9f9s

Yeast SDD1 Disome with Mbf1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 389.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9f9s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9f9s
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9f9s
沉积日期 deposition_date2024-05-08
结构标题 titleYeast SDD1 Disome with Mbf1
关键词 keywordsribosome, quality control, frame shifting, collision; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron142.90
零角强度 I(0) i01010930000000.00
分子量 molecular_weight5994500.0 kDa
排除体积 excluded_volume6424500 ų
包络体积 envelope_volume11700000 ų
水化壳体积 shell_volume663190 ų
包络直径 envelope_diameter482.1
壳层 Rg shell_rg135.50
包络 Rg envelope_rg138.70
形状 Rg shape_rg143.00
总 Rg total_rg142.90
总原子数 total_atoms406583
残基数 n_residues33244
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax389.6
Rg (实空间) rg_real137.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.50
I(0) (实空间) i0_real9.6640e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2370e+10
Rg (倒空间) rg_reciprocal126.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal942900000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9049
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary141.7
偏度 Skewness skewness0.319
峰度 Kurtosis kurtosis-0.744
角度范围 angular_range— – 0.0550 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.4320
最高正则化参数 α highest_alpha19830000000.0000
实空间数据点数 n_real_points12
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.003; Oscil: 0.992; Stabil: 0.949; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (95)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)