2nu3

Accommodation of positively-charged residues in a hydrophobic specificity pocket: Crystal structures of SGPB in complex with OMTKY3 variants Lys18I and Arg18I

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Streptogrisin B, Proteinase B

物种未注明

UniProt P00777

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 115–299 片段:residues 115-299 Ovomucoid × 1 (P68390) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;298 K;PEG 4000, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRTB_STRGR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–185; UniProt 115–299

Ovomucoid

Meleagris gallopavo

UniProt P68390

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 135–185 片段:third domain, residues 135-185 突变:L18K Streptogrisin B, Proteinase B × 1 (P00777) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.1;298 K;PEG 4000, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 36 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IOVO_MELGA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–51; UniProt 135–185

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2nu3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2nu3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2nu3
沉积日期 deposition_date2006-11-08
结构标题 titleAccommodation of positively-charged residues in a hydrophobic specificity pocket: Crystal structures of SGPB in complex with OMTKY3 variants Lys18I and Arg18I
关键词 keywordsENZYME-INHIBITOR COMPLEX, CHARGED P1 RESIDUE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.92
零角强度 I(0) i012122000.00
分子量 molecular_weight24238.0 kDa
排除体积 excluded_volume29533 ų
包络体积 envelope_volume33035 ų
水化壳体积 shell_volume16468 ų
包络直径 envelope_diameter61.5
壳层 Rg shell_rg22.98
包络 Rg envelope_rg17.23
形状 Rg shape_rg16.90
总 Rg total_rg17.87
总原子数 total_atoms1697
残基数 n_residues229
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.9
Rg (实空间) rg_real17.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37
I(0) (实空间) i0_real1.2120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12120000.0000
解质量估计 total_estimate0.7946
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.9
偏度 Skewness skewness0.296
峰度 Kurtosis kurtosis-0.234
角度范围 angular_range— – 0.4450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2847000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2nu3e_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.1 — Prokaryotic proteases
结构域编号 domain_idd2nu3i_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.68 — Kazal-type serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamilyg.68.1 — Kazal-type serine protease inhibitors
家族 Family familyg.68.1.1 — Ovomucoid domain III-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2nu3E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2nu3E02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2nu3I00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)