2nn6

Structure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp46, Rrp43, Mtr3, Rrp42, Csl4, Rrp4, and Rrp40

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymyositis/scleroderma autoantigen 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Exosome complex exonuclease RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex exonuclease RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex exonuclease RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex exonuclease RRP42 × 1 （Q15024） Exosome component 6 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex exonuclease RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex exonuclease RRP4 × 1 （Q13868） ;3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog ; × 1 （Q9Y3B2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q86Y41_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–319； UniProt 1–302

Exosome complex exonuclease RRP41

Homo sapiens

UniProt Q9NPD3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Polymyositis/scleroderma autoantigen 1 × 1 （Q86Y41） Exosome complex exonuclease RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex exonuclease RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex exonuclease RRP42 × 1 （Q15024） Exosome component 6 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex exonuclease RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex exonuclease RRP4 × 1 （Q13868） ;3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog ; × 1 （Q9Y3B2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	EXOS4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–249； UniProt 1–244

Exosome complex exonuclease RRP43

Homo sapiens

UniProt Q96B26

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Polymyositis/scleroderma autoantigen 1 × 1 （Q86Y41） Exosome complex exonuclease RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex exonuclease RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex exonuclease RRP42 × 1 （Q15024） Exosome component 6 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex exonuclease RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex exonuclease RRP4 × 1 （Q13868） ;3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog ; × 1 （Q9Y3B2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	EXOS8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–278； UniProt 1–276

Exosome complex exonuclease RRP46

Homo sapiens

UniProt Q9NQT4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Polymyositis/scleroderma autoantigen 1 × 1 （Q86Y41） Exosome complex exonuclease RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex exonuclease RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex exonuclease RRP42 × 1 （Q15024） Exosome component 6 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex exonuclease RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex exonuclease RRP4 × 1 （Q13868） ;3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog ; × 1 （Q9Y3B2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	EXOS5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 3–237； UniProt 1–235

Exosome complex exonuclease RRP42

Homo sapiens

UniProt Q15024

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Polymyositis/scleroderma autoantigen 1 × 1 （Q86Y41） Exosome complex exonuclease RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex exonuclease RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex exonuclease RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome component 6 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex exonuclease RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex exonuclease RRP4 × 1 （Q13868） ;3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog ; × 1 （Q9Y3B2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	EXOS7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 15–305； UniProt 1–291

Exosome component 6

Homo sapiens

UniProt Q5RKV6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Polymyositis/scleroderma autoantigen 1 × 1 （Q86Y41） Exosome complex exonuclease RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex exonuclease RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex exonuclease RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex exonuclease RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex exonuclease RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex exonuclease RRP4 × 1 （Q13868） ;3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog ; × 1 （Q9Y3B2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q5RKV6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–272； UniProt 1–272

Exosome complex exonuclease RRP40

Homo sapiens

UniProt Q9NQT5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Polymyositis/scleroderma autoantigen 1 × 1 （Q86Y41） Exosome complex exonuclease RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex exonuclease RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex exonuclease RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex exonuclease RRP42 × 1 （Q15024） Exosome component 6 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex exonuclease RRP4 × 1 （Q13868） ;3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog ; × 1 （Q9Y3B2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	EXOS3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 15–289； UniProt 0–274

Exosome complex exonuclease RRP4

Homo sapiens

UniProt Q13868

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Polymyositis/scleroderma autoantigen 1 × 1 （Q86Y41） Exosome complex exonuclease RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex exonuclease RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex exonuclease RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex exonuclease RRP42 × 1 （Q15024） Exosome component 6 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex exonuclease RRP40 × 1 （Q9NQT5） ;3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog ; × 1 （Q9Y3B2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	EXOS2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 16–308； UniProt 1–293

;3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog ;

Homo sapiens

UniProt Q9Y3B2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Polymyositis/scleroderma autoantigen 1 × 1 （Q86Y41） Exosome complex exonuclease RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex exonuclease RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex exonuclease RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex exonuclease RRP42 × 1 （Q15024） Exosome component 6 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex exonuclease RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex exonuclease RRP4 × 1 （Q13868）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	EXOS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 15–209； UniProt 1–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2nn6
沉积日期 deposition_date	2006-10-23
结构标题 title	Structure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp46, Rrp43, Mtr3, Rrp42, Csl4, Rrp4, and Rrp40
关键词 keywords	RNA, exosome, PM/Scl, exoribonuclease, phosphorolytic, ribonuclease, HYDROLASE-TRANSFERASE COMPLEX; HYDROLASE/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2nn6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2nn6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2nn6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.50 Å
Rg（电子密度）	39.74 Å
总 Rg	40.24 Å
原子数	16858
残基数	2214
排除体积	301280 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2nn6__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polymyositis/scleroderma autoantigen 1
分子量 formula_weight	39405.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16858

MGSSHHHHHHSQDPNSHMKETPLSNCERRFLLRAIEEKKRLDGRQTYDYRNIRISFGTDYGCCIVELGKTRVLGQVSCELVSPKLNRATEGILFFNLELSQMAAPAFEPGRQSDLLVKLNRLMERCLRNSKCIDTESLCVVAGEKVWQIRVDLHLLNHDGNIIDAASIAAIVALCHFRRPDVSVQGDEVTLYTPEERDPVPLSIHHMPICVSFAFFQQGTYLLVDPNEREERVMDGLLVIAMNKHREICTIQSSGGIMLLKDQVLRCSKIAGVKVAEITELILKALENDQKVRKEGGKFGFAESIANQRITAFKMEKAPXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Exosome complex exonuclease RRP41
分子量 formula_weight	26831.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MADPMAGLELLSDQGYRVDGRRAGELRKIQARMGVFAQADGSAYIEQGNTKALAVVYGPHEIRGSRARALPDRALVNCQYSSATFSTGERKRRPHGDRKSCEMGLQLRQTFEAAILTQLHPRSQIDIYVQVLQADGGTYAACVNAATLAVLDAGIPMRDFVCACSAGFVDGTALADLSHVEEAAGGPQLALALLPASGQIALLEMDARLHEDHLERVLEAAAQAARDVHTLLDRVVRQHVREASILLGD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Exosome complex exonuclease RRP43
分子量 formula_weight	30285.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DPMAAGFKTVEPLEYYRRFLKENCRPDGRELGEFRTTTVNIGSISTADGSALVKLGNTTVICGVKAEFAAPSTDAPDKGYVVPNVDLPPLCSSRFRSGPPGEEAQVASQFIADVIENSQIIQKEDLCISPGKLVWVLYCDLICLDYDGNILDACTFALLAALKNVQLPEVTINEETALAEVNLKKKSYLNIRTHPVATSFAVFDDTLLIVDPTGEEEHLATGTLTIVMDEEGKLCCLHKPGGSGLTGAKLQDCMSRAVTRHKEVKKLMDEVIKSMKPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Exosome complex exonuclease RRP46
分子量 formula_weight	25480.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SLMEEETHTDAKIRAENGTGSSPRGPGCSLRHFACEQNLLSRPDGSASFLQGDTSVLAGVYGPAEVKVSKEIFNKATLEVILRPKIGLPGVAEKSRERLIRNTCEAVVLGTLHPRTSITVVLQVVSDAGSLLACCLNAACMALVDAGVPMRALFCGVACALDSDGTLVLDPTSKQEKEARAVLTFALDSVERKLLMSSTKGLYSDTELQQCLAAAQAASQHVFRFYRESLQRRYSKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Exosome complex exonuclease RRP42
分子量 formula_weight	33479.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
突变 mutation	L274V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MGSSHHHHHHSQDPMASVTLSEAEKVYIVHGVQEDLRVDGRGCEDYRCVEVETDVVSNTSGSARVKLGHTDILVGVKAEMGTPKLEKPNEGYLEFFVDCSASATPEFEGRGGDDLGTEIANTLYRIFNNKSSVDLKTLCISPREHCWVLYVDVLLLECGGNLFDAISIAVKAALFNTRIPRVRVLEDEEGSKDIELSDDPYDCIRLSVENVPCIVTLCKIGYRHVVDATLQEEACSLASLLVSVTSKGVVTCMRKVGKGSLDPESIFEMMETGKRVGKVLHASLQSVVHKEESLGPKRQKVGFLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Exosome component 6
分子量 formula_weight	28267.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MPGDHRRIRGPEESQPPQLYAADEEEAPGTRDPTRLRPVYARAGLLSQAKGSAYLEAGGTKVLCAVSGPRQAEGGERGGGPAGAGGEAPAALRGRLLCDFRRAPFAGRRRRAPPGGCEERELALALQEALEPAVRLGRYPRAQLEVSALLLEDGGSALAAALTAAALALADAGVEMYDLVVGCGLSLAPGPAPTWLLDPTRLEEERAAAGLTVALMPVLNQVAGLLGSGEGGLTESWAEAVRLGLEGCQRLYPVLQQSLVRAARRRGAAAQP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Exosome complex exonuclease RRP40
分子量 formula_weight	31227.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MGSSHHHHHHSQDPMAEPASVAAESLAGSRARAARTVLGQVVLPGEELLLPEQEDAEGPGGAVERPLSLNARACSRVRVVCGPGLRRCGDRLLVTKCGRLRHKEPGSGSGGGVYWVDSQQKRYVPVKGDHVIGIVTAKSGDIFKVDVGGSEPASLSYLSFEGATKRNRPNVQVGDLIYGQFVVANKDMEPEMVCIDSCGRANGMGVIGQDGLLFKVTLGLIRKLLAPDCEIIQEVGKLYPLEIVFGMNGRIWVKAKTIQQTLILANILEACEHMTSDQRKQIFSRLAES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Exosome complex exonuclease RRP4
分子量 formula_weight	34590.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MGSSHHHHHHSQDPHMAMEMRLPVARKPLSERLGRDTKKHLVVPGDTITTDTGFMRGHGTYMGEEKLIASVAGSVERVNKLICVKALKTRYIGEVGDIVVGRITEVQQKRWKVETNSRLDSVLLLSSMNLPGGELRRRSAEDELAMRGFLQEGDLISAEVQAVFSDGAVSLHTRSLKYGKLGQGVLVQVSPSLVKRQKTHFHDLPCGASVILGNNGFIWIYPTPEHKEEEAGGFIANLEPVSLADREVISRLRNCIISLVTQRMMLYDTSILYCYEASLPHQIKDILKPEIMEEIVMETRQRLLEQEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	;3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog ;
分子量 formula_weight	23097.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MGSSHHHHHHSQDPMAPPVRYCIPGERLCNLEEGSPGSGTYTRHGYIFSSLAGCLMKSSENGALPVVSVVRETESQLLPDVGAIVTCKVSSINSRFAKVHILYVGSMPLKNSFRGTIRKEDVRATEKDKVEIYKSFRPGDIVLAKVISLGDAQSNYLLTTAENELGVVVAHSESGIQMVPISWCEMQCPKTHTKEFRKVARVQPEFLQT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d2nn6a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.4 — Ribonuclease PH domain 1-like

结构域编号 domain_id	d2nn6a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.101 — Ribonuclease PH domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.101.1 — Ribonuclease PH domain 2-like
家族 Family family	d.101.1.1 — Ribonuclease PH domain 2-like

结构域编号 domain_id	d2nn6b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.4 — Ribonuclease PH domain 1-like

结构域编号 domain_id	d2nn6b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.101 — Ribonuclease PH domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.101.1 — Ribonuclease PH domain 2-like
家族 Family family	d.101.1.1 — Ribonuclease PH domain 2-like

结构域编号 domain_id	d2nn6c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.4 — Ribonuclease PH domain 1-like

结构域编号 domain_id	d2nn6c2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.101 — Ribonuclease PH domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.101.1 — Ribonuclease PH domain 2-like
家族 Family family	d.101.1.1 — Ribonuclease PH domain 2-like

结构域编号 domain_id	d2nn6d1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.4 — Ribonuclease PH domain 1-like

结构域编号 domain_id	d2nn6d2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.101 — Ribonuclease PH domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.101.1 — Ribonuclease PH domain 2-like
家族 Family family	d.101.1.1 — Ribonuclease PH domain 2-like

结构域编号 domain_id	d2nn6e1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.4 — Ribonuclease PH domain 1-like

结构域编号 domain_id	d2nn6e2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.101 — Ribonuclease PH domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.101.1 — Ribonuclease PH domain 2-like
家族 Family family	d.101.1.1 — Ribonuclease PH domain 2-like

结构域编号 domain_id	d2nn6f1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.4 — Ribonuclease PH domain 1-like

结构域编号 domain_id	d2nn6f2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.101 — Ribonuclease PH domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.101.1 — Ribonuclease PH domain 2-like
家族 Family family	d.101.1.1 — Ribonuclease PH domain 2-like

结构域编号 domain_id	d2nn6g1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d2nn6g2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamily	b.84.4 — Ribosomal L27 protein-like
家族 Family family	b.84.4.2 — ECR1 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2nn6g3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamily	d.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family family	d.51.1.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)

结构域编号 domain_id	d2nn6h1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d2nn6h2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamily	b.84.4 — Ribosomal L27 protein-like
家族 Family family	b.84.4.2 — ECR1 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2nn6h3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamily	d.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family family	d.51.1.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)

结构域编号 domain_id	d2nn6i1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d2nn6i2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamily	b.84.4 — Ribosomal L27 protein-like
家族 Family family	b.84.4.2 — ECR1 N-terminal domain-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2nn6A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2nn6B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2nn6C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2nn6D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2nn6E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2nn6F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2nn6G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	2nn6G02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	2nn6G03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

结构域编号 domain_id	2nn6H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	2nn6I01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	2nn6I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

▶

晶胞边长 a length_a	307.800 Å
晶胞边长 b length_b	307.800 Å
晶胞边长 c length_c	307.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 4 3 2
空间群编号 int_tables_number	207
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.350 Å
最低分辨率 resolution_low	14.980 Å
R 因子 r_factor	0.2910
R_work r_work	0.2910
R_free r_free	0.3440

Structure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp46, Rrp43, Mtr3, Rrp42, Csl4, Rrp4, and Rrp40

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymyositis/scleroderma autoantigen 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex exonuclease RRP41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex exonuclease RRP43

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex exonuclease RRP46

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex exonuclease RRP42

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome component 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex exonuclease RRP40

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex exonuclease RRP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;3'-5' exoribonuclease CSL4 homolog ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2nn6__assembly_1__model_1

2nn6__assembly_1__model_1 | I(q)

2nn6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment