2voy

CryoEM model of CopA, the copper transporting ATPase from Archaeoglobus fulgidus

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POTENTIAL COPPER-TRANSPORTING ATPASE

BACILLUS SUBTILIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） CATION-TRANSPORTING ATPASE, P-TYPE × 1 （O29777） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） CATION-TRANSPORTING ATPASE × 1 CATION-TRANSPORTING ATPASE × 1 （O29777） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COPA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 72–147

SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1

物种未注明

UniProt P04191

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	POTENTIAL COPPER-TRANSPORTING ATPASE × 1 （O32220） CATION-TRANSPORTING ATPASE, P-TYPE × 1 （O29777） CATION-TRANSPORTING ATPASE × 1 CATION-TRANSPORTING ATPASE × 1 （O29777）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AT2A1_RABIT
Isoform	—
PDB实体	2, 3, 4, 5, 7, 8, 11, 12
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–42； UniProt 36–77 作者链 C； PDB构建体 1–22； UniProt 967–988 作者链 D； PDB构建体 1–23； UniProt 832–854 作者链 E； PDB构建体 1–30； UniProt 86–115 作者链 G； PDB构建体 1–36； UniProt 243–278 作者链 H； PDB构建体 1–48； UniProt 289–336 作者链 K； PDB构建体 1–32； UniProt 749–780 作者链 L； PDB构建体 1–21； UniProt 789–809

CATION-TRANSPORTING ATPASE, P-TYPE

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS

UniProt O29777

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	POTENTIAL COPPER-TRANSPORTING ATPASE × 1 （O32220） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） CATION-TRANSPORTING ATPASE × 1 SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191） SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 × 1 （P04191）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O29777_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	6, 10
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–113； UniProt 214–326 作者链 J； PDB构建体 1–118； UniProt 432–549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2voy
沉积日期 deposition_date	2008-02-25
结构标题 title	CryoEM model of CopA, the copper transporting ATPase from Archaeoglobus fulgidus
关键词 keywords	HYDROLASEP-TYPE ATPASE, CRYO-EM, HELICAL RECONSTRUCTION, MEMBRANE PROTEIN, COPPER TRANSPORTER, METAL BINDING DOMAIN, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2voy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2voy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2voy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.75 Å
Rg（电子密度）	33.53 Å
总 Rg	33.76 Å
原子数	5270
残基数	690
排除体积	95566 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2voy__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	POTENTIAL COPPER-TRANSPORTING ATPASE
分子量 formula_weight	8800.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5270

VTEKAEFDIEGMTCAACANRIEKRLNKIEGVANAPVNFALETVTVEYNPKEASVSDLKEAVDKLGYKLKLKGEQDSIEGR

来源 Source

来源生物 organism	BACILLUS SUBTILIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
分子量 formula_weight	4832.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

YGHNELPAEEGKSLWELVIEQFEDLLVRILLLAACISFVLAW

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
分子量 formula_weight	2514.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

WLMVLKISLPVIGLDEILKFIA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
分子量 formula_weight	2479.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

WLFFRYMAIGGYVGAATVGAAAW

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
分子量 formula_weight	3312.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

TAFVEPFVILLILIANAIVGVWQERNAENA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	CATION-TRANSPORTING ATPASE, P-TYPE
分子量 formula_weight	11832.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

EAIKKLVGLQAKTAVVIRDGKEIAVPVEEVAVGDIVIVRPGEKIPVDGVVVEGESYVDESMISGEPVPVLKSKGDEVFGATINNTGVLKIRATRVGGETLLAQIVKLVEDAMG

来源 Source

来源生物 organism	ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2234
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
分子量 formula_weight	4097.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

EQDKTPLQQKLDEFGEQLSKVISLICVAVWLINIGH

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
分子量 formula_weight	5093.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

IRGAIYYFKIAVALAVAAIPEGLPAVITTCLALGTRRMAKKNAIVRSL

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	CATION-TRANSPORTING ATPASE
分子量 formula_weight	13783.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

DALEVAEKVTAVIFDKTGTLTKLKESAKPAVQELKRMGIKVGMITGDNWRSAEAISRELNLDLVIAEVLPHQKSEEVKKLQAKEVVAFVGDGINDAPALAQADLGIAVGSGDIVLIRDDLRDVVAAIQ

来源 Source

来源生物 organism	ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2234
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	CATION-TRANSPORTING ATPASE
分子量 formula_weight	12705.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

GKPEVTDLVPLNGDERELLRLAAIAERRSEHPIAEAIVKKALEHGIELGEPEKVEVIAGEGVVADGILVGNKRLMEDFGVAVSNEVELALEKLEREAKTAVIVARNGRVEGIIAVSDT

来源 Source

来源生物 organism	ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2234
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
分子量 formula_weight	3624.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

EGRAIYNNMKQFIRYLISSNVGEVVCIFLTAA

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
分子量 formula_weight	2224.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

PVQLLWVNLVTDGLPATALGF

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	18.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	;TUBES DIVIDED INTO THIRDS, QUARTERS, OR FIFTHS AND CORRECTED FOR IN-PLACE ROTATION, OUT-OF-PLANE TILT, Z-SHIFT, ROTATION ABOUT Z-AXIS ;
颗粒数 num_particles	—

CryoEM model of CopA, the copper transporting ATPase from Archaeoglobus fulgidus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POTENTIAL COPPER-TRANSPORTING ATPASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CATION-TRANSPORTING ATPASE, P-TYPE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2voy__assembly_1__model_1

2voy__assembly_1__model_1 | I(q)

2voy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

实体 12 Entity 12 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)