SAXSdb — 2nlw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 170–274	片段：RNA Recognition Motif	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300mM；压力 ambient NMR样品组成：0.8mM eIF3b-RRM unlabeled, 20mM HEPES, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.8mM eIF3b-RRM U-15N, 20mM HEPES, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.8mM eIF3b-RRM U-15N,13C, 20mM HEPES, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2NLW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KRB Solution structure of EIF3B-RRM bound to EIF3J peptide 提交 2009-12-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 184–264（81 aa）片段：RRM domain, UNP residues 184-264	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] eIF3b-RRM, 0.85 mM eIF3j peptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM eIF3b-RRM, 0.85 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] eIF3j peptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] eIF3b-RRM, 0.85 mM eIF3j peptide, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
5K1H eIF3b relocated to the intersubunit face to interact with eIF1 and below the eIF2 ternary-complex. from the structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation. 提交 2016-05-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 170–745（576 aa）片段：UNP Residues 170-745	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
6YBT Structure of a human 48S translational initiation complex - eIF3bgi 提交 2020-03-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 1 1–814（814 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
6ZMW Structure of a human 48S translational initiation complex 提交 2020-07-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric	链 1 1–814（814 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 89	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6ZON SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 1 提交 2020-07-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：48-meric	链 B 1–814（814 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6ZP4 SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 2 提交 2020-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric	链 B 1–814（814 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6ZVJ Structure of a human ABCE1-bound 43S pre-initiation complex - State II 提交 2020-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：51-meric	链 B 180–745（566 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7A09 Structure of a human ABCE1-bound 43S pre-initiation complex - State III 提交 2020-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric	链 B 1–814（814 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MET METHIONINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7QP6 Structure of the human 48S initiation complex in open state (h48S AUG open) 提交 2022-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 1 1–813（813 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 95 mM KOAc, 3.75 mM Mg(OAc)2, 1 mM ATP, 0.5 mM GTP, 0.25 mM spermidine, 2 mM DTT, 0.4 U/uL RiboLock RNase inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by floating home-made continuous carbon on 40 ul sample in the wells of teflon block (custom-made). The sample-covered carbon was then adsorbed to an EM grid.	分辨率 4.70 Å
7QP7 Structure of the human 48S initiation complex in closed state (h48S AUG closed) 提交 2022-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 1 1–813（813 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes, pH 7.5, 95 mM KOAc, 3.75 mM Mg(OAc)2, 1 mM ATP, 0.5 mM GTP, 0.25 mM spermidine, 2 mM DTT, 0.4 U/uL RiboLock RNase inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by floating home-made continuous carbon on 40 ul sample in the wells of teflon block (custom-made). The sample-covered carbon was then adsorbed to an EM grid.	分辨率 3.70 Å
8OZ0 Structure of a human 48S translation initiation complex with eIF4F and eIF4A 提交 2023-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric	链 I 1–814（814 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 89	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8PJ1 Structure of human 48S translation initiation complex in open codon scanning state (48S-1) 提交 2023-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric	链 1 1–814（814 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 90 ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing	分辨率 3.40 Å
8PJ2 Structure of human 48S translation initiation complex in AUG recognition state after eIF5-induced GTP hydrolysis by eIF2 (48S-2) 提交 2023-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric	链 1 1–814（814 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 87 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing	分辨率 3.40 Å
8PJ3 Structure of human 48S translation initiation complex upon transfer of initiator tRNA to eIF5B (48S-3) 提交 2023-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric	链 1 1–814（814 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 89 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing	分辨率 3.70 Å
8PJ4 Structure of human 48S translation initiation complex after eIF5 release (48S-4) 提交 2023-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 1 1–814（814 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 89 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing	分辨率 3.20 Å
8PJ5 Structure of human 48S translation initiation complex after eIF2 release prior 60S subunit joining (48S-5) 提交 2023-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric	链 1 1–814（814 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 91 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing	分辨率 2.90 Å
8PJ6 Structure of human 48S translation initiation complex with initiator tRNA, eIF1A and eIF3 (off-pathway) 提交 2023-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric	链 1 1–814（814 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 87 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing	分辨率 2.90 Å
8XXN Cryo-EM structure of the human 43S ribosome with PDCD4 提交 2024-01-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：50-meric	链 3B 1–814（814 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 23 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF39_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–105； UniProt 170–274

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2nlw
沉积日期 deposition_date	2006-10-20
结构标题 title	Solution structure of the RRM domain of human eukaryotic initiation factor 3b
关键词 keywords	translation initiation, eukaryotic initiation factor 3 complex, RNA recognition motif, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.00 Å
零角强度 I(0) i0	491338000.00
分子量 molecular_weight	190950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	240480 Å³
包络体积 envelope_volume	44029 Å³
水化壳体积 shell_volume	19159 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.67 Å
包络 Rg envelope_rg	20.19 Å
形状 Rg shape_rg	14.92 Å
总 Rg total_rg	15.60 Å
总原子数 total_atoms	26784
残基数 n_residues	1680
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.6 Å
Rg (实空间) rg_real	15.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	491300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7695
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.516
峰度 Kurtosis kurtosis	0.244
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	288600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.431; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.707; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2nlwA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 9
分子量 formula_weight	11955.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	26784

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/nl/2nlw/2nlw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nl/2nlw/2nlw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nl/2nlw/2nlw.dat

Solution structure of the RRM domain of human eukaryotic initiation factor 3b

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)