SAXSdb — 2wvw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

SYNECHOCOCCUS ELONGATUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–472 链 B； UniProt 1–472 链 C； UniProt 1–472 链 D； UniProt 1–472 链 E； UniProt 1–472 链 F； UniProt 1–472 链 G； UniProt 1–472 链 H； UniProt 1–472	未记录	RBCX PROTEIN × 16 （Q44212）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：20 MM TRIS-HCL, PH 8.7；pH 8.7；20 MM TRIS-HCL, PH 8.7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；VITROBOT USED, LIQUID ETHANE	分辨率 9.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2WVW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1RBL STRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT OF RIBULOSE 1,5 BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE FROM SYNECHOCOCCUS PCC6301 提交 1993-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 6–472（467 aa）链 B 6–472（467 aa）链 C 6–472（467 aa）链 D 6–472（467 aa）链 E 6–472（467 aa）链 F 6–472（467 aa）链 G 6–472（467 aa）链 H 6–472（467 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 FMT FORMIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1RSC STRUCTURE OF AN EFFECTOR INDUCED INACTIVATED STATE OF RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE: THE BINARY COMPLEX BETWEEN ENZYME AND XYLULOSE BISPHOSPHATE 提交 1994-03-29	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 E 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）	未记录	XBP XYLULOSE-1,5-BISPHOSPHATE × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
3RG6 Crystal structure of a chaperone-bound assembly intermediate of form I Rubisco 提交 2011-04-07	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.7；277 K；15-17 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M KCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.7, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.245
8ILB The complexes of RbcL, AtRaf1 and AtBSD2 (LFB) 提交 2023-03-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 J 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）链 L 1–472（472 aa）链 M 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8ILM The cryo-EM structure of eight Rubisco large subunits (RbcL), two Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factors 1 (AtRaf1), and seven Arabidopsis thaliana Bundle Sheath Defective 2 (AtBSD2) 提交 2023-03-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）链 I 1–472（472 aa）链 J 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8IO2 The Rubisco assembly intermidate of Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) and Rubisco large subunit (RbcL) 提交 2023-03-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 A 2–472（471 aa）链 B 2–472（471 aa）链 C 2–472（471 aa）链 D 2–472（471 aa）链 E 2–472（471 aa）链 F 2–472（471 aa）链 G 2–472（471 aa）链 H 2–472（471 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8IOJ The Rubisco assembly intermidiate of Rubisco large subunit (RbcL) and Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factor 1 (AtRaf1) 提交 2023-03-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）链 I 1–472（472 aa）链 J 1–472（472 aa）链 K 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8IOL The complex of Rubisco large subunit (RbcL) 提交 2023-03-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–472（472 aa）链 B 1–472（472 aa）链 C 1–472（472 aa）链 D 1–472（472 aa）链 E 1–472（472 aa）链 F 1–472（472 aa）链 G 1–472（472 aa）链 H 1–472（472 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBL_SYNP6
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472 作者链 B； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472 作者链 C； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472 作者链 D； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472 作者链 E； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472 作者链 F； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472 作者链 G； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472 作者链 H； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472

RBCX PROTEIN

ANABAENA SP. CA

UniProt Q44212

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–135 链 J； UniProt 1–135 链 K； UniProt 1–135 链 L； UniProt 1–135 链 M； UniProt 1–135 链 N； UniProt 1–135 链 O； UniProt 1–135 链 P； UniProt 1–135 链 Q； UniProt 1–135 链 R； UniProt 1–135 链 S； UniProt 1–135 链 T； UniProt 1–135 链 U； UniProt 1–135 链 V； UniProt 1–135 链 W； UniProt 1–135 链 X； UniProt 1–135	未记录	RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN × 8 （P00880）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：20 MM TRIS-HCL, PH 8.7；pH 8.7；20 MM TRIS-HCL, PH 8.7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；VITROBOT USED, LIQUID ETHANE	分辨率 9.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2WVW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2PEO Crystal structure of RbcX from Anabaena CA 提交 2007-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–135（135 aa）链 B 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；1.0 M Ammonium phosphate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
3HYB Crystal structure of RbcX from Anabaena, crystal form II 提交 2009-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–135（135 aa）链 B 1–135（135 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris-HCl pH 5.5, 1 % PEG-3350, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
3RG6 Crystal structure of a chaperone-bound assembly intermediate of form I Rubisco 提交 2011-04-07	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 C 1–135（135 aa）链 D 1–135（135 aa）链 E 1–135（135 aa）链 F 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.7；277 K；15-17 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M KCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.7, vapor diffusion, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.245

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q44212_9NOST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 J； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 K； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 L； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 M； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 N； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 O； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 P； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 Q； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 R； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 S； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 T； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 U； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 V； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 W； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 X； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2wvw
沉积日期 deposition_date	2009-10-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of the RbcL-RbcX complex
关键词 keywords	;COMPLEX ASSEMBLY, PHOTORESPIRATION, PHOTOSYNTHESIS, DISULFIDE BOND, CARBON FIXATION, LYASE, CHAPERONE, CALVIN CYCLE, CARBON DIOXIDE FIXATION, MONOOXYGENASE, METAL-BINDING, OXIDOREDUCTASE ;; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.05 Å
零角强度 I(0) i0	4992080000.00
分子量 molecular_weight	601520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	754640 Å³
包络体积 envelope_volume	999300 Å³
水化壳体积 shell_volume	138070 Å³
包络直径 envelope_diameter	194.4 Å
壳层 Rg shell_rg	63.82 Å
包络 Rg envelope_rg	57.70 Å
形状 Rg shape_rg	57.04 Å
总 Rg total_rg	57.23 Å
总原子数 total_atoms	42392
残基数 n_residues	5416
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.4 Å
Rg (实空间) rg_real	56.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9920e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0020e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4995000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8649
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	68.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.248
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.306
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	443600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.782

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
分子量 formula_weight	52516.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	42856

MPKTQSAAGYKAGVKDYKLTYYTPDYTPKDTDLLAAFRFSPQPGVPADEAGAAIAAESSTGTWTTVWTDLLTDMDRYKGKCYHIEPVQGEENSYFAFIAYPLDLFEEGSVTNILTSIVGNVFGFKAIRSLRLEDIRFPVALVKTFQGPPHGIQVERDLLNKYGRPMLGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENINSQPFQRWRDRFLFVADAIHKSQAETGEIKGHYLNVTAPTCEEMMKRAEFAKELGMPIIMHDFLTAGFTANTTLAKWCRDNGVLLHIHRAMHAVIDRQRNHGIHFRVLAKCLRLSGGDHLHSGTVVGKLEGDKASTLGFVDLMREDHIEADRSRGVFFTQDWASMPGVLPVASGGIHVWHMPALVEIFGDDSVLQFGGGTLGHPWGNAPGATANRVALEACVQARNEGRDLYREGGDILREAGKWSPELAAALDLWKEIKFEFETMDKL

来源 Source

来源生物 organism	SYNECHOCOCCUS ELONGATUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	269084
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RBCX PROTEIN
分子量 formula_weight	17694.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMNLKQIAKDTAKTLQSYLTYQALRTVLAQLGETNPPLALWLHNFSAGKVQDGEKYIEELFLEKPDLALRIMTVREHIAEEIAEFLPEMVVTGIQQANMEKRRQHLERMTQVSLSHPSPESEQQQFSDPDWDNLAS

来源 Source

来源生物 organism	ANABAENA SP. CA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	52271
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	9.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	9.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	STANDARD EMAN REFINE PROCEDURE
颗粒数 num_particles	11104

fit	/app/data/saxs_computation/wv/2wvw/2wvw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wv/2wvw/2wvw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wv/2wvw/2wvw.dat

Cryo-EM structure of the RbcL-RbcX complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RBCX PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)