2pnr

Crystal Structure of the asymmetric Pdk3-l2 Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex × 1 （P10515） DIHYDROLIPOIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex × 1 （P10515） DIHYDROLIPOIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDK3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–419； UniProt 9–406 作者链 B； PDB构建体 22–419； UniProt 9–406 作者链 E； PDB构建体 22–419； UniProt 9–406 作者链 F； PDB构建体 22–419； UniProt 9–406

Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex

Homo sapiens

UniProt P10515

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 3 × 2 （Q15120） DIHYDROLIPOIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 3 × 2 （Q15120） DIHYDROLIPOIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ODP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 21–128； UniProt 179–286 作者链 G； PDB构建体 21–128； UniProt 179–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pnr
沉积日期 deposition_date	2007-04-25
结构标题 title	Crystal Structure of the asymmetric Pdk3-l2 Complex
关键词 keywords	pyruvate dehydrogenase kinase 3, lipoyl-bearing domain, asymmetric protein-protein complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2pnr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2pnr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2pnr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.75 Å
Rg（电子密度）	29.87 Å
总 Rg	30.69 Å
原子数	6440
残基数	794
排除体积	115460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2pnr__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2pnr__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 3
分子量 formula_weight	48291.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F
原子数 atom_count	13603

GGSHHHHHHGMARLENLYFQGKQPVPKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKELPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELLEYENKSPEDPQVLDNFLQVLIKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLFGGDTNPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQVVYVPSHLFHMLFELFKNSMRATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVPLRKIDRLFNYMYSTAPRPSLEPTRAAPLAGFGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGTDAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASKYKAKQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
分子量 formula_weight	14192.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

GGSHHHHHHGMARLENLYFQGSSYPPHMQVLLPALSPTMTMGTVQRWEKKVGEKLSEGDLLAEIETDKATIGFEVQEEGYLAKILVPEGTRDVPLGTPLCIIVEKEADISAFADYRPTEVTDLKPQVP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DIHYDROLIPOIC ACID
分子量 formula_weight	208.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	723

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d2pnra1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.5 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, N-terminal domain
家族 Family family	a.29.5.1 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2pnra3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family family	d.122.1.4 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2pnrb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.5 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, N-terminal domain
家族 Family family	a.29.5.1 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2pnrb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family family	d.122.1.4 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2pnrc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamily	b.84.1 — Single hybrid motif
家族 Family family	b.84.1.1 — Biotinyl/lipoyl-carrier proteins and domains

结构域编号 domain_id	d2pnre1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.5 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, N-terminal domain
家族 Family family	a.29.5.1 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2pnre3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family family	d.122.1.4 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2pnrf1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.5 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, N-terminal domain
家族 Family family	a.29.5.1 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2pnrf2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.122 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.122.1 — ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
家族 Family family	d.122.1.4 — alpha-ketoacid dehydrogenase kinase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2pnrg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamily	b.84.1 — Single hybrid motif
家族 Family family	b.84.1.1 — Biotinyl/lipoyl-carrier proteins and domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	2pnrA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2pnrA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2pnrB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2pnrB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2pnrC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	2pnrE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2pnrE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2pnrF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2pnrF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2pnrG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

▶

晶胞边长 a length_a	96.155 Å
晶胞边长 b length_b	96.155 Å
晶胞边长 c length_c	222.984 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2290

Crystal Structure of the asymmetric Pdk3-l2 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pnr__assembly_1__model_1

2pnr__assembly_1__model_1 | I(q)

2pnr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the asymmetric Pdk3-l2 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

[Pyruvate dehydrogenase [lipoamide]] kinase isozyme 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2pnr__assembly_1__model_1

2pnr__assembly_1__model_1 | I(q)

2pnr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)