2npf

Structure of eEF2 in complex with moriniafungin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 159.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor 2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–842	未记录	MOU (1S,4R,5R,9S,11S)-2-({[(2S,5R,6R,7R,9S,10R)-2-(7-CARBOXYHEPTYL)-6-HYDROXY-10-METHOXY-9-METHYL-3-OXO-1,4,8-TRIOXASPIRO[4 .5]DEC-7-YL]OXY}METHYL)-9-FORMYL-13-ISOPROPYL-5-METHYLTETRACYCLO[7.4.0.02,11.04.8]TRIDEC-12-ENE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；PEG, ethyleneglycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.271
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–842	未记录	MOU (1S,4R,5R,9S,11S)-2-({[(2S,5R,6R,7R,9S,10R)-2-(7-CARBOXYHEPTYL)-6-HYDROXY-10-METHOXY-9-METHYL-3-OXO-1,4,8-TRIOXASPIRO[4 .5]DEC-7-YL]OXY}METHYL)-9-FORMYL-13-ISOPROPYL-5-METHYLTETRACYCLO[7.4.0.02,11.04.8]TRIDEC-12-ENE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；PEG, ethyleneglycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2NPF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N0U Crystal structure of yeast elongation factor 2 in complex with sordarin 提交 2002-10-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–842（842 aa）	未记录	SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；293 K；PEG8K, ethylene glycol, Hepes, KCl, magnesium chloride, edta, dtt, gdp, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 20K	分辨率 2.12 Å R-free 0.254
1N0V Crystal structure of elongation factor 2 提交 2002-10-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；PEG8K, Hepes, ethylene glycol; magnesium chloride, GDP, EDTA, DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 100K	分辨率 2.85 Å R-free 0.273
1N0V Crystal structure of elongation factor 2 提交 2002-10-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；PEG8K, Hepes, ethylene glycol; magnesium chloride, GDP, EDTA, DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 100K	分辨率 2.85 Å R-free 0.273
1U2R Crystal Structure of ADP-ribosylated Ribosomal Translocase from Saccharomyces cerevisiae 提交 2004-07-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；PEG-8000, Ethylene Glycol, HEPES-NaOH, Magnesium Chloride, DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
1ZM2 Structure of ADP-ribosylated eEF2 in complex with catalytic fragment of ETA 提交 2005-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）片段：eEF2	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.07 Å R-free 0.265
1ZM2 Structure of ADP-ribosylated eEF2 in complex with catalytic fragment of ETA 提交 2005-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）片段：eEF2	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.07 Å R-free 0.265
1ZM2 Structure of ADP-ribosylated eEF2 in complex with catalytic fragment of ETA 提交 2005-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）片段：eEF2	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.07 Å R-free 0.265
1ZM3 Structure of the apo eEF2-ETA complex 提交 2005-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.07 Å R-free 0.282
1ZM3 Structure of the apo eEF2-ETA complex 提交 2005-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.07 Å R-free 0.282
1ZM3 Structure of the apo eEF2-ETA complex 提交 2005-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.07 Å R-free 0.282
1ZM4 Structure of the eEF2-ETA-bTAD complex 提交 2005-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TAD BETA-METHYLENE-THIAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
1ZM4 Structure of the eEF2-ETA-bTAD complex 提交 2005-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TAD BETA-METHYLENE-THIAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
1ZM4 Structure of the eEF2-ETA-bTAD complex 提交 2005-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TAD BETA-METHYLENE-THIAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
1ZM9 Structure of eEF2-ETA in complex with PJ34 提交 2005-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
1ZM9 Structure of eEF2-ETA in complex with PJ34 提交 2005-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
1ZM9 Structure of eEF2-ETA in complex with PJ34 提交 2005-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
2E1R Structure of eEF2 in complex with a sordarin derivative 提交 2006-10-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–842（842 aa）	未记录	SOD (1S,4S,5S,6R,9S,11S)-6-CHLORO-9-FORMYL-13-ISOPROPYL-5-METHYL-2-({[(3AR,5R,7R ,7AS)-7-METHYL-3-METHYLENEHEXAHYDRO-2H-FURO[2,3-C]PYRAN-5-YL]OXY}METHYL)TETR ACYCLO[7.4.0.02,11.04,8]TRIDEC-12-ENE-1-CARBOXYLIC ACI × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；293 K；PEG8000, ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.270
2P8W Fitted structure of eEF2 in the 80S:eEF2:GDPNP cryo-EM reconstruction 提交 2007-03-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 1–842（842 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 11.30 Å
2P8X Fitted structure of ADPR-eEF2 in the 80S:ADPR-eEF2:GDPNP cryo-EM reconstruction 提交 2007-03-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 9.70 Å
2P8Y Fitted structure of ADPR-eEF2 in the 80S:ADPR-eEF2:GDP:sordarin cryo-EM reconstruction 提交 2007-03-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 T 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 11.70 Å
2P8Z Fitted structure of ADPR-eEF2 in the 80S:ADPR-eEF2:GDPNP:sordarin cryo-EM reconstruction 提交 2007-03-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 8.90 Å
2ZIT Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex 提交 2008-02-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.266
2ZIT Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex 提交 2008-02-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.266
2ZIT Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex 提交 2008-02-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.266
3B78 Structure of the eEF2-ExoA(R551H)-NAD+ complex 提交 2007-10-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
3B78 Structure of the eEF2-ExoA(R551H)-NAD+ complex 提交 2007-10-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
3B78 Structure of the eEF2-ExoA(R551H)-NAD+ complex 提交 2007-10-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
3B82 Structure of the eEF2-ExoA(E546H)-NAD+ complex 提交 2007-10-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
3B82 Structure of the eEF2-ExoA(E546H)-NAD+ complex 提交 2007-10-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
3B82 Structure of the eEF2-ExoA(E546H)-NAD+ complex 提交 2007-10-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
3B8H Structure of the eEF2-ExoA(E546A)-NAD+ complex 提交 2007-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3B8H Structure of the eEF2-ExoA(E546A)-NAD+ complex 提交 2007-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3B8H Structure of the eEF2-ExoA(E546A)-NAD+ complex 提交 2007-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3DNY Fitting of the eEF2 crystal structure into the cryo-EM density map of the eEF2.80S.AlF4-.GDP complex 提交 2008-07-03	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 T 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM Hepes-NH3, 100 mM KCl, 20 mM MgCl2；pH 7.2；20 mM Hepes-NH3, 100 mM KCl, 20 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.60 Å
4V4B Structure of the ribosomal 80S-eEF2-sordarin complex from yeast obtained by docking atomic models for RNA and protein components into a 11.7 A cryo-EM map. 提交 2004-01-06	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 AT 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 11.70 Å
5JUO Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure I (fully rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
5JUP Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure II (mid-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
5JUS Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure III (mid-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5	分辨率 4.20 Å
5JUT Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure IV (almost non-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
5JUU Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure V (least rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
6GQ1 Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GMPPCP/sordarin) 提交 2018-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric	链 AZ 3–842（840 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s	分辨率 4.40 Å
6GQB Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GDP+AlF4/sordarin) 提交 2018-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric	链 AZ 3–842（840 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s	分辨率 3.90 Å
6GQV Cryo-EM recosntruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GMPPCP) 提交 2018-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric	链 AX 3–839（837 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s	分辨率 4.00 Å
8EUB Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2 and GDP, Structure I 提交 2022-10-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 255 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.52 Å
8EVQ Hypopseudouridylated Ribosome bound with TSV IRES, eEF2, GDP, and sordarin, Structure I 提交 2022-10-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 241 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.72 Å
8EVR Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure II 提交 2022-10-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 217 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 W9C (1S,3S,3aR,4S,4aR,7R,7aR,8aS)-8a-{[(6-deoxy-4-O-methyl-alpha-D-altropyranosyl)oxy]methyl}-4-formyl-7-methyl-3-(propan-2-yl)decahydro-1,4-methano-s-indacene-3a(1H)-carboxylate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
8EVS Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2 and GDP, Structure II 提交 2022-10-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 254 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å
8EWB Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2 and GDP, Structure III 提交 2022-10-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 242 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
8K2D Cryo-EM structure of the yeast 80S ribosome with tigecycline, eEF2, Stm1 and eIF5A 提交 2023-07-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：84-meric	链 CD 1–842（842 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 T1C TIGECYCLINE × 6 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8T3A Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, sordarin, and hibernating factor Los2 提交 2023-06-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
8T3B Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure I 提交 2023-06-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
8T3C Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure II 提交 2023-06-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.86 Å
8T3D Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure III 提交 2023-06-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
8T3E Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure IV 提交 2023-06-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8T3F Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure V 提交 2023-06-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric	链 DC 1–842（842 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8XU8 State 2c(S2c) of yeast 80S ribosome bound to compact eEF2 and 2 tRNAs during peptidyl transferation 提交 2024-01-12	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric	链 x 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 4.5；YPD cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8YLD State 4a (S4a) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs and open eEF3 and eEF2 during translocation 提交 2024-03-06	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric	链 x 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 4.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8YLR State 6 (S6) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs and eEF2 and eEF3 during tranlocation 提交 2024-03-06	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric	链 x 1–842（842 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 4.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	EF2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–842； UniProt 1–842 作者链 B； PDB构建体 1–842； UniProt 1–842

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2npf
沉积日期 deposition_date	2006-10-27
结构标题 title	Structure of eEF2 in complex with moriniafungin
关键词 keywords	protein-inhibitor complex, G-protein, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.38 Å
零角强度 I(0) i0	470254000.00
分子量 molecular_weight	183260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	230900 Å³
包络体积 envelope_volume	345560 Å³
水化壳体积 shell_volume	57720 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.2 Å
壳层 Rg shell_rg	53.43 Å
包络 Rg envelope_rg	49.36 Å
形状 Rg shape_rg	51.36 Å
总 Rg total_rg	51.53 Å
总原子数 total_atoms	12885
残基数 n_residues	1635
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	159.5 Å
Rg (实空间) rg_real	51.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	470100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8377
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	72.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.303
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.433
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.100

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Elongation factor 2
分子量 formula_weight	93407.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12885

MVAFTVDQMRSLMDKVTNVRNMSVIAHVDHGKSTLTDSLVQRAGIISAAKAGEARFTDTRKDEQERGITIKSTAISLYSEMSDEDVKEIKQKTDGNSFLINLIDSPGHVDFSSEVTAALRVTDGALVVVDTIEGVCVQTETVLRQALGERIKPVVVINKVDRALLELQVSKEDLYQTFARTVESVNVIVSTYADEVLGDVQVYPARGTVAFGSGLHGWAFTIRQFATRYAKKFGVDKAKMMDRLWGDSFFNPKTKKWTNKDTDAEGKPLERAFNMFILDPIFRLFTAIMNFKKDEIPVLLEKLEIVLKGDEKDLEGKALLKVVMRKFLPAADALLEMIVLHLPSPVTAQAYRAEQLYEGPADDANCIAIKNCDPKADLMLYVSKMVPTSDKGRFYAFGRVFAGTVKSGQKVRIQGPNYVPGKKDDLFIKAIQRVVLMMGRFVEPIDDCPAGNIIGLVGIDQFLLKTGTLTTSETAHNMKVMKFSVSPVVQVAVEVKNANDLPKLVEGLKRLSKSDPCVLTYMSESGEHIVAGTGELHLEICLQDLEHDHAGVPLKISPPVVAYRETVESESSQTALSKSPNKHNRIYLKAEPIDEEVSLAIENGIINPRDDFKARARIMADDYGWDVTDARKIWCFGPDGNGPNLVIDQTKAVQYLHEIKDSVVAAFQWATKEGPIFGEEMRSVRVNILDVTLHADAIHRGGGQIIPTMRRATYAGFLLADPKIQEPVFLVEIQCPEQAVGGIYSVLNKKRGQVVSEEQRPGTPLFTVKAYLPVNESFGFTGELRQATGGQAFPQMVFDHWSTLGSDPLDPTSKAGEIVLAARKRHGMKEEVPGWQEYYDKL

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(1S,4R,5R,9S,11S)-2-({[(2S,5R,6R,7R,9S,10R)-2-(7-CARBOXYHEPTYL)-6-HYDROXY-10-METHOXY-9-METHYL-3-OXO-1,4,8-TRIOXASPIRO[4 .5]DEC-7-YL]OXY}METHYL)-9-FORMYL-13-ISOPROPYL-5-METHYLTETRACYCLO[7.4.0.02,11.04.8]TRIDEC-12-ENE-1-CARBOXYLIC ACID ;
分子量 formula_weight	690.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d2npfa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d2npfa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2npfa3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.1 — Translational machinery components

结构域编号 domain_id	d2npfa4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.11 — EF-G C-terminal domain-like
家族 Family family	d.58.11.1 — EF-G/eEF-2 domains III and V

结构域编号 domain_id	d2npfa5
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.11 — EF-G C-terminal domain-like
家族 Family family	d.58.11.1 — EF-G/eEF-2 domains III and V

结构域编号 domain_id	d2npfb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d2npfb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2npfb3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.1 — Translational machinery components

结构域编号 domain_id	d2npfb4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.11 — EF-G C-terminal domain-like
家族 Family family	d.58.11.1 — EF-G/eEF-2 domains III and V

结构域编号 domain_id	d2npfb5
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.11 — EF-G C-terminal domain-like
家族 Family family	d.58.11.1 — EF-G/eEF-2 domains III and V

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2npfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2npfA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1430 — Yeast translation eEF2 (G' domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Yeast translation eEF2 (G' domain)

结构域编号 domain_id	2npfA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	2npfA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	870 — Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3

结构域编号 domain_id	2npfA05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2npfA06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

结构域编号 domain_id	2npfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2npfB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1430 — Yeast translation eEF2 (G' domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Yeast translation eEF2 (G' domain)

结构域编号 domain_id	2npfB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	2npfB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	870 — Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3

结构域编号 domain_id	2npfB05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2npfB06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.970 Å
晶胞边长 b length_b	159.120 Å
晶胞边长 c length_c	112.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2310
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.2710

fit	/app/data/saxs_computation/np/2npf/2npf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/np/2npf/2npf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/np/2npf/2npf.dat