SAXSdb — 2y9j

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN PRGH

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	LIPOPROTEIN PRGK × 24 （P41786） water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRGH_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 B； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 C； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 D； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 E； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 F； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 G； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 H； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 I； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 J； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 K； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 L； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 M； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 N； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 O； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 P； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 Q； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 R； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 S； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 T； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 U； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 V； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 W； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362 作者链 X； PDB构建体 1–186； UniProt 177–362

LIPOPROTEIN PRGK

物种未注明

UniProt P41786

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	PROTEIN PRGH × 24 （P41783） water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRGK_SALTY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 Z； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 a； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 b； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 c； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 d； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 e； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 f； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 g； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 h； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 i； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 j； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 k； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 l； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 m； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 n； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 o； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 p； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 q； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 r； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 s； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 t； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 u； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190 作者链 v； PDB构建体 1–170； UniProt 21–190

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2y9j
沉积日期 deposition_date	2011-02-15
结构标题 title	THREE-DIMENSIONAL MODEL OF SALMONELLA'S NEEDLE COMPLEX AT SUBNANOMETER RESOLUTION
关键词 keywords	PROTEIN TRANSPORT, TYPE III SECRETION, IR1, INNER MEMBRANE RING, C24-FOLD; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2y9j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2y9j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2y9j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	94.56 Å
Rg（电子密度）	94.31 Å
总 Rg	94.38 Å
原子数	69120
残基数	8544
排除体积	1226600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2y9j__assembly_1__model_1`	48-meric （48）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN PRGH
分子量 formula_weight	21839.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X
原子数 atom_count	70704

LGQEKERFQVLPGRDKMLYVAAQNERDTLWARQVLARGDYDKNARVINENEENKRISIWLDTYYPQLAYYRIHFDEPRKPVFWLSRQRNTMSKKELEVLSQKLRALMPYADSVNITLMDDVTAAGQAEAGLKQQALPYSRRNHKGGVTFVIQGALDDVEILRARQFVDSYYRTWGGRYVQFAIELK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LIPOPROTEIN PRGK
分子量 formula_weight	19015.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,Z,a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s,t,u,v

KDLLKGLDQEQANEVIAVLQMHNIEANKIDSGKLGYSITVAEPDFTAAVYWIKTYQLPPRPRVEIAQMFPADSLVSSPRAEKARLYSAIEQRLEQSLQTMEGVLSARVHISYDIDAGENGRPPKPVHLSALAVYERGSPLAHQISDIKRFLKNSFADVDYDNISVVLSER

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1584

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	6.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	PROJECTION MATCHING
颗粒数 num_particles	—

THREE-DIMENSIONAL MODEL OF SALMONELLA'S NEEDLE COMPLEX AT SUBNANOMETER RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN PRGH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LIPOPROTEIN PRGK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2y9j__assembly_1__model_1

2y9j__assembly_1__model_1 | I(q)

2y9j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

THREE-DIMENSIONAL MODEL OF SALMONELLA'S NEEDLE COMPLEX AT SUBNANOMETER RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN PRGH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LIPOPROTEIN PRGK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2y9j__assembly_1__model_1

2y9j__assembly_1__model_1 | I(q)

2y9j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)