2wtk

Structure of the heterotrimeric LKB1-STRADalpha-MO25alpha complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 154.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CALCIUM-BINDING PROTEIN 39

HOMO SAPIENS

UniProt Q9Y376

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–341 未记录 STE20-RELATED KINASE ADAPTER PROTEIN ALPHA × 1 (Q7RTN6) SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 11 × 1 (Q15831) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;PH 8.5 分辨率 2.65 Å R-free 0.291
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–341 未记录 STE20-RELATED KINASE ADAPTER PROTEIN ALPHA × 1 (Q7RTN6) SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 11 × 1 (Q15831) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;PH 8.5 分辨率 2.65 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAB39_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–341; UniProt 1–341 作者链 D; PDB构建体 1–341; UniProt 1–341

STE20-RELATED KINASE ADAPTER PROTEIN ALPHA

HOMO SAPIENS

UniProt Q7RTN6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 59–431 片段:PSEUDOKINASE DOMAIN, RESIDUES 59-431 CALCIUM-BINDING PROTEIN 39 × 1 (Q9Y376) SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 11 × 1 (Q15831) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;PH 8.5 分辨率 2.65 Å R-free 0.291
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 59–431 片段:PSEUDOKINASE DOMAIN, RESIDUES 59-431 CALCIUM-BINDING PROTEIN 39 × 1 (Q9Y376) SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 11 × 1 (Q15831) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;PH 8.5 分辨率 2.65 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STRAA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–373; UniProt 59–431 作者链 E; PDB构建体 1–373; UniProt 59–431

SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 11

HOMO SAPIENS

UniProt Q15831

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 43–347 片段:KINASE DOMAIN, RESIDUES 43-347 突变:YES CALCIUM-BINDING PROTEIN 39 × 1 (Q9Y376) STE20-RELATED KINASE ADAPTER PROTEIN ALPHA × 1 (Q7RTN6) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;PH 8.5 分辨率 2.65 Å R-free 0.291
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 43–347 片段:KINASE DOMAIN, RESIDUES 43-347 突变:YES CALCIUM-BINDING PROTEIN 39 × 1 (Q9Y376) STE20-RELATED KINASE ADAPTER PROTEIN ALPHA × 1 (Q7RTN6) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;PH 8.5 分辨率 2.65 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STK11_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–305; UniProt 43–347 作者链 F; PDB构建体 1–305; UniProt 43–347

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2wtk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2wtk
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2wtk
沉积日期 deposition_date2009-09-16
结构标题 titleStructure of the heterotrimeric LKB1-STRADalpha-MO25alpha complex
关键词 keywords;TRANSFERASE-METAL-BINDING PROTEIN COMPLEX, TRANSFERASE METAL-BINDING PROTEIN COMPLEX, KINASE, NUCLEUS, SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE, PSEUDOKINASE, PHOSPHOPROTEIN, SIGNAL TRANSDUCTION, TRANSFERASE, NUCLEOTIDE-BINDING ;; TRANSFERASE/METAL-BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron45.60
零角强度 I(0) i0617390000.00
分子量 molecular_weight209690.0 kDa
排除体积 excluded_volume264410 ų
包络体积 envelope_volume370920 ų
水化壳体积 shell_volume68414 ų
包络直径 envelope_diameter159.6
壳层 Rg shell_rg49.71
包络 Rg envelope_rg44.79
形状 Rg shape_rg45.61
总 Rg total_rg45.73
总原子数 total_atoms14748
残基数 n_residues1818
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax154.1
Rg (实空间) rg_real45.67
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.71
I(0) (实空间) i0_real6.1740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2670e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal617200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8500
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary44.0
偏度 Skewness skewness0.422
峰度 Kurtosis kurtosis-0.520
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha81210000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.762; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.929; Smooth: 0.833

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2wtka_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.15 — Mo25 protein
结构域编号 domain_idd2wtkc1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2wtkd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.15 — Mo25 protein
结构域编号 domain_idd2wtkf1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id2wtkA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id2wtkB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id2wtkB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id2wtkC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id2wtkC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id2wtkD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id2wtkE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id2wtkE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id2wtkF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id2wtkF02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)