8evt

;Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES) refined against a composite map ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 234.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8evt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8evt
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8evt
沉积日期 deposition_date2022-10-20
结构标题 title;Hypopseudouridylated yeast 80S bound with Taura syndrome virus (TSV) internal ribosome entry site (IRES) refined against a composite map ;
关键词 keywordshypopseudouridylation, pseudouridine, IRES, RIBOSOME, RIBOSOME-RNA complex; RIBOSOME/RNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier91.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron93.19
零角强度 I(0) i0252222000000.00
分子量 molecular_weight2992600.0 kDa
排除体积 excluded_volume3208900 ų
包络体积 envelope_volume5379500 ų
水化壳体积 shell_volume436380 ų
包络直径 envelope_diameter304.6
壳层 Rg shell_rg110.10
包络 Rg envelope_rg91.86
形状 Rg shape_rg93.30
总 Rg total_rg93.01
总原子数 total_atoms202928
残基数 n_residues16493
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax234.4
Rg (实空间) rg_real89.53
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real2.4120e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8620e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal93.66
I(0) (倒空间) i0_reciprocal253700000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9075
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary110.3
偏度 Skewness skewness0.068
峰度 Kurtosis kurtosis-0.645
角度范围 angular_range— – 0.0850 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.2450
最高正则化参数 α highest_alpha12540000000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 0.947; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (82)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)