SAXSdb — 2pv3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chaperone surA

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链未唯一映射； UniProt —–— 链 A； UniProt 21–281 链 A； UniProt 391–428 链 B； UniProt 21–281 链 B； UniProt 391–428	片段：Survivial protein A fragment from which the second peptidyl-prolyl isomerase domain has been deleted	C-peptide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.4~1.8M sodium chloride, 0.1M potassium dihydrogen phosphate, 0.1 M sodium dihydrogen phosphate, 0.1M MES buffer, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.39 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2PV3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M5Y Crystallographic Structure of SurA, a Molecular Chaperone that Facilitates Outer Membrane Porin Folding 提交 2002-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–428（408 aa）链 B 21–428（408 aa）链 C 21–428（408 aa）链 D 21–428（408 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；303 K；0.75M ammonium sulphate, 100mM sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 303K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.283
2PV1 Crystallographic Structure of SurA first peptidyl-prolyl isomerase domain complexed with peptide WEYIPNV 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 172–274（103 aa）片段：PpiC 1	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；25~28% polyethylene glycol monomethylether 5000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.30 Å R-free 0.243
2PV2 Crystallographic Structure of SurA first peptidyl-prolyl isomerase domain complexed with peptide NFTLKFWDIFRK 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 172–274（103 aa）片段：PPIC 1 链 B 172–274（103 aa）片段：PPIC 1	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；24% ployethylene glycol 8000, 0.1 M imdidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.30 Å R-free 0.227
2PV2 Crystallographic Structure of SurA first peptidyl-prolyl isomerase domain complexed with peptide NFTLKFWDIFRK 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 172–274（103 aa）片段：PPIC 1 链 D 172–274（103 aa）片段：PPIC 1	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；24% ployethylene glycol 8000, 0.1 M imdidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.30 Å R-free 0.227
8PZ1 Wait Complex: Lateral open BAM bound Compact SurA 提交 2023-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 20–428（409 aa）	突变：K27C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8PZ2 Wait Complex: Lateral open BAM bound Extended SurA 提交 2023-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 21–428（408 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8PZU Wait Complex: BAM bound Darobactin-B and Compact SurA 提交 2023-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 21–428（408 aa）	突变：K27C	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8Q0G Release Complex: BAM bound EspP and Compact SurA 提交 2023-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 21–428（408 aa）	突变：K27C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
8QP5 Release Complex: BAM bound EspP (SurA released) 提交 2023-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 21–428（408 aa）	突变：S1299C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8QPU Release Complex: BAM bound EspP and Extended SurA 提交 2023-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 21–428（408 aa）	突变：K27C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.20 Å
8QPV Handover Complex: BAM bound OmpX and extended SurA 提交 2023-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 F 21–428（408 aa）	突变：K27C,R170C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8QPW Arrival Complex: Lateral open BAM bound extended SurA plus OmpX 提交 2023-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 21–428（408 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.30 Å
9HG5 BAM-SurA complex in the swing-in state with full length BamC resolved 提交 2024-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 21–428（408 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.05% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.82 Å
9HG6 BAM-SurA complex in the swing-in state 提交 2024-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 21–428（408 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.05% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
9HG7 BAM-SurA complex in the swing-out state 提交 2024-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 21–428（408 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.05% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.83 Å
9HG8 BAM-SurA complex in the swing-out state with BamC resolved 提交 2024-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 21–428（408 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.05% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9HG9 BAM-SurA-darobactin complex in the swing-in state 提交 2024-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 21–428（408 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.05% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
9HGA BAM-SurA-darobactin complex in the swing-out state 提交 2024-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 21–428（408 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 0.05% DDM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 17 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SURA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–261； UniProt 21–281 作者链 A； PDB构建体 262–299； UniProt 391–428 作者链 B； PDB构建体 1–261； UniProt 21–281 作者链 B； PDB构建体 262–299； UniProt 391–428

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2pv3
沉积日期 deposition_date	2007-05-09
结构标题 title	Crystallographic Structure of SurA fragment lacking the second peptidyl-prolyl isomerase domain complexed with peptide NFTLKFWDIFRK
关键词 keywords	Survival protein A, Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain, Isomerase; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.35 Å
零角强度 I(0) i0	74378500.00
分子量 molecular_weight	64624.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80029 Å³
包络体积 envelope_volume	111730 Å³
水化壳体积 shell_volume	32553 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.14 Å
包络 Rg envelope_rg	27.67 Å
形状 Rg shape_rg	28.34 Å
总 Rg total_rg	29.19 Å
总原子数 total_atoms	4529
残基数 n_residues	578
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7200e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	74380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9144
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.005
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.692
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8855000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.977

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chaperone surA
分子量 formula_weight	33221.6 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4529

APQVVDKVAAVVNNGVVLESDVDGLMQSVKLNAAQARQQLPDDATLRHQIMERLIMDQIILQMGQKMGVKISDEQLDQAIANIAKQNNMTLDQMRSRLAYDGLNYNTYRNQIRKEMIISEVRNNEVRRRITILPQEVESLAQQVGNQNDASTELNLSHILIPLPENPTSDQVNEAESQARAIVDQARNGADFGKLAIAHSADQQALNGGQMGWGRIQELPGIFAQALSTAKKGDIVGPIRSGVGFHILKVNDLRGESKNISAAQKDRAYRMLMNRKFSEEAASWMQEQRASAYVKILSN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C-peptide
分子量 formula_weight	1617.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

NFTLKFWDIFRK

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2pv3a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.223 — Triger factor/SurA peptide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.223.1 — Triger factor/SurA peptide-binding domain-like
家族 Family family	a.223.1.2 — Porin chaperone SurA, peptide-binding domain

结构域编号 domain_id	d2pv3a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.26.1 — FKBP-like
家族 Family family	d.26.1.1 — FKBP immunophilin/proline isomerase

结构域编号 domain_id	d2pv3b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.223 — Triger factor/SurA peptide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.223.1 — Triger factor/SurA peptide-binding domain-like
家族 Family family	a.223.1.2 — Porin chaperone SurA, peptide-binding domain

结构域编号 domain_id	d2pv3b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.26.1 — FKBP-like
家族 Family family	d.26.1.1 — FKBP immunophilin/proline isomerase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2pv3A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4030 — Triger factor/SurA peptide-binding fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin chaperone SurA, peptide-binding domain

结构域编号 domain_id	2pv3A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2pv3B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4030 — Triger factor/SurA peptide-binding fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin chaperone SurA, peptide-binding domain

结构域编号 domain_id	2pv3B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	148.330 Å
晶胞边长 b length_b	148.330 Å
晶胞边长 c length_c	188.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.390 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2840
R_work r_work	0.2840
R_free r_free	0.2990

fit	/app/data/saxs_computation/pv/2pv3/2pv3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pv/2pv3/2pv3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pv/2pv3/2pv3.dat

Crystallographic Structure of SurA fragment lacking the second peptidyl-prolyl isomerase domain complexed with peptide NFTLKFWDIFRK

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chaperone surA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)