM2 提交 2019-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 6–156（151 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
分辨率 1.99 Å R-free 0.226
6O3Y Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM3 提交 2019-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 6–156（151 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
分辨率 2.80 Å R-free 0.300
6O3Y Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM3 提交 2019-02-27 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 6–156（151 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
分辨率 2.80 Å R-free 0.300
6O3Y Crystal structure of yeast Nrd1 CID in complex with Sen1 NIM3 提交 2019-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 6–156（151 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；sodium citrate, lithium chloride, PEG 6000
分辨率 2.80 Å R-free 0.300

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NRD1_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

物种未注明

UniProt P04050

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1556–1569 片段：UNP residues 1556-1569 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Protein NRD1 × 1 （P53617） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成：2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Nrd1 polypeptide, 2.3 mM phosphopeptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2LO6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1I3Q RNA POLYMERASE II CRYSTAL FORM I AT 3.1 A RESOLUTION 提交 2001-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 6000, Ammoniumhydrogenphosphate, Sodiumdihydrogenphosphate, dioxane, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.283
1I50 RNA POLYMERASE II CRYSTAL FORM II AT 2.8 A RESOLUTION 提交 2001-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；PEG 6000, AMMONIUMHYDROGENPHOSPHATE, SODIUMDIHYDROGENPHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
分辨率 2.80 Å R-free 0.282
1I50 RNA POLYMERASE II CRYSTAL FORM II AT 2.8 A RESOLUTION 提交 2001-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；PEG 6000, AMMONIUMHYDROGENPHOSPHATE, SODIUMDIHYDROGENPHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
分辨率 2.80 Å R-free 0.282
1I6H RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX 提交 2001-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；PEG 6000, AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K
分辨率 3.30 Å R-free 0.298
1K83 Crystal Structure of Yeast RNA Polymerase II Complexed with the Inhibitor Alpha Amanitin 提交 2001-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；PH 6.00
分辨率 2.80 Å R-free 0.280
1NIK Wild Type RNA Polymerase II 提交 2002-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.3；291 K；peg400, peg 6K, NaCl, Dioaxne, ZnCl2, Ammonium phosphate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.30
分辨率 4.10 Å R-free 0.360
1NT9 Complete 12-subunit RNA polymerase II 提交 2003-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 20000, ammonium sodium phosphate, sodium chloride, dioxane, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 4.20 Å
1PQV RNA polymerase II-TFIIS complex 提交 2003-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；sodium-ammonium tartrate, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.80 Å
1R5U RNA POLYMERASE II TFIIB COMPLEX 提交 2003-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；ammonium sulfate, MES, NaCl, CdCl2, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.50 Å R-free 0.373
1R9S RNA POLYMERASE II STRAND SEPARATED ELONGATION COMPLEX, MATCHED NUCLEOTIDE 提交 2003-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 6000, Ammonium hydrogen phosphate, sodium dihydrogen phosphate, dioxane, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.25 Å R-free 0.398
1R9T RNA POLYMERASE II STRAND SEPARATED ELONGATION COMPLEX, MISMATCHED NUCLEOTIDE 提交 2003-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 6000, Ammonium hydrogen phosphate, sodium dihydrogen phosphate, dioxane, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.317
1SFO RNA POLYMERASE II STRAND SEPARATED ELONGATION COMPLEX 提交 2004-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 6000, ammonium sodium phosphate, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.61 Å R-free 0.343
1TWA RNA polymerase II complexed with ATP 提交 2004-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 6000, AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.246
1TWC RNA polymerase II complexed with GTP 提交 2004-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；PEG 6000, AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.255
1TWF RNA polymerase II complexed with UTP at 2.3 A resolution 提交 2004-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；PEG 6000, AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.294
1TWF RNA polymerase II complexed with UTP at 2.3 A resolution 提交 2004-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MN MANGANESE (II) ION × 4 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；PEG 6000, AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.294
1TWG RNA polymerase II complexed with CTP 提交 2004-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 8 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；PEG 6000, AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.281
1TWG RNA polymerase II complexed with CTP 提交 2004-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：40-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 ZN ZINC ION × 32 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；PEG 6000, AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.281
1TWG RNA polymerase II complexed with CTP 提交 2004-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 ZN ZINC ION × 16 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；PEG 6000, AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.281
1TWH RNA polymerase II complexed with 2'dATP 提交 2004-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 6000, AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.40 Å R-free 0.262
1WCM Complete 12-Subunit RNA Polymerase II at 3.8 Angstrom 提交 2004-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å R-free 0.285
1Y1V Refined RNA Polymerase II-TFIIS complex 提交 2004-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å R-free 0.294
1Y1W Complete RNA Polymerase II elongation complex 提交 2004-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 4.00 Å R-free 0.276
1Y1Y RNA Polymerase II-TFIIS-DNA/RNA complex 提交 2004-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 4.00 Å
1Y77 Complete RNA Polymerase II elongation complex with substrate analogue GMPCPP 提交 2004-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 4.50 Å
2B63 Complete RNA Polymerase II-RNA inhibitor complex 提交 2005-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 200 mM ammonium acetate, 150 mM magnesium acetate, 50 mM Hepes (pH 7.0), 5% PEG 6000, and 5 mM TCEP
分辨率 3.80 Å R-free 0.273
2B8K 12-subunit RNA Polymerase II 提交 2005-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 4.15 Å
2E2H RNA polymerase II elongation complex at 5 mM Mg2+ with GTP 提交 2006-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.95 Å R-free 0.368
2E2I RNA polymerase II elongation complex in 5 mM Mg+2 with 2'-dGTP 提交 2006-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.41 Å R-free 0.316
2E2J RNA polymerase II elongation complex in 5 mM Mg+2 with GMPCPP 提交 2006-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.306
2JA5 CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex A 提交 2006-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00
分辨率 3.80 Å R-free 0.280
2JA6 CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex B 提交 2006-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 4.00 Å R-free 0.301
2JA7 CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex C 提交 2006-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 3.80 Å R-free 0.275
2JA7 CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex C 提交 2006-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 M 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 3.80 Å R-free 0.275
2JA8 CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex D 提交 2006-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 3.80 Å R-free 0.288
2NVQ RNA Polymerase II Elongation Complex in 150 mM Mg+2 with 2'dUTP 提交 2006-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 DUT DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；200mM NH4OAc, 150mM Mg(OAc)2, 50mM Hepes, pH 7.0, 5% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.283
2NVT RNA Polymerase II Elongation Complex in 150 mM Mg+2 with GMPCPP 提交 2006-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；200mM NH4OAc, 150mM Mg(OAc)2, 50mM Hepes, pH 7.0, 5% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.36 Å R-free 0.283
2NVX RNA polymerase II elongation complex in 5 mM Mg+2 with 2'-dUTP 提交 2006-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 DUT DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.60 Å R-free 0.304
2NVY RNA Polymerase II form II in 150 mM Mn+2 提交 2006-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 12% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.40 Å R-free 0.323
2NVY RNA Polymerase II form II in 150 mM Mn+2 提交 2006-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 12% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.40 Å R-free 0.323
2NVZ RNA Polymerase II elongation complex with UTP, updated 11/2006 提交 2006-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-12% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.30 Å R-free 0.332
2R7Z Cisplatin lesion containing RNA polymerase II elongation complex 提交 2007-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 CPT Cisplatin × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；200 mM ammonium acetate, 150 mM magnesium acetate, 50 mM Hepes pH 7.0, 5% (v/v) PEG 6000, 5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.80 Å R-free 0.240
2R92 Elongation complex of RNA polymerase II with artificial RdRP scaffold 提交 2007-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；295 K；5% (w/v) PEG 6000, 200 mM ammonium acetate, 150 mM magnesium acetate, 50 mM Hepes pH 7.0, 5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K, pH 7.00
分辨率 3.80 Å R-free 0.246
2R93 Elongation complex of RNA polymerase II with a hepatitis delta virus-derived RNA stem loop 提交 2007-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；5% (w/v) PEG 6000, 200 mM ammonium acetate, 150 mM magnesium acetate, 50 mM Hepes pH 7.0, 5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
分辨率 4.00 Å R-free 0.241
2VUM Alpha-amanitin inhibited complete RNA polymerase II elongation complex 提交 2008-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；200 MM AMMONIUM ACETATE, 300 MM SODIUM ACETATE, 50 MM HEPES PH 7.0, 4-7% PEG 6000, 5 MM TCEP
分辨率 3.40 Å R-free 0.288
2YU9 RNA polymerase II elongation complex in 150 mm MG+2 with UTP 提交 2007-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 UTP URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；200MM NH4OAC, 150MM MG(OAC)2, 50MM HEPES, PH 7.0, 5% PEG6000, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.40 Å R-free 0.344
3CQZ Crystal structure of 10 subunit RNA polymerase II in complex with the inhibitor alpha-amanitin 提交 2008-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.273
3FKI 12-Subunit RNA Polymerase II Refined with Zn-SAD data 提交 2008-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；5-7% PEG 4000, 50 mM HEPES pH 7.0, 10 mM DTT, 70 mM glucosamine, 50 mM dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.88 Å R-free 0.301
3GTG Backtracked RNA polymerase II complex with 12mer RNA 提交 2009-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa） 片段：DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM Dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.78 Å R-free 0.300
3GTJ Backtracked RNA polymerase II complex with 13mer RNA 提交 2009-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa） 片段：DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM Dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.42 Å R-free 0.292
3GTK Backtracked RNA polymerase II complex with 18mer RNA 提交 2009-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa） 片段：DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM Dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.80 Å R-free 0.278
3GTL Backtracked RNA polymerase II complex with 13mer with G<>U mismatch 提交 2009-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa） 片段：DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM Dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.38 Å R-free 0.322
3GTM Co-complex of Backtracked RNA polymerase II with TFIIS 提交 2009-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–1733（1733 aa） 片段：DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM Dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.80 Å R-free 0.289
3GTO Backtracked RNA polymerase II complex with 15mer RNA 提交 2009-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa） 片段：DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM Dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.00 Å R-free 0.290
3GTP Backtracked RNA polymerase II complex with 24mer RNA 提交 2009-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa） 片段：DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM Dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.90 Å R-free 0.299
3GTQ Backtracked RNA polymerase II complex induced by damage 提交 2009-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa） 片段：DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM Dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.80 Å R-free 0.335
3H3V Yeast RNAP II containing poly(A)-signal sequence in the active site 提交 2009-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 B 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；295 K；200 mM ammonium acetate, 50mM HEPES pH 7.0, 4% polyethylene glycol 6000, 5mM TCEP (tris (2-carboxyethyl) phosphine hydrochloride), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0 K
分辨率 4.00 Å R-free 0.241
3HOU Complete RNA polymerase II elongation complex I with a T-U mismatch 提交 2009-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；200mM ammonium acetate, 300mM SODIUM ACETATE, 50mM Hepes pH 7.0, 4-6% PEG 6000, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.252
3HOU Complete RNA polymerase II elongation complex I with a T-U mismatch 提交 2009-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 M 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；200mM ammonium acetate, 300mM SODIUM ACETATE, 50mM Hepes pH 7.0, 4-6% PEG 6000, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.252
3HOV Complete RNA polymerase II elongation complex II 提交 2009-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；200mM ammonium acetate, 300mM SODIUM ACETATE,, 50mM Hepes pH 7.0, 4-6% PEG 6000, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.50 Å R-free 0.226
3HOW Complete RNA polymerase II elongation complex III with a T-U mismatch and a frayed RNA 3'-uridine 提交 2009-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；200mM ammonium acetate, 300mM SODIUM ACETATE, 50mM Hepes pH 7.0, 4-6% PEG 6000, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.60 Å R-free 0.254
3HOX Complete RNA polymerase II elongation complex V 提交 2009-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；200mM ammonium acetate, 300mM SODIUM ACETATE, 50mM Hepes pH 7.0, 4-6% PEG 6000, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.65 Å R-free 0.250
3HOY Complete RNA polymerase II elongation complex VI 提交 2009-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.40 Å R-free 0.254
3HOZ Complete RNA polymerase II elongation complex IV with a T-U mismatch and a frayed RNA 3'-guanine 提交 2009-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20mM ammonium acetate, 300mM SODIUM ACETATE, 50mM Hepes pH 7.0, 4-6% PEG 6000, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.65 Å R-free 0.253
3I4M 8-oxoguanine containing RNA polymerase II elongation complex D 提交 2009-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；200mM ammonium acetate, 300mM sodium acetate, 50mM Hepes, 4%(w/v) PEG 6000, 5mM TCEP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.70 Å R-free 0.258
3I4N 8-oxoguanine containing RNA polymerase II elongation complex E 提交 2009-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；5%(w/v) PEG 6000, 200mM ammonium acetate, 300mM sodium acetate, 50mM Hepes, 5mM TCEP , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.90 Å R-free 0.266
3J1N Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module 提交 2012-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1455（1455 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT；pH 8；25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 Blot for ~2 sec before plunging；77 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for approximately 2 seconds before plunging into liquid ethane.
分辨率 16.00 Å
3K1F Crystal structure of RNA Polymerase II in complex with TFIIB 提交 2009-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；800 mM sodium ammonium tartrate, 100 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.30 Å R-free 0.255
3K7A Crystal Structure of an RNA polymerase II-TFIIB complex 提交 2009-10-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；295 K；1.2 M sodium/potassium phosphate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.80 Å R-free 0.313
3M3Y RNA polymerase II elongation complex C 提交 2010-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 C7P cis-diammine(pyridine)chloroplatinum(II) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG6,000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.18 Å R-free 0.255
3M4O RNA polymerase II elongation complex B 提交 2010-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 C7P cis-diammine(pyridine)chloroplatinum(II) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-11% PEG6,000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.57 Å R-free 0.292
3PO2 Arrested RNA Polymerase II elongation complex 提交 2010-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；4-7% PEG6000, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM ammonium acetate, 300mM sodium acetate, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.178
3PO3 Arrested RNA Polymerase II reactivation intermediate 提交 2010-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；4-7% PEG6000, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM AMMONIUM ACETATE, 300mM SODIUM ACETATE, 5mM TCEP , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.189
3QT1 RNA polymerase II variant containing A Chimeric RPB9-C11 subunit 提交 2011-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；200mM ammonium acetate, 300mM SODIUM ACETATE, 50mM Hepes pH 7.0, 5-6% PEG 6000, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 4.30 Å R-free 0.281
3RZD RNA Polymerase II Initiation Complex with a 5-nt RNA 提交 2011-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6,000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.30 Å R-free 0.230
3RZO RNA Polymerase II Initiation Complex with a 4-nt RNA 提交 2011-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6.000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.00 Å R-free 0.236
3S14 RNA Polymerase II Initiation Complex with a 6-nt RNA 提交 2011-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6,000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION
分辨率 2.85 Å R-free 0.227
3S15 RNA Polymerase II Initiation Complex with a 7-nt RNA 提交 2011-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6.000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.228
3S16 RNA Polymerase II Initiation Complex with an 8-nt RNA 提交 2011-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6.000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 3.24 Å R-free 0.227
3S17 RNA Polymerase II Initiation Complex with a 9-nt RNA 提交 2011-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.9, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6,000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.20 Å R-free 0.236
3S1M RNA Polymerase II Initiation Complex with a 5-nt RNA (variant 1) 提交 2011-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6.000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 3.13 Å R-free 0.233
3S1N RNA Polymerase II Initiation Complex with a 5-nt RNA (variant 2) 提交 2011-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6.000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.232
3S1Q RNA Polymerase II Initiation Complex with a 5-nt 3'-deoxy RNA soaked with ATP 提交 2011-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6,000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION
分辨率 3.30 Å R-free 0.229
3S1R RNA Polymerase II Initiation Complex with a 5-nt 3'-deoxy RNA soaked with GTP 提交 2011-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6.000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.226
3S2D RNA Polymerase II Initiation Complex with a 5-nt RNA containing a 5Br-U 提交 2011-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6,000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.231
3S2H RNA Polymerase II Initiation Complex with a 6-nt RNA containing a 2[prime]-iodo ATP 提交 2011-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 5.9-6.1, 50mM dioxane, 9-11% PEG 6,000, 15mM DTT, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.240
4A3B RNA Polymerase II initial transcribing complex with a 4nt DNA-RNA hybrid 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1732（1732 aa） 片段：RESIDUES 1-1732
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7
分辨率 3.50 Å R-free 0.197
4A3C RNA Polymerase II initial transcribing complex with a 5nt DNA-RNA hybrid 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1732（1732 aa） 片段：RESIDUES 1-1732
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7
分辨率 3.50 Å R-free 0.184
4A3D RNA Polymerase II initial transcribing complex with a 6nt DNA-RNA hybrid 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1732（1732 aa） 片段：RESIDUES 1-1732
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7
分辨率 3.40 Å R-free 0.186
4A3E RNA Polymerase II initial transcribing complex with a 5nt DNA-RNA hybrid and soaked with AMPCPP 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1732（1732 aa） 片段：RESIDUES 1-1732
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7
分辨率 3.40 Å R-free 0.188
4A3F RNA Polymerase II initial transcribing complex with a 6nt DNA-RNA hybrid and soaked with AMPCPP 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1732（1732 aa） 片段：RESIDUES 1-1732
未记录 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7
分辨率 3.50 Å R-free 0.185
4A3G RNA Polymerase II initial transcribing complex with a 2nt DNA-RNA hybrid 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1732（1732 aa） 片段：RESIDUES 1-1732
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7
分辨率 3.50 Å R-free 0.194
4A3I RNA Polymerase II binary complex with DNA 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–1732（1732 aa） 片段：RESIDUES 1-1732
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7
分辨率 3.80 Å R-free 0.191
4A3J RNA Polymerase II initial transcribing complex with a 2nt DNA-RNA hybrid and soaked with GMPCPP 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1732（1732 aa） 片段：RESIDUES 1-1732
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7
分辨率 3.70 Å R-free 0.194
4A3K RNA Polymerase II initial transcribing complex with a 7nt DNA-RNA hybrid 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1732（1732 aa） 片段：RESIDUES 1-1732
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.185
4A3L RNA Polymerase II initial transcribing complex with a 7nt DNA-RNA hybrid and soaked with AMPCPP 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1732（1732 aa） 片段：RESIDUES 1-1732
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7
分辨率 3.50 Å R-free 0.187
4A3M RNA Polymerase II initial transcribing complex with a 4nt DNA-RNA hybrid and soaked with AMPCPP 提交 2011-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1732（1732 aa） 片段：RESIDUES 1-1732
未记录 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7
分辨率 3.90 Å R-free 0.190
4A93 RNA Polymerase II elongation complex containing a CPD Lesion 提交 2011-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1732（1732 aa） 片段：RESIDUES 1-1732
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；4-7% PEG 6000, 50 MM HEPES PH 7.0, 200 MM AMMONIUM ACETATE, 300MM SODIUM ACETATE, 5 MM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP.
分辨率 3.40 Å R-free 0.199
4BBR Structure of RNA polymerase II-TFIIB complex 提交 2012-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.40 Å R-free 0.211
4BBS Structure of an initially transcribing RNA polymerase II-TFIIB complex 提交 2012-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.60 Å R-free 0.225
4BXX Arrested RNA polymerase II-Bye1 complex 提交 2013-07-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；5-7% PEG6000, 50 MM HEPES PH 7.0, 300 MM SODIUM ACETATE, 5 MM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293 K
分辨率 3.28 Å R-free 0.208
4BXZ RNA Polymerase II-Bye1 complex 提交 2013-07-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；750 MM TRI-SODIUM CITRATE, 100 MM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
分辨率 4.80 Å R-free 0.253
4BY1 elongating RNA Polymerase II-Bye1 TLD complex soaked with AMPCPP 提交 2013-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；5-7% PEG6000, 50 MM HEPES PH 7.0, 200 MM AMMONIUM ACETATE, 300 MM SODIUM ACETATE, 5 MM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293 K
分辨率 3.60 Å R-free 0.206
4BY7 elongating RNA Polymerase II-Bye1 TLD complex 提交 2013-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；5-7% PEG6000, 50 MM HEPES PH 7.0, 200 MM AMMONIUM ACETATE, 300 MM SODIUM ACETATE, 5 MM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293 K
分辨率 3.15 Å R-free 0.212
4GWQ Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae in complex with the carboxy-terminal domain (CTD) of RNA Polymerase II Rpb1 subunit 提交 2012-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 H 1556–1590（35 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；291.2 K；275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K
分辨率 4.50 Å R-free 0.345
4V1M Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.
分辨率 6.60 Å
4V1N Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.
分辨率 7.80 Å
4V1O Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.
分辨率 9.70 Å
4X67 Crystal structure of elongating yeast RNA polymerase II stalled at oxidative Cyclopurine DNA lesions. 提交 2014-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；390 mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, PH 5.9-6.3, 50 mM dioxane, 10 mM DTT, and 10.7% - 11.6% PEG6000
分辨率 4.10 Å R-free 0.289
4X6A Crystal structure of yeast RNA polymerase II encountering oxidative Cyclopurine DNA lesions 提交 2014-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；390 mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, PH 5.9-6.3, 50 mM dioxane, 10 mM DTT, and 10.7% - 11.6% PEG6000
分辨率 3.96 Å R-free 0.296
4Y52 Crystal structure of 5-Carboxycytosine Recognition by RNA Polymerase II during Transcription Elongation. 提交 2015-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；390 mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, 50 mM dioxane, 10 mM DTT, and 10.7-11.6%(w/v) PEG6000
分辨率 3.50 Å R-free 0.232
4Y7N The Structure Insight into 5-Carboxycytosine Recognition by RNA Polymerase II during Transcription Elongation. 提交 2015-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；390 mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.0, 50 mM dioxane, 10 mM DTT, and 10.7-11.6%(w/v) PEG6000
分辨率 3.30 Å R-free 0.250
5C3E Crystal structure of a transcribing RNA Polymerase II complex reveals a complete transcription bubble 提交 2015-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 6000, Ammonium Acetate, Sodium Acetate, DTT
分辨率 3.70 Å R-free 0.220
5C44 Crystal structure of a transcribing RNA Polymerase II complex reveals a complete transcription bubble 提交 2015-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 6000, Ammonium Acetate, Sodium Acetate, DTT
分辨率 3.95 Å R-free 0.236
5C4A Crystal structure of a transcribing RNA Polymerase II complex reveals a complete transcription bubble 提交 2015-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；PEG 4000, POTASSIUM THIOCYANATE, MES, DTT
分辨率 4.20 Å R-free 0.242
5C4J Crystal structure of a transcribing RNA Polymerase II complex reveals a complete transcription bubble 提交 2015-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；PEG 4000, SODIUM MALONATE, HEPES, DTT
分辨率 4.00 Å R-free 0.271
5C4X Crystal structure of a transcribing RNA Polymerase II complex reveals a complete transcription bubble 提交 2015-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；PEG 4000, SODIUM CITRATE, MES, DTT
分辨率 4.00 Å R-free 0.227
5FMF the P-lobe of RNA polymerase II pre-initiation complex 提交 2015-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC；pH 7.6；20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III,
分辨率 6.00 Å
5FYW Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (OC) 提交 2016-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN - ETHANE. INSTRUMENT - FEI VITROBOT MARK IV. QUANTIFOIL R 3.5- 1 HOLEY CARBON GRIDS WERE GLOW-DISCHARGED BEFORE DEPOSITION OF 4.5 MICROLITERS OF SAMPLE. GRIDS WERE THEN BLOTTED FOR 8.5 S AND PLUNGE- FROZEN IN LIQUID ETHANE.
分辨率 4.35 Å
5FZ5 Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (CC) 提交 2016-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 8.80 Å
5IP7 Structure of RNA Polymerase II-Tfg1 peptide complex 提交 2016-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 2–1733（1732 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；PEG 6000, sodium acetate, ammonium acetate, hepes, tcep
分辨率 3.52 Å R-free 0.180
5IP9 Structure of RNA Polymerase II-TFIIF complex 提交 2016-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 2–1733（1732 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；peg 6000, sodium acetate, ammonium acetate, hepes, tcep
分辨率 3.90 Å R-free 0.194
5OQJ STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH 提交 2017-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE BLOTTED FOR 8 S AND PLUNGE-FROZEN IN LIQUID ETHANE.
分辨率 4.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.
分辨率 5.80 Å
5OT2 RNA polymerase II elongation complex in the presence of 3d-Napht-A 提交 2017-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 AHW 2-ethyl-7-methoxy-naphthalene × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；4-7% PEG 6000, 200 mM ammonium acetate, 300 mM sodium acetate, 50 mM HEPES pH 7.0, 5 mM TCEP
分辨率 3.20 Å R-free 0.222
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
链 k 1561–1585（25 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.30 Å
5U5Q 12 Subunit RNA Polymerase II at Room Temperature collected using SFX 提交 2016-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6.3；289.65 K；21-22% PEG 400, 5% PEG 5%, 100 mM Ammonium Phosphate pH 6.3, 100 mM NaCl, 1 mM ZnCl2 and 10 mM DTT
分辨率 3.80 Å R-free 0.271
5VKL SPT6 tSH2-RPB1 1476-1500 pS1493 提交 2017-04-21 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1476–1498（23 aa） 片段：UNP residues 1476-1498
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；40% ethanol, 100 mM Tris pH 7.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.243
5VKO SPT6 tSH2-RPB1 1468-1500 pT1471, pS1493 提交 2017-04-21 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1468–1500（33 aa） 片段：UNP residues 1468-1500
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；10% iso-Propanol, 0.1 M Na Hepes pH 7.5, 20% PEG 4000
分辨率 1.80 Å R-free 0.198
5VVR Ternary complex of RNA Pol II, transcription scaffold and Rad26 提交 2017-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
5VVS RNA pol II elongation complex 提交 2017-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.40 Å
5W4U Pol II elongation complex with an N6-methyladenine-containing template 提交 2017-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 10-12.5% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.60 Å R-free 0.259
5W51 Pol II elongation complex with an N6-methyladenine-containing template and a matched UMPNPP 提交 2017-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 2KH 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 10-12.5% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.40 Å R-free 0.254
6BLO Pol II elongation complex with an abasic lesion at i+1 position 提交 2017-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-12% PEG6000
分辨率 3.40 Å R-free 0.227
6BLP Pol II elongation complex with an abasic lesion at i+1 position, soaking AMPCPP 提交 2017-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-12% PEG6000
分辨率 3.20 Å R-free 0.257
6BM2 Pol II elongation complex with an abasic lesion at i-1 position 提交 2017-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-12% PEG6000
分辨率 3.40 Å R-free 0.244
6BM4 Pol II elongation complex with an abasic lesion at i-1 position,soaking UMPNPP 提交 2017-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 2KH 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-12% PEG6000
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
6BQF Pol II elongation complex with 'dT-AP' at i+1, i-1 position 提交 2017-11-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 50mM dioxane, 10mM DTT, 9-12% PEG6000
分辨率 3.35 Å R-free 0.245
6GYK Structure of a yeast closed complex (core CC1) 提交 2018-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
6GYL Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (core CCdist) 提交 2018-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6GYM Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist) 提交 2018-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.70 Å
6I84 Structure of transcribing RNA polymerase II-nucleosome complex 提交 2018-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6O6C RNA polymerase II elongation complex arrested at a CPD lesion 提交 2019-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The sample was manually wicked from the grid. 1.2 uL sample buffer was then applied to the streptavidin side. The grid was then blotted.
分辨率 3.10 Å
6UPX RNA polymerase II elongation complex with 5-guanidinohydantoin lesion in state 1 提交 2019-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.40 Å R-free 0.266
6UPY RNA polymerase II elongation complex with 5-guanidinohydantoin lesion in state 2E 提交 2019-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.40 Å R-free 0.282
6UPZ RNA polymerase II elongation complex with 5-guanidinohydantoin lesion in state 3 提交 2019-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.10 Å R-free 0.269
6UQ0 RNA polymerase II elongation complex with 5-guanidinohydantoin lesion in state 4 提交 2019-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.56 Å R-free 0.278
6UQ1 RNA polymerase II elongation complex with 5-guanidinohydantoin lesion in state 6 提交 2019-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.60 Å R-free 0.287
6UQ2 RNA polymerase II elongation complex with dG in state 1 提交 2019-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.20 Å R-free 0.280
6UQ3 RNA polymerase II elongation complex with 5-guanidinohydantoin lesion in state 5 提交 2019-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 PPV PYROPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.47 Å R-free 0.286
7KED RNA polymerase II elongation complex with unnatural base dTPT3 提交 2020-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.60 Å R-free 0.305
7KEE RNA polymerase II elongation complex with unnatural base dTPT3, rNaMTP bound to E-site 提交 2020-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 WCG (1S)-1,4-anhydro-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-1-(3-methoxynaphthalen-2-yl)-D-ribitol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.45 Å R-free 0.302
7KEF RNA polymerase II elongation complex with unnatural base dTPT3, rNaM in swing state 提交 2020-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 WC4 (1S)-1,4-anhydro-1-(3-methoxynaphthalen-2-yl)-5-O-phosphono-D-ribitol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.89 Å R-free 0.326
7NKX RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-Chd1 structure 提交 2021-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7NKY RNA Polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure 提交 2021-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：27-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7O4I Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with initial transcription bubble 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7O4J Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex (consensus) 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7O4K Yeast TFIIH in the contracted state within the pre-initiation complex 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 10 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7O4L Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 11 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O72 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed promoter DNA 提交 2021-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O73 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed distorted promoter DNA 提交 2021-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O75 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7RIM RNA polymerase II elongation complex with hairpin polyamide Py-Im 1, scaffold 1 提交 2021-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 5N0 3-({3-[(3-{[4-({4-[(4-{[4-({(2R)-2-amino-4-[(1-methyl-4-{[1-methyl-4-({1-methyl-4-[(1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl)amino]-1H-imidazole-2-carbonyl}amino)-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}-1H-pyrrole-2-carbonyl)amino]butanoyl}amino)-1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl]amino}-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl)amino]-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl}amino)-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}propyl)(methyl)amino]propyl}carbamoyl)benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 2.90 Å R-free 0.251
7RIP RNA polymerase II elongation complex with hairpin polyamide Py-Im 1, scaffold 1 soaked with CTP 提交 2021-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 5N0 3-({3-[(3-{[4-({4-[(4-{[4-({(2R)-2-amino-4-[(1-methyl-4-{[1-methyl-4-({1-methyl-4-[(1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl)amino]-1H-imidazole-2-carbonyl}amino)-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}-1H-pyrrole-2-carbonyl)amino]butanoyl}amino)-1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl]amino}-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl)amino]-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl}amino)-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}propyl)(methyl)amino]propyl}carbamoyl)benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 8 PPV PYROPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.30 Å R-free 0.261
7RIQ RNA polymerase II elongation complex scaffold 1 without polyamide 提交 2021-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.00 Å R-free 0.264
7RIW RNA polymerase II elongation complex scaffold 2, without polyamide 提交 2021-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.20 Å R-free 0.265
7RIX RNA polymerase II elongation complex with hairpin polyamide Py-Im 1, scaffold 2 提交 2021-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 5N0 3-({3-[(3-{[4-({4-[(4-{[4-({(2R)-2-amino-4-[(1-methyl-4-{[1-methyl-4-({1-methyl-4-[(1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl)amino]-1H-imidazole-2-carbonyl}amino)-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}-1H-pyrrole-2-carbonyl)amino]butanoyl}amino)-1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl]amino}-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl)amino]-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl}amino)-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}propyl)(methyl)amino]propyl}carbamoyl)benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.40 Å R-free 0.268
7RIY RNA polymerase II elongation complex with hairpin polyamide Py-Im 1, scaffold 2 soaked with UTP 提交 2021-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 5N0 3-({3-[(3-{[4-({4-[(4-{[4-({(2R)-2-amino-4-[(1-methyl-4-{[1-methyl-4-({1-methyl-4-[(1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl)amino]-1H-imidazole-2-carbonyl}amino)-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}-1H-pyrrole-2-carbonyl)amino]butanoyl}amino)-1-methyl-1H-imidazole-2-carbonyl]amino}-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl)amino]-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl}amino)-1-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl]amino}propyl)(methyl)amino]propyl}carbamoyl)benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.70 Å R-free 0.281
7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 A 1–1453（1453 aa）
链 z 1561–1585（25 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
链 z 1–1733（1733 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7UIG Mediator-PIC Early (Mediator A) 提交 2022-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 z 1–1733（1733 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric
链 AA 1–1453（1453 aa）
链 Az 1561–1585（25 aa）
链 BA 1–1453（1453 aa）
链 Bz 1561–1585（25 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
8CEN Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator 提交 2023-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8JCH Cryo-EM structure of yeast Rat1-bound Pol II pre-termination transcription complex 1 (Pol II Rat1-PTTC1) 提交 2023-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：18-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8K5P Cryo-EM structure of yeast Rat1-bound Pol II pre-termination transcription complex 2 (Pol II Rat1-PTTC2) 提交 2023-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：18-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8RAM Structure of Sen1 bound RNA Polymerase II pre-termination complex 提交 2023-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：19-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8RAP Structure of Sen1-ADP.BeF3 bound RNA Polymerase II pre-termination complex 提交 2023-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：19-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8TUG Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) 提交 2023-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TVP Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (open state) 提交 2023-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVQ Cryo-EM structure of CPD stalled 10-subunit Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8TVV Cryo-EM structure of backtracked Pol II 提交 2023-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVW Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (conformation 1) 提交 2023-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TVX Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (Conformation 2) 提交 2023-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVY Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 and Elf1 (closed state) 提交 2023-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U9R STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes pH 7.5
分辨率 3.34 Å R-free 0.261
8U9X STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes
分辨率 3.05 Å R-free 0.307
8UKQ RNA polymerase II elongation complex with Fapy-dG lesion in apo state 提交 2023-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：13-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；390 mM ammonium phosphate (pH 6.0), 5 mM DTT, 5 mM dioxane, and 9-13 % (w/v) PEG 6,000
分辨率 3.50 Å R-free 0.302
8UKR RNA polymerase II elongation complex with Fapy-dG lesion soaking with ATP before chemistry 提交 2023-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；390 mM ammonium phosphate (pH 6.0), 5 mM DTT, 5 mM dioxane, and 9-13% (w/v) PEG 6,000
分辨率 3.78 Å R-free 0.310
8UKS RNA polymerase II elongation complex with Fapy-dG lesion soaking with CTP before chemistry 提交 2023-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 8 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；390 mM ammonium phosphate (pH 6.0), 5 mM DTT, 5 mM dioxane, and 9-13% (w/v) PEG 6,000
分辨率 3.40 Å R-free 0.301
8UKT RNA polymerase II elongation complex with Fapy-dG lesion with AMP added 提交 2023-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：13-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；390 mM ammonium phosphate (pH 6.0), 5 mM DTT, 5 mM dioxane, and 9-13% (w/v) PEG 6,000
分辨率 3.60 Å R-free 0.289
8UKU RNA polymerase II elongation complex with Fapy-dG lesion with CMP added 提交 2023-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；390 mM ammonium phosphate (pH 6.0), 5 mM DTT, 5 mM dioxane, and 9-13% (w/v) PEG 6,000
分辨率 3.60 Å R-free 0.301
8UOQ Composite map of PIC_delta_TFIIK form2 提交 2023-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8UOT Composite map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9BVT RNA Pol II - High Mn(+2) concentration 提交 2024-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Tacsimate Hepes
分辨率 3.40 Å R-free 0.249
9BW0 RNA Polymerase II - No ATP 提交 2024-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Tacsimate, Hepes pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.246
9JA1 The RNA polymerase II elongation complex from Saccharomyces cerevisiae 提交 2024-08-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9K7F RNA polymerase II elongation complex apo structure. 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9KD7 The structure of RNA polymerase II elongation complex paused at N-1 state by actinomycin D. 提交 2024-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
9KD8 The structure of RNA polymerase II elongation complex paused at N-2 state by actinomycin D. 提交 2024-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.46 Å
9KD9 The structure of RNA polymerase II elongation complex paused at N-5 state by actinomycin D. 提交 2024-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
9KDN The structure of 1 ACTD bound to RNA polymerase II elongation complex with 2 CTG repeats. 提交 2024-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
9KDO The structure of 2 ACTD bound to RNA polymerase II elongation complex with 3 CTG repeats 提交 2024-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.92 Å
9KDQ The structure of 3 ACTD bound to RNA polymerase II elongation complex with 4 CTG repeats. 提交 2024-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–1454（1454 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
9N5B RNA polymerase II elongation complex containing 8-oxoG at +1 site, apo form 提交 2025-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.10 Å R-free 0.256
9N5C RNA polymerase II elongation complex with 8-oxoG at +1 site, CMPCPP-bound 提交 2025-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 2TM 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.60 Å R-free 0.297
9N5D RNA polymerase II elongation complex with 8-oxoG at +1 site, CMP added 提交 2025-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.35 Å R-free 0.300
9N5E RNA polymerase II elongation complex with 8-oxoG at +1 site, AMPCPP in E-site 提交 2025-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.75 Å R-free 0.291
9N5F RNA polymerase II elongation complex with 8-oxoG in syn-conformation with added AMP 提交 2025-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.60 Å R-free 0.281
9N5G RNA polymerase II elongation complex with 8-oxoG at +1 site, ATP in both A- and E-site 提交 2025-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；390mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, pH 6.5, 5mM dioxane, 5mM DTT, 10-12% PEG6000
分辨率 3.15 Å R-free 0.254
9PVV RNA polymerase II elongation complex with dC at +1 site, 8-oxo-GTP bound in A-site. 提交 2025-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.48 Å R-free 0.258
9PVW RNA polymerase II elongation complex with dA at +1 site, 8-oxo-GMP added in Syn-conformation 提交 2025-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.56 Å R-free 0.288
9PVX RNA polymerase II elongation complex with dA at +1 site, 8-oxo-GTP bound in E-site. 提交 2025-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.39 Å R-free 0.236
9QEB CryoEM structure of transcribing RNA polymerase II elongation complex 提交 2025-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.26 Å
9RYB CryoEM structure of transcribing RNA polymerase II elongation complex in post-catalysis state 提交 2025-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 K POTASSIUM ION × 1 DPO DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.33 Å

共 211 个其他 PDB 条目、218 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB1_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–14； UniProt 1556–1569

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2lo6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2lo6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2lo6
沉积日期 deposition_date2012-01-17
结构标题 titleStructure of Nrd1 CID bound to phosphorylated RNAP II CTD
关键词 keywords;CTD-interacting domain, CID, carboxy-terminal domain, CTD, RNA-processing, transciption termination, cis-trans isomerization of prolines, Ess1 isomerase, PEPTIDE BINDING PROTEIN, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.03 Å
零角强度 I(0) i02104650000.00
分子量 molecular_weight378700.0 kDa
排除体积 excluded_volume469690 ų
包络体积 envelope_volume50745 ų
水化壳体积 shell_volume21433 ų
包络直径 envelope_diameter68.3 Å
壳层 Rg shell_rg26.67 Å
包络 Rg envelope_rg20.24 Å
形状 Rg shape_rg15.98 Å
总 Rg total_rg16.35 Å
总原子数 total_atoms52700
残基数 n_residues3320
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.8 Å
Rg (实空间) rg_real16.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9580e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2105000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7635
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.2 Å
偏度 Skewness skewness0.249
峰度 Kurtosis kurtosis-0.096
角度范围 angular_range— – 0.4750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha850100.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.642; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2lo6A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)