2msi

TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC 12

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 38.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC 12

Macrozoarces americanus

UniProt P19614

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–63 突变:A16M 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 50-55% AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4-4.5 分辨率 1.90 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ANPC_MACAM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–64; UniProt 2–63

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2msi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2msi
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2msi
沉积日期 deposition_date1997-09-16
结构标题 titleTYPE III ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC 12
关键词 keywordsANTIFREEZE POLYPEPTIDE, MUTANT, ICE BINDING PROTEIN, THERMAL HYSTERESIS PROTEIN, GLYCOPROTEIN, ANTIFREEZE; ANTIFREEZE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.51
零角强度 I(0) i01039700.00
分子量 molecular_weight6991.0 kDa
排除体积 excluded_volume8874 ų
包络体积 envelope_volume9145 ų
水化壳体积 shell_volume7723 ų
包络直径 envelope_diameter36.5
壳层 Rg shell_rg15.72
包络 Rg envelope_rg10.72
形状 Rg shape_rg10.51
总 Rg total_rg11.93
总原子数 total_atoms586
残基数 n_residues66
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax38.4
Rg (实空间) rg_real11.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24
I(0) (实空间) i0_real1.0400e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0120e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1040000.0000
解质量估计 total_estimate0.8677
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.5
偏度 Skewness skewness0.127
峰度 Kurtosis kurtosis-0.206
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha222400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.955

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2msia_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamilyb.85.1 — AFP III-like domain
家族 Family familyb.85.1.1 — AFP III-like domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2msiA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1210 — Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)