2v3r

Hypocrea jecorina Cel7A in complex with (S)-dihydroxy-phenanthrenolol

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EXOGLUCANASE 1

物种未注明

UniProt P62694

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 18–451 片段:CATALYTIC MODULE, RESIDUES 18-451 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CO COBALT (II) ION × 2 XX7 2-{[(2S)-2-HYDROXY-3-(9-PHENANTHRYLOXY)PROPYL]AMINO}PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;298 K;POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER, GLYCEROL, COBALT CHLORIDE, SODIUM ACETATE PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298 K 分辨率 1.60 Å R-free 0.179

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GUX1_TRIRE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–434; UniProt 18–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2v3r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2v3r
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2v3r
沉积日期 deposition_date2007-06-21
结构标题 titleHypocrea jecorina Cel7A in complex with (S)-dihydroxy-phenanthrenolol
关键词 keywords;HYDROLASE, GLYCOSIDASE, GLYCOPROTEIN, CARBOHYDRATE METABOLISM, POLYSACCHARIDE DEGRADATION, PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID, HYDROLASE(O-GLYCOSYL), CELLULOSE DEAGRADATION, CHIRAL SEPARATION, CELLULOSE DEGRADATION ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.40
零角强度 I(0) i042192000.00
分子量 molecular_weight46832.0 kDa
排除体积 excluded_volume56839 ų
包络体积 envelope_volume64446 ų
水化壳体积 shell_volume25493 ų
包络直径 envelope_diameter68.5
壳层 Rg shell_rg27.97
包络 Rg envelope_rg20.66
形状 Rg shape_rg20.36
总 Rg total_rg21.32
总原子数 total_atoms3275
残基数 n_residues433
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.5
Rg (实空间) rg_real21.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27
I(0) (实空间) i0_real4.2190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal42190000.0000
解质量估计 total_estimate0.8970
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.8
偏度 Skewness skewness0.158
峰度 Kurtosis kurtosis-0.402
角度范围 angular_range— – 0.3700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7628000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.993

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2v3ra_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.10 — Glycosyl hydrolase family 7 catalytic core

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2v3rA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology100 — 1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glycoside hydrolase, family 7, domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)