2vok

Murine TRIM21

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

52 KDA RO PROTEIN

MUS MUSCULUS

UniProt Q62191

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 291–470 链 B; UniProt 291–470 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.30 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 112 个其他 PDB 条目、112 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RO52_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 9–188; UniProt 291–470 作者链 B; PDB构建体 9–188; UniProt 291–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2vok

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2vok
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2vok
沉积日期 deposition_date2008-02-19
结构标题 titleMurine TRIM21
关键词 keywords;POLYMORPHISM, IMMUNE SYSTEM, METAL-BINDING, TRIPARTITE MOTIF (TRIM) PROTEIN, SPRY SYSTEMIC LUPUS ERYTHEMATOSUS, ZINC, B30.2, RO.52, NUCLEUS, PRYSPRY, CYTOPLASM, RIBONUCLEOPROTEIN, SYSTEMIC LUPUS ERYTHEMATOSUS, ZINC-FINGER, DNA-BINDING, RNA-BINDING, COILED COIL ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.64
零角强度 I(0) i031450600.00
分子量 molecular_weight42361.0 kDa
排除体积 excluded_volume52586 ų
包络体积 envelope_volume61817 ų
水化壳体积 shell_volume23498 ų
包络直径 envelope_diameter82.5
壳层 Rg shell_rg28.94
包络 Rg envelope_rg22.61
形状 Rg shape_rg22.62
总 Rg total_rg23.44
总原子数 total_atoms2995
残基数 n_residues371
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.4
Rg (实空间) rg_real23.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real3.1450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31450000.0000
解质量估计 total_estimate0.8602
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.0
偏度 Skewness skewness0.439
峰度 Kurtosis kurtosis-0.255
角度范围 angular_range— – 0.3400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8021000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.748; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.970

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2voka1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.22 — SPRY domain
结构域编号 domain_idd2voka2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2vokb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.22 — SPRY domain
结构域编号 domain_idd2vokb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2vokA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily920 — SPRY domain
结构域编号 domain_id2vokB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily920 — SPRY domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)