SAXSdb — 2o60

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–148	未记录	Peptide corresponding to calmodulin binding domain of neuronal nitric oxide synthase × 1 （Q9Z0J4） CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；20% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2O60	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AHR CALMODULIN MUTANT WITH A TWO RESIDUE DELETION IN THE CENTRAL HELIX 提交 1997-04-10	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：DEL(T79), DEL(D80)	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.25；28-33% MPD, 15% ETHANOL, 5MM CACL, 20MM NA ACETATE, PH 4.25	分辨率 1.80 Å
1UP5 Chicken Calmodulin 提交 2003-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–149（148 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；HANGING DROPS 12UL CAM 12MG/ML + 8UL PRECIPITANT, SEEDED 10MM NAOAC, PH 4.0, 30% MPD, 15% ISOPROPANOL	分辨率 1.90 Å R-free 0.259
1UP5 Chicken Calmodulin 提交 2003-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–149（148 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；HANGING DROPS 12UL CAM 12MG/ML + 8UL PRECIPITANT, SEEDED 10MM NAOAC, PH 4.0, 30% MPD, 15% ISOPROPANOL	分辨率 1.90 Å R-free 0.259
2BCX Crystal structure of calmodulin in complex with a ryanodine receptor peptide 提交 2005-10-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；23% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 5 mM DTT, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
2BKI Myosin VI nucleotide-free (MDinsert2-IQ) crystal structure 提交 2005-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–148（148 aa）链 D 1–148（148 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 8-10% PEG 8000, 50MM MES PH 6.7, 150MM NH4.SO4, 3% ISO-PROPANOL, 3% TERT-BUTANOL	分辨率 2.90 Å R-free 0.304
2KZ2 Calmodulin, C-terminal domain, F92E mutant 提交 2010-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 77–149（73 aa）片段：UNP residues 77-149	突变：F92E	CA CALCIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] cCaMF92E-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] cCaMF92E-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M3S Calmodulin, i85l, f92e, h107i, l112r, a128t, m144r mutant 提交 2013-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–149（149 aa）片段：UNP residues 1-149	突变：I85L, F92E, H107I, L107I, A128T, M144R	CA CALCIUM ION × 4	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.91；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.68 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 0.005 % DSS, 20 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 10 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] protein_1, 0.005 % DSS, 20 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 10 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2O5G Calmodulin-smooth muscle light chain kinase peptide complex 提交 2006-12-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；30% PEG 400, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.08 Å R-free 0.165
2VB6 Myosin VI (MD-insert2-CaM, Delta Insert1) Post-rigor state (crystal form 2) 提交 2007-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 10% PEG 8000, 50MM GLYCINE PH 9.5, 6% MPD	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
3GOF Calmodulin bound to peptide from macrophage nitric oxide synthase 提交 2009-03-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–149（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.208
3GOF Calmodulin bound to peptide from macrophage nitric oxide synthase 提交 2009-03-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–149（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.208
3GP2 Calmodulin bound to peptide from calmodulin kinase II (CaMKII) 提交 2009-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–148（147 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.46 Å R-free 0.192
3GP2 Calmodulin bound to peptide from calmodulin kinase II (CaMKII) 提交 2009-03-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–148（147 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.46 Å R-free 0.192
5HIT Crystal Structure Analysis of Ca2+-calmodulin and a C-terminal EAG1 channel fragment 提交 2016-01-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–148（147 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；di-ammonium citrate, PEG 3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.268
6BNV CryoEM structure of MyosinVI-actin complex in the rigor (nucleotide-free) state, backbone-averaged with side chains truncated to alanine 提交 2017-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 O 4–148（145 aa）链 P 4–148（145 aa）链 Q 4–148（145 aa）链 R 4–148（145 aa）链 S 4–148（145 aa）链 T 4–148（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer was filtered through 0.44 um filter and degassed. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was applied to a glow-discharged holey carbon grid. 3 uL actin was incubated for 60 seconds. 3 uL of myosin VI was added and incubated for 60 seconds. 3 uL solution was removed. An additional 3 uL of myosin VI was applied. After 60 seconds, 3 uL solution was removed, and the grid was blotted for 3 seconds from the backside with filter paper.	分辨率 4.60 Å

共 12 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALM_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148

Peptide corresponding to calmodulin binding domain of neuronal nitric oxide synthase

物种未注明

UniProt Q9Z0J4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 725–747	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Calmodulin × 1 （P62149） CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；20% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2O60	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CMI STRUCTURE OF THE HUMAN PIN/LC8 DIMER WITH A BOUND PEPTIDE 提交 1999-05-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 225–237（13 aa）片段：RESIDUE 225-237	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.4；pH 8.4	分辨率 2.50 Å R-free 0.283
1CMI STRUCTURE OF THE HUMAN PIN/LC8 DIMER WITH A BOUND PEPTIDE 提交 1999-05-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 225–237（13 aa）片段：RESIDUE 225-237	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.4；pH 8.4	分辨率 2.50 Å R-free 0.283

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOS1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–23； UniProt 725–747

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2o60
沉积日期 deposition_date	2006-12-06
结构标题 title	Calmodulin bound to peptide from neuronal nitric oxide synthase
关键词 keywords	protein-peptide complex, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.96 Å
零角强度 I(0) i0	7374740.00
分子量 molecular_weight	18982.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23382 Å³
包络体积 envelope_volume	27508 Å³
水化壳体积 shell_volume	14730 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.2 Å
壳层 Rg shell_rg	21.53 Å
包络 Rg envelope_rg	16.06 Å
形状 Rg shape_rg	15.98 Å
总 Rg total_rg	16.88 Å
总原子数 total_atoms	1320
残基数 n_residues	168
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.4 Å
Rg (实空间) rg_real	17.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3750e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0630e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7375000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9027
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.131
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.446
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	896100.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.990

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Calmodulin
分子量 formula_weight	16721.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1513

ADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAK

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptide corresponding to calmodulin binding domain of neuronal nitric oxide synthase
分子量 formula_weight	2583.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KRRAIGFKKLAEAVKFSAKLMGQX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	165

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2o60a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2o60A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	67.126 Å
晶胞边长 b length_b	32.930 Å
晶胞边长 c length_c	73.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	74.540 Å
R 因子 r_factor	0.2038
R_work r_work	0.2016
R_free r_free	0.2437

fit	/app/data/saxs_computation/o6/2o60/2o60.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o6/2o60/2o60.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o6/2o60/2o60.dat

Calmodulin bound to peptide from neuronal nitric oxide synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptide corresponding to calmodulin binding domain of neuronal nitric oxide synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)