SAXSdb — 2rfo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NIC96

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 189–839	片段：UNP residues 189-839	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；3-10% PEG3350, 0.1M BisTris pH6.5, 0.05M lithium sulfate, 3% 1,6-hexandiole, 0.01mM DTE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 189–839	片段：UNP residues 189-839	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；3-10% PEG3350, 0.1M BisTris pH6.5, 0.05M lithium sulfate, 3% 1,6-hexandiole, 0.01mM DTE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2RFO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2QX5 Structure of nucleoporin Nic96 提交 2007-08-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 186–839（654 aa）片段：residues 186-839	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Potassium Thiocyanate, 1mM Cetyltrimethylammonium bromide, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.285
2QX5 Structure of nucleoporin Nic96 提交 2007-08-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 186–839（654 aa）片段：residues 186-839	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Potassium Thiocyanate, 1mM Cetyltrimethylammonium bromide, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.50 Å R-free 0.285
6X07 Nic96 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN12 提交 2020-05-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 186–839（654 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；8% PEG 8,000 and 0.1M tri-sodium citrate pH 5	分辨率 2.10 Å R-free 0.245
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 Q 1–839（839 aa）链 R 1–839（839 aa）链 S 1–839（839 aa）链 T 1–839（839 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 Q 1–839（839 aa）链 R 1–839（839 aa）链 S 1–839（839 aa）链 T 1–839（839 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 Q 1–839（839 aa）链 R 1–839（839 aa）链 S 1–839（839 aa）链 T 1–839（839 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 Q 1–839（839 aa）链 R 1–839（839 aa）链 S 1–839（839 aa）链 T 1–839（839 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 Q 1–839（839 aa）链 R 1–839（839 aa）链 S 1–839（839 aa）链 T 1–839（839 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 Q 1–839（839 aa）链 R 1–839（839 aa）链 S 1–839（839 aa）链 T 1–839（839 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7WOO Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–839（839 aa）链 Z 1–839（839 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
7WOT Cryo-EM structure of the inner ring monomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–839（839 aa）链 M 1–839（839 aa）链 N 1–839（839 aa）链 Z 1–839（839 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric	链 Q 1–839（839 aa）链 R 1–839（839 aa）链 S 1–839（839 aa）链 T 1–839（839 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å

共 7 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIC96_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–651； UniProt 189–839 作者链 B； PDB构建体 1–651； UniProt 189–839

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2rfo
沉积日期 deposition_date	2007-10-01
结构标题 title	Crystral Structure of the nucleoporin Nic96
关键词 keywords	;Alpha-alpha-superhelix, mRNA transport, Nuclear pore complex, Nucleus, Protein transport, Translocation, Transport, STRUCTURAL PROTEIN ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.46 Å
零角强度 I(0) i0	278109000.00
分子量 molecular_weight	140410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	177580 Å³
包络体积 envelope_volume	254350 Å³
水化壳体积 shell_volume	50470 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.0 Å
壳层 Rg shell_rg	44.91 Å
包络 Rg envelope_rg	45.91 Å
形状 Rg shape_rg	45.38 Å
总 Rg total_rg	45.71 Å
总原子数 total_atoms	9896
残基数 n_residues	1221
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.1 Å
Rg (实空间) rg_real	45.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	278000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8491
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.512
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.209
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.858; Smooth: 0.574

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoporin NIC96
分子量 formula_weight	74819.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9984

GNNILNSNESRLNVNENNILREKFENYARIVFQFNNSRQANGNFDIANEFISILSSANGTRNAQLLESWKILESMKSKDINIVEVGKQYLEQQFLQYTDNLYKKNMNEGLATNVNKIKSFIDTKLKKADKSWKISNLTVINGVPIWALIFYLLRAGLIKEALQVLVENKANIKKVEQSFLTYFKAYASSKDHGLPVEYSTKLHTEYNQHIKSSLDGDPYRLAVYKLIGRCDLSRKNIPAVTLSIEDWLWMHLMLIKEKDAENDPVYERYSLEDFQNIIISYGPSRFSNYYLQTLLLSGLYGLAIDYTYTFSEMDAVHLAIGLASLKLFKIDSSTRLTKKPKRDIRFANILANYTKSFRYSDPRVAVEYLVLITLNEGPTDVELCHEALRELVLETKEFTVLLGKIGRDGARIPGVIEERQPLLHVRDEKEFLHTITEQAARRADEDGRIYDSILLYQLAEEYDIVITLVNSLLSDTLSASDLDQPLVGPDDNSETNPVLLARRMASIYFDNAGISRQIHVKNKEICMLLLNISSIRELYFNKQWQETLSQMELLDLLPFSDELSARKKAQDFSNLDDNIVKNIPNLLIITLSCISNMIHILNESKYQSSTKGQQIDSLKNVARQCMIYAGMIQYRMPRETYSTLINIDVSL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	88

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	62.000 Å
晶胞边长 b length_b	100.000 Å
晶胞边长 c length_c	104.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	62.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	82.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	86.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	19.780 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2850

fit	/app/data/saxs_computation/rf/2rfo/2rfo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rf/2rfo/2rfo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rf/2rfo/2rfo.dat

Crystral Structure of the nucleoporin Nic96

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NIC96

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)