SAXSdb — 1t0k

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1t0k
沉积日期 deposition_date	2004-04-09
结构标题 title	Joint X-ray and NMR Refinement of Yeast L30e-mRNA complex
关键词 keywords	Joint NMR and X-ray refinement, Ribosomal Protein L30e, MBP fusion protein, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.74 Å
零角强度 I(0) i0	66639800.00
分子量 molecular_weight	59921.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73114 Å³
包络体积 envelope_volume	94753 Å³
水化壳体积 shell_volume	28563 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.7 Å
壳层 Rg shell_rg	34.50 Å
包络 Rg envelope_rg	29.59 Å
形状 Rg shape_rg	29.61 Å
总 Rg total_rg	30.55 Å
总原子数 total_atoms	4194
残基数 n_residues	489
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8512
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.429
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.604
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7057000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.771; Smooth: 0.865

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(GPAPCPCPGPGPAPGPUPGPUPCP*C)-3'
分子量 formula_weight	4172.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	4194

GACCGGAGUGUCC

Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(GGPAPCPGPCPAPGPAPGPAPUPGPGPUPC)-3'
分子量 formula_weight	5216.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GGACGCAGAGAUGGUC

Entity 3 polymer

描述 description	Maltose-binding periplasmic protein
分子量 formula_weight	41770.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MKLEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSVPGRGSIEGR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L30
分子量 formula_weight	11430.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAPVKSQESINQKLALVIKSGKYTLGYKSTVKSLRQGKSKLIIIAANTPVLRKSELEYYAMLSKTKVYYFQGGNNELGTAVGKLFRVGVVSILEAGDSDILTTLA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	666.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1t0ka1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

结构域编号 domain_id	d1t0ka2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1t0kb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.3 — L30e-like
家族 Family family	d.79.3.1 — L30e/L7ae ribosomal proteins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1t0kA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	1t0kA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	1t0kB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	136.006 Å
晶胞边长 b length_b	136.006 Å
晶胞边长 c length_c	123.813 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.240 Å
最低分辨率 resolution_low	26.000 Å
R 因子 r_factor	0.2690
R_work r_work	0.2610
R_free r_free	0.3200

fit	/app/data/saxs_computation/t0/1t0k/1t0k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t0/1t0k/1t0k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t0/1t0k/1t0k.dat

Joint X-ray and NMR Refinement of Yeast L30e-mRNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)