8xu8

State 2c(S2c) of yeast 80S ribosome bound to compact eEF2 and 2 tRNAs during peptidyl transferation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 233.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xu8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xu8
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8xu8
沉积日期 deposition_date2024-01-12
结构标题 titleState 2c(S2c) of yeast 80S ribosome bound to compact eEF2 and 2 tRNAs during peptidyl transferation
关键词 keywords80S, compact eEF2, elongation cycle, rotated, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier91.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron92.87
零角强度 I(0) i0264899000000.00
分子量 molecular_weight3081400.0 kDa
排除体积 excluded_volume3313000 ų
包络体积 envelope_volume5617200 ų
水化壳体积 shell_volume454560 ų
包络直径 envelope_diameter305.3
壳层 Rg shell_rg111.20
包络 Rg envelope_rg91.76
形状 Rg shape_rg92.97
总 Rg total_rg92.70
总原子数 total_atoms209284
残基数 n_residues17371
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax233.3
Rg (实空间) rg_real89.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27
I(0) (实空间) i0_real2.5350e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0450e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal93.31
I(0) (倒空间) i0_reciprocal266500000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9085
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary109.8
偏度 Skewness skewness0.081
峰度 Kurtosis kurtosis-0.623
角度范围 angular_range— – 0.0850 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.1120
最高正则化参数 α highest_alpha20280000000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 0.948; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (80)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)