SAXSdb — 2y90

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN HFQ

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–102	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL HANGING DROPS AT 20C. THE RESERVOIR CONTAINED 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.0.	分辨率 2.25 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2Y90	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HK9 Crystal structure of the Hfq protein from Escherichia coli 提交 2003-03-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–72（72 aa）片段：RESIDUES 1-72 链 B 1–72（72 aa）片段：RESIDUES 1-72 链 C 1–72（72 aa）片段：RESIDUES 1-72 链 D 1–72（72 aa）片段：RESIDUES 1-72 链 E 1–72（72 aa）片段：RESIDUES 1-72 链 F 1–72（72 aa）片段：RESIDUES 1-72	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 25% PEG 4000, 0.2 M NH4-ACETATE AND 0.2 M NA-ACETATE PH 4.6. CRYSTALLIZATION WERE CARRIED OUT AT 20C.	分辨率 2.15 Å R-free 0.262
2YHT Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P1 space group) 提交 2011-05-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 B 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 C 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 D 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 E 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 F 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 30% PEG 3350, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.4. CRYSTALLIZATIONS WERE CARRIED OUT AT 20 DEGREES CELSIUS.	分辨率 2.90 Å R-free 0.229
2YHT Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P1 space group) 提交 2011-05-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 H 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 I 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 J 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 K 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72 链 L 1–72（72 aa）片段：SM-LIKE FOLD, RESIDUES 1-72	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION IN 2UL SITTING DROPS. THE RESERVOIR CONTAINED 30% PEG 3350, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.4. CRYSTALLIZATIONS WERE CARRIED OUT AT 20 DEGREES CELSIUS.	分辨率 2.90 Å R-free 0.229
3GIB Crystal Structure of the Complex of the E. coli Hfq with Poly(A) 提交 2009-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 2–69（68 aa）片段：N-terminal fragment (2-69) 链 B 2–69（68 aa）片段：N-terminal fragment (2-69) 链 C 2–69（68 aa）片段：N-terminal fragment (2-69)	未记录	NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.5；298 K；40% MPD, 0.1 M CHES 9.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3QHS Crystal structure of full-length Hfq from Escherichia coli 提交 2011-01-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–102（102 aa）链 B 1–102（102 aa）链 C 1–102（102 aa）链 D 1–102（102 aa）链 E 1–102（102 aa）链 F 1–102（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；30% v/v PEG 550 MME, 0.05M calcium chloride dihydrate, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.250
3QHS Crystal structure of full-length Hfq from Escherichia coli 提交 2011-01-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–102（102 aa）链 H 1–102（102 aa）链 I 1–102（102 aa）链 J 1–102（102 aa）链 K 1–102（102 aa）链 L 1–102（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；30% v/v PEG 550 MME, 0.05M calcium chloride dihydrate, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.250
3QO3 Crystal structure of Escherichia coli Hfq, in complex with ATP 提交 2011-02-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–65（65 aa）片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65 链 B 1–65（65 aa）片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65 链 C 1–65（65 aa）片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65 链 D 1–65（65 aa）片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65 链 E 1–65（65 aa）片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65 链 F 1–65（65 aa）片段：N-terminal (L)Sm core-domain, UNP residues 1-65	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1M Hepes, 10% (W/V) PEG 8000, 8% (V/V) Ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.15 Å R-free 0.257
3VU3 Crystal structure of the Hfq and catalase HPII complex 提交 2012-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 C 1–102（102 aa）链 D 1–102（102 aa）链 E 1–102（102 aa）链 F 1–102（102 aa）链 G 1–102（102 aa）链 H 1–102（102 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；0.1M Tris-HCl, 0.18M NaCl, 10% PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.246
4JRI Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Proximal Edge Mutant 提交 2013-03-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69 链 B 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69	突变：F39W 突变：F39W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.83 Å R-free 0.257
4JRI Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Proximal Edge Mutant 提交 2013-03-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69 链 D 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69	突变：F39W 突变：F39W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.83 Å R-free 0.257
4JRK Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Surface Mutant 提交 2013-03-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69 链 B 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69 链 C 2–69（68 aa）片段：UNP residues 2-69	突变：F11W 突变：F11W 突变：F11W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.89 Å R-free 0.216
4JUV Crystal Structure of Escherichia coli Hfq Distal Face 1 Mutant 提交 2013-03-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–69（68 aa）链 B 2–69（68 aa）链 C 2–69（68 aa）链 D 2–69（68 aa）链 E 2–69（68 aa）链 F 2–69（68 aa）	突变：Y25W 突变：Y25W 突变：Y25W 突变：Y25W 突变：Y25W 突变：Y25W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.19 Å
4RCB Crystal structure of E Coli Hfq 提交 2014-09-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 5–71（67 aa）片段：UNP RESIDUES 5-71	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；0.5M Lithium chloride, 1.6M Ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.63 Å R-free 0.248
4RCC Crystal structure of E Coli Hfq 提交 2014-09-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 5–71（67 aa）片段：UNP RESIDUES 5-71	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；0.1M TRIS.HCl pH 8.5, 1.5M Ammonium sulfate, 15 %(w/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.98 Å R-free 0.213
4V2S Crystal structure of Hfq in complex with the sRNA RydC 提交 2014-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–102（102 aa）链 B 1–102（102 aa）链 C 1–102（102 aa）链 D 1–102（102 aa）链 E 1–102（102 aa）链 F 1–102（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2 M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE (PH 6.5), 15% ISOPROPANOL	分辨率 3.48 Å R-free 0.282
9GU5 Crystal Structure of Hfq V22A 提交 2024-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–102（102 aa）链 B 1–102（102 aa）链 C 1–102（102 aa）链 D 1–102（102 aa）链 E 1–102（102 aa）链 F 1–102（102 aa）	突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；22.5 %v/v PEGSB, 0.2 M LiSO4, 0.05 M Zn Acet, 0.1 M BIS-TRIS	分辨率 2.90 Å R-free 0.387
9GU5 Crystal Structure of Hfq V22A 提交 2024-09-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–102（102 aa）链 H 1–102（102 aa）链 I 1–102（102 aa）链 J 1–102（102 aa）链 K 1–102（102 aa）链 L 1–102（102 aa）	突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A 突变：V22A	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；22.5 %v/v PEGSB, 0.2 M LiSO4, 0.05 M Zn Acet, 0.1 M BIS-TRIS	分辨率 2.90 Å R-free 0.387
9H45 Crystal Structure of Hfq V22A 提交 2024-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–102（102 aa）链 B 1–102（102 aa）链 C 1–102（102 aa）链 D 1–102（102 aa）链 E 1–102（102 aa）链 F 1–102（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；15 %v/v PEGSH 0.15 M NH4 Acet 0.1 M Na3 Cit	分辨率 2.08 Å R-free 0.323

共 14 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HFQ_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–104； UniProt 1–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2y90
沉积日期 deposition_date	2011-02-11
结构标题 title	Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P6 space group)
关键词 keywords	RNA-BINDING PROTEIN, SM-LIKE, RNA CHAPERONE, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.15 Å
零角强度 I(0) i0	1103680.00
分子量 molecular_weight	7228.0 kDa
排除体积 excluded_volume	9254 Å³
包络体积 envelope_volume	10375 Å³
水化壳体积 shell_volume	8212 Å³
包络直径 envelope_diameter	36.6 Å
壳层 Rg shell_rg	16.40 Å
包络 Rg envelope_rg	11.42 Å
形状 Rg shape_rg	11.13 Å
总 Rg total_rg	12.73 Å
总原子数 total_atoms	510
残基数 n_residues	64
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	38.9 Å
Rg (实空间) rg_real	12.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1040e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0840e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1104000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8977
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.041
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.360
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	161500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.988

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2y90a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.2 — Pleiotropic translational regulator Hfq

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2y90A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	61.500 Å
晶胞边长 b length_b	61.500 Å
晶胞边长 c length_c	28.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 6
空间群编号 int_tables_number	168
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.252 Å
最低分辨率 resolution_low	53.261 Å
R 因子 r_factor	0.1881
R_work r_work	0.1798
R_free r_free	0.2258

描述 description	PROTEIN HFQ
分子量 formula_weight	11307.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	521

Crystal structure of Hfq riboregulator from E. coli (P6 space group)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN HFQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

fit	/app/data/saxs_computation/y9/2y90/2y90.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y9/2y90/2y90.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y9/2y90/2y90.dat