2wfy

Truncation and Optimisation of Peptide Inhibitors of CDK2, Cyclin A Through Structure Guided Design

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2

HOMO SAPIENS

UniProt P24941

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 CYCLIN-A2 × 1 (P20248) ARG-ARG-B3L-PHE × 1 water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 CYCLIN-A2 × 1 (P20248) ARG-ARG-B3L-PHE × 1 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDK2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–298; UniProt 1–298 作者链 C; PDB构建体 1–298; UniProt 1–298

CYCLIN-A2

HOMO SAPIENS

UniProt P20248

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 × 1 (P24941) ARG-ARG-B3L-PHE × 1 water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 × 1 (P24941) ARG-ARG-B3L-PHE × 1 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCNA2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–260; UniProt 173–432 作者链 D; PDB构建体 1–260; UniProt 173–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wfy
沉积日期 deposition_date2009-04-15
结构标题 titleTruncation and Optimisation of Peptide Inhibitors of CDK2, Cyclin A Through Structure Guided Design
关键词 keywords;CDK2, KINASE, CYCLIN, ACTIVE, NUCLEUS, MITOSIS, SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE, CYTOPLASM, INHIBITION, CELL CYCLE, ATP-BINDING, CELL DIVISION, PHOSPHOPROTEIN, NUCLEOTIDE-BINDING, TRANSFERASE, POLYMORPHISM, BETA-PEPTIDE, CYCLIN GROOVE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2wfy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2wfy__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2wfy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)26.57 Å
Rg(电子密度)25.51 Å
总 Rg26.46 Å
原子数4493
残基数556
排除体积81145 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2wfy__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2wfy__assembly_2__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2wfya_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd2wfyb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.1 — Cyclin
结构域编号 domain_idd2wfyb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.1 — Cyclin
结构域编号 domain_idd2wfyc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd2wfyd1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.1 — Cyclin
结构域编号 domain_idd2wfyd2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.1 — Cyclin

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2wfyA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id2wfyA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id2wfyB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
结构域编号 domain_id2wfyB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
结构域编号 domain_id2wfyC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id2wfyC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id2wfyD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
结构域编号 domain_id2wfyD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
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7. 引用文献 (1)