2v87

Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me3 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 62.7 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 414–487	片段：RESIDUES 414-487	HISTONE H3.2 × 1 （P84228） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM OF POTASSIUM FORMATE. TEMPERATURE 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 414–487	片段：RESIDUES 414-487	HISTONE H3.2 × 1 （P84228） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM OF POTASSIUM FORMATE. TEMPERATURE 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2V87	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JWO A PHD finger motif in the C-terminus of RAG2 modulates recombination activity 提交 2007-10-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–487（74 aa）片段：PHD finger motif: Residues 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RAG2 PHD domain, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2V83 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487 链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487 链 C 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；10% PEG 5000 MONOMETHYL ETHER, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K.	分辨率 2.40 Å R-free 0.230
2V85 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me1K4me3 peptide 提交 2007-08-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 20% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.197
2V85 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me1K4me3 peptide 提交 2007-08-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 20% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.197
2V86 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2aK4me3 peptide 提交 2007-08-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 28% PEG 20,000, 0.1M MES PH 6.5, 3% ISOPROPANOL TEMPERATURE 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.211
2V86 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2aK4me3 peptide 提交 2007-08-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 28% PEG 20,000, 0.1M MES PH 6.5, 3% ISOPROPANOL TEMPERATURE 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.211
2V88 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me2 peptide 提交 2007-08-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM POTASSIUM FLUORIDE. TEMPERATURE 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
2V88 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me2 peptide 提交 2007-08-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM POTASSIUM FLUORIDE. TEMPERATURE 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
2V89 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide at 1.1A resolution 提交 2007-08-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；CRYSTALS OF COMPLEX WERE OBTAINED AT 3 MG/ML PROTEIN CONCENTRATION AND 1:1.5 MOLAR RATIO OF PROTEIN TO PEPTIDE USING HANGING DROP AND VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 293K. PRECIPITANT SOLUTION: 26% PEG 3350, 0.18M POTASSIUM THIOCYANATE.	分辨率 1.10 Å R-free 0.155
2V89 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide at 1.1A resolution 提交 2007-08-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；CRYSTALS OF COMPLEX WERE OBTAINED AT 3 MG/ML PROTEIN CONCENTRATION AND 1:1.5 MOLAR RATIO OF PROTEIN TO PEPTIDE USING HANGING DROP AND VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 293K. PRECIPITANT SOLUTION: 26% PEG 3350, 0.18M POTASSIUM THIOCYANATE.	分辨率 1.10 Å R-free 0.155
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 2–350（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 2–350（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 D 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.	分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 D 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.	分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 D 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.30 Å R-free 0.237
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 D 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.30 Å R-free 0.237
6CG0 Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex (3.17 A) 提交 2018-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric	链 B 1–520（520 aa）链 D 1–520（520 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
6CIJ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex containing partial HMGB1 linker(3.9 A) 提交 2018-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric	链 B 1–520（520 aa）链 D 1–520（520 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6CIK Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric	链 B 1–359（359 aa）链 D 1–359（359 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；12-16% PEG 3350, 200 mM NaNO3, 50 mM HEPES, pH 6.9	分辨率 3.15 Å R-free 0.249
6CIL PRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLEX IN MN2+ 提交 2018-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 B 1–359（359 aa）链 D 1–359（359 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9	分辨率 4.15 Å R-free 0.231
6CIM Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-nicked/intact 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric	链 B 1–359（359 aa）链 D 1–359（359 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9	分辨率 3.60 Å R-free 0.254
6OEM Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA0) 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6OEN Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6OEO Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
6OEP Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-NFC/23RSS-PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6OEQ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-PRC/23RSS-NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6OER Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA2) 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
6OES Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex (without NBD domain) 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å
6OET Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6V0V Cryo-EM structure of mouse WT RAG1/2 NFC complex (DNA0) 提交 2019-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–520（520 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
6XNX Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Dynamic-Form) 提交 2020-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 3–361（359 aa）链 D 3–361（359 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6XNY Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Paired-Form) 提交 2020-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 3–361（359 aa）链 D 3–361（359 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6XNZ Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Target Capture Complex 提交 2020-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 3–361（359 aa）链 D 3–361（359 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9JPU CryoEM structure of mouse RAG SEC-PHD 提交 2024-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）链 E 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
9JPX CryoEM structure of mouse RAG SEC-0 提交 2024-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9JQN CryoEM structure of mouse RAG SEC-2DNA 提交 2024-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
9JTS CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (12RSS side) 提交 2024-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
9JTU CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (23RSS side) 提交 2024-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å

共 33 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAG2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–82； UniProt 414–487 作者链 B； PDB构建体 9–82； UniProt 414–487

HISTONE H3.2

物种未注明

UniProt P84228

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 2–14	片段：H3 (1-21), BIOTINYLATED AT C-TERMINUS, UNP RESIDUES 2-14 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2 × 1 （P21784） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM OF POTASSIUM FORMATE. TEMPERATURE 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2–14	片段：H3 (1-21), BIOTINYLATED AT C-TERMINUS, UNP RESIDUES 2-14 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2 × 1 （P21784） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM OF POTASSIUM FORMATE. TEMPERATURE 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2V87	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2V86 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2aK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–10（9 aa）片段：H3 (1-21), BIOTINILATED AT C-TERMINUS	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 28% PEG 20,000, 0.1M MES PH 6.5, 3% ISOPROPANOL TEMPERATURE 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.211
2V86 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2aK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–10（9 aa）片段：H3 (1-21), BIOTINILATED AT C-TERMINUS	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 28% PEG 20,000, 0.1M MES PH 6.5, 3% ISOPROPANOL TEMPERATURE 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.211
4QWN Histone demethylase KDM2A-H3K36ME1-alpha-KG complex structure 提交 2014-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M Sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.264
4QWN Histone demethylase KDM2A-H3K36ME1-alpha-KG complex structure 提交 2014-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M Sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.264
4QX7 Crystal structure of histone demethylase kdm2a-h3k36me2 with alpha-kg 提交 2014-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M Na citrate, 18-22% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.34 Å R-free 0.258
4QX7 Crystal structure of histone demethylase kdm2a-h3k36me2 with alpha-kg 提交 2014-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M Na citrate, 18-22% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.34 Å R-free 0.258
4QX8 Crystal structure of histone demethylase kdm2a-h3k36me3 complex with alpha-kg 提交 2014-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Na Citrate, 18-20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.227
4QX8 Crystal structure of histone demethylase kdm2a-h3k36me3 complex with alpha-kg 提交 2014-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Na Citrate, 18-20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.227
4QXB crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME3 with NOG 提交 2014-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M CITRATE NA 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.207
4QXB crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME3 with NOG 提交 2014-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M CITRATE NA 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.207
4QXC Crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME2 with NOG 提交 2014-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M CITRATE NA 18% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.204
4QXC Crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME2 with NOG 提交 2014-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M CITRATE NA 18% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.204
4QXH Crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME1 with NOG 提交 2014-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M CITRATE NA, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
4QXH Crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME1 with NOG 提交 2014-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M CITRATE NA, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243

共 7 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–13； UniProt 2–14 作者链 E； PDB构建体 1–13； UniProt 2–14

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2v87
沉积日期 deposition_date	2007-08-02
结构标题 title	Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me3 peptide
关键词 keywords	;V(D)J RECOMBINATION, COVALENT MODIFICATIONS, RAG, HISTONE, NUCLEUS, NUCLEASE, HYDROLASE, PHD FINGER, DNA-BINDING, RECOMBINASE, ENDONUCLEASE, SYMMETRIC DIMETHYLATED ARGININE, PROTEIN BINDING, TRIMETHYL LYSINE, DNA RECOMBINATION ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.53 Å
零角强度 I(0) i0	8962770.00
分子量 molecular_weight	20677.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25223 Å³
包络体积 envelope_volume	30944 Å³
水化壳体积 shell_volume	15247 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.1 Å
壳层 Rg shell_rg	23.01 Å
包络 Rg envelope_rg	17.86 Å
形状 Rg shape_rg	17.55 Å
总 Rg total_rg	18.37 Å
总原子数 total_atoms	1434
残基数 n_residues	176
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.7 Å
Rg (实空间) rg_real	18.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9630e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8963000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8016
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.333
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.273
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2
分子量 formula_weight	9360.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1671

GPLGSPEFGYWITCCPTCDVDINTWVPFYSTELNKPAMIYCSHGDGHWVHAQCMDLEERTLIHLSEGSNKYYCNEHVQIARA

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HISTONE H3.2
分子量 formula_weight	1434.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

ARTKQTARKSTGG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	237

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2v87a2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.50 — FYVE/PHD zinc finger
超家族 Superfamily superfamily	g.50.1 — FYVE/PHD zinc finger
家族 Family family	g.50.1.2 — PHD domain

结构域编号 domain_id	d2v87a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2v87b2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.50 — FYVE/PHD zinc finger
超家族 Superfamily superfamily	g.50.1 — FYVE/PHD zinc finger
家族 Family family	g.50.1.2 — PHD domain

结构域编号 domain_id	d2v87b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2v87A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	290 — Rag2 PHD finger

结构域编号 domain_id	2v87B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	290 — Rag2 PHD finger

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8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	40.407 Å
晶胞边长 b length_b	46.630 Å
晶胞边长 c length_c	57.005 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.2081

fit	/app/data/saxs_computation/v8/2v87/2v87.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v8/2v87/2v87.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v8/2v87/2v87.dat

Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me3 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VDJ RECOMBINATION-ACTIVATING PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HISTONE H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)