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1t0k

Joint X-ray and NMR Refinement of Yeast L30e-mRNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein

Escherichia coli

UniProt P02928

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 2 RNA 2 其他聚合物 1 PDB 声明：tetrameric（4） 计数不一致，待复核 链 A； UniProt 27–392 未记录 5'-R(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*C)-3' × 1 5'-R(*G*GP*AP*CP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*C)-3' × 1 60S ribosomal protein L30 × 1 （P14120） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；Lithium Sulfate, Sodium Cacodylate, Magnesium Chloride, Jeffamine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 3.24 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1T0K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A7L DOMINANT B-CELL EPITOPE FROM THE PRES2 REGION OF HEPATITIS B VIRUS IN THE FORM OF AN INSERTED PEPTIDE SEGMENT IN MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN 提交 1998-03-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–389（363 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN CONCENTRATION 3.0MG/ML, BUFFER 0.1M TRIS-HCL PH 8.5 WITH 0.2 M MGCL2, 1 MM MALTOSE, 26% PEG 4000.
分辨率 2.90 Å R-free 0.286
1A7L DOMINANT B-CELL EPITOPE FROM THE PRES2 REGION OF HEPATITIS B VIRUS IN THE FORM OF AN INSERTED PEPTIDE SEGMENT IN MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN 提交 1998-03-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 27–389（363 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN CONCENTRATION 3.0MG/ML, BUFFER 0.1M TRIS-HCL PH 8.5 WITH 0.2 M MGCL2, 1 MM MALTOSE, 26% PEG 4000.
分辨率 2.90 Å R-free 0.286
1A7L DOMINANT B-CELL EPITOPE FROM THE PRES2 REGION OF HEPATITIS B VIRUS IN THE FORM OF AN INSERTED PEPTIDE SEGMENT IN MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN 提交 1998-03-16 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 27–389（363 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN CONCENTRATION 3.0MG/ML, BUFFER 0.1M TRIS-HCL PH 8.5 WITH 0.2 M MGCL2, 1 MM MALTOSE, 26% PEG 4000.
分辨率 2.90 Å R-free 0.286
1A7L DOMINANT B-CELL EPITOPE FROM THE PRES2 REGION OF HEPATITIS B VIRUS IN THE FORM OF AN INSERTED PEPTIDE SEGMENT IN MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN 提交 1998-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 27–389（363 aa）
链 B 27–389（363 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN CONCENTRATION 3.0MG/ML, BUFFER 0.1M TRIS-HCL PH 8.5 WITH 0.2 M MGCL2, 1 MM MALTOSE, 26% PEG 4000.
分辨率 2.90 Å R-free 0.286
1ANF MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN WITH BOUND MALTOSE 提交 1997-06-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% PEG 8000, 10 MM CITRATE, PH 6.2
分辨率 1.67 Å
1DMB REFINED 1.8 ANGSTROMS STRUCTURE REVEALS THE MECHANISM OF BINDING OF A CYCLIC SUGAR, BETA-CYCLODEXTRIN, TO THE MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN 提交 1993-06-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1EZ9 STRUCTURE OF MALTOTETRAITOL BOUND TO OPEN-FORM MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN IN P1 CRYSTAL FORM 提交 2000-05-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 3350, MES, sodium azide, maltotetraitol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.235
1EZ9 STRUCTURE OF MALTOTETRAITOL BOUND TO OPEN-FORM MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN IN P1 CRYSTAL FORM 提交 2000-05-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；PEG 3350, MES, sodium azide, maltotetraitol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.235
1EZO GLOBAL FOLD OF MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH BETA-CYCLODEXTRIN 提交 2000-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
突变：I28T 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；310 K；压力 ambient
NMR样品组成 1.4 mM maltodextrin binding protein U-15N,13C,2H, with 1H amide and methyl on Val, Leu, and Ile(delta1) 2mM beta-cyclodextrin, 20 mM sodium phosphate pH 7.2, 3uM NaN3, 100uM EDTA. | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1EZP GLOBAL FOLD OF MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH BETA-CYCLODEXTRIN USING PEPTIDE ORIENTATIONS FROM DIPOLAR COUPLINGS 提交 2000-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
突变：I28T 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；310 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7.2；310 K；压力 ambient
NMR样品组成 1.4 mM maltodextrin binding protein U-15N,13C,2H, with 1H amide and methyl on Val, Leu, and Ile(delta1) 2mM beta-cyclodextrin, 20 mM sodium phosphate pH 7.2, 3uM NaN3, 100uM EDTA. | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.4 mM maltodextrin binding protein U-15N,13C,2H, with 1H amide and methyl on Val, Leu, and Ile(delta1) 2mM beta-cyclodextrin, 20 mM sodium phosphate pH 7.2, 3uM NaN3, 100uM EDTA. ~19mg/ml pf1 bacteriophage | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1FQA STRUCTURE OF MALTOTETRAITOL BOUND TO OPEN-FORM MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN IN P2(1)CRYSTAL FORM 提交 2000-09-04 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；273 K；PEG 3350, NaN3, MES, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.215
1FQB STRUCTURE OF MALTOTRIOTOL BOUND TO OPEN-FORM MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN IN P2(1)CRYSTAL FORM 提交 2000-09-04 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；273 K；PEG 3350, NaN3, MES, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
分辨率 1.90 Å R-free 0.218
1FQC CRYSTAL STRUCTURE OF MALTOTRIOTOL BOUND TO CLOSED-FORM MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN 提交 2000-09-04 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG 6000, Mes, NaN3, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.246
1FQD CRYSTAL STRUCTURE OF MALTOTETRAITOL BOUND TO CLOSED-FORM MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN 提交 2000-09-04 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；PEG 6000, Mes, NaN3, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.244
1IUD MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN INSERTION/DELETION MUTANT WITH AN INSERTED B-CELL EPITOPE FROM THE PRES2 REGION OF HEPATITIS B VIRUS 提交 1996-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
突变：INSERTED B-CELL EPITOPE FROM THE PRES2 REGION OF HEPATITIS B VIRUS 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å R-free 0.281
1JVX Maltodextrin-binding protein variant D207C/A301GS/P316C cross-linked in crystal 提交 2001-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
突变：D207C/A301GS/P316C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；PEG 6000, sodium MES, maltose, sodium azide, beta-mercaptoethanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.304
1JVY Maltodextrin-binding protein variant D207C/A301GS/P316C with beta-mercaptoethanol mixed disulfides 提交 2001-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
突变：D207C/A301GS/P316C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；PEG 6000, sodium MES, maltose, sodium azide, beta-mercaptoethanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.273
1JW4 Structure of ligand-free maltodextrin-binding protein 提交 2001-09-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；PEG 20k, Mes, sodium azide, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.00 Å R-free 0.260
1JW5 Structure of Maltose Bound to Open-form Maltodextrin-binding Protein in P1 Crystal 提交 2001-09-02 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；PEG 20k, Mes, sodium azide, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.00 Å R-free 0.253
1LAX CRYSTAL STRUCTURE OF MALE31, A DEFECTIVE FOLDING MUTANT OF MALTOSE-BINDING PROTEIN 提交 2002-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa） 片段：MALE31
突变：G32D I33P 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；PEG 4000, TRIS/HCl, ISOPROPANOL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 1.85 Å R-free 0.202
1LAX CRYSTAL STRUCTURE OF MALE31, A DEFECTIVE FOLDING MUTANT OF MALTOSE-BINDING PROTEIN 提交 2002-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 27–396（370 aa） 片段：MALE31
突变：G32D I33P 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；PEG 4000, TRIS/HCl, ISOPROPANOL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 1.85 Å R-free 0.202
1LLS CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED MALTOSE BINDING PROTEIN WITH XENON 提交 2002-04-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 XE XENON × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；10 mM Sodium Citrate, 23% PEG 8000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.226
1MDP REFINED STRUCTURES OF TWO INSERTION(SLASH)DELETION MUTANTS PROBE FUNCTION OF THE MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN 提交 1994-08-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 1 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1MDP REFINED STRUCTURES OF TWO INSERTION(SLASH)DELETION MUTANTS PROBE FUNCTION OF THE MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN 提交 1994-08-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 2 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1MDQ REFINED STRUCTURES OF TWO INSERTION(SLASH)DELETION MUTANTS PROBE FUNCTION OF THE MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN 提交 1994-08-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
1MG1 HTLV-1 GP21 ECTODOMAIN/MALTOSE-BINDING PROTEIN CHIMERA 提交 1999-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 31–387（357 aa） 片段：GP21 ECTODOMAIN (GP62 RESIDUES 338-425)
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.7；pH 4.7
分辨率 2.50 Å R-free 0.305
1MH3 maltose binding-a1 homeodomain protein chimera, crystal form I 提交 2002-08-19 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–392（366 aa）
突变：E359A, K362A, D363A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；amonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.262
1MH4 maltose binding-a1 homeodomain protein chimera, crystal form II 提交 2002-08-19 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–392（366 aa）
突变：E359A, K362A, D363A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 6000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.293
1MPB MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN (MALTOSE-BINDING PROTEIN) MUTANT, WITH ARGININE REPLACING TRYPTOPHAN AT POSITION 230 (TRP-230-ARG) 提交 1995-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
突变：W230R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1MPC MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN (MALTOSE-BINDING PROTEIN) MUTANT, WITH ARGININE REPLACING TRYPTOPHAN AT POSITION 230 (TRP-230-ARG) 提交 1995-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
突变：W230R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
1MPD MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN (MALTOSE-BINDING PROTEIN) MUTANT, WITH ARGININE REPLACING TRYPTOPHAN AT POSITION 230 (TRP-230-ARG), COMPLEXED WITH MALTOSE 提交 1995-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
突变：W230R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1N3W Engineered High-Affinity Maltose-Binding Protein 提交 2002-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
突变：Deletion of residues 172,173,175,176 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.60 Å R-free 0.295
1N3X Ligand-free High-Affinity Maltose-Binding Protein 提交 2002-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
突变：Deletion of residues 172,173,175,176. 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.50 Å R-free 0.241
1NL5 Engineered High-affinity Maltose-Binding Protein 提交 2003-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
突变：M321A Q325A, deletion of residues 172,173,175,176 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PEG 3350, Zinc Chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
分辨率 2.10 Å R-free 0.290
1NMU MBP-L30 提交 2003-01-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 27–392（366 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；Sodium Citrate, Tris, Sodium Chloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.31 Å R-free 0.254
1NMU MBP-L30 提交 2003-01-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 27–392（366 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；Sodium Citrate, Tris, Sodium Chloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.31 Å R-free 0.254
1OMP CRYSTALLOGRAPHIC EVIDENCE OF A LARGE LIGAND-INDUCED HINGE-TWIST MOTION BETWEEN THE TWO DOMAINS OF THE MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN INVOLVED IN ACTIVE TRANSPORT AND CHEMOTAXIS 提交 1992-09-14 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1PEB LIGAND-FREE HIGH-AFFINITY MALTOSE-BINDING PROTEIN 提交 2003-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
突变：M321A, Q325A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；312 K；PEG 3500, cacodylic acid, zinc acetate, sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 312K
分辨率 2.60 Å R-free 0.242
1R6Z The Crystal Structure of the Argonaute2 PAZ domain (as a MBP fusion) 提交 2003-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 27–392（366 aa） 片段：MBP (residues 28-392) fused with Argonaute2 PAZ domain (residues 591-726)
链 P 27–392（366 aa） 片段：MBP (residues 28-392) fused with Argonaute2 PAZ domain (residues 591-726)
链 Z 27–392（366 aa） 片段：MBP (residues 28-392) fused with Argonaute2 PAZ domain (residues 591-726)
未记录 NI NICKEL (II) ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；PEG2KMME, NiCl2, TrisHCl, NaF, meso-erythritol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
1R6Z The Crystal Structure of the Argonaute2 PAZ domain (as a MBP fusion) 提交 2003-10-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 P 27–392（366 aa） 片段：MBP (residues 28-392) fused with Argonaute2 PAZ domain (residues 591-726)
未记录 NI NICKEL (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；PEG2KMME, NiCl2, TrisHCl, NaF, meso-erythritol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
1R6Z The Crystal Structure of the Argonaute2 PAZ domain (as a MBP fusion) 提交 2003-10-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–392（366 aa） 片段：MBP (residues 28-392) fused with Argonaute2 PAZ domain (residues 591-726)
未记录 NI NICKEL (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；PEG2KMME, NiCl2, TrisHCl, NaF, meso-erythritol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
1R6Z The Crystal Structure of the Argonaute2 PAZ domain (as a MBP fusion) 提交 2003-10-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 Z 27–392（366 aa） 片段：MBP (residues 28-392) fused with Argonaute2 PAZ domain (residues 591-726)
未记录 NI NICKEL (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；PEG2KMME, NiCl2, TrisHCl, NaF, meso-erythritol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
1SVX Crystal structure of a designed selected Ankyrin Repeat protein in complex with the Maltose Binding Protein 提交 2004-03-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 29–392（364 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG 6000, 0.1M Tris, 0.1M NaCl, pH 8-9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.24 Å R-free 0.249
1Y4C Designed Helical Protein fusion MBP 提交 2004-11-30 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–392（366 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.225
1YTV Maltose-binding protein fusion to a C-terminal fragment of the V1a vasopressin receptor 提交 2005-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 27–392（366 aa） 片段：c-terminal residues 27-392
链 B 27–392（366 aa） 片段：c-terminal residues 27-392
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.2M Ammonium sulfate, 25%(v/v)PEG 400 and 25%(v/v) glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.80 Å R-free 0.225
1ZIU Crystal Structure of nickel-bound engineered Maltose Binding Protein 提交 2005-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa） 片段：residues 27-396
突变：A63H, R66H, E111M, Y155E, W340E NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, nickel chloride, Tris-HCl, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.243
1ZJL Crystal structure of zinc-bound engineered maltose binding protein 提交 2005-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa） 片段：residues 27-396
突变：A63H, R66H, E111M, Y155E, W340E ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, zinc acetate, HEPES, sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
1ZKB Zinc-free Engineered maltose binding protein 提交 2005-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa） 片段：RESIDUES 27-396
突变：A66H, R63H, E111M, Y155E, W340E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 2000 MME, sodium acetate, Tris-HcL, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.285
1ZMG Crystal structure of copper-bound engineered maltose binding protein 提交 2005-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa） 片段：RESIDUES 27-396
突变：A63H, R66H, E111M, Y155E, W340E CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 2000 MME, copper sulphate, sodium acetate, Tris-HCl, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3MBP MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN WITH BOUND MALTOTRIOSE 提交 1997-06-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% PEG 8000, 10 MM CITRATE, PH 6.2
分辨率 1.70 Å
4MBP MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN WITH BOUND MALTETROSE 提交 1997-08-17 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–396（370 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% PEG 8000, 10 MM CITRATE, PH 6.2
分辨率 1.70 Å

共 41 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECOLI
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392

60S ribosomal protein L30

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P14120

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 2 RNA 2 其他聚合物 1 PDB 声明：tetrameric（4） 计数不一致，待复核 链 B； UniProt 0–104 未记录 5'-R(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*C)-3' × 1 5'-R(*G*GP*AP*CP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*UP*GP*GP*UP*C)-3' × 1 Maltose-binding periplasmic protein × 1 （P02928） alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；Lithium Sulfate, Sodium Cacodylate, Magnesium Chloride, Jeffamine, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 3.24 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1T0K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CK2 YEAST (SACCHAROMYCES CEREVISIAE) RIBOSOMAL PROTEIN L30 提交 1999-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）300 mM；压力 1
NMR样品组成 10% WATER/90% D2O
分辨率未提供
1CN7 Yeast ribosomal protein L30 提交 1999-05-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–105（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）300 mM；压力 1
NMR样品组成 10% WATER/90% D2O
分辨率未提供
1NMU MBP-L30 提交 2003-01-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；Sodium Citrate, Tris, Sodium Chloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.31 Å R-free 0.254
1NMU MBP-L30 提交 2003-01-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；Sodium Citrate, Tris, Sodium Chloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.31 Å R-free 0.254
3J6X S. cerevisiae 80S ribosome bound with Taura syndrome virus (TSV) IRES, 5 degree rotation (Class II) 提交 2014-04-16 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 70 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin；pH 7.5；45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin
cryo-EM玻璃化条件 Fresh glow discharge, 7 second blot；冷冻剂 ETHANE；Fresh glow discharge, 7 second blot before plunging into liquid ehtane (FEI VITROBOT MARK II).
分辨率 6.10 Å
3J6Y S. cerevisiae 80S ribosome bound with Taura syndrome virus (TSV) IRES, 2 degree rotation (Class I) 提交 2014-04-16 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 70 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin；pH 7.5；45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin
cryo-EM玻璃化条件 Fresh glow discharge, 7 second blot；冷冻剂 ETHANE；Fresh glow discharge, 7 second blot before plunging into liquid ehtane (FEI VITROBOT MARK II).
分辨率 6.10 Å
3J77 Structures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and non-rotated conformations (Class II - rotated ribosome with 1 tRNA) 提交 2014-05-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric
链 80 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2；pH 7.5；20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II)
分辨率 6.20 Å
3J78 Structures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and non-rotated conformations (Class I - non-rotated ribosome with 2 tRNAs) 提交 2014-05-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：84-meric
链 80 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2；pH 7.5；20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II)
分辨率 6.30 Å
3JCT Cryo-em structure of eukaryotic pre-60S ribosomal subunits 提交 2016-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
4U3M Crystal structure of Anisomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 ANM ANISOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.245
4U3M Crystal structure of Anisomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 ANM ANISOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.245
4U3N Crystal structure of CCA trinucleotide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 677 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.237
4U3N Crystal structure of CCA trinucleotide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 731 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.237
4U3U Crystal structure of Cycloheximide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 2.90 Å R-free 0.245
4U3U Crystal structure of Cycloheximide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 730 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 2.90 Å R-free 0.245
4U4N Crystal structure of Edeine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 676 OHX osmium (III) hexammine × 557 EDE EDEINE B × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
4U4N Crystal structure of Edeine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 730 OHX osmium (III) hexammine × 574 EDE EDEINE B × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
4U4O Crystal structure of Geneticin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 556 GET GENETICIN × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.60 Å R-free 0.267
4U4O Crystal structure of Geneticin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.60 Å R-free 0.267
4U4Q Crystal structure of Homoharringtonine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.255
4U4Q Crystal structure of Homoharringtonine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 733 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.255
4U4R Crystal structure of Lactimidomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 3H3 4-{(2R,5S,6E)-2-hydroxy-5-methyl-7-[(2R,3S,4E,6Z,10E)-3-methyl-12-oxooxacyclododeca-4,6,10-trien-2-yl]-4-oxooct-6-en-1-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4U4R Crystal structure of Lactimidomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 730 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 3H3 4-{(2R,5S,6E)-2-hydroxy-5-methyl-7-[(2R,3S,4E,6Z,10E)-3-methyl-12-oxooxacyclododeca-4,6,10-trien-2-yl]-4-oxooct-6-en-1-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4U4U Crystal structure of Lycorine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-MERIC
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 679 OHX osmium (III) hexammine × 557 ZN ZINC ION × 8 3KD (1S,2S,12bS,12cS)-2,4,5,7,12b,12c-hexahydro-1H-[1,3]dioxolo[4,5-j]pyrrolo[3,2,1-de]phenanthridine-1,2-diol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.259
4U4U Crystal structure of Lycorine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-MERIC
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 733 OHX osmium (III) hexammine × 576 ZN ZINC ION × 8 3KD (1S,2S,12bS,12cS)-2,4,5,7,12b,12c-hexahydro-1H-[1,3]dioxolo[4,5-j]pyrrolo[3,2,1-de]phenanthridine-1,2-diol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.259
4U4Y Crystal structure of Pactamycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 556 PCY Pactamycin × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.245
4U4Y Crystal structure of Pactamycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 574 PCY Pactamycin × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.245
4U4Z Crystal structure of Phyllanthoside bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 677 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 3K5 3-O-acetyl-2-O-(3-O-acetyl-6-deoxy-beta-D-glucopyranosyl)-6-deoxy-1-O-{[(2R,2'S,3a'R,4''S,5''R,6'S,7a'S)-5''-methyl-4''-{[(2E)-3-phenylprop-2-enoyl]oxy}decahydrodispiro[oxirane-2,3'-[1]benzofuran-2',2''-pyran]-6'-yl]carbonyl}-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
4U4Z Crystal structure of Phyllanthoside bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：95-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 731 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 3K5 3-O-acetyl-2-O-(3-O-acetyl-6-deoxy-beta-D-glucopyranosyl)-6-deoxy-1-O-{[(2R,2'S,3a'R,4''S,5''R,6'S,7a'S)-5''-methyl-4''-{[(2E)-3-phenylprop-2-enoyl]oxy}decahydrodispiro[oxirane-2,3'-[1]benzofuran-2',2''-pyran]-6'-yl]carbonyl}-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
4U50 Crystal structure of Verrucarin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 556 ZN ZINC ION × 8 3L2 (4S,5R,10E,12Z,16R,16aS,17S,18R,19aR,23aR)-4-hydroxy-5,16a,21-trimethyl-4,5,6,7,16,16a,22,23-octahydro-3H,18H,19aH-spiro[16,18-methano[1,6,12]trioxacyclooctadecino[3,4-d]chromene-17,2'-oxirane]-3,9,14-trione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.262
4U50 Crystal structure of Verrucarin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 576 ZN ZINC ION × 8 3L2 (4S,5R,10E,12Z,16R,16aS,17S,18R,19aR,23aR)-4-hydroxy-5,16a,21-trimethyl-4,5,6,7,16,16a,22,23-octahydro-3H,18H,19aH-spiro[16,18-methano[1,6,12]trioxacyclooctadecino[3,4-d]chromene-17,2'-oxirane]-3,9,14-trione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.262
4U51 Crystal structure of Narciclasine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 676 OHX osmium (III) hexammine × 557 ZN ZINC ION × 8 3KF (2S,3R,4S,4aR)-2,3,4,7-tetrahydroxy-3,4,4a,5-tetrahydro[1,3]dioxolo[4,5-j]phenanthridin-6(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.253
4U51 Crystal structure of Narciclasine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 572 ZN ZINC ION × 8 3KF (2S,3R,4S,4aR)-2,3,4,7-tetrahydroxy-3,4,4a,5-tetrahydro[1,3]dioxolo[4,5-j]phenanthridin-6(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.253
4U52 Crystal structure of Nagilactone C bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 679 OHX osmium (III) hexammine × 556 ZN ZINC ION × 8 3J2 Nagilactone C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
4U52 Crystal structure of Nagilactone C bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 734 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 3J2 Nagilactone C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
4U53 Crystal structure of Deoxynivalenol bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 676 OHX osmium (III) hexammine × 556 ZN ZINC ION × 8 3J6 (3beta,7alpha)-3,7,15-trihydroxy-12,13-epoxytrichothec-9-en-8-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.30 Å R-free 0.255
4U53 Crystal structure of Deoxynivalenol bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 730 OHX osmium (III) hexammine × 574 ZN ZINC ION × 8 3J6 (3beta,7alpha)-3,7,15-trihydroxy-12,13-epoxytrichothec-9-en-8-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.30 Å R-free 0.255
4U55 Crystal structure of Cryptopleurine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-MERIC
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 557 3K8 (14aR)-2,3,6-trimethoxy-11,12,13,14,14a,15-hexahydro-9H-dibenzo[f,h]pyrido[1,2-b]isoquinoline × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.246
4U55 Crystal structure of Cryptopleurine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-MERIC
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 574 3K8 (14aR)-2,3,6-trimethoxy-11,12,13,14,14a,15-hexahydro-9H-dibenzo[f,h]pyrido[1,2-b]isoquinoline × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.20 Å R-free 0.246
4U56 Crystal structure of Blasticidin S bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 675 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 BLS BLASTICIDIN S × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.45 Å R-free 0.260
4U56 Crystal structure of Blasticidin S bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 574 ZN ZINC ION × 8 BLS BLASTICIDIN S × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.45 Å R-free 0.260
4U6F Crystal structure of T-2 toxin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 557 ZN ZINC ION × 8 ZBA 12,13-Epoxytrichothec-9-ene-3,4,8,15-tetrol-4,15-diacetate-8-isovalerate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.247
4U6F Crystal structure of T-2 toxin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 731 OHX osmium (III) hexammine × 574 ZN ZINC ION × 8 ZBA 12,13-Epoxytrichothec-9-ene-3,4,8,15-tetrol-4,15-diacetate-8-isovalerate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.247
4V6I Localization of the small subunit ribosomal proteins into a 6.1 A cryo-EM map of Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome 提交 2010-10-12 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：86-meric
链 Bf 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.80 Å
4V7F Arx1 pre-60S particle. 提交 2013-12-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric
链 b 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.70 Å
4V7R Yeast 80S ribosome. 提交 2010-07-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：73-meric
链 BZ 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 355 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；297 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K
分辨率 4.00 Å R-free 0.341
4V7R Yeast 80S ribosome. 提交 2010-07-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 62 PDB 声明：66-meric
链 DZ 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 360 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；297 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K
分辨率 4.00 Å R-free 0.341
4V88 The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 A resolution. 提交 2011-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Bc 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 657 MG MAGNESIUM ION × 1035 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.229
4V88 The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 A resolution. 提交 2011-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 Dc 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 688 MG MAGNESIUM ION × 1170 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.229
4V8T Cryo-EM Structure of the 60S Ribosomal Subunit in Complex with Arx1 and Rei1 提交 2012-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：50-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES-NAOH PH 8.0, 50 MM NACL, 5 MM BETA- MERCAPTOETHANOL, 5 MM MGCL2；pH 8；20 MM HEPES-NAOH PH 8.0, 50 MM NACL, 5 MM BETA- MERCAPTOETHANOL, 5 MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；PLUNGE FREEZING IN LIQUID ETHANE AFTER MANUAL BLOTTING USING A MANUAL PLUNGE FREEZING DEVICE
分辨率 8.10 Å
4V8Y Cryo-EM reconstruction of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex 提交 2013-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：87-meric
链 Bc 2–105（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 191 OHX osmium (III) hexammine × 197 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT；pH 7.2；3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 4.30 Å
4V8Z Cryo-EM reconstruction of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex 提交 2013-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 Bc 2–105（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 226 OHX osmium (III) hexammine × 210 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT；pH 7.2；3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 6.60 Å
5APN Structure of the yeast 60S ribosomal subunit in complex with Arx1, Alb1 and N-terminally tagged Rei1 提交 2015-09-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 280 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20MM；pH 8；20MM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；PLUNGE-FROZEN
分辨率 3.91 Å
5APO Structure of the yeast 60S ribosomal subunit in complex with Arx1, Alb1 and C-terminally tagged Rei1 提交 2015-09-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 280 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20MM HEPES-KOH, 100mM NACL, 5mM MGCL2, 5mM BETA-MERCAPTOETHANOL；pH 8；20MM HEPES-KOH, 100mM NACL, 5mM MGCL2, 5mM BETA-MERCAPTOETHANOL
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；PLUNGE-FROZEN
分辨率 3.41 Å
5DAT Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing eIF5A 提交 2015-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-MERIC
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 580 OHX osmium (III) hexammine × 601 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
5DAT Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing eIF5A 提交 2015-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：86-MERIC
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 528 OHX osmium (III) hexammine × 565 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
5DC3 Complex of yeast 80S ribosome with non-modified eIF5A 提交 2015-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.25 Å R-free 0.301
5DC3 Complex of yeast 80S ribosome with non-modified eIF5A 提交 2015-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：81-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.25 Å R-free 0.301
5DGE Coping with proline stalling: structural basis of hypusine-induced protein synthesis by the eukaryotic ribosome 提交 2015-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 155 PDB 声明：165-meric
链 O0 2–105（104 aa）
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1093 OHX osmium (III) hexammine × 1169 ZN ZINC ION × 16 SPS SPARSOMYCIN × 2 PRO PROLINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.45 Å R-free 0.263
5DGF Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：TRIMERIC
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 OHX osmium (III) hexammine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.30 Å R-free 0.310
5DGF Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：TRIMERIC
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 8 OHX osmium (III) hexammine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.30 Å R-free 0.310
5DGV Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：81-MERIC
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.10 Å R-free 0.284
5DGV Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-MERIC
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.10 Å R-free 0.284
5FCI Structure of the vacant uL3 W255C mutant 80S yeast ribosome 提交 2015-12-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 874 MG MAGNESIUM ION × 994 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-Acetate pH 7.0, KSCN, Mg-Acetate, Glycerol, Spermidine, PEG20000
分辨率 3.40 Å R-free 0.284
5FCI Structure of the vacant uL3 W255C mutant 80S yeast ribosome 提交 2015-12-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 561 MG MAGNESIUM ION × 626 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-Acetate pH 7.0, KSCN, Mg-Acetate, Glycerol, Spermidine, PEG20000
分辨率 3.40 Å R-free 0.284
5FCJ Structure of the anisomycin-containing uL3 W255C mutant 80S yeast ribosome 提交 2015-12-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：82-meric
链 o0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 517 OHX osmium (III) hexammine × 534 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；Tris-Acetate pH7.0, KSCN, Mg-Acetate, Glycerol, Spermidine, PEG20000
分辨率 3.10 Å R-free 0.291
5FCJ Structure of the anisomycin-containing uL3 W255C mutant 80S yeast ribosome 提交 2015-12-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 2–105（104 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 462 OHX osmium (III) hexammine × 500 ZN ZINC ION × 8 ANM ANISOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；Tris-Acetate pH7.0, KSCN, Mg-Acetate, Glycerol, Spermidine, PEG20000
分辨率 3.10 Å R-free 0.291
5GAK Yeast 60S ribosomal subunit with A-site tRNA, P-site tRNA and eIF-5A 提交 2015-12-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：49-meric
链 e 1–105（105 aa）
未记录 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Details can be retrieved from EMD-3227
分辨率 3.88 Å
5H4P Structural snapshot of cytoplasmic pre-60S ribosomal particles bound with Nmd3, Lsg1, Tif6 and Reh1 提交 2016-11-01 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：44-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
5I4L Crystal structure of Amicoumacin A bound to the yeast 80S ribosome 提交 2016-02-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 6–105（100 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 481 MG MAGNESIUM ION × 493 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.251
5I4L Crystal structure of Amicoumacin A bound to the yeast 80S ribosome 提交 2016-02-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric
链 o0 6–105（100 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 512 MG MAGNESIUM ION × 526 ZN ZINC ION × 8 UAM Amicoumacin A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.251
5JCS CRYO-EM STRUCTURE OF THE RIX1-REA1 PRE-60S PARTICLE 提交 2016-04-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.50 Å
5JUO Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure I (fully rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric
链 HA 1–105（105 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5JUP Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure II (mid-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric
链 HA 1–105（105 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
5JUS Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure III (mid-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric
链 HA 1–105（105 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
分辨率 4.20 Å
5JUT Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure IV (almost non-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric
链 HA 1–105（105 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5JUU Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure V (least rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric
链 HA 1–105（105 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5LYB Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCPmn 提交 2016-09-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 O0 6–105（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1026 OHX osmium (III) hexammine × 659 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；Tris-Acetate pH 7.0, KSCN, MgOAc2, glycerol, spermidine, PEG20K
分辨率 3.25 Å R-free 0.249
5LYB Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCPmn 提交 2016-09-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric
链 o0 6–105（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1166 OHX osmium (III) hexammine × 686 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；Tris-Acetate pH 7.0, KSCN, MgOAc2, glycerol, spermidine, PEG20K
分辨率 3.25 Å R-free 0.249
5M1J Nonstop ribosomal complex bound with Dom34 and Hbs1 提交 2016-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric
链 c5 9–105（97 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1058 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 5CR N-acetyl-L-phenylalanine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
5MC6 Cryo-EM structure of a native ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 complex from S. cerevisiae 提交 2016-11-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric
链 AY 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
5MEI Crystal structure of Agelastatin A bound to the 80S ribosome 提交 2016-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：78-meric
链 AD 9–105（97 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 517 MG MAGNESIUM ION × 673 7MB Agelastatin A × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.50 Å R-free 0.239
5MEI Crystal structure of Agelastatin A bound to the 80S ribosome 提交 2016-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 DE 9–105（97 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 553 MG MAGNESIUM ION × 733 7MB Agelastatin A × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.50 Å R-free 0.239
5NDG Crystal structure of geneticin (G418) bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 6–105（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 597 GET GENETICIN × 9 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.70 Å R-free 0.253
5NDG Crystal structure of geneticin (G418) bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 o0 6–105（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 624 GET GENETICIN × 12 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.70 Å R-free 0.253
5NDV Crystal structure of Paromomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric
链 o0 6–105（100 aa）
未记录 PAR PAROMOMYCIN × 40 MG MAGNESIUM ION × 1006 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.30 Å R-free 0.250
5NDV Crystal structure of Paromomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric
链 O0 6–105（100 aa）
未记录 PAR PAROMOMYCIN × 47 MG MAGNESIUM ION × 1133 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.30 Å R-free 0.250
5NDW Crystal structure of aminoglycoside TC007 bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 o0 6–105（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 671 8UZ TC007 × 10 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.70 Å R-free 0.235
5NDW Crystal structure of aminoglycoside TC007 bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 O0 6–105（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 694 8UZ TC007 × 15 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.70 Å R-free 0.235
5OBM Crystal structure of Gentamicin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-MERIC
链 O0 6–105（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 855 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 22 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.40 Å R-free 0.238
5OBM Crystal structure of Gentamicin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：82-MERIC
链 o0 6–105（100 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1211 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 47 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.40 Å R-free 0.238
5ON6 Crystal structure of haemanthamine bound to the 80S ribosome 提交 2017-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：78-meric
链 AD 9–105（97 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 515 MG MAGNESIUM ION × 703 HN8 Haemanthamine × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
5ON6 Crystal structure of haemanthamine bound to the 80S ribosome 提交 2017-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：80-meric
链 DE 9–105（97 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 549 MG MAGNESIUM ION × 758 HN8 Haemanthamine × 1 GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
5T62 Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis: 60S-Nmd3-Tif6-Lsg1 Complex 提交 2016-09-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric
链 p 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 160 K POTASSIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
5T6R Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis: 60S-Nmd3 Complex 提交 2016-09-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：45-meric
链 p 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 86 K POTASSIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
5TBW Crystal structure of chlorolissoclimide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2016-09-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 AD 9–105（97 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 518 MG MAGNESIUM ION × 666 7AL Chlorolissoclimide × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.00 Å R-free 0.227
5TBW Crystal structure of chlorolissoclimide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2016-09-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 DE 9–105（97 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 556 MG MAGNESIUM ION × 728 7AL Chlorolissoclimide × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
分辨率 3.00 Å R-free 0.227
5TGA Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCA-Pro 提交 2016-09-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 O0 6–105（100 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 659 MG MAGNESIUM ION × 1026 ZN ZINC ION × 8 PRO PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG20000
分辨率 3.30 Å R-free 0.265
5TGA Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCA-Pro 提交 2016-09-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric
链 o0 6–105（100 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 686 MG MAGNESIUM ION × 1166 ZN ZINC ION × 8 PRO PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG20000
分辨率 3.30 Å R-free 0.265
5TGM Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCA-Pro 提交 2016-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 154 PDB 声明：164-meric
链 O0 6–105（100 aa）
链 o0 6–105（100 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 1095 MG MAGNESIUM ION × 1191 ZN ZINC ION × 16 PHE PHENYLALANINE × 2 LEU LEUCINE × 2 SPS SPARSOMYCIN × 2 8AN 3'-amino-3'-deoxyadenosine 5'-(dihydrogen phosphate) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG20000
分辨率 3.50 Å R-free 0.312
6CB1 Yeast nucleolar pre-60S ribosomal subunit (state 3) 提交 2018-02-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：40-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
6ELZ State E (TAP-Flag-Ytm1 E80A) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes 提交 2017-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6EM5 State D architectural model (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes 提交 2017-10-01 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6FT6 Structure of the Nop53 pre-60S particle bound to the exosome nuclear cofactors 提交 2018-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.90 Å
6GQ1 Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GMPPCP/sordarin) 提交 2018-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric
链 c 9–105（97 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s
分辨率 4.40 Å
6GQB Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GDP+AlF4/sordarin) 提交 2018-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 c 9–105（97 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s
分辨率 3.90 Å
6GQV Cryo-EM recosntruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GMPPCP) 提交 2018-06-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 c 9–105（97 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s
分辨率 4.00 Å
6HD7 Cryo-EM structure of the ribosome-NatA complex 提交 2018-08-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：51-meric
链 e 1–105（105 aa）
未记录 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6HHQ Crystal structure of compound C45 bound to the yeast 80S ribosome 提交 2018-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 AD 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 513 MG MAGNESIUM ION × 717 G5B (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{S},4~{a}~{R},6~{S},7~{S},8~{a}~{R})-6,7-bis(chloranyl)-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.264
6HHQ Crystal structure of compound C45 bound to the yeast 80S ribosome 提交 2018-08-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 DE 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 544 MG MAGNESIUM ION × 792 G5B (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{S},4~{a}~{R},6~{S},7~{S},8~{a}~{R})-6,7-bis(chloranyl)-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
分辨率 3.10 Å R-free 0.264
6I7O The structure of a di-ribosome (disome) as a unit for RQC and NGD quality control pathways recognition. 提交 2018-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 150 PDB 声明：163-meric
链 AY 6–105（100 aa）
链 XY 6–105（100 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å
6M62 Cryo-Em structure of eukaryotic pre-60S ribosome subunit from Saccharomyces cerevisiae rpf2 delta 255-344 strain, C4 state. 提交 2020-03-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6N8J Cryo-EM structure of late nuclear (LN) pre-60S ribosomal subunit 提交 2018-11-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6N8K Cryo-EM structure of early cytoplasmic-immediate (ECI) pre-60S ribosomal subunit 提交 2018-11-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6N8L Cryo-EM structure of early cytoplasmic-late (ECL) pre-60S ribosomal subunit 提交 2018-11-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6N8M Cryo-EM structure of pre-Lsg1 (PL) pre-60S ribosomal subunit 提交 2018-11-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric
链 p 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6N8N Cryo-EM structure of Lsg1-engaged (LE) pre-60S ribosomal subunit 提交 2018-11-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric
链 p 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6N8O Cryo-EM structure of Rpl10-inserted (RI) pre-60S ribosomal subunit 提交 2018-11-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric
链 p 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6OIG Subunit joining exposes nascent pre-40S rRNA for processing and quality control 提交 2019-04-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric
链 c 9–105（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6Q8Y Cryo-EM structure of the mRNA translating and degrading yeast 80S ribosome-Xrn1 nuclease complex 提交 2018-12-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 AY 9–105（97 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6QIK Cryo-EM structures of Lsg1-TAP pre-60S ribosomal particles 提交 2019-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6QT0 Cryo-EM structures of Lsg1-TAP pre-60S ribosomal particles 提交 2019-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：45-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6QTZ Cryo-EM structures of Lsg1-TAP pre-60S ribosomal particles 提交 2019-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6R84 Yeast Vms1 (Q295L)-60S ribosomal subunit complex (pre-state with Arb1) 提交 2019-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：50-meric
链 e 9–105（97 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6R86 Yeast Vms1-60S ribosomal subunit complex (post-state) 提交 2019-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：47-meric
链 e 9–105（97 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6R87 Yeast Vms1 (Q295L)-60S ribosomal subunit complex (pre-state without Arb1) 提交 2019-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：49-meric
链 e 9–105（97 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6RI5 Cryo-EM structures of Lsg1-TAP pre-60S ribosomal particles 提交 2019-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6RZZ Cryo-EM structures of Lsg1-TAP pre-60S ribosomal particles 提交 2019-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6S05 Cryo-EM structures of Lsg1-TAP pre-60S ribosomal particles 提交 2019-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6S47 Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with ABCF protein New1 提交 2019-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Ae 2–105（104 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.28 Å
6SNT Yeast 80S ribosome stalled on SDD1 mRNA. 提交 2019-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric
链 an 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 87 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6SV4 The cryo-EM structure of SDD1-stalled collided trisome. 提交 2019-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 225 PDB 声明：242-meric
链 AY 1–105（105 aa）
链 XY 1–105（105 aa）
链 zY 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6T4Q Structure of yeast 80S ribosome stalled on the CGA-CCG inhibitory codon combination. 提交 2019-10-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 Lc 9–104（96 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 291 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6T7I Structure of yeast 80S ribosome stalled on the CGA-CGA inhibitory codon combination. 提交 2019-10-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：81-meric
链 Lc 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6T7T Structure of yeast 80S ribosome stalled on poly(A) tract. 提交 2019-10-23 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 Lc 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6T83 Structure of yeast disome (di-ribosome) stalled on poly(A) tract. 提交 2019-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 149 PDB 声明：159-meric
链 N 1–105（105 aa）
链 cy 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6TB3 yeast 80S ribosome in complex with the Not5 subunit of the CCR4-NOT complex 提交 2019-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric
链 AY 9–104（96 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 327 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6TNU Yeast 80S ribosome in complex with eIF5A and decoding A-site and P-site tRNAs. 提交 2019-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric
链 AY 9–104（96 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6WOO CryoEM structure of yeast 80S ribosome with Met-tRNAiMet, eIF5B, and GDP 提交 2020-04-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 c 9–105（97 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 U6A N-carboxy-L-threonine × 1 MET METHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
6XIQ Cryo-EM Structure of K63R Ubiquitin Mutant Ribosome under Oxidative Stress 提交 2020-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6XIR Cryo-EM Structure of K63 Ubiquitinated Yeast Translocating Ribosome under Oxidative Stress 提交 2020-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：76-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6YLG Rix1-Rea1 pre-60S particle - 60S core, body 1 (rigid body refinement) 提交 2020-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric
链 n 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6YLH Rix1-Rea1 pre-60S particle - full composite structure 提交 2020-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：60-meric
链 n 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6YLX pre-60S State NE1 (TAP-Flag-Nop53) 提交 2020-04-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6YLY pre-60S State NE2 (TAP-Flag-Nop53) 提交 2020-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6Z6J Cryo-EM structure of yeast Lso2 bound to 80S ribosomes under native condition 提交 2020-05-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Lc 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6Z6K Cryo-EM structure of yeast reconstituted Lso2 bound to 80S ribosomes 提交 2020-05-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Lc 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7B7D Yeast 80S ribosome bound to eEF3 and A/A- and P/P-tRNAs 提交 2020-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 LY 9–104（96 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å
7BT6 Cryo-EM structure of pre-60S ribosome from Saccharomyces cerevisiae rpl4delta63-87 strain at 3.12 Angstroms resolution(state R1) 提交 2020-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
7BTB Cryo-EM structure of pre-60S ribosome from Saccharomyces cerevisiae rpl4delta63-87 strain at 3.22 Angstroms resolution(state R2) 提交 2020-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
7MPI Stm1 bound vacant 80S structure isolated from cbf5-D95A 提交 2021-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Ac 9–105（97 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 366 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
7MPJ Stm1 bound vacant 80S structure isolated from wild-type 提交 2021-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Ac 9–105（97 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 745 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7N8B Cycloheximide bound vacant 80S structure isolated from cbf5-D95A 提交 2021-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 Ac 9–105（97 aa）
未记录 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 MG MAGNESIUM ION × 374 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
7NAC State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Composite model 提交 2021-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
7NAD State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Spb4 local refinement model 提交 2021-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
7NRC Structure of the yeast Gcn1 bound to a leading stalled 80S ribosome with Rbg2, Gir2, A- and P-tRNA and eIF5A 提交 2021-03-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 Le 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.90 Å
7NRD Structure of the yeast Gcn1 bound to a colliding stalled 80S ribosome with MBF1, A/P-tRNA and P/E-tRNA 提交 2021-03-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 Le 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.36 Å
7OF1 Nog1-TAP associated immature ribosomal particle population A from S. cerevisiae 提交 2021-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7OH3 Nog1-TAP associated immature ribosomal particle population B from S. cerevisiae 提交 2021-05-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7OHQ Nog1-TAP associated immature ribosomal particle population C from S. cerevisiae 提交 2021-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7OHR Nog1-TAP associated immature ribosomal particle population E from S. cerevisiae 提交 2021-05-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.72 Å
7R72 State E1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Spb4 local model 提交 2021-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
7R7A State E1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Composite model 提交 2021-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
7RR5 Structure of ribosomal complex bound with Rbg1/Tma46 提交 2021-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric
链 Lc 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 286 ASP ASPARTIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
7TOO Yeast 80S ribosome bound with the ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein GR20 提交 2022-01-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：48-meric
链 AL30 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7TOP Yeast 80S ribosome bound with the ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein PR20 提交 2022-01-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：48-meric
链 AL30 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
7U0H State NE1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Overall model 提交 2022-02-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å
7UG6 Cryo-EM structure of pre-60S ribosomal subunit, unmethylated G2922 提交 2022-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric
链 7 1–105（105 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；One blotting step of 2 seconds at force 0
分辨率 2.90 Å
7UOO Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing pre-rotation state 提交 2022-04-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：60-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 81 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 ZN ZINC ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.34 Å
7UQB Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing pre-rotation state from a SPB1-D52A strain with AlF4 提交 2022-04-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：60-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.43 Å
7UQZ Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing pre-rotation state from a SPB1 D52A strain 提交 2022-04-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：60-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 81 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 ZN ZINC ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.44 Å
7V08 Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing pre-rotation state from a Spb1 D52A suppressor 3 strain 提交 2022-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：60-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 81 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 ZN ZINC ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.36 Å
7Z34 Structure of pre-60S particle bound to DRG1(AFG2). 提交 2022-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7ZPQ Structure of the RQT-bound 80S ribosome from S. cerevisiae (C1) 提交 2022-04-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric
链 Bb 9–104（96 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 86 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
7ZRS Structure of the RQT-bound 80S ribosome from S. cerevisiae (C2) - composite map 提交 2022-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric
链 Bb 9–104（96 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7ZS5 Structure of 60S ribosomal subunit from S. cerevisiae with eIF6 and tRNA 提交 2022-05-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：45-meric
链 Bd 9–105（97 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7ZUW Structure of RQT (C1) bound to the stalled ribosome in a disome unit from S. cerevisiae 提交 2022-05-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric
链 Bb 9–104（96 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 86 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7ZUX Collided ribosome in a disome unit from S. cerevisiae 提交 2022-05-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：80-meric
链 Eb 9–104（96 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 86 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7ZW0 FAP-80S Complex - Rotated state 提交 2022-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric
链 Lf 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 324 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8AAF Yeast RQC complex in state G 提交 2022-07-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric
链 P 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8AGT Yeast RQC complex in state F 提交 2022-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric
链 P 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8AGU Yeast RQC complex in state E 提交 2022-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric
链 P 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8AGV Yeast RQC complex in state H 提交 2022-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric
链 P 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8AGW Yeast RQC complex in state D 提交 2022-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric
链 P 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8AGX Yeast RQC complex in state with the RING domain of Ltn1 in the IN position 提交 2022-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：52-meric
链 P 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8AGZ Yeast RQC complex in state with the RING domain of Ltn1 in the OUT position 提交 2022-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric
链 P 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 13 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8BIP Structure of a yeast 80S ribosome-bound N-Acetyltransferase B complex 提交 2022-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric
链 Lc 9–104（96 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 206 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8BJQ Structure of a yeast 80S ribosome-bound N-Acetyltransferase B complex 提交 2022-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric
链 Lc 9–104（96 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 206 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8BN3 Yeast 80S, ES7s delta, eIF5A, Stm1 containing 提交 2022-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：81-meric
链 O0 9–105（97 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 220 K POTASSIUM ION × 72 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 SPD SPERMIDINE × 3 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.40 Å
8BQD Yeast 80S ribosome in complex with Map1 (conformation 1) 提交 2022-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 AY 9–104（96 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8BQX Yeast 80S ribosome in complex with Map1 (conformation 2) 提交 2022-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 AY 9–104（96 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8CCS 80S S. cerevisiae ribosome with ligands in hybrid-1 pre-translocation (PRE-H1) complex 提交 2023-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric
链 O 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 281 K POTASSIUM ION × 22 SPD SPERMIDINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.97 Å
8CDL 80S S. cerevisiae ribosome with ligands in hybrid-2 pre-translocation (PRE-H2) complex 提交 2023-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric
链 O 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 258 K POTASSIUM ION × 21 SPD SPERMIDINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å
8CDR Translocation intermediate 2 (TI-2) of 80S S. cerevisiae ribosome with ligands and eEF2 in the presence of sordarin 提交 2023-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：84-meric
链 O 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 267 SPD SPERMIDINE × 4 K POTASSIUM ION × 21 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.04 Å
8CEH Translocation intermediate 4 (TI-4) of 80S S. cerevisiae ribosome with ligands and eEF2 in the presence of sordarin 提交 2023-02-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：84-meric
链 O 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 262 K POTASSIUM ION × 21 SPD SPERMIDINE × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.05 Å
8CF5 Translocation intermediate 1 (TI-1) of 80S S. cerevisiae ribosome with ligands and eEF2 in the presence of sordarin 提交 2023-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：84-meric
链 O 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 241 K POTASSIUM ION × 21 SPD SPERMIDINE × 11 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.71 Å
8CG8 Translocation intermediate 3 (TI-3) of 80S S. cerevisiae ribosome with ligands and eEF2 in the presence of sordarin 提交 2023-02-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：84-meric
链 O 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 241 SPD SPERMIDINE × 8 K POTASSIUM ION × 19 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.57 Å
8CGN Non-rotated 80S S. cerevisiae ribosome with ligands 提交 2023-02-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 O 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 263 K POTASSIUM ION × 19 SPD SPERMIDINE × 4 MET METHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.28 Å
8CIV Translocation intermediate 5 (TI-5) of 80S S. cerevisiae ribosome with ligands and eEF2 in the presence of sordarin 提交 2023-02-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：84-meric
链 O 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 251 K POTASSIUM ION × 21 SPD SPERMIDINE × 3 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.47 Å
8CKU Translocation intermediate 1 (TI-1*) of 80S S. cerevisiae ribosome with ligands and eEF2 in the absence of sordarin 提交 2023-02-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric
链 O 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 205 K POTASSIUM ION × 16 SPD SPERMIDINE × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.11 Å
8CMJ Translocation intermediate 4 (TI-4*) of 80S S. cerevisiae ribosome with eEF2 in the absence of sordarin 提交 2023-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 O 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 153 K POTASSIUM ION × 10 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å
8EUB Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2 and GDP, Structure I 提交 2022-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 255 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.52 Å
8EVP Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), Structure I 提交 2022-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.38 Å
8EVQ Hypopseudouridylated Ribosome bound with TSV IRES, eEF2, GDP, and sordarin, Structure I 提交 2022-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 241 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å
8EVR Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure II 提交 2022-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 217 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 W9C (1S,3S,3aR,4S,4aR,7R,7aR,8aS)-8a-{[(6-deoxy-4-O-methyl-alpha-D-altropyranosyl)oxy]methyl}-4-formyl-7-methyl-3-(propan-2-yl)decahydro-1,4-methano-s-indacene-3a(1H)-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
8EVS Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2 and GDP, Structure II 提交 2022-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 254 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.62 Å
8EVT Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES) refined against a composite map 提交 2022-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 272 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
8EWB Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2 and GDP, Structure III 提交 2022-10-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 242 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
8EWC Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), Structure II 提交 2022-10-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 247 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.45 Å
8HFR NPC-trapped pre-60S particle 提交 2022-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：61-meric
链 cC 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 237 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
8K2D Cryo-EM structure of the yeast 80S ribosome with tigecycline, eEF2, Stm1 and eIF5A 提交 2023-07-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：84-meric
链 Lc 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 T1C TIGECYCLINE × 6 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8K82 Cryo-EM structure of the yeast 80S ribosome with tigecycline, Not5 and P-site tRNA 提交 2023-07-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 Lc 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 316 T1C TIGECYCLINE × 6 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8P4V 80S yeast ribosome in complex with HaterumaimideQ 提交 2023-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 AD 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 461 MG MAGNESIUM ION × 711 K POTASSIUM ION × 2 SPD SPERMIDINE × 1 X1K (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},8~{a}~{S})-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 ZN ZINC ION × 8 OS OSMIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 3.16 Å R-free 0.251
8P4V 80S yeast ribosome in complex with HaterumaimideQ 提交 2023-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric
链 DE 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 492 MG MAGNESIUM ION × 766 K POTASSIUM ION × 5 SPD SPERMIDINE × 1 X1K (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},8~{a}~{S})-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 3.16 Å R-free 0.251
8P85 80S yeast ribosome in complex with Fluorolissoclimide 提交 2023-08-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric
链 AD 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 484 MG MAGNESIUM ION × 717 K POTASSIUM ION × 2 SPD SPERMIDINE × 1 VDU fluorolissoclimide × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 2.90 Å R-free 0.223
8P85 80S yeast ribosome in complex with Fluorolissoclimide 提交 2023-08-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric
链 DE 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 519 MG MAGNESIUM ION × 785 K POTASSIUM ION × 2 SPD SPERMIDINE × 1 VDU fluorolissoclimide × 1 ZN ZINC ION × 9 5XU (2~{S})-2-azanylpropanal × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 2.90 Å R-free 0.223
8P8M Yeast 60S ribosomal subunit, RPL39 deletion 提交 2023-06-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric
链 RC 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 156 SPM SPERMINE × 1 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.66 Å
8P8N Mouse RPL39 integrated into the yeast 60S ribosomal subunit 提交 2023-06-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric
链 RC 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 152 CL CHLORIDE ION × 20 SPD SPERMIDINE × 1 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.15 Å
8P8U Yeast 60S ribosomal subunit 提交 2023-06-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric
链 RC 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 129 CL CHLORIDE ION × 24 SPM SPERMINE × 1 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.23 Å
8P9A 80S yeast ribosome in complex with Methyllissoclimide 提交 2023-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 150 PDB 声明：158-meric
链 AD 1–105（105 aa）
链 DE 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 930 MG MAGNESIUM ION × 1464 SPD SPERMIDINE × 2 XBI (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},7~{S},8~{a}~{S})-5,5,7,8~{a}-tetramethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 2 ZN ZINC ION × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 2.90 Å
8PFR Mouse RPL39L integrated into the yeast 60S ribosomal subunit 提交 2023-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric
链 RC 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 170 CL CHLORIDE ION × 24 SPM SPERMINE × 1 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；50mM Hepes pH 7.6, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 5 mM EDTA, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；30s pre-blot incubation
分辨率 2.15 Å
8PNN 80S yeast ribosome in complex with Bromolissoclimide 提交 2023-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric
链 AD 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 456 MG MAGNESIUM ION × 707 ZN ZINC ION × 8 K POTASSIUM ION × 1 ZWB (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},7~{S},8~{a}~{S})-7-bromanyl-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 SPD SPERMIDINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 2.90 Å R-free 0.230
8PNN 80S yeast ribosome in complex with Bromolissoclimide 提交 2023-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric
链 DE 1–105（105 aa）
未记录 OHX osmium (III) hexammine × 479 MG MAGNESIUM ION × 783 ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 3 ZWB (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},7~{S},8~{a}~{S})-7-bromanyl-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 SPD SPERMIDINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
分辨率 2.90 Å R-free 0.230
8T2X Hypomethylated yeast 80S bound with cycloheximide, P-site tRNA, A-site tRNA, messenger RNA and eIF5A, PRE 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 181 K POTASSIUM ION × 23 SPD SPERMIDINE × 1 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.46 Å
8T2Y Hypomethylated yeast 80S bound with cycloheximide, P-site tRNA, and A-site tRNA, messenger RNA, PRE 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：81-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 197 SPD SPERMIDINE × 1 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
8T2Z Hypomethylated yeast 80S bound with cycloheximide, P-site tRNA, and A-site tRNA, messenger RNA, POST 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：81-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 SPD SPERMIDINE × 1 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8T30 Hypomethylated yeast 80S bound with cycloheximide, unmodified U2921, mid rotated 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 SPD SPERMIDINE × 1 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
8T3A Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, sordarin, and hibernating factor Los2 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.86 Å
8T3B Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure I 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
8T3C Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure II 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.86 Å
8T3D Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure III 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
8T3E Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure IV 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8T3F Hypomethylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES), eEF2, GDP, and sordarin, Structure V 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8UT0 Eukaryotic 80S ribosome with Reh1, eIF5A and A/P site tRNA 提交 2023-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：84-meric
链 Le 9–104（96 aa）
未记录 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
8UTI Eukaryotic 80S ribosome with Reh1 and A/P site tRNA 提交 2023-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric
链 Le 9–104（96 aa）
未记录 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
8V87 60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 post-catalytic structure - Overall map) 提交 2023-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric
链 c 1–105（105 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.66 Å
8XU8 State 2c(S2c) of yeast 80S ribosome bound to compact eEF2 and 2 tRNAs during peptidyl transferation 提交 2024-01-12 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric
链 e 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 4.5；YPD
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8Y0U dormant ribosome with STM1 提交 2024-01-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：77-meric
链 Lc 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 281 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, pH7.5, 100mM KOAc, 5mM Mg(OAc)2, 1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
8YLD State 4a (S4a) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs and open eEF3 and eEF2 during translocation 提交 2024-03-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric
链 e 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8YLR State 6 (S6) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs and eEF2 and eEF3 during tranlocation 提交 2024-03-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric
链 e 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8Z70 State 1 (S1) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs during mRNA decoding 提交 2024-04-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric
链 e 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8Z71 State 1a (S1a) of yeast 80S ribosome bound to open eEF3 and 2 tRNAs and eEF1A during mRNA decoding 提交 2024-04-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric
链 e 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8ZGR 80S ribosome with A/A tRNA and mRNA of WNV 提交 2024-05-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：79-meric
链 Le 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8ZGY 80S ribosome with P/E tRNA and mRNA of WNV 提交 2024-05-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：80-meric
链 Le 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8ZH3 80S ribosome with A/P-P/E tRNA and mRNA of WNV 提交 2024-05-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：81-meric
链 Le 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8ZHB 80S ribosome with A/A P/E tRNA and mRNA of WNV 提交 2024-05-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：81-meric
链 Le 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8ZHC pre-frameshift complex of yeast 80S ribosome with eRF1 and mRNA of WNV 提交 2024-05-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric
链 Le 9–104（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9DOV Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES) and hygromycin B 提交 2024-09-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 257 HYG HYGROMYCIN B × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.49 Å
9DP7 Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES) and hygromycin B, Class II 提交 2024-09-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 247 HYG HYGROMYCIN B × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.38 Å
9F58 Gcn2 dimer bound to the 60S ribosomal subunit 提交 2024-04-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric
链 N 1–105（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
9F9S Yeast SDD1 Disome with Mbf1 提交 2024-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 152 PDB 声明：164-meric
链 Lo 1–105（105 aa）
链 Mo 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 295 ZN ZINC ION × 13 K POTASSIUM ION × 16 SPD SPERMIDINE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9OFV Consensus reconstruction of the eukaryotic Ribosome-associated Quality Control complex 提交 2025-04-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：64-meric
链 P 1–105（105 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 12 SPD SPERMIDINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
9PN5 Composite map of hypomethylated 80S ribosome treated with hygromycin B 提交 2025-07-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric
链 Ac 1–105（105 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 174 K POTASSIUM ION × 27 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.75 Å
9R9O Yeast 80S with nascent chain in complex with Ssb1-ADP in the S1 state 提交 2025-05-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：79-meric
链 Lc 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9R9P Yeast 80S with nascent chain in complex with Ssb1-ADP in the S2 state 提交 2025-05-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：79-meric
链 Lc 1–105（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å

共 215 个其他 PDB 条目、255 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL30_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–105； UniProt 0–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1t0k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1t0k
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1t0k
沉积日期 deposition_date2004-04-09
结构标题 titleJoint X-ray and NMR Refinement of Yeast L30e-mRNA complex
关键词 keywordsJoint NMR and X-ray refinement, Ribosomal Protein L30e, MBP fusion protein, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.74 Å
零角强度 I(0) i066639800.00
分子量 molecular_weight59921.0 kDa
排除体积 excluded_volume73114 ų
包络体积 envelope_volume94753 ų
水化壳体积 shell_volume28563 ų
包络直径 envelope_diameter104.7 Å
壳层 Rg shell_rg34.50 Å
包络 Rg envelope_rg29.59 Å
形状 Rg shape_rg29.61 Å
总 Rg total_rg30.55 Å
总原子数 total_atoms4194
残基数 n_residues489
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.8 Å
Rg (实空间) rg_real31.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real6.6640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal66630000.0000
解质量估计 total_estimate0.8512
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary27.5 Å
偏度 Skewness skewness0.429
峰度 Kurtosis kurtosis-0.604
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7057000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.771; Smooth: 0.865
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1t0ka1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd1t0ka2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1t0kb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.3 — L30e-like
家族 Family familyd.79.3.1 — L30e/L7ae ribosomal proteins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1t0kA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1t0kA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1t0kB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Ribosomal protein L30/S12
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)