2n55

Structure of constitutively monomeric CXCL12 in complex with the CXCR4 N-terminus

Method: SOLUTION NMR D_max: 37.4 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Stromal cell-derived factor 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–89	突变：L76C, I79C	C-X-C chemokine receptor type 4 × 1 （P61073）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient NMR样品组成：2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1, 25 mM [U-2H] MES, 10 % [U-99% 2H] D2O, 0.02 % sodium azide, 2 mM protein_2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_2, 25 mM [U-2H] MES, 0.02 % sodium azide, 10 % [U-99% 2H] D2O, 2 mM protein_1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2N55	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A15 SDF-1ALPHA 提交 1997-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–88（67 aa）链 B 22–88（67 aa）	突变：N33A 突变：N33A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；PROTEIN CONCENTRATION 10MG/ML. WELL SOLUTION 1.9M AMMONIUM SULFATE 0.1M TRIS-HCL PH 8.5. CRYSTALLIZED USING VAPOR DIFFUSION., vapor diffusion	分辨率 2.20 Å R-free 0.298
1QG7 STROMA CELL-DERIVED FACTOR-1ALPHA (SDF-1ALPHA) 提交 1999-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–88（67 aa）链 B 22–88（67 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
1SDF SOLUTION STRUCTURE OF STROMAL CELL-DERIVED FACTOR-1 (SDF-1), NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–88（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.9；303 K	分辨率未提供
1VMC STROMA CELL-DERIVED FACTOR-1ALPHA (SDF-1ALPHA) 提交 2004-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–89（68 aa）片段：SDF-1ALPHA (residues 22-89)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM SODIUM PHOSPHATE	分辨率未提供
2J7Z Crystal Structure of recombinant Human Stromal Cell-Derived Factor- 1alpha 提交 2006-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–89（68 aa）片段：RESIDUES 22-89 链 B 22–89（68 aa）片段：RESIDUES 22-89	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å R-free 0.247
2K01 Structure of a locked SDF1 dimer 提交 2008-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–89（68 aa）片段：SDF-1-alpha(3-67) domain 链 C 22–89（68 aa）片段：SDF-1-alpha(3-67) domain	突变：L36C,A65C 突变：L36C,A65C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.620 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2K03 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing a sulfotyrosine at postition 21 提交 2008-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–89（68 aa）片段：SDF-1-alpha(3-67) domain 链 C 22–89（68 aa）片段：SDF-1-alpha(3-67) domain	突变：L36C,A65C 突变：L36C,A65C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT NMR样品组成 .338 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .970 mM CXCR4, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.07 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.67 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2K04 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing no sulfotyrosines 提交 2008-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–89（68 aa）片段：SDF-1-alpha(3-67) domain 链 C 22–89（68 aa）片段：SDF-1-alpha(3-67) domain	突变：L36C,A65C 突变：L36C,A65C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT NMR样品组成 .31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .775 mM CXCR4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.625 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2K05 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing sulfotyrosines at postitions 7, 12 and 21 提交 2008-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–89（68 aa）片段：SDF-1-alpha(3-67) domain 链 C 22–89（68 aa）片段：SDF-1-alpha(3-67) domain	突变：L36C,A65C 突变：L36C,A65C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT NMR样品组成 .338 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .97 mM CXCR4, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.07 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.67 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KEC Structure of SDF-1/CXCL12 提交 2009-01-28	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–89（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.56 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KED Structure of SDF-1/CXCL12 提交 2009-01-28	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–89（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.001；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KEE Structure of SDF-1/CXCL12 提交 2009-01-28	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–89（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.001 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.2 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KOL Solution structure of human SDF1-alpha H25R 提交 2009-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–89（68 aa）片段：SDF-1-alpha, residues 22-89	突变：H25R	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 AMBIENT NMR样品组成 3.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SDF1a H25R, 25 mM [U-99% 2H] MES, 0.02 % sodium azide, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2NWG Structure of CXCL12:heparin disaccharide complex 提交 2006-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–88（67 aa）片段：residues 22-88 链 B 22–88（67 aa）片段：residues 22-88	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Soaking；pH 8.5；298 K；Grown in 2M Ammonium Sulfate, 0.1M TrisHCl pH 8.50. Soaked in 20 mM PEG-8000, 1M TrisHCl pH 8.5, 16 mM disaccharide. , Soaking, temperature 298K	分辨率 2.07 Å R-free 0.265
2SDF SOLUTION NMR STRUCTURE OF STROMAL CELL-DERIVED FACTOR-1 (SDF-1), 30 STRUCTURES 提交 1998-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–88（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.9；303 K	分辨率未提供
4LMQ Development and Preclinical Characterization of a Humanized Antibody Targeting CXCL12 提交 2013-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 29–89（61 aa）片段：UNP RESIDUES 29-89	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.2M NaF, 0.1M Bis-tris, propane, 23%w/v PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.77 Å R-free 0.301
4LMQ Development and Preclinical Characterization of a Humanized Antibody Targeting CXCL12 提交 2013-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 29–89（61 aa）片段：UNP RESIDUES 29-89	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.2M NaF, 0.1M Bis-tris, propane, 23%w/v PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.77 Å R-free 0.301
4UAI Crystal structure of CXCL12 in complex with inhibitor 提交 2014-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–89（68 aa）片段：UNP residues 22-89 链 B 22–89（68 aa）片段：UNP residues 22-89	未记录	3GG 1-phenyl-3-[4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]urea × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2 M AmSO4, 2% MPD, 0.1 M MES Sodium Salt pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.235
6SHR X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS (CFPS) PRODUCED SDF1-A 提交 2019-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–89（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 20 % (v/v) isopropanol and 20 % (w/v) PEG 4000	分辨率 1.75 Å R-free 0.239
7SK3 Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with CXCL12, an intracellular Fab, and an extracellular Fab 提交 2021-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 22–89（68 aa）片段：UNP residues 22-89	未记录	CLR CHOLESTEROL × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7SK4 Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with chemokine N-terminal mutant CXCL12_LRHQ, an intracellular Fab, and an extracellular Fab 提交 2021-10-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 22–89（68 aa）	突变：N-terminus of CXCL12 (KPV) substituted with LRHQ	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7SK5 Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with CXCL12 and an intracellular Fab 提交 2021-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 22–89（68 aa）片段：UNP residues 22-89	未记录	CLR CHOLESTEROL × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7SK6 Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with chemokine N-terminal mutant CXCL12_LRHQ and an intracellular Fab 提交 2021-10-19	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 22–89（68 aa）	突变：N-terminus of CXCL12 (KPV) substituted with LRHQ	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7SK7 Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with CXCL12, a small molecule partial agonist CCX662, and an extracellular Fab 提交 2021-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 22–89（68 aa）片段：UNP residues 22-89	未记录	GJ9 (1R)-4-[7-(3-carboxypropoxy)-6-methylquinolin-8-yl]-1-{[2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}-1,4-diazepan-1-ium × 1 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7SK8 Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with CXCL12, a small molecule partial agonist CCX662, an extracellular Fab, and an intracellular Fab 提交 2021-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 22–89（68 aa）片段：UNP residues 22-89	未记录	CLR CHOLESTEROL × 6 LMN Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 1 GJ9 (1R)-4-[7-(3-carboxypropoxy)-6-methylquinolin-8-yl]-1-{[2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}-1,4-diazepan-1-ium × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8K3Z Cryo-EM structure of CXCR4 in complex with CXCL12 提交 2023-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–83（62 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
8U4O Structure of CXCL12-bound CXCR4/Gi complex 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 J 22–89（68 aa）片段：UNP residues 22-89	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9E82 ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with arrestin2 and Fab7 提交 2024-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 25–89（65 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9ME1 hCXCR4-CXCL12 complex with 1:1 stoichiometry 提交 2024-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 F 22–93（72 aa）链 G 22–93（72 aa）链 H 22–93（72 aa）链 J 22–93（72 aa）链 M 22–93（72 aa）链 N 22–93（72 aa）链 O 22–93（72 aa）链 P 22–93（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9MEU CXCR4 tetramer bound to 4 CXCL12 dimers 提交 2024-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 F 22–93（72 aa）链 G 22–93（72 aa）链 H 22–93（72 aa）链 J 22–93（72 aa）链 M 22–93（72 aa）链 N 22–93（72 aa）链 O 22–93（72 aa）链 P 22–93（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9UPU Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with agonist SDV1a 提交 2025-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 22–29（8 aa）片段：N-terminus	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9UPV Cryo-EM structure of CXCR4 complexed with agonist SDVX1 提交 2025-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 22–29（8 aa）片段：N-terminus	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 31 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–70； UniProt 22–89

C-X-C chemokine receptor type 4

Homo sapiens

UniProt P61073

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–38	突变：C28A	Stromal cell-derived factor 1 × 1 （P48061）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient NMR样品组成：2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1, 25 mM [U-2H] MES, 10 % [U-99% 2H] D2O, 0.02 % sodium azide, 2 mM protein_2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_2, 25 mM [U-2H] MES, 0.02 % sodium azide, 10 % [U-99% 2H] D2O, 2 mM protein_1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2N55	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
22XC Structure of CXCR4 in complex with a de-novo designed mini-protein antagonist 提交 2026-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 2–352（351 aa）链 G 2–352（351 aa）链 R 2–352（351 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 3 D21 (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
2K03 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing a sulfotyrosine at postition 21 提交 2008-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–38（38 aa）片段：N-terminus, residues 1-38 链 D 1–38（38 aa）片段：N-terminus, residues 1-38	突变：C28A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C28A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT NMR样品组成 .338 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .970 mM CXCR4, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.07 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.67 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2K04 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing no sulfotyrosines 提交 2008-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–38（38 aa）片段：N-terminus, residues 1-38 链 D 1–38（38 aa）片段：N-terminus, residues 1-38	突变：C28A 突变：C28A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT NMR样品组成 .31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .775 mM CXCR4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.625 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2K05 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing sulfotyrosines at postitions 7, 12 and 21 提交 2008-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–38（38 aa）片段：N-terminus, residues 1-38 链 D 1–38（38 aa）片段：N-terminus, residues 1-38	突变：C28A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C28A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT NMR样品组成 .338 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .97 mM CXCR4, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.07 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.67 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3ODU The 2.5 A structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with small molecule antagonist IT1t 提交 2010-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–229（228 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 链 A 230–319（90 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 链 B 2–229（228 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 链 B 230–319（90 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319	突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T	ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 5 OLA OLEIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.5；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 20% PEG400, 0.3M Sodium malonate, 5mM Taurine, 0.1M Sodium citrate, pH 5.5, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.282
3OE0 Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a cyclic peptide antagonist CVX15 提交 2010-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–228（227 aa）片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319 链 A 231–319（89 aa）片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319	突变：L125W, T240P, C1054T, C1097T 突变：L125W, T240P, C1054T, C1097T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 25% PEG400, 0.3M Potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris pH 7.0, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.267
3OE6 Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in I222 spacegroup 提交 2010-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–229（228 aa）片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-325 链 A 230–325（96 aa）片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-325	突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T	ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 6 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.5；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 20-26% PEG400, 0.3M Sodium malonate, 5mM Nickel chloride, 0.1M Sodium citrate pH 5.0-5.5, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.306
3OE8 Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in P1 spacegroup 提交 2010-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–229（228 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 链 B 230–319（90 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 链 C 2–229（228 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 链 C 230–319（90 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319	突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T	ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 26% PEG400, 0.3M Sodium malonate, 5mM Strontium chloride, 0.1M MES pH 6.0, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
3OE8 Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in P1 spacegroup 提交 2010-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–229（228 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 链 A 230–319（90 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 链 B 2–229（228 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 链 B 230–319（90 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 链 C 2–229（228 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 链 C 230–319（90 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319	突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T	ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 26% PEG400, 0.3M Sodium malonate, 5mM Strontium chloride, 0.1M MES pH 6.0, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
3OE8 Crystal structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in P1 spacegroup 提交 2010-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–229（228 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 链 A 230–319（90 aa）片段：CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319	突变：L125W, C1054T, C1097T 突变：L125W, C1054T, C1097T	ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 26% PEG400, 0.3M Sodium malonate, 5mM Strontium chloride, 0.1M MES pH 6.0, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
3OE9 Crystal structure of the chemokine CXCR4 receptor in complex with a small molecule antagonist IT1t in P1 spacegroup 提交 2010-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–228（227 aa）片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319 链 A 231–319（89 aa）片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319 链 B 2–228（227 aa）片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319 链 B 231–319（89 aa）片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319	突变：L125W, T240P, C1054T, C1097T 突变：L125W, T240P, C1054T, C1097T 突变：L125W, T240P, C1054T, C1097T 突变：L125W, T240P, C1054T, C1097T	ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 27-35% PEG400, 0.27-0.33M Sodium malonate, 5mM Hexamine cobalt chloride, 0.1M MES pH 6.0, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.284
4RWS Crystal structure of CXCR4 and viral chemokine antagonist vMIP-II complex (PSI Community Target) 提交 2014-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–228（227 aa）片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319 链 A 231–319（89 aa）片段：CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319	突变：L125W, T240P, D187C, C1054T, C1097T 突变：L125W, T240P, D187C, C1054T, C1097T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.5；293 K；100 mM sodium citrate pH 5.5, 28% PEG 400, 120 mM ammonium phosphate dibasic, 2-6% polypropylene P400, Lipidic cubic phase, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.274
8GP3 Structure of beta-arrestin1 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C-X-C chemokine receptor type 4, CXCR4 提交 2022-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 U 336–352（17 aa）链 V 336–352（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.	分辨率 4.80 Å
8I0Q Structure of beta-arrestin1 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C-X-C chemokine receptor type 4, CXCR4 (Local refine) 提交 2023-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 U 336–352（17 aa）链 V 336–352（17 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotted for 3 seconds before plunging.	分辨率 4.45 Å
8K3Z Cryo-EM structure of CXCR4 in complex with CXCL12 提交 2023-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 25–320（296 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
8U4N Structure of Apo CXCR4/Gi complex 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 2–352（351 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.72 Å
8U4O Structure of CXCL12-bound CXCR4/Gi complex 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 2–352（351 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
8U4P Structure of AMD3100-bound CXCR4/Gi complex 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 2–352（351 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1 VH6 Plerixafor × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8U4Q Structure of REGN7663 Fab-bound CXCR4/Gi complex 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 2–352（351 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
8U4R Structure of REGN7663-Fab bound CXCR4 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 2–352（351 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8U4S Structure of trimeric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 2–352（351 aa）链 G 2–352（351 aa）链 R 2–352（351 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 6 D21 (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
8U4T Structure of tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 AA 2–352（351 aa）链 I 2–352（351 aa）链 Q 2–352（351 aa）链 R 2–352（351 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 16 D21 (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
8YU7 Cryo-EM structure of CXCR4 tetramer 提交 2024-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–352（351 aa）链 B 2–352（351 aa）链 C 2–352（351 aa）链 D 2–352（351 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8ZPL Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with antagonist HF51116 提交 2024-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–224（224 aa）链 R 241–319（79 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 A1D8K (2S)-N-[[4-[[3-(cyclohexylamino)propylamino]methyl]phenyl]methyl]-5-(diaminomethylideneamino)-2-(pyridin-2-ylmethylamino)pentanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8ZPM Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with antagonist AMD070 提交 2024-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–224（224 aa）链 R 241–319（79 aa）	未记录	A1D8L Mavorixafor × 1 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8ZPN Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with antagonist AMD3100 提交 2024-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–224（224 aa）链 R 241–319（79 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1 VH6 Plerixafor × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
9MDU Human CXCR4 tetramer 提交 2024-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9ME1 hCXCR4-CXCL12 complex with 1:1 stoichiometry 提交 2024-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）链 E 1–352（352 aa）链 I 1–352（352 aa）链 K 1–352（352 aa）链 L 1–352（352 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9MEJ Global structure of hCXCR4 and HIV-2 gp120 提交 2024-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
9MEN CryoEM structure of hCXCR4 tetramer bound to HIV-2/gp120/V3 loop 提交 2024-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å
9MET CXCR4-HIV-2/gp120-CD4 提交 2024-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 M 1–352（352 aa）链 N 1–352（352 aa）链 O 1–352（352 aa）链 S 1–352（352 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.65 Å
9MEU CXCR4 tetramer bound to 4 CXCL12 dimers 提交 2024-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9UPU Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with agonist SDV1a 提交 2025-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–337（337 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9UPV Cryo-EM structure of CXCR4 complexed with agonist SDVX1 提交 2025-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 1–337（337 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 32 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CXCR4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–40； UniProt 1–38

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2n55
沉积日期 deposition_date	2015-07-07
结构标题 title	Structure of constitutively monomeric CXCL12 in complex with the CXCR4 N-terminus
关键词 keywords	CXL12, CXCR4, chemokine, GPCR, SDF1, CYTOKINE-Signaling Protein complex; CYTOKINE/Signaling Protein
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.41 Å
零角强度 I(0) i0	981045000.00
分子量 molecular_weight	252670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	311290 Å³
包络体积 envelope_volume	42516 Å³
水化壳体积 shell_volume	18683 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.78 Å
包络 Rg envelope_rg	20.10 Å
形状 Rg shape_rg	14.37 Å
总 Rg total_rg	14.79 Å
总原子数 total_atoms	34820
残基数 n_residues	2199
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	37.4 Å
Rg (实空间) rg_real	13.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	981000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6854
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	17.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.145
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.413
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.5770
最高正则化参数 α highest_alpha	407300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.006; Oscil: 0.989; Stabil: 0.985; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Stromal cell-derived factor 1
分子量 formula_weight	8146.7 kDa
突变 mutation	L76C, I79C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	34820

GMKPVSLSYRCPCRFFESHVARANVKHLKILNTPNCALQIVARLKNNNRQVCIDPKCKWCQEYLEKALNK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C-X-C chemokine receptor type 4
分子量 formula_weight	4518.8 kDa
突变 mutation	C28A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSMEGISIYTSDNYTEEMGSGDYDSMKEPAFREENANFNK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2n55a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d2n55a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2n55A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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fit	/app/data/saxs_computation/n5/2n55/2n55.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n5/2n55/2n55.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n5/2n55/2n55.dat

Structure of constitutively monomeric CXCL12 in complex with the CXCR4 N-terminus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Stromal cell-derived factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-X-C chemokine receptor type 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)