2m49

Structural Insights into Human S100B and Basic Fibroblast Growth Factor (FGF2) Interaction

Method: SOLUTION NMR D_max: 97.3 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibroblast growth factor 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 161–286 链 C； UniProt 161–286	片段：UNP residues 161-286 突变：C211S, C229S	Protein S100-B × 2 （P04271）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.050；压力 ambient NMR样品组成：1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] S100B-1, 20 mM TRIS-2, 50 mM ammonium sulfate-3, 5 mM calcium chloride-4, 5 mM DTT-5, 0.01 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2M49	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BAS THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF ACIDIC AND BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTORS 提交 1992-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–155（154 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1BFB BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR COMPLEXED WITH HEPARIN TETRAMER FRAGMENT 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–155（147 aa）	突变：C70S, C88S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1BFC BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR COMPLEXED WITH HEPARIN HEXAMER FRAGMENT 提交 1995-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–155（147 aa）	突变：C70S, C88S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1BFF THE 154 AMINO ACID FORM OF HUMAN BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR 提交 1996-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–155（129 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30-40 % PEG1000 AND 0.2-0.3 % 2-MERCAPTOETHANOL BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD., pH 7.5, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å
1BFG CRYSTAL STRUCTURE OF BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 10–155（146 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å
1BLA BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR (FGF-2) MUTANT WITH CYS 78 REPLACED BY SER AND CYS 96 REPLACED BY SER, NMR 提交 1996-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–155（155 aa）	突变：C78S, C96S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1BLD BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR (FGF-2) MUTANT WITH CYS 78 REPLACED BY SER AND CYS 96 REPLACED BY SER, NMR 提交 1996-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–155（155 aa）	突变：C78S, C96S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1CVS CRYSTAL STRUCTURE OF A DIMERIC FGF2-FGFR1 COMPLEX 提交 1999-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–155（132 aa）链 B 24–155（132 aa）	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium sulfate, glycerol, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.281
1CVS CRYSTAL STRUCTURE OF A DIMERIC FGF2-FGFR1 COMPLEX 提交 1999-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 24–155（132 aa）链 B 24–155（132 aa）	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium sulfate, glycerol, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.281
1EV2 CRYSTAL STRUCTURE OF FGF2 IN COMPLEX WITH THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF FGF RECEPTOR 2 (FGFR2) 提交 2000-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 24–155（132 aa）片段：THE B-TREFOIL CORE OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR 2 链 B 24–155（132 aa）片段：THE B-TREFOIL CORE OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR 2 链 C 24–155（132 aa）片段：THE B-TREFOIL CORE OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR 2 链 D 24–155（132 aa）片段：THE B-TREFOIL CORE OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR 2	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；PEG 4000, Isopropanol, HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.273
1FGA REFINEMENT OF THE STRUCTURE OF HUMAN BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION AND ANALYSIS OF PRESUMED HEPARIN BINDING SITES BY SELENATE SUBSTITUTION 提交 1993-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 10–155（146 aa）	未记录	SE4 SELENATE ION × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1FQ9 CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY FGF2-FGFR1-HEPARIN COMPLEX 提交 2000-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–155（132 aa）片段：THE B-TREFOIL CORE OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR 2 (FGF2) 链 B 24–155（132 aa）片段：THE B-TREFOIL CORE OF FIBROBLAST GROWTH FACTOR 2 (FGF2)	突变：C69S, C87S 突变：C69S, C87S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Ammonium sulfate, Glycerol, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.282
1II4 CRYSTAL STRUCTURE OF SER252TRP APERT MUTANT FGF RECEPTOR 2 (FGFR2) IN COMPLEX WITH FGF2 提交 2001-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–155（155 aa）	突变：C78S,C96S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 4000, Isopropanol, HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
1II4 CRYSTAL STRUCTURE OF SER252TRP APERT MUTANT FGF RECEPTOR 2 (FGFR2) IN COMPLEX WITH FGF2 提交 2001-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–155（155 aa）	突变：C78S,C96S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 4000, Isopropanol, HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
1II4 CRYSTAL STRUCTURE OF SER252TRP APERT MUTANT FGF RECEPTOR 2 (FGFR2) IN COMPLEX WITH FGF2 提交 2001-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–155（155 aa）	突变：C78S,C96S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 4000, Isopropanol, HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
1II4 CRYSTAL STRUCTURE OF SER252TRP APERT MUTANT FGF RECEPTOR 2 (FGFR2) IN COMPLEX WITH FGF2 提交 2001-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–155（155 aa）	突变：C78S,C96S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 4000, Isopropanol, HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
1IIL CRYSTAL STRUCTURE OF PRO253ARG APERT MUTANT FGF RECEPTOR 2 (FGFR2) IN COMPLEX WITH FGF2 提交 2001-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–155（155 aa）	突变：C78S,C96S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 4000, Isopropanol, HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
1IIL CRYSTAL STRUCTURE OF PRO253ARG APERT MUTANT FGF RECEPTOR 2 (FGFR2) IN COMPLEX WITH FGF2 提交 2001-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–155（155 aa）	突变：C78S,C96S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 4000, Isopropanol, HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
1IIL CRYSTAL STRUCTURE OF PRO253ARG APERT MUTANT FGF RECEPTOR 2 (FGFR2) IN COMPLEX WITH FGF2 提交 2001-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–155（155 aa）	突变：C78S,C96S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 4000, Isopropanol, HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
1IIL CRYSTAL STRUCTURE OF PRO253ARG APERT MUTANT FGF RECEPTOR 2 (FGFR2) IN COMPLEX WITH FGF2 提交 2001-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–155（155 aa）	突变：C78S,C96S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 4000, Isopropanol, HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
2BFH CRYSTAL STRUCTURE OF BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–155（128 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
2FGF THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF HUMAN BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR, A STRUCTURAL HOMOLOG OF INTERLEUKIN 1BETA 提交 1991-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 10–155（146 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.77 Å
4FGF REFINEMENT OF THE STRUCTURE OF HUMAN BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION AND ANALYSIS OF PRESUMED HEPARIN BINDING SITES BY SELENATE SUBSTITUTION 提交 1993-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 10–155（146 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å
4OEE Crystal Structure Analysis of FGF2-Disaccharide (S3I2) complex 提交 2014-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–288（155 aa）片段：unp residues 134-288	突变：C69S, C87S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；299 K；40% polyethylene glycol 600 and 100 mM Na2HPO4/citric acid, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K	分辨率 1.50 Å R-free 0.185
4OEF Crystal Structure Analysis of FGF2-Disaccharide (S6I2) complex 提交 2014-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–288（155 aa）	突变：C69S, C87S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；299 K；40% polyethylene glycol 600 and 100 mM Na2HPO4/citric acid, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K	分辨率 1.80 Å R-free 0.220
4OEG Crystal Structure Analysis of FGF2-Disaccharide (S9I2) complex 提交 2014-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–288（155 aa）片段：unp residues 134-288	突变：C69S, C87S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；299 K；40% polyethylene glycol 600 and 100 mM Na2HPO4/citric acid, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
5X1O PI(4,5)P2 lipid binding induced a reorientation of FGF2 molecules near membrane surface to facilitate the unconventional oligomerization-dependent secretion process as revealed by a combined FTIR/NMR/X-ray study 提交 2017-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 143–288（146 aa）链 B 143–288（146 aa）	未记录	I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M Sodium citrate, 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.276
6L4O Crystal structure of API5-FGF2 complex 提交 2019-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 135–288（154 aa）	突变：C211S,C229S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Na-HEPES (pH 7.5), 100mM potassium chloride, 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 6000	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
8HU7 Crystal structure of FGF2-M1 mutant - D28E/C78L/C96I/S137P 提交 2022-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 143–288（146 aa）	突变：D28E/C78I/C96I/S137P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.5；289.15 K；1.5M sodium citrate, 100mM sodium cacodylate, pH 5.5	分辨率 1.40 Å R-free 0.213
8HUE Crystal structure of FGF2-M2 mutant - D28E/C78I/C96I/S137P 提交 2022-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 143–288（146 aa）	突变：D28E/C78I/C96I/S137P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；289.15 K；30% (w/v) polyethylene glycol 2000, 100mM potassium thiocyanate	分辨率 1.48 Å R-free 0.196
8HUE Crystal structure of FGF2-M2 mutant - D28E/C78I/C96I/S137P 提交 2022-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 143–288（146 aa）	突变：D28E/C78I/C96I/S137P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；289.15 K；30% (w/v) polyethylene glycol 2000, 100mM potassium thiocyanate	分辨率 1.48 Å R-free 0.196
8HUE Crystal structure of FGF2-M2 mutant - D28E/C78I/C96I/S137P 提交 2022-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 143–288（146 aa）	突变：D28E/C78I/C96I/S137P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；289.15 K；30% (w/v) polyethylene glycol 2000, 100mM potassium thiocyanate	分辨率 1.48 Å R-free 0.196
8OM6 Crystal structure of FGF2-STAB, a stable variant of human fibroblast growth factor 2 提交 2023-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–288（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；292.15 K；PEG 3350, Bis-Tris	分辨率 1.31 Å R-free 0.227

共 24 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FGF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–126； UniProt 161–286 作者链 C； PDB构建体 1–126； UniProt 161–286

Protein S100-B

Homo sapiens

UniProt P04271

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–92 链 D； UniProt 2–92	未记录	Fibroblast growth factor 2 × 2 （P09038）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.050；压力 ambient NMR样品组成：1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] S100B-1, 20 mM TRIS-2, 50 mM ammonium sulfate-3, 5 mM calcium chloride-4, 5 mM DTT-5, 0.01 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2M49	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MQ1 Ca2+-S100B-TRTK-12 complex 提交 2002-09-13	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–91（91 aa）链 B 1–91（91 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.05；308 K；离子强度（mmCIF原始值）35 mM KCl；压力 ambient NMR样品组成 U-13C, U-15N S100B (1.0 mM) unlabelled TRTK-12 (1.2 mM) 3 mM CaCl2 \| 90% H20, 10% D20 NMR样品组成 U-2H, U-15N S100B (0.35 mM) unlabelled TRTK-12 (0.80 mM) 1 mM CaCl2 \| 90% H20, 10% D20 NMR样品组成 U-13C, U-15N S100B (1.0 mM) 13C-acetyl, 13C-Ile TRTK-12 (1.2 mM) 3 mM CaCl2 \| 90% H20, 10% D20 NMR样品组成 U-13C/U-12C S100B heterodimer (1.0mM) Unlabelled TRTK-12 (1.2 mM) 3 mM CaCl2 \| 90% H20, 10% D20	分辨率未提供
1UWO CALCIUM FORM OF HUMAN S100B, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-12-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–91（91 aa）链 B 1–91（91 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.05；308 K	分辨率未提供
2H61 X-ray structure of human Ca2+-loaded S100B 提交 2006-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 0–91（92 aa）链 B 0–91（92 aa）链 C 0–91（92 aa）链 D 0–91（92 aa）链 E 0–91（92 aa）链 F 0–91（92 aa）链 G 0–91（92 aa）链 H 0–91（92 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 18 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；289 K；0.1 M HEPES, 18-20%PEG400, 0.2 M CaCl2, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.90 Å R-free 0.241
2PRU NMR Structure of Human apoS100B at 10C 提交 2007-05-04	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–92（91 aa）链 B 2–92（91 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；283 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 ambient NMR样品组成 1-2 mM U-13C,U-15N S100B, 50 mM KCl, 90%H2O/10%D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM U-15N S100B, 50 mM KCl, 12 mg/ml PF1 Phage, 90%H2O/10%D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3CZT Crystal Structure of S100B in the Calcium and Zinc Loaded State at pH 9 提交 2008-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.02 M TAPS, pH 9.0, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.40 Å R-free 0.222
3D0Y Crystal Structure of S100B in the Calcium and Zinc Loaded State at pH 6.5 提交 2008-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M MES pH 6.5 21% PEG5000MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.50 Å R-free 0.261
3D10 Crystal Structure of S100B in the Calcium and Zinc Loaded State at pH 10.0 提交 2008-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；291 K；0.02 M CAPS pH 10.0, 23% PEG5000MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.65 Å R-free 0.275
3HCM Crystal structure of human S100B in complex with S45 提交 2009-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 S45 (3R)-3-[3-(4-chlorophenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]piperidine × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.1M sodium acetate, 0.02M calcium chloride, 45% methylpenthanediol, pH4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.311
4XYN X-ray structure of Ca(2+)-S100B with human RAGE-derived W61 peptide 提交 2015-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；0.1M Na cacodylate, pH 6.8, 25% w/v PEG 3350, 9mM CaCl2	分辨率 2.55 Å R-free 0.254
4XYN X-ray structure of Ca(2+)-S100B with human RAGE-derived W61 peptide 提交 2015-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–92（92 aa）链 D 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；0.1M Na cacodylate, pH 6.8, 25% w/v PEG 3350, 9mM CaCl2	分辨率 2.55 Å R-free 0.254
5CSF S100B-RSK1 crystal structure A 提交 2015-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Hepes 7, 150 mM NaCl, 20% PEG6000	分辨率 2.40 Å R-free 0.291
5CSI S100B-RSK1 crystal structure A' 提交 2015-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Hepes 7, 150 mM NaCl, 20% PEG6000	分辨率 2.13 Å R-free 0.250
5CSJ S100B-RSK1 crystal structure B 提交 2015-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Hepes 7, 150 mM NaCl, 20% PEG6000	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
5CSN S100B-RSK1 crystal structure C 提交 2015-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Hepes 7, 150 mM NaCl, 20% PEG6000	分辨率 2.95 Å R-free 0.279
5D7F X-ray structure of Ca(2+)-S100B with human RAGE-derived W72 peptide 提交 2015-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–92（92 aa）链 B 1–92（92 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；100mM Na cacodylate pH 6.8, 22% w/v PEG 3350, 5mM CaCl2	分辨率 1.30 Å R-free 0.183

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S100B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–91； UniProt 2–92 作者链 D； PDB构建体 1–91； UniProt 2–92

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2m49
沉积日期 deposition_date	2013-02-03
结构标题 title	Structural Insights into Human S100B and Basic Fibroblast Growth Factor (FGF2) Interaction
关键词 keywords	S100B, FGF2, CYTOKINE-METAL BINDING PROTEIN complex; CYTOKINE/METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.25 Å
零角强度 I(0) i0	3533090000.00
分子量 molecular_weight	499510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	622350 Å³
包络体积 envelope_volume	94904 Å³
水化壳体积 shell_volume	28462 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.3 Å
壳层 Rg shell_rg	34.53 Å
包络 Rg envelope_rg	30.50 Å
形状 Rg shape_rg	30.26 Å
总 Rg total_rg	30.28 Å
总原子数 total_atoms	69760
残基数 n_residues	4340
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.3 Å
Rg (实空间) rg_real	30.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5330e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0590e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3533000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5685
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	23.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.583
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.337
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.726; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.135; Positv: 1.000; Valcen: 0.618; Smooth: 0.188

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fibroblast growth factor 2
分子量 formula_weight	14422.5 kDa
突变 mutation	C211S, C229S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	69760

DPKRLYCKNGGFFLRIHPDGRVDGVREKSDPHIKLQLQAEERGVVSIKGVSANRYLAMKEDGRLLASKSVTDECFFFERLESNNYNTYRSRKYTSWYVALKRTGQYKLGSKTGPGQKAILFLPMSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein S100-B
分子量 formula_weight	10595.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SELEKAMVALIDVFHQYSGREGDKHKLKKSELKELINNELSHFLEEIKEQEVVDKVMETLDNDGDGECDFQEFMAFVAMVTTACHEFFEHE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2m49a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.1 — Cytokine
家族 Family family	b.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)

结构域编号 domain_id	d2m49b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.2 — S100 proteins

结构域编号 domain_id	d2m49c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.1 — Cytokine
家族 Family family	b.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)

结构域编号 domain_id	d2m49d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.2 — S100 proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2m49A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2m49B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2m49C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2m49D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

▶

8. 引用文献 (1)

▶

fit	/app/data/saxs_computation/m4/2m49/2m49.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m4/2m49/2m49.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m4/2m49/2m49.dat

Structural Insights into Human S100B and Basic Fibroblast Growth Factor (FGF2) Interaction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibroblast growth factor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein S100-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)