SAXSdb — 2ya3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1 ;

RATTUS NORVEGICUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-2 ; × 1 （O43741） ;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ; × 1 （P80385） 3'-(7-diethylaminocoumarin-3-carbonylamino)-3'-deoxy-ADP × 2 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAPK1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–167； UniProt 407–555

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-2 ;

HOMO SAPIENS

UniProt O43741

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1 ; × 1 （P54645） ;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ; × 1 （P80385） 3'-(7-diethylaminocoumarin-3-carbonylamino)-3'-deoxy-ADP × 2 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAKB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–87； UniProt 187–272

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ;

RATTUS NORVEGICUS

UniProt P80385

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1 ; × 1 （P54645） ;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-2 ; × 1 （O43741） 3'-(7-diethylaminocoumarin-3-carbonylamino)-3'-deoxy-ADP × 2 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAKG1_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ya3
沉积日期 deposition_date	2011-02-17
结构标题 title	STRUCTURE OF THE REGULATORY FRAGMENT OF MAMMALIAN AMPK IN COMPLEX WITH COUMARIN ADP
关键词 keywords	TRANSFERASE, NUCLEOTIDE-BINDING, SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE, PHOSPHORYLATION; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ya3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ya3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ya3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.21 Å
Rg（电子密度）	26.61 Å
总 Rg	27.26 Å
原子数	3918
残基数	470
排除体积	70540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ya3__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1 ;
分子量 formula_weight	19486.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4060

MSHHHHHHSGLVPRGSMAWHLGIRSQSRPNDIMAEVCRAIKQLDYEWKVVNPYYLRVRRKNPVTSTFSKMSLQLYQVDSRTYLLDFRSIDDEITEAKSGTATPQRSGSISNYRSCQRSDSDAEAQGKPSEVSLTSSVTSLDSSPVDVAPRPGSHTIEFFEMCANLIKNSCTVN

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	NORWAY RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-2 ;
分子量 formula_weight	10040.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGPYGQEMYAFRSEERFKSPPILPPHLLQVILNKDTNISCDPALLPEPNHVMLNHLYALSIKDSVMVLSATHRYKKKYVTTLLYKPI

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ;
分子量 formula_weight	37434.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MESVAAESAPAPENEHSQETPESNSSVYTTFMKSHRCYDLIPTSSKLVVFDTSLQVKKAFFALVTNGVRAAPLWDSKKQSFVGMLTITDFINILHRYYKSALVQIYELEEHKIETWREVYLQDSFKPLVCISPNASLFDAVSSLIRNKIHRLPVIDPESGNTLYILTHKRILKFLKLFITEFPKPEFMSKSLEELQIGTYANIAMVRTTTPVYVALGIFVQHRVSALPVVDEKGRVVDIYSKFDVINLAAEKTYNNLDVSVTKALQHRSHYFEGVLKCYLHETLEAIINRLVEAEVHRLVVVDEHDVVKGIVSLSDILQALVLTGGEKKP

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	NORWAY RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3'-(7-diethylaminocoumarin-3-carbonylamino)-3'-deoxy-ADP
分子量 formula_weight	669.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	142

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2ya3a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.6 — KA1-like
家族 Family family	d.129.6.2 — Ssp2 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2ya3a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ya3a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ya3b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.353 — AMPKBI-like
超家族 Superfamily superfamily	d.353.1 — AMPKBI-like
家族 Family family	d.353.1.1 — AMPKBI-like

结构域编号 domain_id	d2ya3e1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.37 — CBS-domain pair
超家族 Superfamily superfamily	d.37.1 — CBS-domain pair
家族 Family family	d.37.1.1 — CBS-domain pair

结构域编号 domain_id	d2ya3e2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.37 — CBS-domain pair
超家族 Superfamily superfamily	d.37.1 — CBS-domain pair
家族 Family family	d.37.1.1 — CBS-domain pair

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2ya3A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Kinase associated domain 1, KA1

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晶胞边长 a length_a	48.943 Å
晶胞边长 b length_b	124.060 Å
晶胞边长 c length_c	125.315 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.510 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2246
R_work r_work	0.2226
R_free r_free	0.2627

STRUCTURE OF THE REGULATORY FRAGMENT OF MAMMALIAN AMPK IN COMPLEX WITH COUMARIN ADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-2 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ya3__assembly_1__model_1

2ya3__assembly_1__model_1 | I(q)

2ya3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

STRUCTURE OF THE REGULATORY FRAGMENT OF MAMMALIAN AMPK IN COMPLEX WITH COUMARIN ADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-2 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ya3__assembly_1__model_1

2ya3__assembly_1__model_1 | I(q)

2ya3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)