2xnk

Structure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 167.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA TOPOISOMERASE 2-BINDING PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

UniProt Q92547

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–290 片段:BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL 分辨率 2.60 Å R-free 0.266
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–290 片段:BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL 分辨率 2.60 Å R-free 0.266
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–290 片段:BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL 分辨率 2.60 Å R-free 0.266
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–290 片段:BRCT 0,1 AND 2, RESIDUES 1-290 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.4 M MGCL2, 25% PEG 4000, 4% GLYCEROL, 0.01 M SPERMIDINE TETRA-HCL 分辨率 2.60 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOPB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–292; UniProt 1–290 作者链 B; PDB构建体 3–292; UniProt 1–290 作者链 C; PDB构建体 3–292; UniProt 1–290 作者链 D; PDB构建体 3–292; UniProt 1–290

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2xnk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2xnk
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2xnk
沉积日期 deposition_date2010-08-03
结构标题 titleStructure and function of the Rad9-binding region of the DNA damage checkpoint adaptor TopBP1
关键词 keywordsISOMERASE, PHOSPHORYLATION, PROTEIN-PROTEIN INTERACTION, DNA REPAIR; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.07
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.69
零角强度 I(0) i0279680000.00
分子量 molecular_weight137280.0 kDa
排除体积 excluded_volume170990 ų
包络体积 envelope_volume258110 ų
水化壳体积 shell_volume45159 ų
包络直径 envelope_diameter179.7
壳层 Rg shell_rg49.20
包络 Rg envelope_rg50.62
形状 Rg shape_rg51.70
总 Rg total_rg51.53
总原子数 total_atoms9484
残基数 n_residues1123
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax167.2
Rg (实空间) rg_real51.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.81
I(0) (实空间) i0_real2.7970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal279400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8049
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.5
偏度 Skewness skewness0.451
峰度 Kurtosis kurtosis-0.516
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9199000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.721; Smooth: 0.084

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id2xnkA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id2xnkA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id2xnkA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id2xnkB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id2xnkB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id2xnkB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id2xnkC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id2xnkC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id2xnkC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id2xnkD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id2xnkD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain
结构域编号 domain_id2xnkD03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10190 — BRCT domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)