SAXSdb — 2rey

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 260–354	片段：PDZ domain: Residues 261-355	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-tris pH 5.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.55 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2REY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3CBX The Dvl2 PDZ Domain in Complex with the C1 Inhibitory Peptide 提交 2008-02-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354) 链 B 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)	突变：C341S 突变：C341S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；292 K；60% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.227
3CBY The Dvl2 PDZ Domain in Complex with the N1 Inhibitory Peptide 提交 2008-02-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354) 链 B 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)	突变：C341S 突变：C341S	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；1.6 M tri-sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.50 Å R-free 0.182
3CBZ The Dvl2 PDZ Domain in Complex with the N2 Inhibitory Peptide 提交 2008-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)	突变：C341S	PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 0.8 M sodium phosphate, 0.8 M Potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.38 Å R-free 0.166
3CC0 The Dvl2 PDZ Domain in Complex with the N3 Inhibitory Peptide 提交 2008-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354) 链 B 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354) 链 C 264–354（91 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 264-354)	突变：C341S 突变：C341S 突变：C341S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；292 K；1.0 M Ammonium citrate tribasic, 0.1 M BIS-TRIS propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.75 Å R-free 0.238
4WIP DIX domain of human Dvl2 提交 2014-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 12–106（95 aa）片段：UNP residues 13-105 链 B 12–106（95 aa）片段：UNP residues 13-105 链 C 12–106（95 aa）片段：UNP residues 13-105	突变：Y27D 突变：Y27D 突变：Y27D	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；grew in PEG400 (cryo condition) over night	分辨率 2.69 Å R-free 0.248
5LNP Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: monoclinic crystal form crystallised from monomeric fraction 提交 2016-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 416–510（95 aa）片段：DEP domain, UNP residues 416-510 链 B 416–510（95 aa）片段：DEP domain, UNP residues 416-510 链 C 416–510（95 aa）片段：DEP domain, UNP residues 416-510 链 D 416–510（95 aa）片段：DEP domain, UNP residues 416-510	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES, pH=6.5 0.1 M NaCl 0.1 M Li2SO4 23 % PEG400	分辨率 1.99 Å R-free 0.246
5SUY Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: monoclinic crystal form crystallised from dimeric fraction 提交 2016-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 416–510（95 aa）片段：UNP residues 416-510 链 B 416–510（95 aa）片段：UNP residues 416-510 链 C 416–510（95 aa）片段：UNP residues 416-510 链 D 416–510（95 aa）片段：UNP residues 416-510	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES 0.1 M NaCl 0.1 M Li2SO4 22-26% PEG400	分辨率 1.88 Å R-free 0.217
5SUZ Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: C-centered monoclinic crystal form crystallised from monomeric fraction 提交 2016-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 416–509（94 aa）片段：UNP residues 416-509 链 B 416–509（94 aa）片段：UNP residues 416-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, pH=6.5 0.2 M CaCl2 23% PEG350 MME	分辨率 1.84 Å R-free 0.263
6IW3 High resolution structure of Dvl2-DIX Y27W/C80S mutant 提交 2018-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 12–93（82 aa）片段：DIX-domain	突变：Y27W, C80S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% (w/v) PEG 6000, Tris-HCl pH 8.0, 200 mM lithium chloride	分辨率 1.64 Å R-free 0.229
6JCK Complex structure of Axin-DIX and Dvl2-DIX 提交 2019-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 12–93（82 aa）	突变：V67A,K68A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；25% (w/v) PEG1500, 0.1 M Malonate-Imidazole-Borate buffer pH 7.0	分辨率 3.09 Å R-free 0.290
8WM9 Fzd4/DEP complex 提交 2023-10-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–736（736 aa）	未记录	Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å
8WMA Fzd4/DEP complex (local refined) 提交 2023-10-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–736（736 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
8WWR Crystal structure of apo human dishevelled 2 (Dvl2) PDZ domain 提交 2023-10-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 261–354（94 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tri-sodium citrate, pH 5.6 20% (v/v) Isopropanol 20%(w/v) PEG4000	分辨率 1.75 Å R-free 0.253
8YR7 Crystal structure of human dishevelled 2 (Dvl2) PDZ domain fused with WGEF internal peptide motif 提交 2024-03-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 261–353（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M Sodium acetate (pH 4.5), 3M Sodium chloride	分辨率 3.00 Å R-free 0.335

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DVL2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–96； UniProt 260–354

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2rey
沉积日期 deposition_date	2007-09-27
结构标题 title	Crystal structure of the PDZ domain of human dishevelled 2 (homologous to Drosophila dsh)
关键词 keywords	;PDZ, bound peptide, peptide binding site, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, Developmental protein, Phosphorylation, Wnt signaling pathway, GENE REGULATION ;; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.63 Å
零角强度 I(0) i0	1995380.00
分子量 molecular_weight	9555.0 kDa
排除体积 excluded_volume	11979 Å³
包络体积 envelope_volume	14167 Å³
水化壳体积 shell_volume	9841 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.1 Å
壳层 Rg shell_rg	18.06 Å
包络 Rg envelope_rg	13.24 Å
形状 Rg shape_rg	12.65 Å
总 Rg total_rg	13.95 Å
总原子数 total_atoms	668
残基数 n_residues	91
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.4 Å
Rg (实空间) rg_real	14.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9950e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6170e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1995000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8411
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.238
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.018
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	339300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.649; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.985

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2reya1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d2reya2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2reyA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.644 Å
晶胞边长 b length_b	69.644 Å
晶胞边长 c length_c	57.540 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	34.820 Å
R 因子 r_factor	0.2122
R_work r_work	0.2108
R_free r_free	0.2398

描述 description	Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2
分子量 formula_weight	10822.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	752

Crystal structure of the PDZ domain of human dishevelled 2 (homologous to Drosophila dsh)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	42

fit	/app/data/saxs_computation/re/2rey/2rey.fit
pddf	/app/data/pr_computation/re/2rey/2rey.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/re/2rey/2rey.dat