SAXSdb — 2yoa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SYNAPTOTAGMIN-1

RATTUS NORVEGICUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 271–421	片段：C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421	CA CALCIUM ION × 4 SEP PHOSPHOSERINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.2 M KSCN, 20 % PEG 600	分辨率 1.50 Å R-free 0.204
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 271–421	片段：C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421	CA CALCIUM ION × 3 SEP PHOSPHOSERINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.2 M KSCN, 20 % PEG 600	分辨率 1.50 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2YOA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BYN SOLUTION STRUCTURE OF THE CALCIUM-BOUND FIRST C2-DOMAIN OF SYNAPTOTAGMIN I 提交 1998-10-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 140–267（128 aa）片段：C2A-DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；307 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NACL	分辨率未提供
1K5W THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE SYNAPTOTAGMIN 1 C2B-DOMAIN: SYNAPTOTAGMIN 1 AS A PHOSPHOLIPID BINDING MACHINE 提交 2001-10-12	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 270–421（152 aa）片段：Residues 270-421, C2B-Domain	未记录	CA CALCIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.0013M 15N, 13C C2B-Domain \| 50mM Mes 2mM DTT 20mM CaCl2 5%D2O NMR样品组成 1.3mM 15N, C2B-Domain \| 50mM Mes 2mM DTT 20mM CaCl2 5%D2O NMR样品组成 0.4mM 15N, C2B-Domain \| 50mM Mes 2mM DTT 0.5mM EDTA 5%D2O NMR样品组成 1mM 10% 13C, C2B-Domain \| 50mM Mes 2mM DTT 20mM CaCl2 5%D2O	分辨率未提供
1RSY STRUCTURE OF THE FIRST C2-DOMAIN OF SYNAPTOTAGMIN I: A NOVEL CA2+(SLASH)PHOSPHOLIPID BINDING FOLD 提交 1995-02-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 132–266（135 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.249
1TJM Crystallographic Identification of Sr2+ Coordination Site in Synaptotagmin I C2B Domain 提交 2004-06-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 271–421（151 aa）片段：C2B domain	未记录	SR STRONTIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.18 Å R-free 0.174
1TJX Crystallographic Identification of Ca2+ Coordination Sites in Synaptotagmin I C2B Domain 提交 2004-06-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 296–446（151 aa）片段：C2B domain, residues 296-446	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；277 K；ammonium sulfate , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.00	分辨率 1.04 Å R-free 0.184
1UOV Calcium binding domain C2B 提交 2003-09-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 271–421（151 aa）片段：C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421	未记录	CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.00	分辨率 1.65 Å R-free 0.196
1UOW Calcium binding domain C2B 提交 2003-09-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 271–421（151 aa）片段：C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421	未记录	CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.00	分辨率 1.04 Å R-free 0.184
4WEE High-resolution structure of Synaptotagmin 1 C2A 提交 2014-09-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 140–266（127 aa）片段：UNP residues 140-266	未记录	NA SODIUM ION × 7 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；1.5M ammonium sulfate, 1% PEG400	分辨率 0.89 Å R-free 0.164
5CCG Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) 提交 2015-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 141–421（281 aa）片段：UNP residues 141-421 链 F 141–421（281 aa）片段：UNP residues 141-421	未记录	CA CALCIUM ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 3.50 Å R-free 0.352
5CCG Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) 提交 2015-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 K 141–421（281 aa）片段：UNP residues 141-421	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 3.50 Å R-free 0.352
5CCH Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (short unit cell form) 提交 2015-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 141–421（281 aa）片段：UNP residues 141-421 链 F 141–421（281 aa）片段：UNP residues 141-421	未记录	CA CALCIUM ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 3.60 Å R-free 0.289
5CCI Structure of the Mg2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (short unit cell form) 提交 2015-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 141–421（281 aa）片段：UNP residues 141-421 链 F 141–421（281 aa）片段：UNP residues 141-421	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.75% v/v PEG3350, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2	分辨率 4.10 Å R-free 0.323
5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 271–421（151 aa）片段：UNP residues 271-421	突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A	GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl	分辨率 1.65 Å R-free 0.178
5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 271–421（151 aa）片段：UNP residues 271-421	突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A	GOL GLYCEROL × 7 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl	分辨率 1.65 Å R-free 0.178
5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 271–421（151 aa）片段：UNP residues 271-421	突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A	GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl	分辨率 1.65 Å R-free 0.178
5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 271–421（151 aa）片段：UNP residues 271-421	突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A	GOL GLYCEROL × 8 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl	分辨率 1.65 Å R-free 0.178
5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 271–421（151 aa）片段：UNP residues 271-421 链 B 271–421（151 aa）片段：UNP residues 271-421 链 C 271–421（151 aa）片段：UNP residues 271-421 链 D 271–421（151 aa）片段：UNP residues 271-421	突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A 突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A 突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A 突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A	GOL GLYCEROL × 27 SO4 SULFATE ION × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl	分辨率 1.65 Å R-free 0.178
5KJ7 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from XFEL diffraction 提交 2016-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 141–419（279 aa）片段：UNP residues 141-419	未记录	CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 3.50 Å R-free 0.329
5KJ7 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from XFEL diffraction 提交 2016-06-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 141–419（279 aa）片段：UNP residues 141-419	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 3.50 Å R-free 0.329
5KJ7 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from XFEL diffraction 提交 2016-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 K 141–419（279 aa）片段：UNP residues 141-419	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 3.50 Å R-free 0.329
5KJ8 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from synchrotron diffraction 提交 2016-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 141–419（279 aa）片段：UNP residues 141-419	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5KJ8 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from synchrotron diffraction 提交 2016-06-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 141–419（279 aa）片段：UNP residues 141-419	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5KJ8 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from synchrotron diffraction 提交 2016-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 K 141–419（279 aa）片段：UNP residues 141-419	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2	分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5W5C Crystal structure of the primed SNARE-Complexin-Synaptotagmin-1 C2AB complex 提交 2017-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 F 140–421（282 aa）片段：UNP residues 140-421	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；100 mM HEPES, pH7.4, 15-20% PEG3350, 200 mM ammonium formate	分辨率 1.85 Å R-free 0.232
5W5D Crystal structure of the primed SNARE-Complexin-Synaptotagmin-1 C2B complex 提交 2017-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 F 270–421（152 aa）片段：UNP residues 270-421	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100 mM HEPES, pH7.0, 15-17% PEG3350, 240 mM sodium malonate	分辨率 2.50 Å R-free 0.231
6CXW Synaptotagmin 1 C2A beta4 chimera with enhanced PIP2 binding function 提交 2018-04-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 140–182（43 aa）链 A 201–265（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；300 K；50% PEG-4000, 0.4 mM Sodium acetate, 100 mM Tris	分辨率 1.83 Å R-free 0.211
6MTI Synaptotagmin-1 C2A, C2B domains and SNARE-pin proteins (5CCI) individually docked into Cryo-EM map of C2AB-SNARE complexes helically organized on lipid nanotube surface in presence of Mg2+ 提交 2018-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 1 141–267（127 aa）片段：C2A domain, residues 141-267 链 2 141–421（281 aa）片段：C2A and C2B domains, residues 141-421 链 3 141–421（281 aa）片段：C2A and C2B domains, residues 141-421 链 4 141–421（281 aa）片段：C2A and C2B domains, residues 141-421 链 5 141–421（281 aa）片段：C2A and C2B domains, residues 141-421 链 6 141–267（127 aa）片段：C2A domain, residues 141-267	未记录	MG MAGNESIUM ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 10.40 Å
8C5H NbSyt1 anti-(rat Synaptotagmin-1) nanobody bound to target cytosolic domain of Synaptotagmin-1 提交 2023-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 142–265（124 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M Di-Malic acid pH 7.0, 20% PEG 3350	分辨率 1.68 Å R-free 0.222

共 19 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYT1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–152； UniProt 271–421 作者链 B； PDB构建体 2–152； UniProt 271–421

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2yoa
沉积日期 deposition_date	2012-10-22
结构标题 title	Synaptotagmin-1 C2B domain with phosphoserine
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.23 Å
零角强度 I(0) i0	19683000.00
分子量 molecular_weight	34831.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43977 Å³
包络体积 envelope_volume	54297 Å³
水化壳体积 shell_volume	18696 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.4 Å
壳层 Rg shell_rg	30.81 Å
包络 Rg envelope_rg	27.36 Å
形状 Rg shape_rg	27.05 Å
总 Rg total_rg	28.24 Å
总原子数 total_atoms	2429
残基数 n_residues	298
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.5 Å
Rg (实空间) rg_real	27.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5256
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.615
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.362
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.437; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.127; Positv: 1.000; Valcen: 0.309; Smooth: 0.828

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SYNAPTOTAGMIN-1
分子量 formula_weight	17355.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2713

MEKLGDICFSLRYVPTAGKLTVVILEAKNLKKMDVGGLSDPYVKIHLMQNGKRLKKKKTTIKKNTLNPYYNESFSFEVPFEQIQKVQVVVTVLDYDKIGKNDAIGKVFVGYNSTGAELRHWSDMLANPRRPIAQWHTLQVEEEVDAMLAVKK

来源 Source

来源生物 organism	RATTUS NORVEGICUS
通用名 common_name	NORWAY RAT
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOSERINE
分子量 formula_weight	185.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	THIOCYANATE ION
分子量 formula_weight	58.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	256

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2yoaa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

结构域编号 domain_id	d2yoaa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2yoab_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2yoaA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	2yoaB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.000 Å
晶胞边长 b length_b	97.000 Å
晶胞边长 c length_c	89.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	44.500 Å
R 因子 r_factor	0.1836
R_work r_work	0.1825
R_free r_free	0.2040

fit	/app/data/saxs_computation/yo/2yoa/2yoa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yo/2yoa/2yoa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yo/2yoa/2yoa.dat

Synaptotagmin-1 C2B domain with phosphoserine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SYNAPTOTAGMIN-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction