SAXSdb — 2ykt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BRAIN-SPECIFIC ANGIOGENESIS INHIBITOR 1-ASSOCIATED PROTEIN 2

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–250	片段：I-BAR DOMAIN, RESIDUES 1-250	TRANSLOCATED INTIMIN RECEPTOR PROTEIN × 2 （C6UYL8） SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：16% (W/V) PEG 3350, 0.3M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.11 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YKT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WDZ Crystal structure of RCB domain of IRSp53 提交 2004-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–228（228 aa）片段：N-terminal domain 链 B 1–228（228 aa）片段：N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；27% PEG4000, 0.09M Tris pH8.5, 0.19M Sodium acetate, 3.5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.63 Å R-free 0.297
1Y2O Structure of N-terminal domain IRSp53/BAIAP2 提交 2004-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–250（250 aa）片段：N-terminal domain 链 B 1–250（250 aa）片段：N-terminal domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
3RNJ Crystal structure of the SH3 domain from IRSp53 (BAIAP2) 提交 2011-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–436（62 aa）片段：SH3 domain, UNP residues 375-436	未记录	EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.219
4JS0 Complex of Cdc42 with the CRIB-PR domain of IRSp53 提交 2013-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 260–291（32 aa）片段：CRIB-PR domain	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；18-20% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.004M betain hydrochloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
6BD2 Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and S366 提交 2017-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 335–372（38 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
6BQT Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360 提交 2017-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 335–366（32 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6BQT Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360 提交 2017-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 335–366（32 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6BQT Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360 提交 2017-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 335–366（32 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6BQT Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360 提交 2017-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 335–366（32 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6ZEG Structure of PP1-IRSp53 chimera [PP1(7-304) + linker (G/S)x9 + IRSp53(449-465)] bound to Phactr1 (516-580) 提交 2020-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 448–464（17 aa）	突变：N-terminal Vector derived sequence GHMGS	MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M KSCN and 0.1 M BIS-Tris propane pH 8.5	分辨率 1.09 Å R-free 0.140
6ZEG Structure of PP1-IRSp53 chimera [PP1(7-304) + linker (G/S)x9 + IRSp53(449-465)] bound to Phactr1 (516-580) 提交 2020-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 448–464（17 aa）	突变：N-terminal Vector derived sequence GHMGS	MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 16P 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M KSCN and 0.1 M BIS-Tris propane pH 8.5	分辨率 1.09 Å R-free 0.140
6ZEI Structure of PP1-IRSp53 S455E chimera [PP1(7-304) + linker (G/S)x9 + IRSp53(449-465)] bound to Phactr1 (516-580) 提交 2020-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 448–464（17 aa）	突变：N-terminal Vector derived sequence GHMGS	MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 0.2 M NaBr	分辨率 1.39 Å R-free 0.158
6ZEI Structure of PP1-IRSp53 S455E chimera [PP1(7-304) + linker (G/S)x9 + IRSp53(449-465)] bound to Phactr1 (516-580) 提交 2020-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 448–464（17 aa）	突变：N-terminal Vector derived sequence GHMGS	MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 0.2 M NaBr	分辨率 1.39 Å R-free 0.158

共 8 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BAIP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–253； UniProt 1–250

TRANSLOCATED INTIMIN RECEPTOR PROTEIN

物种未注明

UniProt C6UYL8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 452–463	片段：RESIDUES 452-463 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BRAIN-SPECIFIC ANGIOGENESIS INHIBITOR 1-ASSOCIATED PROTEIN 2 × 2 （Q9UQB8） SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：16% (W/V) PEG 3350, 0.3M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.11 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C6UYL8_ECO5T
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–12； UniProt 452–463

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ykt
沉积日期 deposition_date	2011-05-30
结构标题 title	Crystal structure of the I-BAR domain of IRSp53 (BAIAP2) in complex with an EHEC derived Tir peptide
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN, NPY MOTIF, BINDING POCKET; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.73 Å
零角强度 I(0) i0	13158700.00
分子量 molecular_weight	27133.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33762 Å³
包络体积 envelope_volume	48228 Å³
水化壳体积 shell_volume	15686 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.8 Å
壳层 Rg shell_rg	30.39 Å
包络 Rg envelope_rg	34.33 Å
形状 Rg shape_rg	32.70 Å
总 Rg total_rg	32.56 Å
总原子数 total_atoms	1903
残基数 n_residues	237
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.1 Å
Rg (实空间) rg_real	32.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6354
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.772
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.052
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	896900.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.091; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.010; Smooth: 0.974

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BRAIN-SPECIFIC ANGIOGENESIS INHIBITOR 1-ASSOCIATED PROTEIN 2
分子量 formula_weight	28849.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1991

GSTMSLSRSEEMHRLTENVYKTIMEQFNPSLRNFIAMGKNYEKALAGVTYAAKGYFDALVKMGELASESQGSKELGDVLFQMAEVHRQIQNQLEEMLKSFHNELLTQLEQKVELDSRYLSAALKKYQTEQRSKGDALDKCQAELKKLRKKSQGSKNPQKYSDKELQYIDAISNKQGELENYVSDGYKTALTEERRRFCFLVEKQCAVAKNSAAYHSKGKELLAQKLPLWQQACADPSKIPERAVQLMQQVASN

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TRANSLOCATED INTIMIN RECEPTOR PROTEIN
分子量 formula_weight	1291.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GTVQNPYADVKTX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2ykta_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.238 — BAR/IMD domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.238.1 — BAR/IMD domain-like
家族 Family family	a.238.1.3 — IMD domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2yktA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.354 Å
晶胞边长 b length_b	187.362 Å
晶胞边长 c length_c	36.806 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.110 Å
最低分辨率 resolution_low	9.440 Å
R 因子 r_factor	0.2356
R_work r_work	0.2334
R_free r_free	0.2760

fit	/app/data/saxs_computation/yk/2ykt/2ykt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yk/2ykt/2ykt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yk/2ykt/2ykt.dat

Crystal structure of the I-BAR domain of IRSp53 (BAIAP2) in complex with an EHEC derived Tir peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BRAIN-SPECIFIC ANGIOGENESIS INHIBITOR 1-ASSOCIATED PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TRANSLOCATED INTIMIN RECEPTOR PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)