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2vfm

Low Temperature Structure of P22 Tailspike Protein Fragment (109-666)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 132.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIFUNCTIONAL TAIL PROTEIN

ENTEROBACTERIA PHAGE P22

UniProt P12528

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 110–667 片段：RESIDUES 110-667 GOL GLYCEROL × 33 SO4 SULFATE ION × 6 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 10；DROP: 2 MICROLITER 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM PHOSPHATE, PH 10.0, PLUS 3.3 MICROLITER 10 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 10 MM HEPES, PH 7.0; RESERVOIR: 750 MICOLITER 1.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM PHOSPHATE, PH 10.0 分辨率 1.50 Å R-free 0.164

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2VFM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CLW TAILSPIKE PROTEIN FROM PHAGE P22, V331A MUTANT 提交 1999-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 114–667（554 aa） 片段：CATALYTIC FRAGMENT
突变：V331A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 10；pH 10.00
分辨率 2.00 Å
1CLW TAILSPIKE PROTEIN FROM PHAGE P22, V331A MUTANT 提交 1999-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 114–667（554 aa） 片段：CATALYTIC FRAGMENT
突变：V331A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 10；pH 10.00
分辨率 2.00 Å
1LKT CRYSTAL STRUCTURE OF THE HEAD-BINDING DOMAIN OF PHAGE P22 TAILSPIKE PROTEIN 提交 1997-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–109（104 aa） 片段：HEAD-BINDING DOMAIN
链 B 6–109（104 aa） 片段：HEAD-BINDING DOMAIN
链 C 6–109（104 aa） 片段：HEAD-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.6；20% PEG 8K, 0.2 M MGCL2, 0.1 M BIS-TRIS, PH 6.6
分辨率 2.60 Å
1LKT CRYSTAL STRUCTURE OF THE HEAD-BINDING DOMAIN OF PHAGE P22 TAILSPIKE PROTEIN 提交 1997-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 6–109（104 aa） 片段：HEAD-BINDING DOMAIN
链 E 6–109（104 aa） 片段：HEAD-BINDING DOMAIN
链 F 6–109（104 aa） 片段：HEAD-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.6；20% PEG 8K, 0.2 M MGCL2, 0.1 M BIS-TRIS, PH 6.6
分辨率 2.60 Å
1QA1 TAILSPIKE PROTEIN, MUTANT V331G 提交 1999-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 114–667（554 aa） 片段：RECEPTOR BINDING C-TERMINAL DOMAIN
突变：V331G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；274 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 274 K, PH 10.0, 1M AMMONIUM SULPHATE 0.1M NA- PHOSPHATE
分辨率 2.00 Å
1QA1 TAILSPIKE PROTEIN, MUTANT V331G 提交 1999-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 114–667（554 aa） 片段：RECEPTOR BINDING C-TERMINAL DOMAIN
突变：V331G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；274 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 274 K, PH 10.0, 1M AMMONIUM SULPHATE 0.1M NA- PHOSPHATE
分辨率 2.00 Å
1QA2 TAILSPIKE PROTEIN, MUTANT A334V 提交 1999-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 114–667（554 aa） 片段：RECEPTOR BINDING C-TERMINAL FRAGMENT
突变：A334V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；277 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 277K, PH 10.0, 1M AMMONIUM SULPHATE 0.1M NA- PHOSPHATE
分辨率 2.00 Å
1QA2 TAILSPIKE PROTEIN, MUTANT A334V 提交 1999-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 114–667（554 aa） 片段：RECEPTOR BINDING C-TERMINAL FRAGMENT
突变：A334V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；277 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 277K, PH 10.0, 1M AMMONIUM SULPHATE 0.1M NA- PHOSPHATE
分辨率 2.00 Å
1QA3 TAILSPIKE PROTEIN, MUTANT A334I 提交 1999-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 114–667（554 aa） 片段：RECEPTOR BINDING C-TERMINAL FRAGMENT
突变：A334I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；277 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 277K, PH 10.0, 1M AMMONIUM SULPHATE 0.1M NA- PHOSPHATE
分辨率 2.00 Å
1QA3 TAILSPIKE PROTEIN, MUTANT A334I 提交 1999-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 114–667（554 aa） 片段：RECEPTOR BINDING C-TERMINAL FRAGMENT
突变：A334I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；277 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 277K, PH 10.0, 1M AMMONIUM SULPHATE 0.1M NA- PHOSPHATE
分辨率 2.00 Å
1QQ1 TAILSPIKE PROTEIN, MUTANT E359G 提交 1999-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 109–667（559 aa） 片段：C-TERMINAL FRAGMENT
突变：E359G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；1M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM PHOSPHATE, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å
1QRB PLASTICITY AND STERIC STRAIN IN A PARALLEL BETA-HELIX: RATIONAL MUTATIONS IN P22 TAILSPIKE PROTEIN 提交 1999-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 109–667（559 aa） 片段：C-TERMINAL FRAGMENT
突变：T326F 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；1M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M SODIUM PHOSPHATE, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å
1QRC TAILSPIKE PROTEIN, MUTANT W391A 提交 1999-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 109–667（559 aa） 片段：C-TERMINAL FRAGMENT
突变：W391A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；1M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M NA-PHOSPHATE, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å
1TSP CRYSTAL STRUCTURE OF P22 TAILSPIKE PROTEIN: INTERDIGITATED SUBUNITS IN A THERMOSTABLE TRIMER 提交 1994-06-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 109–667（559 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1TYU STRUCTURE OF TAILSPIKE-PROTEIN 提交 1996-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 114–667（554 aa） 片段：RESIDUES 109-666 LACKING THE N-TERMINAL, HEAD-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；COMPLEX FORMED BY SOAKING WITH 2MM OCTASACCHARIDE FROM SALMONELLA ENTERITIDIS AT PH 7.5
分辨率 1.80 Å
1TYV STRUCTURE OF TAILSPIKE-PROTEIN 提交 1996-07-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 114–667（554 aa） 片段：RESIDUES 109-666 LACKING THE N-TERMINAL, HEAD-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.80 Å
1TYW STRUCTURE OF TAILSPIKE-PROTEIN 提交 1996-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 114–667（554 aa） 片段：RESIDUES 109-666 LACKING THE N-TERMINAL, HEAD-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；COMPLEX FORMED BY SOAKING WITH DECASACCHARIDE FROM S. TYPHI 253TY O-ANTIGEN AT PH 7.5
分辨率 1.80 Å
1TYX TITLE OF TAILSPIKE-PROTEIN 提交 1996-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 114–667（554 aa） 片段：RESIDUES 109-666 LACKING THE N-TERMINAL, HEAD-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；COMPLEX FORMED BY SOAKING WITH 2MM OCTASACCHARIDE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM O-ANTIGEN AT PH 7.5.
分辨率 1.80 Å
2VFN Low Temperature Structure of P22 Tailspike Protein Fragment (109-666), Mutant V125A 提交 2007-11-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 110–667（558 aa） 片段：RESIDUES 110-667
突变：YES GOL GLYCEROL × 30 SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 10；DROP: 2 MICROLITER 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM PHOSPHATE, PH 10.0, PLUS 3.3 MICROLITER, 10 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 10 MM HEPES, PH 7.0; RESERVOIR: 750 MICOLITER 1.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM PHOSPHATE, PH 10.0
分辨率 1.50 Å R-free 0.155
2VFO Low Temperature Structure of P22 Tailspike Protein Fragment (109-666), Mutant V125L 提交 2007-11-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 110–667（558 aa） 片段：RESIDUES 110-667
突变：YES GOL GLYCEROL × 21 SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 10；DROP: 2 MICROLITER 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM PHOSPHATE, PH 10.0, PLUS 3.3 MICROLITER 10 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 10 MM HEPES, PH 7.0; RESERVOIR: 750 MICOLITER 1.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM PHOSPHATE, PH 10.0
分辨率 1.50 Å R-free 0.144
2VFP Low Temperature Structure of P22 Tailspike Protein Fragment (109-666), Mutant V349L 提交 2007-11-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 110–667（558 aa） 片段：RESIDUES 110-667
突变：YES GOL GLYCEROL × 18 SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 10；DROP: 2 MICROLITER 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM PHOSPHATE, PH 10.0, PLUS 3.3 MICROLITER 10 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 10 MM HEPES, PH 7.0; RESERVOIR: 750 MICOLITER 1.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM PHOSPHATE, PH 10.0
分辨率 1.55 Å R-free 0.152
2VFQ Low Temperature Structure of P22 Tailspike Protein Fragment (109-666), Mutant V450A 提交 2007-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 110–667（558 aa） 片段：RESIDUES 110-667 LACKING THE N-TERMINAL HEAD-BINDING DOMAIN
突变：YES GOL GLYCEROL × 12 SO4 SULFATE ION × 6 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 10；DROP: 2 MICROLITER 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM PHOSPHATE, PH 10.0, PLUS 3.3 MICROLITER 10 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 10 MM HEPES, PH 7.0; RESERVOIR: 750 MICOLITER 1.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM PHOSPHATE, PH 10.0
分辨率 1.55 Å R-free 0.145
2VKY Headbinding Domain of Phage P22 Tailspike C-Terminally Fused to Isoleucine Zipper pIIGCN4 (Chimera I) 提交 2008-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–124（123 aa） 片段：HEAD-BINDING DOMAIN, RESIDUES 2-124
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. PROTEIN: CONC. 8.2 MG/ML,BUFFER 50MM HEPES, PH6.5; RESERVOIR: 20% ISOPROPANOL, 0.1M NA-ACETATE, PH4.6, 0.2M CACL2; DROPLET 2 MICROL: 2 MICROL.CRYO:30% GLYCEROL.
分辨率 2.05 Å R-free 0.187
2VNL MUTANT Y108Wdel OF THE HEADBINDING DOMAIN OF PHAGE P22 TAILSPIKE C- TERMINally fused to ISOLEUCINE ZIPPER pIIGCN4 (chimera II) 提交 2008-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–122（121 aa） 片段：HEAD-BINDING DOMAIN, RESIDUES 2-122
突变：YES GOL GLYCEROL × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. PROTEIN: CONC. 9.3 MG/ML,BUFFER 50MM HEPES, PH6.5; RESERVOIR:20% ISOPROPANOL, 0.1M NA-ACETATE, PH4.6, 0.2M CACL2; DROPLET 2 MICROL:2 MICROL.CRYO:30% GLYCEROL.
分辨率 1.80 Å R-free 0.229
2XC1 Full-length Tailspike Protein Mutant Y108W of Bacteriophage P22 提交 2010-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–667（666 aa） 片段：RESIDUES 2-667
链 B 2–667（666 aa） 片段：RESIDUES 2-667
链 C 2–667（666 aa） 片段：RESIDUES 2-667
突变：YES 突变：YES 突变：YES GOL GLYCEROL × 13 CA CALCIUM ION × 1 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；PROTEIN- 15MG/ML IN 10MM HEPES PH7;RESERVOIR:750 ML 0.2M AMMONIUM ACETATE,0.1M TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE PH 5.6, 30% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 4000; HANGING DROPS:1.5MICROL RESERVOIR- 1.5MICROL PROTEIN SOLUTION; TEMPERATURE: 19 DEGR.; CRYO: 3% GLYCEROL
分辨率 1.65 Å R-free 0.210
3TH0 P22 Tailspike complexed with S.Paratyphi O antigen octasaccharide 提交 2011-08-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 109–667（559 aa） 片段：UNP residues 109-657
未记录 GOL GLYCEROL × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；277.15 K；1.5 Ammonium sulfate, 0.1M sodium phosphate over reservoir 1.0 Ammonium sulfate, 0.1M sodium phosphate, pH 10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；293.15 K；addition of 2mM S.Paratyphi o antigen octasaccharide in 0.1M Tris, 1M sodium phosphate, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 293.15K
分辨率 1.75 Å R-free 0.156
5GAI Probabilistic Structural Models of Mature P22 Bacteriophage Portal, Hub, and Tailspike proteins 提交 2015-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：27-meric
链 0 6–667（662 aa）
链 Y 6–667（662 aa）
链 Z 6–667（662 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging.
分辨率 10.50 Å
8EAN Cryo-EM structure of in-situ tailspike in bacteriophage P22 提交 2022-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 0 6–667（662 aa）
链 Y 6–667（662 aa）
链 Z 6–667（662 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8EB7 Cryo-EM structure of the in-situ gp4-gp10-gp9N from bacteriophage P22 提交 2022-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 0 6–116（111 aa）
链 A 6–116（111 aa）
链 B 6–116（111 aa）
链 C 6–116（111 aa）
链 D 6–116（111 aa）
链 F 6–116（111 aa）
链 X 6–116（111 aa）
链 Y 6–116（111 aa）
链 Z 6–116（111 aa）
链 a 6–116（111 aa）
链 b 6–116（111 aa）
链 c 6–116（111 aa）
链 d 6–116（111 aa）
链 e 6–116（111 aa）
链 f 6–116（111 aa）
链 g 6–116（111 aa）
链 h 6–116（111 aa）
链 i 6–116（111 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TVR In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 tail hub protein: tailspike protein complex at 2.8A resolution 提交 2023-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 1–667（667 aa）
链 B 1–667（667 aa）
链 C 1–667（667 aa）
链 D 1–667（667 aa）
链 E 1–667（667 aa）
链 F 1–667（667 aa）
链 H 1–667（667 aa）
链 I 1–667（667 aa）
链 J 1–667（667 aa）
链 L 1–667（667 aa）
链 M 1–667（667 aa）
链 N 1–667（667 aa）
链 P 1–667（667 aa）
链 Q 1–667（667 aa）
链 R 1–667（667 aa）
链 V 1–667（667 aa）
链 W 1–667（667 aa）
链 X 1–667（667 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8U10 In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp4:gp5:gp10:gp9 N-term complex in conformation 1 at 3.2A resolution 提交 2023-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：58-meric
链 10 1–667（667 aa）
链 11 1–667（667 aa）
链 12 1–667（667 aa）
链 13 1–667（667 aa）
链 14 1–667（667 aa）
链 15 1–667（667 aa）
链 16 1–667（667 aa）
链 17 1–667（667 aa）
链 18 1–667（667 aa）
链 19 1–667（667 aa）
链 20 1–667（667 aa）
链 21 1–667（667 aa）
链 22 1–667（667 aa）
链 23 1–667（667 aa）
链 24 1–667（667 aa）
链 7 1–667（667 aa）
链 8 1–667（667 aa）
链 9 1–667（667 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8U11 In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 gp1:gp5:gp4: gp10: gp9 N-term complex in conformation 2 at 3.1A resolution 提交 2023-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：58-meric
链 10 1–667（667 aa）
链 11 1–667（667 aa）
链 12 1–667（667 aa）
链 13 1–667（667 aa）
链 14 1–667（667 aa）
链 15 1–667（667 aa）
链 16 1–667（667 aa）
链 17 1–667（667 aa）
链 18 1–667（667 aa）
链 19 1–667（667 aa）
链 20 1–667（667 aa）
链 21 1–667（667 aa）
链 22 1–667（667 aa）
链 23 1–667（667 aa）
链 24 1–667（667 aa）
链 7 1–667（667 aa）
链 8 1–667（667 aa）
链 9 1–667（667 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U1O In situ cryo-EM structure of bacteriophage P22 tailspike protein complex at 3.4A resolution 提交 2023-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 o 1–667（667 aa）
链 p 1–667（667 aa）
链 q 1–667（667 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 28 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TSPE_BPP22
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–559； UniProt 110–667

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2vfm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2vfm
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vfm
沉积日期 deposition_date2007-11-05
结构标题 titleLow Temperature Structure of P22 Tailspike Protein Fragment (109-666)
关键词 keywords;P22 TAILSPIKE PROTEIN, SALMONELLA BACTERIOPHAGE P22, PROTEIN FOLDING, PROTEIN STABILITY, RIGHT-HANDED PARALLEL BETA-HELIX, HYDROLASE, LATE PROTEIN, ENDOGLYCOSIDASE ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.31 Å
零角强度 I(0) i061346200.00
分子量 molecular_weight60953.0 kDa
排除体积 excluded_volume75928 ų
包络体积 envelope_volume101540 ų
水化壳体积 shell_volume28918 ų
包络直径 envelope_diameter137.7 Å
壳层 Rg shell_rg34.64 Å
包络 Rg envelope_rg34.93 Å
形状 Rg shape_rg33.27 Å
总 Rg total_rg33.54 Å
总原子数 total_atoms4284
残基数 n_residues555
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax132.2 Å
Rg (实空间) rg_real33.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.85 Å
I(0) (实空间) i0_real6.1350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal61330000.0000
解质量估计 total_estimate0.6774
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary129.5 Å
偏度 Skewness skewness0.808
峰度 Kurtosis kurtosis0.193
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8287000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.224; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.139; Smooth: 0.991
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2vfma_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.80.1 — Pectin lyase-like
家族 Family familyb.80.1.6 — P22 tailspike protein

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2vfmA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)